Mesure de la colonisation bactérienne sur les racines d’Arabidopsis thaliana dans des conditions hydroponiques

Il existe des méthodes quantitatives et qualitatives pour détecter la colonisation de la rhizosphère par une seule souche bactérienne. Pour la méthode qualitative, il faut utiliser une souche qui exprime constitutivement la fluorescence, et la distribution et l’intensité de la fluorescence doivent être examinées à l’aide d’instruments de microscopie à fluorescence ou d’instruments confocaux laser ^1,2. Ces stratégies peuvent bien refléter la colonisation bactérienne in situ³, mais elles ne sont pas aussi précises que les méthodes traditionnelles de comptage sur plaque en matière de quantification. De plus, en raison de la limitation de l’affichage de zones racinaires partielles au microscope, elle peut parfois être influencée par un biais subjectif.

Ici, nous décrivons une méthode quantitative, qui comprend la collecte des cellules bactériennes colonisées et le comptage des UFC bactériennes sur une plaque. Cette méthode est basée sur la dilution et le placage par lesquels les souches colonisées qui ont été retirées des racines des plantes peuvent être comptées, et le nombre total de bactéries colonisées sur la racine peut être calculé ^4,5.

Tout d’abord, A. thaliana a été cultivé dans des conditions hydroponiques, puis des cellules bactériennes ont été inoculées dans la rhizosphère à une concentration finale de 0,01 OD₆₀₀. Les tissus racinaires infectés ont été récoltés 2 jours après l’inoculation et lavés dans de l’eau stérile pour éliminer les cellules bactériennes non colonisées. De plus, les cellules bactériennes colonisées sur la racine ont été recueillies, diluées dans un tampon salin tamponné au phosphate (PBS) et plaquées sur un milieu gélosé Luria-Bertani (LB). Après une incubation à 37 °C pendant 10 h, des colonies individuelles sur des plaques LB ont été comptées et normalisées pour déterminer les cellules bactériennes colonisées sur les racines.

Cette méthode est très applicable, a une bonne répétabilité et est plus adaptée à la détermination précise de la colonisation bactérienne de la rhizosphère.

1. Culture hydroponique stérile d’A. thaliana

1. Préparez les plants d’A. thaliana .
   1. Préparez le milieu de culture des semis d’A. thaliana , qui se compose de 1/2 milieu MS (Murashige et Skoog) avec 2 % (poids/vol) de saccharose et 0,9 % (poids/volume) de gélose.
   2. Verser le milieu de stérilisation préparé dans des boîtes de Pétri carrées stériles (13 cm x 13 cm) avant la solidification. Évitez le séchage à l’air pour maintenir l’humidité.
   3. Immerger les graines d’A. thaliana dans un tube de microcentrifugation de 2 mL rempli de 1 mL d’eau stérile à 4 °C pendant plus de 12 h, puis stériliser les graines avec 1 mL de NaClO à 2 % (vol/vol) pendant 2 min.
   4. Lavez soigneusement les graines avec de l’eau stérile six fois pour éliminer la solution de NaClO. Semez les graines sur des boîtes de Pétri avec un milieu gélosé MS avec une pointe stérile de 1 mL.
   5. Scellez les boîtes de Pétri avec du ruban médical respirant et placez-les verticalement dans un incubateur léger pour qu’elles poussent pendant 1 semaine. Réglez le rapport jour/nuit de l’incubateur de lumière sur 16 h/8 h, maintenez la température à 23 °C et l’humidité à 40%-60%.
2. Repiquage A. thaliana.
   1. Découpez des trous de 5 mm sur un colorateur de cellules de 40 μm et stérilisez-les.
   2. Transplantez trois plants d’A. thaliana âgés de 7 jours dans les trous d’une passoire cellulaire et placez-les dans une plaque à 6 puits contenant 3 mL de milieu liquide stérile 1/2 MS avec 0,5 % de saccharose.
   3. Placez les plaques à 6 puits dans un incubateur léger (figure 1A) et incubez pendant 10 jours.

2. Culture et inoculation de bactéries

1. Préparez une suspension bactérienne pour l’inoculation.
   1. Pour Bacillus velezensis, inoculer des cellules bactériennes dans un milieu LB stérile et incuber à 37 °C en agitant à 170 tr/min jusqu’à ce qu’il atteigne_{une OD 600} de 0,8-1,2.
   2. Prélever les cellules bactériennes par centrifugation à 6000 x g pendant 2 min et remettre les cellules en suspension dans un tampon PBS (2 mM KH,₂PO₄, 8 mM Na,₂HPO₄, 136 mM NaCl, 2,6 mM KCl). Répétez les étapes de centrifugation et de remise en suspension 3 fois pour éliminer le milieu LB et les métabolites bactériens.
   3. Mettre en suspension les cellules bactériennes dans un milieu frais 1/2 MS à une concentration finale de_{OD 600} 0,01. Inoculez les suspensions de bactéries aux plaques à 6 puits qui font pousser les semis d’A. thaliana , placez les plaques à 6 puits dans l’incubateur léger et cultivez-les pendant 2 jours.

3. Mesurer les bactéries colonisées sur les racines

1. Récoltez le tissu racinaire et mettez en plaque les cellules colonisées.
   REMARQUE : Toutes les étapes doivent être effectuées dans des conditions gnotobiotiques
   1. Pesez les tubes de 2 ml et notez le poids comme W₀.
   2. Récoltez les tissus racinaires d’A. thaliana co-cultivés et lavez-les 3 fois dans de l’eau stérile. Placez la racine sur du papier filtre pour enlever l’excès d’eau.
   3. Placez la racine dans le tube de microcentrifugation pesé, pesez les racines avec le tube et enregistrez-le en W₁.
   4. Ajoutez 1 mL de PBS dans chaque tube et agitez les tubes pendant 8 min à la vitesse maximale.
   5. Diluer les suspensions avec les cellules bactériennes colonisées par les racines collectées à 1 x ^10-1-1 x ^10-4 (selon la capacité de colonisation bactérienne). Étaler les suspensions bactériennes diluées sur des plaques contenant du milieu gélosal LB et incuber à 37 °C pendant 10 h.
2. Comptez les colonies et normalisez les données.
   1. Comptez les colonies bactériennes sur des plaques LB.
   2. Calculer les UFC en fonction de la dilution correspondante et normaliser les données avec le poids frais des racines (W_{1-W 0}). Les résultats finaux indiquent le nombre de cellules bactériennes colonisées par gramme de racine 2 jours après l’inoculation (figure 1B).

Pour tester la précision de la capacité de colonisation bactérienne détectée par cette méthode dans la rhizosphère d’A. thaliana, nous avons inoculé séparément Bacillus velezensis SQR9 WT et un mutant dérivé Δ8mcp dans la rhizosphère d’A . thaliana . Le Δ8mcp est un mutant qui n’a pas tous les gènes codant pour les chimiorécepteurs, et il a une colonisation significativement diminuée6. Nous avons mesuré leur colonisation 2 jours après l’inoculation par le test actuel de colonisation des racines. Les résultats ont montré une réduction significative de la colonisation racinaire de Δ8mcp, indiquant que cette condition et cette méthode mesurent efficacement la colonisation bactérienne (Figure 1C).

Figure 1 : Culture d’A. thaliana et colonisation racinaire de Bacillus velezensis SQR9 et Δ8mcp. (A) La vue de dessus d’A. thaliana âgée de 7 jours poussant dans des plaques à 6 puits avec un colorant cellulaire dans des conditions hydroponiques. (B) La vue latérale d’A. thaliana, âgée de 7 jours, poussant dans des plaques à 6 puits, chaque puits contenant 3 semis. (C) Colonisation de B. velezensis de type sauvage SQR9 et Δ8mcp mesurée à l’aide de l’essai présenté. Six répétitions ont été incluses, et les données sont présentées sous forme de ± moyenne SEM. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Les auteurs déclarent qu’ils n’ont aucun conflit d’intérêts avec le contenu de cet article.