Le développement, la fonction et la régénération des organes dépendent des cellules souches, qui résident dans des espaces anatomiques discrets appelés niches de cellules souches. L’incisive de souris à croissance continue fournit un excellent modèle pour étudier les cellules souches spécifiques aux tissus. Les cellules souches spécifiques du tissu épithélial de l’incisive sont situées à l’extrémité proximale de la dent dans une niche appelée boucle cervicale. Ils fournissent un afflux continu de cellules pour contrebalancer l’abrasion constante de la pointe auto-affûtante de la dent. Un protocole détaillé pour l’isolement et la culture de l’extrémité proximale de l’incisive de souris qui abrite les cellules souches et leur niche est présenté ici. Il s’agit d’un protocole modifié de culture d’organes de type Trowell qui permet la culture in vitro de morceaux de tissus (explants), ainsi que les tranches de tissu épaisses à l’interface liquide/air sur un filtre soutenu par une grille métallique. Le protocole de culture d’organes décrit ici permet des manipulations tissulaires impossibles in vivo et, lorsqu’il est combiné à l’utilisation d’un ou de plusieurs rapporteurs fluorescents, il fournit une plate-forme pour l’identification et le suivi de populations cellulaires discrètes dans les tissus vivants au fil du temps, y compris les cellules souches. Diverses molécules régulatrices et composés pharmacologiques peuvent être testés dans ce système pour leur effet sur les cellules souches et leurs niches. Cela fournit en fin de compte un outil précieux pour étudier la régulation et le maintien des cellules souches.