Toutes les interventions sur les animaux ont été effectuées conformément au Guide sur le soin et l’utilisation des animaux d’expérimentation, qui est établi par le Conseil canadien de protection des animaux. Les expériences ont été réalisées selon un protocole approuvé par le Comité institutionnel de soin et d’utilisation des animaux du Réseau universitaire de santé à Toronto, au Canada.
1. Marquage de l’inoculation tumorale
REMARQUE : Le « Landmarking » fait référence au processus de marquage de la peau de la souris pour indiquer où les cellules tumorales doivent être injectées afin d’optimiser le placement des DSFC. Cette procédure de marquage doit être effectuée le jour même ou 1 jour avant l’inoculation. Le NOD immunodéprimé. La souris femelle Cg-Rag1tm1Mom Il2rgtm1Wjl/SzJ (NRG) a été utilisée pour ce travail.
- Anesthésier la souris à l’aide de 5 % d’isoflurane pour l’induction et de 2 % d’isoflurane pour l’entretien (débit d’oxygène réglé à 0,5 L/min). Maintenez la température corporelle en plaçant la souris sur un coussin chauffant enveloppé dans un tapis chirurgical autoclave.
- Préparez la souris à l’inoculation des cellules tumorales par rasage suivi de l’application d’une crème dépilatoire médicale. Retirez soigneusement la crème dépilatoire après 30 à 60 s à l’aide d’une serviette en papier humide et stérilisée. Appliquez un lubrifiant vétérinaire pour les yeux pour prévenir la sécheresse.
- Désinfectez la peau à l’aide d’un tampon imbibé d’alcool.
- Redressez doucement le corps de la souris et soulevez la peau le long de la colonne vertébrale de la souris. À l’aide d’un marqueur chirurgical, dessinez un seul point sur un côté de la souris au centre de la peau de la tente. Le point doit être situé à peu près au centre de la colonne thoracique de la souris.
REMARQUE : Ce sera l’emplacement souhaité de la tumeur.
2. Inoculation tumorale
REMARQUE : Dans cette étude, nous utilisons une lignée cellulaire de cancer du pancréas humain (BxPC3). D’autres lignées cellulaires peuvent également être utilisées ; Cependant, des étapes spécifiques de la culture cellulaire peuvent varier d’une lignée cellulaire à l’autre. Reportez-vous aux instructions fournies avec les cellules pour connaître les modifications apportées à la procédure ci-dessous.
- Cultiver les cellules en commençant 2 semaines avant l’inoculation à l’aide d’un milieu de culture complet (milieu Roswell Park Memorial Institute 1640 avec 10 % de sérum de veau fœtal et 1 % de pénicilline/streptomycine) dans une fiole de 75 mL à 37 °C et 5 % de CO2. Assurez-vous que les cellules sont maintenues dans la phase de croissance exponentielle.
REMARQUE : Le nombre de passages doit être limité à 10-15x et la fiole de 75 mL doit contenir environ 6 millions de cellules (~70% de confluence) au moment de l’inoculation.
- Aspirez le milieu et lavez les cellules avec 5 ml de solution saline tamponnée au phosphate (PBS) sans calcium ni magnésium.
- Ajouter 5 mL d’agent de dissociation cellulaire et incuber à 37 °C et 5 % de CO2 pendant 6 à 7 min. Confirmez que les cellules se sont détachées à l’aide d’un microscope et ajoutez 5 ml de milieu de croissance complet.
REMARQUE : Tapoter doucement le côté du flacon peut aider à détacher les cellules.
- Transférez la suspension dans un tube de centrifugation de 15 mL et centrifugez à 500 × g pendant 5 min pour granuler les cellules. Aspirez le milieu et mettez les cellules en suspension dans 5 mL de milieu de croissance complet.
- Déterminez la concentration cellulaire et le nombre total de cellules à l’aide d’un hémocytomètre.
- Centrifuger à 500 × g pendant 5 min pour granuler les cellules et aspirer le média.
- D’après le nombre total de cellules obtenu à l’étape 2.5, ajouter la quantité appropriée de milieu de croissance complet pour atteindre une concentration où
n est le nombre total de souris à inoculer. Remettez les cellules en suspension.
REMARQUE : Le nombre cible de cellules à inoculer par souris est de 250 000.
- Transvaser 1,5 mL contenant 250 000 cellules × n dans un tube de microcentrifugation de 1,5 mL. Centrifuger le tube de microcentrifugation de 1,5 ml à 500 × g pendant 5 min et aspirer le fluide.
REMARQUE : Toute suspension cellulaire excédentaire peut être conservée dans un bain d’eau chaude chauffée à 37 °C pour être utilisée pour des inoculations supplémentaires si nécessaire.
- Remettre les cellules en suspension dans 10 μL × n de PBS. Placez les cellules sur de la glace pour refroidir la suspension.
REMARQUE : Une fois que les cellules ont été refroidies sur de la glace, elles doivent être injectées dans la souris dans les 20 minutes.
- Ajouter 10 μL × n de membrane basale solubilisée à l’aide d’embouts de pipette réfrigérés. Chargez des aiguilles d’insuline réfrigérées de calibre 29 avec 20 μL de chacune des suspensions cellulaires. Gardez les seringues sur de la glace.
- Anesthésier la souris à l’aide de 5 % d’isoflurane pour l’induction et de 2 % d’isoflurane pour l’entretien (débit d’oxygène réglé à 0,5 L/min).
- Placez la souris sur un coussin chauffant enveloppé dans un tapis chirurgical stérilisé.
- Désinfectez la peau au point d’injection avec un tampon imbibé d’alcool.
- Insérez l’aiguille ~1 cm avant le point de repère et déplacez l’aiguille sous la peau jusqu’à ce qu’elle soit au point de repère. Positionnez le côté biseauté de l’aiguille vers le haut et injectez les 20 μL de suspension cellulaire.
- Attendez 45 s pour permettre à la membrane basale solubilisée de se solidifier avant de retirer la seringue.
- Retirez la souris de l’anesthésie, attendez qu’elle devienne ambulatoire et remettez-la dans sa cage avec les autres souris.
- Surveillez la tumeur quotidiennement par palpation et laissez la tumeur se développer pendant 4 semaines ou jusqu’à ce que la tumeur ait un diamètre de 4 à 8 mm. Euthanasier la souris si l’une des conditions suivantes est remplie : la taille de la tumeur dépasse 1,5 cm, tumeur ulcérée ou tout signe de maladie systémique (léthargique, perte de poids supérieure à 20 % du poids corporel normal, déambulation altérée, incapacité à réguler la température corporelle, anorexie, posture voûtée, signes visibles de douleur (expressions faciales, etc.) ou déshydratation).
3. Chirurgie de la chambre de fenêtre
REMARQUE : Le DSFC se compose de quatre pièces imprimées en 3D, comme le montre la figure 1. Les schémas de chaque pièce sont inclus dans le Dossier supplémentaire 1. Toutes les pièces sont imprimées avec une résine plastique transparente biocompatible. La chambre de la fenêtre principale se compose de trois parties (figures 1A-C) avec un anneau de repère supplémentaire (figure 1D) qui peut être fixé lors de l’imagerie IRM ou CT.

Figure 1 : Schéma de la chambre de la fenêtre du pli cutané dorsal. La chambre principale de la fenêtre contient trois parties. Tout d’abord, (A) le cadre avant est suturé sous la peau de la souris et contient une lamelle en verre fixée à l’aide d’une colle durcie aux UV. (B) Le cadre arrière est suturé au cadre avant à l’extérieur de la peau. (C) Le clip de support se fixe au bas du cadre arrière et maintient le DSFC à la verticale sur le corps de la souris. (D) L’anneau de repère contient sept « puits » où des repères peuvent être insérés. L’anneau de repère peut être fixé au cadre avant du DSFC à l’aide des trois poteaux de support. (E) L’ensemble DSFC complet avec une bague de repère est illustré. Barres d’échelle = 1 cm (A-D, en bas à gauche ; E). Abréviation : DSFC = chambre de fenêtre de pli cutané dorsal. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.
- Administrer 1 mg/kg de buprénorphine à libération prolongée de 0,6 mg/mL par voie sous-cutanée 1 à 3 h avant la chirurgie. Assurez-vous que la souris est d’une taille et d’un poids suffisants pour tolérer le DSFC sans constriction thoracique.
- Stérilisez les parties de la chambre principale de la fenêtre (figures 1A-C) dans un désinfectant liquide de haut niveau pendant 12 minutes, puis trempez-les dans de l’alcool isopropylique pendant au moins 5 minutes.
- Anesthésier la souris à l’aide de 5 % d’isoflurane pour l’induction et de 2 % d’isoflurane pour l’entretien (débit d’oxygène réglé à 0,5 L/min).
- Transférez la souris sur un tapis chirurgical stérile avec un coussin chauffant en dessous.
- Rasez la souris et appliquez une crème dépilatoire médicale si des poils sont présents. Après 30 à 60 s, retirez la crème dépilatoire à l’aide d’essuie-tout humides stériles.
- Appliquez un lubrifiant vétérinaire pour les yeux pour prévenir la sécheresse. Renouveler l’application toutes les 30 minutes ou au besoin tout au long de la chirurgie.
- Désinfectez la peau en appliquant un gommage à la povidone iodée à 7,5 % et en rinçant avec de l’alcool isopropylique à 70 %. Laissez la peau sécher à l’air libre.
- Appliquez une solution de povidone iodée à 10 % sur la peau et laissez-la sécher à l’air libre (Figure 2A).
- Remplacez le tapis chirurgical par un nouveau tapis stérilisé.
- Assurez-vous que la souris a atteint le plan chirurgical de l’anesthésie en pinçant les orteils.
- Soulevez la peau de la souris le long de la colonne vertébrale et recherchez la tumeur qui se développe sur l’un des deux plis cutanés latéraux. Placez le cadre arrière du DSFC (Figure 2B) du même côté de la peau sur lequel la tumeur se développe, en veillant à centrer la tumeur dans le cadre.
- Ajoutez trois sutures à chacun des trois trous supérieurs du DSFC et du guide chirurgical pour fixer la position du cadre arrière (Figure 2B).
- Insérez trois aiguilles dans le cadre arrière du DSFC dans les trous contenant les entretoises (Figure 2B).
REMARQUE : Il y a trois « entretoises » sur le cadre arrière du DSFC pour maintenir un espace entre les cadres avant et arrière afin de garantir que le flux sanguin n’est pas limité aux tissus à l’intérieur du DSFC. Les entretoises sont visibles sur la figure 1B.
- À l’aide d’un marqueur chirurgical, marquez les six points où les entretoises du cadre dorsal DSFC seront situées des deux côtés de la peau (points 1 à 6 de la figure 2C et D).
REMARQUE : Les aiguilles insérées doivent être utilisées comme guide pour l’emplacement précis de ces points.
- Tracez un cercle de 1 cm de diamètre pour indiquer la peau qui sera retirée du côté opposé au cadre arrière (Figure 2D).
- Retirez les aiguilles et le cadre arrière de la peau en coupant les sutures.
- Découpez le trou de 1 cm de diamètre dans la peau qui a été marqué à l’étape 3.15 à l’aide de microciseaux chirurgicaux (figure 2E).
- Placez la suture temporaire pour fixer toutes les parties de la chambre de la fenêtre à la peau. Insérez une suture à travers le point 4, à travers le trou supérieur du cadre avant du DSFC, puis à travers le point 1 sur le côté opposé de la souris (Figure 2F et étapes 1-2 de la Figure supplémentaire S1).
- Enfilez la suture dans le poteau de support supérieur du cadre arrière, puis dans le poteau de support du cadre arrière le plus proche de la tête de la souris (Figure 2F).
- Insérez la suture par le point 2. Ensuite, enfilez la suture dans le trou correspondant dans le cadre avant (figure 2G et étape 3 de la figure supplémentaire S1).
- De l’intérieur de la peau, enfilez la suture à travers le point 6 comme indiqué sur la figure 2H et les étapes 3-4 de la figure supplémentaire S1.
- Enfilez la suture à travers le point 5 comme indiqué sur la figure 2I et l’étape 4 sur la figure supplémentaire S1.
- Passez la suture à travers le cadre avant, point 3, puis à travers le cadre arrière comme indiqué sur la figure 2J et à l’étape 5 sur la figure supplémentaire S1.
- Ramenez la suture par le point 1, le cadre avant du DSFC, puis par le point 4 comme indiqué sur la figure 2K et l’étape 6 sur la figure supplémentaire S1.
- Serrez l’ensemble avec cette suture et glissez le cadre avant sous la peau à travers le trou créé à l’étape 3.17 (Figure 2L,M).
- Attachez les deux extrémités de cette suture ensemble et coupez l’excédent de ficelle.
- Effectuez des sutures permanentes à travers les trous autour du périmètre des cadres avant et arrière du DSFC. Suturez les deux cadres ensemble selon le motif illustré à la figure 2N et à la figure supplémentaire S2.
- Coupez et retirez la suture temporaire.
- Fixez le clip de support au cadre arrière du DSFC en le faisant glisser dans la saillie du cadre arrière (Figure 2O).
REMARQUE : Une image de la souris 2 semaines après la chirurgie est illustrée à la figure 2P,Q. Le clip de support est utilisé pour maintenir le DSFC à la verticale sur la souris afin de réduire la tension et l’inconfort de la peau.
- Administrer 5 mg/kg de poids corporel de méloxicam, un anti-inflammatoire non stéroïdien, par voie sous-cutanée pour réduire la douleur et l’inflammation.
- Retirez la souris de l’anesthésie, attendez qu’elle devienne ambulatoire et remettez-la dans sa cage.
- Vérifiez sur la souris 2-3 h après l’opération, puis tous les jours pendant au moins 1 semaine. Considérez le point final atteint 2 mois après la chirurgie de la chambre vitrée ou si l’une des conditions de l’étape 2.17 est remplie (selon la première éventualité).

Figure 2 : Procédure chirurgicale DSFC. (A) La souris est préparée pour la chirurgie en enlevant les poils et en désinfectant la peau. La tumeur sous-cutanée est indiquée par la flèche. (B) Le cadre arrière est placé dans la position appropriée et fixé par trois seringues ainsi que des sutures temporaires fixées au guide chirurgical noir. (C, D) L’emplacement des entretoises (points 1 à 6) et le trou sont marqués des deux côtés de la peau. (E) La peau est enlevée. (F-K) Une suture temporaire est enfilée à travers les deux couches de peau, les cadres avant et arrière du DSFC pour fixer toutes les pièces ensemble. (L,M) La suture temporaire est resserrée et le cadre avant est inséré sous la peau. (N) Huit sutures permanentes sont mises en place pour fixer le DSFC. (O) Enfin, la suture temporaire est retirée et le clip de support est fixé. (P,Q) La même souris est montrée 2 semaines après la chirurgie des deux côtés. Abréviation : DSFC = chambre de fenêtre de pli cutané dorsal. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.
4. Imagerie optique
- Laissez la souris guérir et l’inflammation diminuer pendant au moins 5 jours après la chirurgie avant l’imagerie.
- Anesthésier la souris à l’aide de 5 % d’isoflurane pour l’induction et de 2 % d’isoflurane pour l’entretien (débit d’oxygène réglé à 0,5 L/min).
- Appliquez un lubrifiant vétérinaire pour les yeux pour prévenir la sécheresse. Renouveler l’application toutes les 30 minutes ou au besoin.
- Fixez la souris dans une étape d’imagerie à l’aide d’un accessoire d’anesthésie gazeuse, comme illustré à la figure supplémentaire S3.
- Obtenez une image de microscopie à fond clair à large champ de vision (>1,5 cm de largeur). Assurez-vous que les divots de repère sur le cadre avant du DSFC sont visibles.
REMARQUE : Il y a sept divots autour du périmètre du verre sur le cadre avant qui s’alignent avec les sept puits de repère sur la fixation de l’anneau de repère de repère. Ces divots sont visibles sur la figure 1A.
- Le même jour, obtenir une image microvasculaire en utilisant la modalité de microscopie intravitale de votre choix. Pour cela, utilisez la même platine d’imagerie que celle de l’étape 4.4 (figure supplémentaire S3). Retirez la souris de l’anesthésie, attendez qu’elle devienne ambulatoire et remettez-la dans sa cage.
REMARQUE : Nous utilisons la tomographie par cohérence optique à variance de chatoiement (svOCT) pour les images microvasculaires 3D à haute résolution.
5. Imagerie par résonance magnétique
- Placez la cage de souris sous une lampe chauffante pour réchauffer les souris pendant environ 15 minutes avant d’anesthésier la souris.
REMARQUE : Le réchauffement favorise la vasodilatation, ce qui aidera à la mise en place du cathéter de la veine de la queue.
- Anesthésier la souris à l’aide de 5 % d’isoflurane pour l’induction et de 2 % d’isoflurane pour l’entretien (débit d’oxygène réglé à 0,5 L/min).
- Enregistrez le poids de la souris à l’aide d’une balance électronique pour un dosage correct du médicament.
REMARQUE : Pour des mesures précises du poids corporel, assurez-vous de soustraire le poids de l’ensemble DSFC (0.83 g).
- Placez la souris sur le lit d’IRM et appliquez un lubrifiant vétérinaire pour les yeux pour éviter le dessèchement.
- Maintenez la température corporelle de la souris à l’aide d’un chauffe-eau et d’un système de pompe.
- Placez un coussin de surveillance respiratoire sous le diaphragme de la souris et maintenez-le à 30 ± 5 respirations/min.
- Si vous utilisez un agent de contraste, insérez une aiguille papillon de 27 G dans la veine de la queue avec un microtube attaché (30 μL de volume mort prérempli d’une solution saline d’hérapine à 1 %). Fixez l’aiguille et le microtube au lit d’IRM avec du ruban chirurgical.
- Fixez la chambre de la fenêtre dans un « dispositif d’immobilisation » imprimé en 3D, comme le montre la figure 3.
- À l’aide d’une aiguille de 18 G, injectez du lubrifiant vétérinaire pour les yeux dans les sept tubes du repère IRM.
- Fixez le repère sur le DSFC en alignant les trois connecteurs carrés sur les trois montants dépassant du cadre avant (Figure 3).
- Connectez le cathéter veineux de la queue à la ligne d’administration du médicament et à la seringue dans la pompe automatique. Insérez le lit dans un scanner IRM préclinique de 7 teslas.
- Acquérez des ensembles d’images coronales et axiales pondérées en T2 (T2w) pour visualiser le plan de la chambre de fenêtre (temps d’écho TE = 25 ms ; temps de répétition TR = 2 500 ms ; champ de vision de 40 x 40 mm avec une matrice de 64 x 64 pour une résolution dans le plan de 0,5 x 0,5 mm ; épaisseur de coupe de 0,5 mm ; 25 s). Prescrire un ensemble sagittal pondéré en T2 (TE = 25 ms ; TR = 2 500 ms ; Champ de vision de 32 x 32 mm avec matrice 128 x 128 pour une résolution dans le plan de 0,25 x 0,25 mm ; au moins 11 coupes d’imagerie, épaisseur de coupe de 0,5 mm, 87 s), qui est ensuite tournée dans le plan du DSFC et des marqueurs repères, sur la base des vues coronale et axiale, comme le montre la figure 4. Réorientez et positionnez itérativement l’ensemble sagittal jusqu’à ce que les coupes d’imagerie soient complètement alignées de sorte que la tranche 5 contienne entièrement le signal tissulaire dans le DSFC et que la tranche 6 ne contienne aucun signal tissulaire dans le DSFC.
- Effectuez l’imagerie microvasculaire à l’aide de la méthode d’IRM microvasculaire de votre choix.
REMARQUE : Pour les acquisitions IRM microvasculaires, il n’est pas nécessaire d’imager les tranches du marqueur repère puisque les images sont acquises dans le même cadre de référence d’imagerie que les images de recalage T2w.- Acquérez toutes les acquisitions détaillées aux étapes 5.12 et 5.13 sur un champ de vision de 32 x 32 mm avec une matrice de 64 x 64 pour une résolution dans le plan de 0,5 x 0,5 mm. Pour toutes les acquisitions IRM, utilisez des impulsions RF cohérentes pour améliorer la cohérence géométrique à travers le plan (excitation sinc, refocalisation sinc3, bande passante de 2 484 Hz).
- Pour l’imagerie DCE :
- Si des mesures de la concentration de gadolinium sont souhaitées, obtenir des cartes T1 à l’aide d’images 2D-RARE acquises à des temps de répétition variables (TE = 7 ms ; Facteur RARE = 2 ; TR = 350, 500, 750, 1 000, 1 500, 2 500 et 4 000 ms ; 8 min 28 s).
- Réaliser des séries chronologiques d’imagerie à l’aide d’images RARE 2D (TE = 8,1 ms ; Facteur RARE = 2 ; TR = 200 ms ; angle de retournement = 90° ; résolution temporelle = 12,8 s ; 188 répétitions ; temps total de surveillance = 40 min 6 s).
- Injecter 0,75 mmol/kg de poids corporel Gadobutrol sur 10 s par la veine caudale après avoir terminé cinq répétitions d’images à l’aide d’un pousse-seringue automatisé compatible avec l’IRM.
- Pour l’IRM IVIM :
- Effectuer l’imagerie pondérée en diffusion avec les valeurs B suivantes : 0, 20, 40, 60, 80, 100, 150, 200, 400, 600, 800, 1 000 s/mm2 avec trois moyennes de B = 0 s/mm2 et un échantillonnage isotrope (TE = 16 ms ; TR = 800 ms ; durée du gradient = 2,2 ms ; séparation de gradient = 9 ms ; 61 min).
REMARQUE : L’imagerie pondérée en diffusion est acquise à l’aide d’une lecture par transformée de Fourier 2D, plutôt qu’à l’aide d’une imagerie écho-planaire sujette à la distorsion, afin d’assurer la cohérence géométrique de la tumeur et des signaux tissulaires environnants au sein du DSFC à travers les ensembles d’images et avec les images de microscopie intravitale.
- Retirez la souris de l’anesthésie, attendez qu’elle devienne ambulatoire et remettez-la dans sa cage.

Figure 3 : Configuration de l’imagerie IRM DSFC. (A) Vues latérales et (B) vues de dessus de la souris positionnée sur le lit IRM avec DSFC fixé et immobilisé. La souris est équipée d’un cathéter veineux caudal pour l’injection d’agent de contraste et l’anneau de fabrication de repère est fixé au cadre avant du DSFC. Abréviations : DSFC = chambre de fenêtre de pli cutané dorsal ; IRM = imagerie par résonance magnétique. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.

Figure 4 : Emplacements des coupes IRM par rapport aux repères et à la chambre de la fenêtre. (A) Un schéma de la DSFC avec fixation de l’anneau de repère avec les 11 coupes IRM superposées. Plusieurs images pondérées en T2 doivent être acquises pour s’assurer que les coupes sont correctement alignées avec le DSFC et le tissu. (B, C) Positionnement correct des 11 coupes par rapport au tissu dans le DSFC à partir de différentes orientations. (D) La tranche 5 est la tranche la plus superficielle où l’analyse de corrélation d’intermodalité sera effectuée. (E) La tranche 6 ne contient aucun signal tissulaire indiquant qu’elle est correctement alignée avec le DSFC. (F) Enfin, les 7 repères sont bien visibles dans la tranche 9. Barres d’échelle = 5 mm. Un « X » sur l’axe indique que l’axe va dans la page et un cercle indique que l’axe sort de la page. Abréviations : DSFC = chambre de fenêtre de pli cutané dorsal ; IRM = imagerie par résonance magnétique. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.
6. Co-enregistrement de l’IRM à la microscopie intravitale
- Dans MATLAB, ouvrez le fichier Multimodal_Image_Register.m contenu dans le Fichier supplémentaire 2.
- Dans l’espace de travail, chargez l’image microvasculaire (Figure 5A), l’image de microscopie en fond clair (Figure 5B) et les données d’IRM microvasculaire (cartes de paramètres IRM IVIM et/ou DCE).
- Cliquez sur le bouton Exécuter .
- À l’aide de l’outil de recherche de fichiers contextuels, accédez au fichier contenant les tranches d’IRM T2w.
- Sélectionnez jusqu’à quatre coupes IRM T2w qui affichent clairement les repères (Figure 5C).
- Une interface utilisateur montrant l’image de microscopie (Figure 5B) et les coupes IRM T2w moyennées en profondeur (Figure 5C) s’affiche. Placez un point sur chacun des sept marqueurs repères de l’image IRM et faites-les correspondre à leur point correspondant sur l’image de microscopie (divots de repère autour du périmètre du verre sur le cadre avant du DSFC) comme indiqué par les points verts sur les figures 5B et C.
- Fermez la fenêtre.
- Une figure contenant les images IRM et microscopiques superposées apparaîtra pour aider à évaluer la qualité de l’alignement entre les deux ensembles de données. Si l’enregistrement est adéquat, continuez le code en tapant y, puis en appuyant sur Entrée dans la fenêtre de commande. Sinon, réessayez cette étape en tapant n dans la fenêtre de commande et en appuyant sur Entrée.
REMARQUE : Le co-enregistrement réussi de l’ensemble de données IRM avec l’image de microscopie signifie que les sept marqueurs repères brillants de l’ensemble de données IRM sont centrés et entièrement contenus dans leurs divots correspondants sur le cadre avant du DSFC.
- Une interface utilisateur montrant l’image de microscopie (Figure 5B) et l’ensemble de données d’imagerie microvasculaire svOCT (Figure 5A) sera affichée. Sélectionnez au moins trois points de repère microvasculaires sur l’image microvasculaire svOCT et les points correspondants dans l’image microscopique, comme indiqué par les points bleus de la figure 5A, B.
- Fermez la fenêtre.
- Une figure contenant les images superposées de svOCT et de microscopie apparaîtra pour aider à évaluer la qualité du co-enregistrement entre les deux ensembles de données. Si l’enregistrement est adéquat, continuez le code en tapant y, puis en appuyant sur Entrée dans la fenêtre de commande. Sinon, réessayez cette étape en tapant n dans la fenêtre de commande et en appuyant sur Entrée.
REMARQUE : Le co-enregistrement réussi de l’ensemble de données svOCT avec l’image de microscopie signifie que les récipients des deux ensembles de données sont parfaitement superposés les uns aux autres.
- Fermez la fenêtre.
- L’image de microcopie co-enregistrée apparaîtra alors. Contournez la tumeur dans cette image.
- Fermez la fenêtre.
- Plusieurs figures seront alors affichées : l’ensemble de données microvasculaires svOCT (Figure 5D), l’image de microscopie co-enregistrée (Figure 5E) et les cartes de paramètres IRM co-enregistrées (Figure 5F). Enregistrez les cartes pour une analyse ultérieure.
REMARQUE : Les cartes IRM affichées sont limitées au contour de la tumeur dessiné par l’utilisateur (Figure 5F).

Figure 5 : Co-enregistrement multimodal basé sur des points. (A) Ensemble de données svOCT microvasculaires codées en profondeur de couleur ; barre d’échelle = 1 mm. (B) Image de microscopie à fond clair de la chambre de la fenêtre ; barre d’échelle = 2 mm. (C) Moyenne des tranches d’IRM T2w 8-11 montrant les sept marqueurs repères contenus dans l’anneau de repère ; barre d’échelle = 5 mm. (C) Tout d’abord, l’ensemble de données IRM T2w « en mouvement » est co-enregistré sur l’image de microscopie à fond clair « fixe » à l’aide des marqueurs verts saisis par l’utilisateur sur les deux ensembles d’images. Ensuite, l’image de microscopie à fond clair « mobile » et l’image IRM co-enregistrée sont co-enregistrées dans l'« ensemble de données svOCT fixes » à l’aide des marqueurs bleus en A et B. L’ensemble de données final co-enregistré comprend (D) le svOCT, (E) l’image de microscopie en fond clair et (F) la carte des paramètres fonctionnels de l’IRM. Les voxels noirs dans F sont à l’extérieur de la tumeur et ne sont donc pas pris en compte dans l’analyse. Pour D-F, barre d’échelle = 1 mm. Abréviations : svOCT = tomographie par cohérence optique à variance de chatoiement ; IRM = imagerie par résonance magnétique. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.