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Article de méthode

Détection des glycosaminoglycanes par électrophorèse sur gel de polyacrylamide et coloration à l’argent

4.7K vues

DOI :

10.3791/62319

25 février 2021

Dans cet article

Résumé

Ce rapport décrit des techniques pour isoler et purifier les glycosaminoglycanes sulfatés (GAN) à partir d’échantillons biologiques et une approche d’électrophorèse sur gel de polyacrylamide pour approximer leur taille. Les GG contribuent à la structure des tissus et influencent les processus de signalisation via l’interaction électrostatique avec les protéines. La longueur du polymère GAG contribue à leur affinité de liaison pour les ligands apparentés.

Résumé

Les glycosaminoglycanes sulfatés (GAG) tels que le sulfate d’héparane (HS) et le sulfate de chondroïtine (CS) sont omniprésents dans les organismes vivants et jouent un rôle essentiel dans une variété de structures et de processus biologiques de base. En tant que polymères, les GAG existent sous la forme d’un mélange polydispersé contenant des chaînes de polysaccharides pouvant aller de 4000 Da à plus de 40 000 Da. Au sein de ces chaînes existent des domaines de sulfatation, conférant un modèle de charge négative qui facilite l’interaction avec les résidus chargés positivement de ligands protéiques apparentés. Les domaines sulfatés des GAG doivent être d’une longueur suffisante pour permettre ces interactions électrostatiques. Pour comprendre la fonction des GG dans les tissus biologiques, l’investigateur doit être en mesure d’isoler, de purifier et de mesurer la taille des GG. Ce rapport décrit une technique pratique et polyvalente basée sur l’électrophorèse sur gel de polyacrylamide qui peut être exploitée pour résoudre des différences de taille relativement faibles entre les GAN isolés à partir d’une variété de types de tissus biologiques.

Introduction

Les glycosaminoglycanes (GAG) sont une famille diversifiée de polysaccharides linéaires qui sont un élément omniprésent dans les organismes vivants et contribuent à de nombreux processus physiologiques de base1. Les GIG tels que le sulfate d’héparane (HS) et le sulfate de chondroïtine (CS) peuvent être sulfatés à des positions distinctes le long de la chaîne polysaccharidique, conférant des domaines géographiques de charge négative. Ces GAG, lorsqu’ils sont attachés à des protéines de surface cellulaire connues sous le nom de protéoglycanes, se projettent dans l’espace extracellulaire et se lient à des ligands apparentés, permettant la régulati....

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Protocole

Tous les échantillons biologiques analysés dans le cadre de ce protocole ont été obtenus sur des souris, selon des protocoles approuvés par le Comité institutionnel de soins et d’utilisation des animaux de l’Université du Colorado.

1. Isolement du sulfate d’héparane

  1. Délipidation d’échantillons de tissus
    REMARQUE: La délipidation est une étape facultative pour les tissus riches en graisse.
    1. Faire un mélange 1:1 de méthanol et de dichlorométhane. Préparer environ 500 μL par échantillon; de plus gros morceaux de tissu peuvent nécessiter jusqu’à 1 mL.
    2. Placez chaque échantillon de tissu dans un pet....

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Résultats

Le bleu Alcian est utilisé pour colorer les GAG sulfatés 10; ce signal est amplifié par l’utilisation d’une tache d’argent ultérieure 11. La figure 1 présente une démonstration visuelle du processus de développement de la coloration à l’argent. Comme démontré, le signal bleu Alcian représentant les GAN séparés par électrophorèse est amplifié lorsque l’agent en développement pénètre dans le gel de polyacrylamide. En règle générale, le processus .......

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Discussion

Les GG jouent un rôle central dans de nombreux processus biologiques divers. L’une des principales fonctions des GAN sulfatés (tels que HS et CS) est d’interagir avec les ligands et de s’y lier, ce qui peut modifier les fonctions de signalisation en aval. Un déterminant important de l’affinité de liaison GAG aux ligands apparentés est la longueur de la chaîne polymère GAG 8,9,14. Pour cette raison, il est important que les cherc.......

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Déclarations de divulgation

Les auteurs déclarent qu’ils n’ont pas d’intérêts financiers concurrents.

Remerciements

Ce travail a été financé par F31 HL143873-01 (WBL), R01 HL125371 (RJL et EPS)

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Matériaux

Liste des matériaux utilisés dans cet article
NomEntrepriseNuméro de catalogueCommentaires
Accuspin Micro17 microcentrifugeuse de paillassethermoFisher Scientific13-100-675Toute combinaison microcentrifuge/rotor de paillasse capable de 14000 xG est appropriée
Acrylamide (solide)thermoFisher ScientificBP170-100Grade d’électrophorèse
Actinase ESigma AldrichP5147Mélange de protéase de S. griseus
Alcian Blue 8GX (solide)thermoFisher Scientificd’ammonium
(solide)thermoFisher ScientificA639-500Biologie moléculaire
Hydroxyde d’ammonium (liquide)thermoFisher ScientificA669S-500certifié ACS
Persulfate d’ammonium (solide)thermoFisher ScientificBP179-25
Eau Barnstead GenPure Pro Système de purificationThermoFisher Scientific10-451-217PKGTout système de déionisation/purification de l’eau est un substitut acceptable
Acide borique (solide)thermoFisher ScientificA73-500Qualité de biologie moléculaire
Bleu de bromphénol (solide)thermoFisher ScientificB392-5
Acétate de calcium (solide)ThermoFisher Scientific18-609-432Chlorure
calcium (solide)ThermoFisher ScientificAC349610250de qualité biologie moléculaire
(3-((3-cholamidopropyl)dimethylammonio)-1-propanesulfonate)ThermoFisherScientific28299
Chondroïtinase ABCSigma AldrichC3667
Cassette vide Criterion pour PAGE (1,0 mm d’épaisseur, 12+2 puits)Bio-Rad3459901 N’importequel système de cassette de coulée PAGE de 1,0 mm d’épaisseur suffira
Système de cellules Criterion PAGE (pile et alimentation)Bio-Rad1656019tout système PAGE vertical comparable fonctionnera)
Dichlorométhane (liquide)thermoFisher ScientificAC610931000certifié ACS
EDTA sel disodique (solide)thermoFisher Scientific02-002-786Moléculaire qualité biologique
Acide acétique glacial (liquide)thermoFisher ScientificA35-500Certifié ACS
Glycine (solide)thermoFisher ScientificG48-500Électrophorèse
grade Héparanase I/IIISigma AldrichH3917À partir de Flavobacterium heparinum
Décasaccharide dérivé de l’héparine (dp10)galen scientificHO10
Hexasaccharde dérivé de l’héparine (dp6)Galen scientificHO06
Oligosaccharide dérivé de l’héparine (dp20)Galen scientificHO20
Acide chlorhydrique (liquide)thermoFisher ScientificA466-250
LyophilizerLabconco7752020Tout lyophilisateur pouvant atteindre -40C et 0,135 Torr fonctionnera ; peut également être remplacé par un concentrateur sous vide rotatif
Méthanol (liquide)thermoFisher ScientificA412-500Certifié ACS
Molecular Imager Gel Doc XR SystemBio-Rad170-8170Tout système d’imagerie en gel comparable est un substitut acceptable
N,N'-méthylène-bis-acrylamide (solide)thermoFisher ScientificBP171-25Grade d’électrophorèse
Rouge de phénol (solide)thermoFisher ScientificP74-10Acide libre
Q Mini H Colonne d’échange d’ionsVivapureVS-IX01QH24La colonne d’échange d’ions doit avoir un volume de charge minimum de 0,4 ml, un pH de travail de 2-12 et une sélectivité pour les groupes ioniques avec un pKa de 11 Nitrate d’argent
(solide)thermoFisher ScientificS181-25certifié ACS
Acétate de sodium (solide)ThermoFisher ScientificS210-500Qualité biologie moléculaire
Chlorure de sodium (solide)thermoFisher ScientificS271-500Qualité de biologie moléculaire
Hydroxyde de sodium (solide)thermoFisher ScientificS392-212
Saccharose (solide)thermoFisher ScientificBP220-1Qualité de biologie moléculaire
TEMED (N,N,N',N'-tétraméthylènediamine)thermoFisher ScientificBP150-20Électrophorèse
à base Tris (solide)thermoFisher ScientificBP152-500de qualité biologie moléculaire
0,5 ml, 3000 Da seuil de coupure du poids moléculaireAmiconUFC500324Des unités de filtrage de plus grand volume peuvent être utilisées, en fonction de la taille de l’échantillon.
Urée (solide)ThermoFisher Scientific29700
Vacufuge PlusEppendorf22820001 N’importequel concentrateur sous vide rotatif fonctionnera ; peut être remplacé par un lyophilisateur
Unité de filtre sous vide, à usage unique, 0,22 uM pore PES, volume de 500 mlthermoFisher Scientific569-0020Volumes alternatifs et matériaux filtrants acceptables
AC400460100 Acétate de Détergent CHAPS Filtres Ultra centrifuges ,

Références

  1. LaRivière, W. B., Schmidt, E. P. The pulmonary endothelial glycocalyx in ARDS: A critical role for heparan sulfate. Current Topics in Membrane. 82, 33-52 (2018).
  2. Haeger, S. M., Yang, Y., Schmidt, E. P. Heparan ....

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