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Le tissu adipeux brun (MTD) est un dépôt adipeux spécialisé dans la dissipation d’énergie qui peut également servir d’organe endocrinien via la sécrétion de molécules bioactives. La création de souris knockout spécifiques aux MTD est l’une des approches les plus populaires pour comprendre la contribution d’un gène d’intérêt à la régulation énergétique médiée par les MTD. La stratégie conventionnelle de ciblage génique utilisant le système Cre-LoxP a été la principale approche pour générer des souris knockout spécifiques aux tissus. Cependant, cette approche est longue et fastidieuse. Ici, nous décrivons un protocole pour l’élimination rapide et efficace d’un gène d’intérêt dans la MTD à l’aide d’un système combiné de Cre-LoxP, CRISPR-Cas9 et d’ARN monoguide (ARNg) du virus adéno-associé (AAV). La MTD interscapulaire est située dans la couche profonde entre les muscles. Ainsi, la MTD doit être exposée afin d’injecter l’AAV précisément et directement dans la MTD dans le champ visuel. Une manipulation chirurgicale appropriée est cruciale pour prévenir les dommages aux nerfs sympathiques et aux vaisseaux, tels que la veine de Sultzer qui se connecte à la MTD. Pour minimiser les lésions tissulaires, il est essentiel de comprendre l’emplacement anatomique tridimensionnel de la MTD et les compétences chirurgicales requises dans les étapes techniques. Ce protocole met en évidence les procédures techniques clés, y compris la conception d’ARNg ciblant le gène d’intérêt, la préparation de particules AAV-sgRNA et la chirurgie pour la microinjection directe d’AAV dans les deux lobes BAT pour générer des souris knockout spécifiques aux MTD, qui peuvent être largement appliquées pour étudier les fonctions biologiques des gènes dans les MTD.