Nous avons testé les routines sur les réponses de forme d’onde ABR à une série de clics, en commençant à 75 dB et en diminuant par incréments de 5 dB à 5 dB. Ces données ont été obtenues comme décrit précédemment19. Nous avons également testé l’outil sur les données de pip de tonalité et obtenu des résultats similaires. Les données ABR de la plupart des systèmes ABR peuvent être exportées sous forme de fichiers .txt (ASCII). Nous avons chargé les fichiers ABR ASCII sur un ordinateur et les avons ouverts dans RStudio comme décrit dans le protocole. Après avoir exécuté la routine FindPeaks.R sous forme de lots, nous avons obtenu des échantillons de formes d’onde avec étiquetage automatisé (Figure 1) et un fichier .csv avec les résultats. Les résultats ont été examinés pour éliminer les pics non pertinents. Pour valider l’étiquetage automatisé, nous avons également utilisé la capacité du programme ABR pour étiqueter manuellement les cinq premiers pics et creux sur chaque forme d’onde obtenue avec la série de clics décrite ci-dessus. L’expérimentateur effectuant cette tâche avait 2 ans d’expérience dans l’enregistrement et l’analyse des données ABR. La figure 2 montre cette comparaison, avec les données automatisées de FindPeaks.R en rouge et les données obtenues manuellement en noir. Chaque trace représente les données d’une seule souris. La moyenne pour les deux méthodes avec un écart-type est également affichée. Les résultats obtenus par FindPeaks.R sont fortement corrélés avec les résultats obtenus manuellement (voir figure supplémentaire S4).

Figure 1 : Réponse représentative de la forme d’onde à un stimulus de clic de 75 dB pour une jeune souris F1. La latence en millisecondes est tracée sur l’axe des abscisses, et l’amplitude en microvolts est tracée sur l’axe des y. Les pics ont été automatiquement identifiés avec FindPeaks.R et sont étiquetés en rouge, tandis que les creux sont étiquetés en bleu. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 2: Comparaison des données obtenues à partir des pics identifiés manuellement aux données fournies par l’analyse FindPeaks.R. (A,C,E,G,I) Les amplitudes en microvolts et les latences (B,D,F,H,J) en millisecondes sont tracées pour des niveaux sonores compris entre 5 dB et 75 dB (axe x, tous les graphiques) pour les pics I-V dans les formes d’onde obtenues pour les stimuli de clic présentés à 12 souris. Les valeurs obtenues manuellement (noir) sont comparées aux mêmes jeux de données analysés avec FindPeaks.R (rouge). Les moyennes sont tracées sous forme de lignes lourdes, la région ombrée représentant un écart-type. Aucune différence n’a été observée entre les méthodes lorsqu’elles ont été évaluées avec le test de somme des rangs de Kruskal-Wallis (A, différence = 0,0547977 ± 0,0010028, max = 0,96, p = 0,9216; B, différence = −0,0001734 ± 0,0001214, max = 0,04, p = 0,8289; C, différence = −0,0212209 ± 0,0006806, max = 0,92, p = 0,9687; D, différence = −0,0011047 ± 0,0001556, max = 0,06, p = 0,771; E, différence = −0,0323077 ± 0,0006169, max = 0,66, p = 0,899; F, différence = −0,0072189 ± 0,0001460, max = 0,04, p = 0,8644; G, différence = 0,201754 ± 0,0007407, max = 0,64, p = 0,9312; H, différence = −0,0007018 ± 0,0001717, max = 0,09, p = 0,8013; I, différence = 0,0347561 ± 0,0007343, max = 1,05, p = 0,8856; J, différence = −0,0078049 ± 0,0002762, max = 0,16, p = 0,886), et les résultats étaient fortement corrélés (valeurs du chi carré : A, 0,009696 ; B, 0,046684; C, 0,0015395; D, 0,084742; E, 0,016102; F, 0,029153; G, 0,0074604; H, 0,063322; I, 0,020699; J, 0,020544; les différences présentées sous forme de moyenne ± SEM; max = différence maximale absolue). Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.
Figure supplémentaire S1 : Analyse avec FindPeaks.R. (A) Sélection du répertoire de travail (voir l’étape 3.2 du protocole) ; (B) chargement du programme (voir l’étape 3.3 du protocole). Veuillez cliquer ici pour télécharger ce fichier.
Figure supplémentaire S2 : Sortie du script et commandes pour l’analyse des formes d’onde. Commandes pour (A) les fichiers individuels et (B) le traitement par lots. (C) Fichier PDF de sortie montrant les formes d’onde avec des pics et des creux étiquetés. Voir l’étape 3.4 du protocole. Veuillez cliquer ici pour télécharger ce fichier.
Figure supplémentaire S3 : Vérification de l’analyse. (A) Chargement des données de forme d’onde (voir l’étape 4.1 du protocole). (B) Emplacement du bouton Exécuter l’application . L’exemple de fichier de données est également indiqué. (C) Fenêtre brillante avec une forme d’onde. Dans ce cas, le niveau sonore est de 75 dB, comme indiqué dans la fenêtre supérieure. Cliquez sur un pic souhaité et le creux suivant pour enregistrer les données d’amplitude et de latence dans le tableau (étape de protocole 4.6). Les données du pic 3 sont affichées. Veuillez cliquer ici pour télécharger ce fichier.
Figure supplémentaire S4: Comparaison des données individuelles obtenues à partir des pics identifiés manuellement aux données fournies par l’analyse FindPeaks.R. (A,C,E,G,I) Les amplitudes en microvolts et les latences (B, D, F, H, J) en millisecondes sont tracées pour des niveaux sonores compris entre 5 dB et 75 dB (axe x, tous les graphiques) pour les pics I-V dans les formes d’onde obtenues pour les stimuli de clic présentés à 12 souris. Chaque animal est étiqueté avec une couleur unique, comme le montre la légende. Les données obtenues avec FindPeaks.R sont étiquetées avec des couleurs unies, tandis que les données obtenues manuellement sont étiquetées avec des versions moins saturées des mêmes couleurs. Bien que les deux ensembles de données soient représentés dans cette figure, lorsqu’ils sont identiques, une seule ligne est apparente. Veuillez cliquer ici pour télécharger ce fichier.