La moelle osseuse (BM) est le tissu mou présent dans les os où se produit principalement l’hématopoïèse, le processus par lequel de nouvelles cellules sanguines sont générées. En tant que tel, il contient des cellules souches et progénitrices hématopoïétiques (HSPC), ainsi que des cellules stromales de soutien qui contribuent au maintien et à la régulation des HSPC. Les troubles hématologiques et autres troubles de la BM perturbent l’hématopoïèse en affectant directement les cellules hématopoïétiques et / ou par l’altération de la niche BM. Ici, nous décrivons une méthode pour étudier l’hématopoïèse dans la santé et la malignité par l’analyse phénotypique des HSPC BM murins et des populations de niche stromale par cytométrie de flux. Notre méthode détaille les étapes requises pour enrichir les cellules BM en fractions BM endostéales et centrales, ainsi que les stratégies de contrôle appropriées pour identifier les deux principaux types de cellules de niche impliquées dans la régulation HSPC, les cellules endothéliales et les cellules souches mésenchymateuses. L’analyse phénotypique proposée ici peut être combinée avec des mutants murins, des modèles de maladie et des tests fonctionnels pour caractériser le compartiment HSPC et sa niche.