Détection de l’anticorps du domaine de liaison au récepteur du SARS-CoV-2 à l’aide d’un biorapporteur basé sur HiBiT

Résumé

Le protocole décrit la procédure de production du complexe protéique du domaine de liaison au récepteur HiBiT et son application pour la détection rapide et sensible des anticorps anti-SARS-CoV-2.

Résumé

L’émergence de la pandémie de COVID-19 a accru le besoin de meilleures méthodes de détection sérologique pour déterminer l’impact épidémiologique du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2). Le nombre croissant d’infections par le SRAS-CoV-2 soulève la nécessité de meilleurs tests de détection des anticorps. Les méthodes actuelles de détection des anticorps compromettent la sensibilité pour la vitesse ou sont sensibles mais prennent beaucoup de temps. Une grande partie des anticorps neutralisant le SRAS-CoV-2 ciblent le domaine de liaison aux récepteurs (RBD), l’un des principaux compartiments immunogènes du SARS-CoV-2. Nous avons récemment conçu et développé un RBD (NanoLuc HiBiT-RBD) hautement sensible et marqué au bioluminescent pour détecter les anticorps du SRAS-CoV-2. Le texte suivant décrit la procédure à suivre pour produire le complexe HiBiT-RBD et un test rapide pour évaluer la présence d’anticorps ciblant rbD à l’aide de cet outil. En raison de la durabilité du produit protéique HiBiT-RBD sur une large plage de températures et de la procédure expérimentale plus courte qui peut être achevée en 1 h, le protocole peut être considéré comme une alternative plus efficace pour détecter les anticorps du SRAS-CoV-2 dans les échantillons de sérum des patients.

Introduction

L’émergence récente d’un nouveau coronavirus, le SRAS-CoV21, a causé plus de 2 800 000 décès et 128 millions d’infections au ^{30 mars} 20212. En raison de l’absence d’une procédure de traitement fiable et bien établie pour les thérapies cliniques du SRAS-CoV-2, de nombreux efforts ont été déployés pour limiter la transmission virale et, plus important encore, pour développer un traitement efficace et robuste ou un ^vaccin3. À ce jour, plus de 50 candidats vaccins contre la COVID-19 font l’objet d’essais rapportés par l’Organisation mondiale de la ^Santé4. La détection d’anticorps contre le SARS-CoV-2 est d’une importance capitale pour déterminer la stabilité à long terme de la réponse humorale lors de l’administration du vaccin ainsi que chez les patients guéris de la COVID-195. Certaines études ont démontré qu’il est possible que les patients guéris du SRAS-CoV-2 perdent la plupart des anticorps de liaison à la RBD après 1 ^an5,6,7,8,9. Des recherches plus approfondies sont nécessaires pour mieux comprendre l’immunité durable, et des plates-formes de détection d’anticorps plus sensibles peuvent aider à poursuivre ces travaux. Les rapports sur l’immunité soutenue des infections légères par le SRAS-CoV-2, qui suggèrent des réponses anticorps à long terme, constituent également un domaine d’étude intéressant et utile. Une méthode de détection rapide et précise est essentielle pour surveiller les anticorps dans le sérum des individus afin de fournir plus d’informations sur l’immunité dans la population.

Comme d’autres coronavirus, le SARS-CoV-2 utilise la glycoprotéine de pointe saillante pour se lier à l’enzyme de conversion de l’angiotensine-2 (ACE2) afin d’initier une cascade d’événements qui conduisent à la fusion des membranes virale et ^{cellulaire6,7}. Plusieurs études ont récemment prouvé que la RBD de la protéine Spike joue un rôle crucial dans l’obtention d’une réponse anticorps puissante et spécifique contre le SARS-CoV28,9,10,11. En particulier, les corrélations observées par Premkumar et coll. entre le titre d’anticorps liant la RBD et la puissance de neutralisation du plasma des patients par le SRAS-CoV-2 sont compatibles avec le fait que la RBD est un compartiment immunogène de la structure du ^virus9. Dans cet esprit, de nombreux tests diagnostiques disponibles pour la détection des anticorps sars-CoV-2 sont longs et coûteux, nécessitent une longue procédure d’incubation et de lavage (test immuno-enzymatique [ELISA]), ou manquent de sensibilité et de précision (test immunologique à flux latéral [LFIA])¹². Par conséquent, une méthode sérologique complémentaire quantitative et rapide de détection des anticorps dérivés de la COVID-19 avec une sensibilité élevée, une réponse rapide et un coût relativement faible répondrait au besoin d’un test sérologique fiable pour la surveillance épidémiologique du SRAS-CoV-2.

Collectivement, les limites des essais sérologiques actuels ont incité à étudier le système de déclaration bioluminescente en tant qu’agent de diagnostic potentiel dans les futures enquêtes sérologiques. La bioluminescence est une réaction enzyme/substrat naturelle, avec émission de lumière. La nanoluc luciférase est la plus petite (19 kDa), mais le système le plus brillant par rapport à Renilla et à la luciole luciférase (36 kDa et 61 kDa, respectivement)^13,14. En outre, Nanoluc a le rapport signal / bruit le plus élevé et la stabilité parmi les systèmes mentionnés précédemment. L’intensité de signal élevée de Nanoluc prend en charge la détection de très faibles quantités de fusions ^{rapporteures15}. Nanoluc Binary Technology (NanoBiT) est une version divisée du système Nanoluc, qui est composé de deux segments: petit BiT (11 acides aminés; SmBiT) et grand BiT (LgBiT) avec des interactions d’affinité relativement faible (_KD = 190 μM) pour former un complexe ^{luminescent16}. NanoBiT est largement utilisé dans diverses études impliquant l’identification des interactions protéine-protéine15,17,18,19 et des voies de signalisation ^{cellulaire11,20,21}.

Récemment, un autre petit peptide avec une affinité nettement plus élevée pour LgBiT (_KD = 0,7 nM) a été introduit, à savoir le système HiBiT Nano-Glo, à la place de SmBiT. La haute affinité et le signal fort du test Nano-Glo « add-mix-read » font de HiBiT une étiquette peptidique luminescente quantitative appropriée. Dans cette approche, la balise HiBiT est ajoutée à la protéine cible en développant une construction imposant une interférence structurelle minimale. La fusion de la protéine HiBiT se lierait activement à la contrepartie LgBiT, produisant une enzyme luciférase hautement active pour générer une bioluminescence détectable en présence de réactifs de détection (Figure 1). De même, nous avons développé un système basé sur HiBiT Nano-Glo pour mesurer facilement le titre d’anticorps neutralisants dans le sérum des individus guéris du SRAS-CoV-2 et avons récemment développé un RBD SARS-CoV-2 marqué HiBiT. Cet article décrit le protocole de production du biorapporteur HiBiT-RBD à l’aide de procédures et d’équipements de laboratoire standard, et montre comment ce biorapporteur peut être utilisé dans un test rapide et efficace pour détecter les anticorps ciblant le SARS-CoV-2 RBD.

Protocole

REMARQUE: Le protocole décrit ci-dessous adhère à toutes les directives d’éthique conformément au code de protocole 20200371-01H.

1. Production et évaluation du bioreporter HiBiT-RBD

1. Produire une quantité suffisante de bioreporter HiBiT-RBD
   1. Se préparer à la culture cellulaire
      1. Préparer le milieu Eagle modifié (DMEM) complet de Dulbecco contenant 10 % de sérum fœtal bovin et 1 % de pénicilline/streptomycine. Ensuite, réchauffez le média dans un bain-marie à 37 °C.
      2. Allumez l’armoire de sécurité biologique (ESB) et utilisez de l’éthanol à 70 % v/v pour stériliser la surface de l’armoire.
   2. Cultivez la lignée cellulaire.
      1. Retirez la lignée cellulaire de -80 °C ou de l’azote liquide et décongelez-la dans un bain-marie à 37 °C.
         REMARQUE: Une lignée cellulaire appropriée est facile à maintenir en culture, a une efficacité de transfection élevée et convient à la production de protéines exogènes. Rein embryonnaire humain, cellules HEK293 ont été utilisés pour ce protocole.
      2. Mélanger les cellules décongelées avec au moins 10 mL de milieu complet, pipeter la suspension cellulaire dans une boîte de Petri de 10 cm et faire tourbillonner la plaque pour répartir uniformément les cellules dans la boîte. Placez le plat dans un incubateur de culture cellulaire à 37 °C, 5 % de _CO2 et 85 à 95 % d’humidité.
      3. Observez les cellules au microscope jusqu’à ce que le niveau de confluence atteigne 80-90%. À haute confluence, retirez le milieu, lavez les cellules avec une solution saline chaude tamponnée au phosphate (PBS) et ajoutez 1 mL d’acide tétraacétique à 0,25 % de trypsine-éthylènediamine pour détacher les cellules de la surface.
         REMARQUE: Les cellules HEK293 se détachent assez facilement. Par conséquent, l’étape de lavage doit être effectuée très doucement pour éviter le détachement accidentel et la perte de cellules.
      4. Après environ 5 minutes, regardez les cellules au microscope. Si toutes les cellules flottent, ajoutez au moins 4 mL de milieu et transférez la suspension cellulaire dans un nouveau tube stérile. Comptez les cellules à l’aide d’un hémocytomètre et ajoutez 1 × ¹⁰⁶ cellules dans chaque puits d’une plaque de 6 puits pour la transfection.
         REMARQUE: Après 24 h, les cellules doivent être à 80% ou plus de confluent.
   3. Transfection du plasmide HiBiT-RBD
      1. Utilisez 1 μg du plasmide d’expression HiBiT-RBD avec un réactif de transfection approprié. Incuber pendant 10-15 min à température ambiante, puis ajouter le volume total à chaque puits de la plaque, en forme de goutte.
         REMARQUE: Suivez le protocole de transfection du fabricant. Dans ce cas, un mélange (une quantité spécifiée) du réactif de transfection avec du DMEM a été ajouté au plasmide dilué (1 μg) dans le DMEM (voir le tableau des matériaux). Utiliser un marqueur contenant (p. ex. protéine fluorescente verte [GFP]) du plasmide comme témoin pour surveiller l’efficacité de la transfection.
      2. Le lendemain, remplacer le milieu contenant le mélange de transfection par un milieu complet. Observez bien le contrôle de la transfection 48 h après la transfection.
         REMARQUE: Si la transfection a été positive et efficace (plus de 80% GFP-positif), les cellules doivent être prêtes pour la récolte du biorapporteur HiBiT-RBD. La construction contient également His-tag, qui peut être utilisé pour obtenir une protéine purifiée à la place du surnageant total.
      3. Recueillir le surnageant dans des microtubes de 1,5 mL. Ajouter 500 μL de 1x tampon de lyse passive (PLB) aux cellules; incuber et agiter la plaque pendant 15 min à température ambiante pour la lyse cellulaire.
         REMARQUE: Le surnageant et la solution de lysat peuvent être conservés à -20 °C avec une perte d’intégrité mineure pendant au moins 6 mois. Selon Azad et ^al.22, le rapporteur est stable à une large plage de pH (4-12) et de température (4-42 °C).
2. Évaluation du signal luminescent du bioreporter par dosage de la luciférase
   1. Préparation des composants de la réaction
      1. Utilisez le surnageant comme source du biorapporteur.
         REMARQUE: Le surnageant et le lysat contiennent tous deux le biorapporteur HiBiT-RBD et peuvent être utilisés pour le test. Cependant, le surnageant est recommandé comme source pour des raisons expliquées dans les notes suivantes.
      2. Diluer le LgBiT et le substrat à 1x avant utilisation (la concentration en stock est de 100x).
         REMARQUE: Voir le tableau des matériaux pour plus de détails sur le LgBiT.
   2. Dosage de la luciférase
      1. Transférer 50 μL du surnageant de chaque puits ou tube vers une plaque de 96 puits et ajouter 50 μL de 1x LgBiT à chaque puits. Incuber pendant 5 min à température ambiante.
      2. Ouvrez le logiciel du luminomètre, ajoutez 50 μL de substrat 1x (furimazine) à chaque puits, placez la plaque dans le luminomètre et exécutez le logiciel.
         REMARQUE: Ajouter le substrat immédiatement avant de lire la plaque pour éviter la consommation du substrat par les enzymes actives avant la mesure du signal.

2. Détection des anticorps anti-RBD avec un test rapide et sensible

1. Test de détection d’anticorps HiBiT-RBD
   1. Préparez le biorapporteur HiBiT-RBD comme décrit à la section 1.1 du protocole.
      NOTE : Il est recommandé d’utiliser le surnageant pour le test suivant car il est plus simple à collecter et contient la version glycosylée mature de la protéine. De plus, le lysat contient plusieurs autres protéines qui pourraient interférer avec l’interaction HiBiT-RBD-anticorps.
   2. Combiner 50 μL du surnageant contenant du HiBiT-RBD avec 1 μg de l’anticorps commercial SARS-CoV-2-RBD dans un microtube de 1,5 mL. Ajouter 20 μL de protéine de liaison aux immunoglobulines (protéine G) à la solution. Augmentez le volume total à 300 μL en ajoutant PBS.
      REMARQUE: Le volume total du mélange peut être réduit à 150 μL. Des volumes totaux plus faibles ne sont pas recommandés car cela pourrait entraîner un mélange inadéquat d’anticorps avec le biorapporteur.
   3. Incuber le(s) tube(s) sur un agitateur à tube ou un rotateur pendant 30 min. Centrifuger à 12 000 × g pendant 30 s, jeter le surnageant et laver avec du PBS. Répétez le processus trois fois pour supprimer HiBiT-RBD libre. Remettre en suspension dans 50 μL de PBS et transférer sur une plaque de 96 puits.
   4. Ajouter 50 μL de 1x LgBiT et attendre 5 min. Ensuite, ajoutez 50 μL de 1x substrat NanoLuc. Lisez immédiatement le signal luminescent avec un luminomètre.

3. Détection à haut débit des anticorps spécifiques du SARS-CoV-2 à partir d’échantillons de sérum de patients

1. Préparez de plus grandes quantités du biorapporteur HiBiT-RBD pour un test à haut débit en suivant la section 1.1 du protocole.
2. Combiner 20 μL de protéine magnétique G avec 50 μL du surnageant HiBiT-RBD dans un puits de plaque de 96 puits pour chaque échantillon. Ajouter 10 μL de l’échantillon de sérum à chaque puits et porter le volume total à 150 μL en ajoutant du PBS.
   REMARQUE : Utiliser à la fois des IgG non spécifiques (témoin négatif) et des anticorps neutralisants contre le SRAS-CoV-2 (témoin positif) à une concentration de 1 μg/mL, comme décrit à l’étape 2.1.2. De plus, des échantillons de sérum de souris vaccinées peuvent également être évalués pour les anticorps. Dans le cadre de ce test, des échantillons de sérum ont été prélevés au Campus général de l’Hôpital d’Ottawa selon une procédure approuvée et avec le consentement éclairé de personnes.
3. Incuber pendant 30 min sur un shaker à température ambiante. Placez la plaque sur une rondelle magnétique pour précipiter le complexe protéine G-anticorps.
   REMARQUE: La structure spécifique de la laveuse magnétique précipitera le complexe sur les parois latérales de chaque puits.
4. Jetez la solution dans la section centrale de chaque puits et ajoutez PBS pour le lavage. Répétez l’étape de lavage au moins trois fois pour éliminer l’excès de HiBiT-RBD. Ajouter 50 μL de 1x PBS et 50 μL de 1x LgBiT. Incuber pendant au moins 5 min à température ambiante.
5. Préparez le logiciel du luminomètre, puis ajoutez 50 μL de substrat 1x. Placez la plaque dans la machine, exécutez le logiciel et enregistrez les signaux. Comparez les signaux des échantillons de sérum, des échantillons témoins et du fond (puits vides).

Résultats

Les signaux provenant à la fois du lysat cellulaire contenant du HiBit-RBD et du surnageant des cellules transfectées ont été enregistrés (Figure 2) pour évaluer la source de protéines appropriée. HiBiT-RBD et LgBit ont été utilisés séparément comme contrôles, et les données ont montré un faible arrière-plan par rapport à un signal fort lorsque les deux parties ont été combinées. Par conséquent, l’interaction HiBiT-RBD avec LgBiT est nécessaire pour générer une enzyme active pour la digestio...

Discussion

Le nombre croissant de personnes infectées par le SARS-CoV-2 et les efforts continus pour la vaccination mondiale nécessitent des tests sérologiques sensibles et rapides qui peuvent être utilisés dans les enquêtes sérologiques à grande échelle. Des recherches récentes montrent que les biorapporteurs à base de nanoluciférase fractionnée peuvent être utilisés pour développer de tels tests. Nous avons récemment développé le biorapporteur HiBiT-RBD pour concevoir un test qui peut être utilisé pour détecter rapidement et de m...

Matériaux

Liste des matériaux utilisés dans cet article

Nom	Entreprise	Numéro de catalogue	Commentaires
5x Tampon de lyse passive	Promega	E194A	30 mL
Bio-Plex Rondelle magnétique portable	Bio-Rad	171020100
DMEM	Sigma	D6429-500ml
Dual-Glo luciférase Assay System	Promega	E2940	100 mL kit
Sérum de veau fœtal (FBS)	Sigma	F1051
HiBiT-RBD Plasmide			gacggatcgggagatctcccgatcctatggt gcactctcagtacaatctgctctgatgccgcata gttaagccagtatctgctccctctgtgtgtgtgtgt aggtcgctgagtagtgcgcgagcaaaattta agctacaacaaggcaaggcaaggcttgaccgacaa ttgcatgaagaatctgcttagggttaggcgtttttg cgctgcttgtacgggccagatatacgc gttgacattgattgactagttattaatagt aatcaattacggggtcatttcatagcccat atatggagttccgttacataacttacggtaa atggcccgcgcctggctgaccgcccaacgaccc ccgcattgacgtcaataatgacgtcatccc atagtaacgccaatagggactttccattgacgtc aatgggtggagtatttacggtaaactgcccact tggcagtacatcaagtgtatcatatgccaagta cgcccctattgacgtcaatgacggtaaatgg cccgcctggcattatgcccagtacatgaccttat gggactttcctacttggcagtacatctacgtat tagtcatcgctattaccatggtgatgcggtttt ggcagtacatcaatgggtg actcacggggatttccaagtctccaccaccattg acgtcaatgggagtttcaccaaaatc aacgggactttccaaaatgtcgtactaacaactccg ccccattgacgcaaatgggcggtaggcgtgta cggtgaggttatataagcagagctctgg ctaactagagaacccactgcttactggtttttatcg aaattaatacgactcactatagcactatagggagacccaa gctggctagcgtttaaacttaagcttggtaccga gctcggatccgccaccATGGAGACAGA CACACTCCTGCTATGGGTACTGC 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LgBiT	Promega	N3030
pénicilline Streptomycin	Thermo Fisher Scientific
Perce Protein G Perce Perce	Magnétique Thermo Fisher Scientific	88848
PolyJet In Vitro DNA Transfection Réactif	Signagen	SL100688.5
SARS-CoV-2 (2019-nCoV) Spike Neutralisant l’anticorps, souris Mab	SinoBiological	40592-MM57
Synergy Mx Lecteur de microplaques	BioTek		Luminaire à 96 puits
Trypsine-EDTA	Thermo Fisher Scientific	2520056	0,25 %