Les organoïdes rétiniens (OI) sont un système de culture tridimensionnel imitant les caractéristiques rétiniennes humaines qui se sont différenciées des cellules souches pluripotentes induites (CSPi) dans des conditions spécifiques. Le développement et la maturation des synapses dans les OI ont été étudiés immunocytochimiquement et fonctionnellement. Cependant, les preuves directes de l’ultrastructure de contact synaptique sont limitées, contenant à la fois des synapses de ruban spéciales et des synapses chimiques conventionnelles. La microscopie électronique à transmission (MET) se caractérise par une haute résolution et une histoire respectable élucidant le développement de la rétine et la maturation des synapses chez l’homme et diverses espèces. Il s’agit d’un outil puissant pour explorer la structure synaptique des OI et est largement utilisé dans le domaine de la recherche sur les OI. Par conséquent, pour mieux explorer la structure des contacts synaptiques de l’OI à l’échelle nanométrique et obtenir des preuves microscopiques de haute qualité, nous avons développé une méthode simple et reproductible de préparation d’échantillons TEM d’OI. Cet article décrit le protocole, les réactifs utilisés et les étapes détaillées, y compris la préparation de la fixation de l’OI, la post-fixation, l’intégration et la visualisation.