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Article de méthode

Optimisation des procédures de prélèvement d’échantillons de biopsie mammaire et de mastectomie pour les applications de biobanque, de médecine personnalisée et de recherche

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DOI :

10.3791/67193

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2 septembre 2025

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1Department of Biology, University of the Philippines Baguio, 2Philippine Genome Center, University of the Philippines, 3Department of Surgery, Philippine General Hospital, University of the Philippines, 4Institute of Biology, College of Science, University of the Philippines Diliman, 5Department of Pathology, College of Medicine, University of the Philippines Manila, 6Institute of Human Genetics, National Institutes of Health, University of the Philippines Manila

* These authors contributed equally

Dans cet article

Résumé

Cet article présente un protocole détaillé pour la collecte d’échantillons de cancer du sein, conçu pour optimiser leur utilité pour les biobanques, la médecine personnalisée et d’autres applications de recherche. Le flux de travail pour le prélèvement d’échantillons, y compris les procédures de biopsie mammaire et de mastectomie, est décrit en détail, en mettant l’accent sur la minimisation des lésions tissulaires et l’optimisation de la qualité des échantillons.

Résumé

Le cancer du sein est le cancer le plus répandu chez les femmes, en particulier en Asie, avec l’incidence la plus élevée aux Philippines. Malgré les efforts continus, la compréhension de la biologie du cancer du sein reste insuffisante, aggravée par l’absence de programmes de dépistage efficaces et de traitements en temps opportun. Pour résoudre ces problèmes, les biobanques et autres dépôts d’échantillons biologiques ont pris de l’ampleur à l’échelle mondiale. L’Hôpital général des Philippines (UP-PGH) a créé une biobanque de cancérologie, démontrant ainsi la viabilité d’une initiative soutenue par le gouvernement pour la recherche sur le cancer aux Philippines. L’étude consiste en une observation prospective de 100 patientes philippines atteintes d’un cancer du sein à différents stades de la maladie, en s’appuyant sur l’expertise de l’UP-PGH, du Philippine Genome Center (PGC) et de l’Université des Philippines Diliman - Institute of Biology (UPD-IB). Il intègre la collecte, le traitement et le stockage d’échantillons biologiques ainsi que des données complètes sur les patients. Les procédures comprennent l’extraction d’ARN, la préparation de banques et le séquençage. De plus, un sous-ensemble de patients participe à une expérience de culture cellulaire tridimensionnelle (3D) in vitro pour le pré-dépistage de la chimiothérapie. Les données agrégées visent à découvrir des stratégies thérapeutiques qui peuvent mener à des traitements personnalisés lorsque les approches cliniques standard sont inadéquates. Les techniques clés comprennent la biopsie par forage guidée par échographie, le prélèvement méticuleux de tissus mammaires normaux et la détermination précise du pourcentage de tumeurs pour garantir une extraction d’ARN de haute qualité, le séquençage et la culture cellulaire 3D. L’étude aborde également les défis rencontrés lors d’efforts antérieurs de biobanques. En fin de compte, cette recherche vise à contribuer de manière significative à la recherche sur le cancer du sein, en se positionnant comme un modèle pour la recherche collaborative, l’établissement de biobanques et l’avancement de la médecine de précision dans les pays en développement, comme les Philippines.

Introduction

Le cancer du sein est la forme de cancer la plus répandue chez les femmes philippines. En Asie, les Philippines affichent l’un des taux de mortalité par cancer du sein les plus élevés et le rapport mortalité/incidence le plus bas1. Les taux ont peut-être été grandement influencés par l’absence de programmes de dépistage et de traitement rapide et efficace du cancer du sein. Dans le pays, le cancer du sein est généralement diagnostiqué à des stades plus avancés, car la plupart des patientes atteintes de cancer ne consultent qu’à des stades avancés du cancer. Aux Philippines, où l’on observe un taux d’incidence élevé du cancer du sein, 53 % des cas de cancer du sein ont été diagnostiqués aux stades III et IV, et seulement 2 à 3 % au stade I 1,2,3. Outre la promotion du dépistage et de l’éducation des patientes sur le cancer du sein, la recherche et le développement liés au cancer du sein devraient être explorés davantage pour réduire l’incidence du cancer du sein dans le pays.

La mise en place de biobanques à travers le monde a permis d’accélérer les progrès médicaux. Les biobanques sont utilisées pour le stockage et la préservation de spécimens biologiques ayant une valeur scientifique pour la recherche et le développement futurs4. Depuis, les biobanques sont utilisées pour la recherche translationnelle5 et l’amélioration des approches médicales personnalisées6. En Asie, les biobanques sont principalement concentrées en Asie de l’Est, en particulier en Chine, au Japon et en Corée4. Dans les pays à revenu faible ou intermédiaire d’Asie, comme les Philippines, le concept de biobanque est encore en train d’émerger. Aux Philippines, les biobanques appartiennent principalement à des établissements de santé privés, où l’état de santé et d’exposition de l’ensemble de la population philippine n’est peut-être pas bien représenté.

La création de la biobanque du cancer à l’Hôpital général des Philippines à Manille (UPM) a prouvé la faisabilité de la création d’une biobanque du cancer soutenue par le gouvernement qui peut faire progresser les études liées au cancer aux Philippines7. En nous appuyant sur cette base, grâce à un effort de collaboration qui fait le lien entre l’expertise médicale, l’innovation en matière de recherche et la politique de santé, nous nous efforçons de créer un changement positif dans le paysage des soins et de la recherche sur le cancer du sein aux Philippines. Dans ce contexte, il est impératif de disposer d’un flux de travail de biobanque de phénomènes cancéreux et d’une approche élargie qui rationalise la collecte de données étendues et stratifiées spécifiques aux patients à l’échelle nationale. Cette étude décrit le protocole des procédures de prélèvement d’échantillons de biopsie mammaire et de mastectomie, en mettant l’accent sur leur intégration dans le cadre des biobanques. Anticiper non seulement l’avancement de notre compréhension de la pathogenèse du cancer du sein dans le contexte de la population philippine, mais aussi faciliter le développement de traitements de précision qui s’alignent sur les attributs génétiques, environnementaux et cliniques uniques des personnes touchées.

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Protocole

Il s’agit d’une étude observationnelle prospective avec une collection d’échantillons biologiques anonymisés (tumeur et tissu mammaire normal) et des données clinicopathologiques, de traitement et de résultats provenant de 100 patientes philippines atteintes d’un cancer du sein à différents stades. Il s’agit d’un travail collaboratif entre l’Hôpital général des Philippines (PGH), le Centre de génomique des Philippines (PGC) et l’Institut de biologie (IB) de l’Université des Philippines Diliman, chacun ayant des tâches désignées. Le protocole a été enregistré au Bureau d’administration des subventions de recherche (RGAO-2020-0933), puis examiné et approuvé par le Comité d’éthique de la recherche de l’Université des Philippines à Manille (UPMREB) pour mise en œuvre sous le numéro d’autorisation éthique UPMREB 2020-822-01. Tous les laboratoires utilisés respectent les lignes directrices en matière de biosécurité de chaque établissement. Le recrutement de patients de l’HGP a permis de s’assurer de la variance et de la représentation en termes de facteurs clinicopathologiques, d’origine ethnique et d’expositions environnementales. Une procédure opérationnelle normalisée (PON) élaborée et validée dans des projets antérieurs a servi de cadre pour l’acquisition, la collecte, le transport et d’autres dispositions logistiques liées aux échantillons.

REMARQUE : Voir la figure 1 - Flux de travail schématique du protocole pour le résumé du flux de travail du protocole et les rôles de chaque établissement participant à l’étude.

1. Procédure de prélèvement d’échantillon avant le sein

  1. Identifier et dépister les patients éligibles à l’inclusion dans l’étude lors d’une consultation clinique ou d’une conférence préopératoire.
    1. Critères d’inclusion pour les patients atteints de cancer
      1. Inclure les femmes philippines âgées de 19 à 75 ans diagnostiquées avec un cancer du sein de stade 1, 2 et 3, et les femmes philippines âgées de 19 à 70 ans diagnostiquées avec un cancer du sein de stade 3B et 4.
      2. Inclure les cas cliniquement suspectés ou diagnostiqués pathologiquement de cancer du sein invasif de n’importe quel stade.
      3. Inclure les patientes qui subiront un traitement chirurgical (mastectomie radicale modifiée ou mastectomie radicale) soit en amont (stade clinique I ou II), soit après une chimiothérapie néoadjuvante (stade IIIB, IIIC). Les patients de stade IIIA peuvent subir une intervention chirurgicale initiale ou un traitement néoadjuvant selon les recommandations du médecin. Pour les patients de stade IV, ceux qui souhaitent subir une biopsie à l’aiguille de la tumeur du sein et des tissus normaux adjacents. Les patientes atteintes d’un cancer du sein de stade IV ne subiront pas de traitement chirurgical.
      4. Incluez les patientes atteintes d’un cancer du sein de stade III qui ont subi un traitement néoadjuvant avant le recrutement, et il existe un dossier médical et clinique complet de réponse au traitement.
      5. Inclure les patients qui peuvent comprendre et signer le consentement éclairé.
    2. Critères d’exclusion pour les patients atteints de cancer
      1. Exclure les patientes qui ont déjà été atteintes d’une tumeur maligne concomitante, y compris un diagnostic antérieur de cancer du sein.
      2. Exclure les patientes atteintes d’un cancer du sein bilatéral.
      3. Exclure les patients qui ont déjà subi une radiothérapie néoadjuvante ou une hormonothérapie.
      4. Exclure les patients qui ont déjà subi une biopsie par forage ou une biopsie incisionnelle sans consentement à une nouvelle procédure de biopsie pour les patients qui subiront une chimiothérapie néoadjuvante (puisqu’aucun échantillon de tumeur fraîche avant la chimiothérapie ne peut être obtenu)
      5. Exclure les patients qui ont déjà subi une biopsie excisionnelle sans tumeur résiduelle.
      6. Exclure les patients présentant des comorbidités empêchant la prise en charge chirurgicale ou la chimiothérapie néoadjuvante.
    3. Critères de retrait
      1. Informez les participants qu’ils peuvent se retirer à tout moment pour des raisons de sécurité ou pour d’autres raisons sans affecter leurs soins médicaux. Cette étude non interventionnelle n’aura pas d’impact sur le choix de traitement des participants.
  2. Obtenez le consentement du patient et remplissez le formulaire de collecte de données.
    REMARQUE : Le responsable désigné (FIC) ou le consultant, en collaboration avec l’associé de recherche universitaire (URA), obtient le consentement.
  3. Obtenez et vérifiez le calendrier du patient pour la procédure de biopsie à l’aiguille après avoir confirmé sa participation à l’étude.
  4. Mener les procédures conformément aux directives établies et approuvées par le Comité d’éthique et le Comité de biosécurité de l’établissement.

2. Procédure de prélèvement d’échantillons de biopsie mammaire

REMARQUE : Voir la figure 2 pour le déroulement détaillé de la procédure de biopsie du sein par forage pour les patientes de stade III et IV, montrant la distribution des échantillons pour chaque procédure.

  1. Pré-étiquetez les tubes avant le prélèvement de l’échantillon en tant que GB, c’est-à-dire Génomique - Sein (l’étude à laquelle l’échantillon participe), xxx qui est le numéro de participant et peut aller de 001 à 100, ou plus, et les lettres A, C et D. Voici les codes alphabétiques à utiliser pour l’étiquetage des tubes :
    A - signifie biopsie à l’aiguille par forage, tissu tumoral, pour l’envoi à PGC
    C - signifie biopsie à l’aiguille par forage, tissu tumoral, pour la biobanque
    D - signifie biopsie à l’aiguille par forage, tissu normal
    1. Attribuez aux échantillons soumis pour le séquençage l’étiquette du laboratoire : « BC » et deux numéros d’échantillon à deux chiffres (p. ex., BC01, BC21). Chaque échantillon a un code « GB » correspondant qui correspond au code attribué lors du prélèvement de l’échantillon.
  2. Obtenez jusqu’à neuf carottes de tissus à l’aide d’un pistolet à biopsie à aiguille de 14 G sous guidage échographique, dans une clinique externe, une salle d’opération ou tout autre environnement aseptique.
    1. Pour chaque carotte, prélevez un échantillon mammaire d’environ 2 cm de longueur au centre de la tumeur et à 1 cm de la tumeur pour les tissus normaux adjacents. Prélevez deux types d’échantillons chez chaque participant : le tissu tumoral et le tissu normal.
    2. Remettre chaque échantillon à l’URA pour qu’il le place dans une boîte de Pétri contenant une solution saline tamponnée au phosphate (PBS).
      REMARQUE : Dans cette étude, les biopsies par forage ont été effectuées uniquement sur des patientes atteintes d’un cancer du sein de stade III et IV. Pour les patients de stade III, les biopsies à l’aiguille ont fourni des échantillons de tumeurs naïves de chimiothérapie. Pour les patientes de stade IV, les biopsies à l’aiguille ont servi d’échantillon tumoral primaire, car la mastectomie n’a pas été pratiquée. Pour les patientes atteintes d’un cancer du sein de stade I et II, aucune biopsie à l’aiguille n’a été effectuée. Au lieu de cela, la tumeur et les tissus normaux adjacents ont été obtenus à partir d’échantillons de mastectomie.
  3. Coupez les échantillons de biopsie en deux pour les répartir uniformément entre l’étude et l’analyse histopathologique.
    1. Pour le tissu tumoral, obtenez jusqu’à 9 carottes par patient à l’aide d’une aiguille 14-G.
    2. Séparer les carottes tumorales obtenues en 2 groupes dans la boîte de Pétri : les échantillons pour l’analyse de l’ARN (6 carottes) et les échantillons pour la biobanque (3 carottes).
    3. Coupez chaque noyau en 2 dans le sens de la longueur, mais dans les cas où il est difficile de le faire, coupez les noyaux en 2 dans le sens de la largeur. Utilisez une lame stérile pour couper les noyaux. Envoyez la moitié de la carotte tissulaire pour l’analyse de l’ARN ou stockez-la pour la biobanque. Envoyez l’autre moitié de la carotte tissulaire au service de pathologie pour une analyse histopathologique de routine.
    4. Pour les tissus normaux, obtenir jusqu’à 3 carottes par patient à l’étude à l’aide d’une aiguille de 14 G. Utilisez une aiguille différente de celle utilisée pour prélever les tissus tumoraux afin d’éviter la contamination. Dans les cas où cela n’est pas possible, obtenez d’abord des tissus mammaires normaux avant d’obtenir des tissus tumoraux.
    5. Placez chaque tissu normal obtenu dans une boîte de Pétri similaire à ce qui a été fait avec les tissus tumoraux, et coupez les noyaux en deux. Distribuer les échantillons pour l’étude et au service de pathologie pour l’analyse histopathologique.
  4. Après le prélèvement des échantillons, répartissez-les entre les tubes, selon la méthode et l’ordre de priorité.
    1. Placez la moitié des carottes dans la fiole cryogénique de 2 mL préremplie de 1,25 mL de solution de stabilisation de l’ARN (toutes les carottes pour l’analyse de l’ARN sont placées ensemble dans 1 flacon et toutes les carottes pour la biobanque dans un flacon séparé, maintenez les échantillons à basse température en tout temps) et placez les moitiés correspondantes de ces carottes dans un flacon/tube d’échantillon ordinaire et fixées avec du formol tamponné neutre à 10 % (10 % de FBN), pour l’analyse histopathologique. Assurez-vous que les deux demi-groupes correspondants, celui qui va au centre désigné (par exemple, les échantillons envoyés pour l’analyse de l’ARN) et l’échantillon de pathologie correspondant ont le même code d’échantillon.
  5. Remplissez les formulaires de pathologie chirurgicale. Avec les formulaires, soumettez les échantillons de pathologie fixés avec du formol à la pathologie pour l’histopathologie de routine.
  6. Sceller avec du parafilm les échantillons de biopsie à l’aiguille trempés dans des tubes contenant une solution de stabilisation de l’ARN (idéalement un rapport de 5:1 entre la solution et le tissu, donc si 0,25 cm de tissu, 1,25 mL de solution de stabilisation de l’ARN).
  7. Conservez les échantillons à 4 °C pendant 24 h, puis transférez-les finalement dans le congélateur à très basse température, à une température de -80 °C.
    REMARQUE : Un guide sur l’entreposage sera abordé à la section 4 (Entreposage, emballage et transport des échantillons).

3. Procédure de prélèvement d’échantillons pour mastectomie mammaire

  1. Suivez la procédure de prélèvement d’échantillon avant le sein à la section 1.
    REMARQUE : Les patientes de stade I, II et III inscrites à l’étude subiront une mastectomie en salle d’opération. Pour les patientes de stades I et II, la mastectomie sera pratiquée dès le départ, tandis que pour les patientes de stade III, la mastectomie ne sera pratiquée qu’à la fin de 8 cycles de traitement néoadjuvant. Pour le stade 4, aucun échantillon de mastectomie n’est prélevé. Voir la figure 3 pour le protocole détaillé de prélèvement d’échantillons de mastectomie mammaire montrant la répartition des échantillons par procédure.
  2. Coordonner l’horaire avec les collaborateurs et le service de pathologie. Faites-le au moins 2 jours avant la date cible de l’intervention. En cas de modification de l’horaire fixé, informez immédiatement le personnel concerné afin d’éviter tout conflit dans l’horaire.
  3. Pré-étiquetez les tubes avant le prélèvement de l’échantillon comme GB, c’est-à-dire Genomics Breast (l’étude à laquelle l’échantillon participe), xxx qui est le numéro de participant et peut aller de 001 à 100, ou plus, et les lettres E et F. Voici les codes alphabétiques à utiliser pour l’étiquetage des tubes :
    E - signifie mastectomie, tissu tumoral, pour l’envoi à PGC, IB, et pour la biobanque
    F - signifie mastectomie, tissu normal
    1. Attribuez aux échantillons soumis pour le séquençage l’étiquette du laboratoire : « BC » et le numéro d’échantillon à deux chiffres (p. ex., BC01, BC21). Chaque échantillon a un code « GB » correspondant qui correspond au code attribué lors du prélèvement de l’échantillon.
  4. Remplissez les formulaires de pathologie chirurgicale pendant l’intervention, en attendant le prélèvement. Envoyez des mises à jour au pathologiste responsable pour qu’il puisse faire les préparatifs nécessaires au prélèvement d’échantillons.
  5. Placez l’échantillon dans un sac en plastique/d’échantillon propre juste après le retrait et la documentation de l’échantillon de sein. Assurez-vous que l’échantillon de mastectomie est immédiatement apporté au service de pathologie pour une macroscopie afin de minimiser le temps ischémique à froid. Ne placez pas l’échantillon dans du formol lors de la soumission.
    REMARQUE : Des photos d’action d’échantillon pendant la mastectomie sont présentées à la figure 4 (Images représentatives du prélèvement d’échantillons pendant la procédure de mastectomie).
  6. Obtenez deux types d’échantillons de chaque échantillon lors de la grossification : le tissu tumoral et le tissu normal.
    1. Tissu tumoral
      1. Obtenez un minimum d’un bloc (de préférence plusieurs) mesurant 1 cm × 1 cm × 1 cm de tissu tumoral par échantillon.
      2. Coupez le bloc de tissu obtenu en deux parties, chaque demi-bloc mesurant 1 cm × 0,5 cm × 0,5 cm. Remettre la moitié du bloc de tissu à l’URA pour la mise en banque et l’analyse, puis fixer l’autre moitié dans du formol pour l’histopathologie de routine.
      3. Coupez uniformément le demi-bloc de tissu frais. Cela sera destiné au séquençage de l’ARN, à la biobanque et à la culture d’organoïdes.
      4. Pour le séquençage de l’ARN : Placer immédiatement dans des cryoflacons de 5 mL pré-refroidis et pré-marqués, pré-remplis de solution de stabilisation d’ARN de 2,5 mL (ne dépassant pas 30 min, doit être conservé au froid en tout temps).
      5. Pour les biobanques : Placer immédiatement dans des cryoflacons de 5 mL pré-réfrigérés, pré-étiquetés et préremplis avec une solution de stabilisation d’ARN de 2,5 mL (ne dépassant pas 30 min, doit être conservé au froid en tout temps).
      6. Pour la culture d’organoïdes : Placer immédiatement dans des flacons coniques de 15 mL pré-réfrigérés, pré-étiquetés et préremplis avec 5 mL de solution de stockage de tissus et 0,01 mL de Primocin (ne dépassant pas 30 min, doit être conservé au froid en tout temps). Regrouper dans un tube conique un tiers de tous les blocs tumoraux obtenus à partir de différentes sections de l’échantillon.
    2. Tissu normal
      1. Obtenez un minimum d’un bloc (de préférence plus) mesurant 1 cm × 1 cm × 1 cm de tissu mammaire normal par échantillon.
      2. Coupez le bloc de tissu obtenu en deux parties, chaque demi-bloc mesurant 1 cm × 1 cm × 0,5 cm. Remettre la moitié du bloc de tissu à l’URA pour la mise en banque et l’analyse, puis fixer l’autre moitié dans du formol pour l’histopathologie de routine.
      3. Coupez le bloc de tissu en deux également pour l’étude. Ceux-ci seront destinés au séquençage de l’ARN et à la biobanque.
      4. Pour le séquençage de l’ARN : Placer immédiatement dans des cryoflacons de 5 mL pré-refroidis et pré-étiquetés, pré-remplis de cryoflacons de 2,5 mL avec solution de stabilisation de l’ARN (ne dépassant pas 30 min, maintenir à basse température en tout temps).
      5. Pour la biobanque, placer immédiatement dans des cryoflacons de 2,5 mL pré-réfrigérés, pré-étiquetés et pré-remplis avec une solution de stabilisation de l’ARN (ne dépassant pas 30 min, maintenir à basse température en tout temps).
        REMARQUE : Les échantillons de tumeur étiquetés « E » sont généralement obtenus à partir de trois sections différentes ou plus de l’échantillon. Pour éviter toute confusion, les échantillons tumoraux destinés à l’analyse de l’ARN et à la biobanque doivent être placés dans des tubes séparés étiquetés E1, E2, E3, etc., tandis que les échantillons tumoraux regroupés destinés à la culture cellulaire doivent être placés dans des tubes étiquetés simplement E. Pour les échantillons étiquetés E1, E2 et E3, la position/l’emplacement relatif de chaque échantillon de tissu par rapport à la tumeur (par exemple, le centre, la position 10 heures) doit être enregistré.
  7. Sceller avec du parafilm les cryoflacons contenant les échantillons obtenus lors de la mastectomie.
  8. Conservez les cryoflacons à 4 °C pendant 24 h, puis transférez-les finalement dans le congélateur à ultra-basse température, à une température de -80 °C pour un stockage à long terme.
  9. Emballez le tube conique contenant les blocs tumoraux regroupés et préparez-le pour le transport. Ces blocs tumoraux seront utilisés pour la culture cellulaire en organoïdes.

4. Stockage, emballage et transport des échantillons

  1. Scellez immédiatement avec du parafilm tous les cryoflacons contenant la tumeur et les tissus normaux et conservez-les à 4 °C pendant 24 h. Après 24 h, transférez les tubes à -20 °C pendant environ 2 à 4 h, puis transférez-les finalement à -80 °C indéfiniment, pour un stockage à long terme jusqu’au transport.
  2. Mettre à jour le suivi des échantillons et la base de données avant le transport des échantillons pour l’analyse de l’ARN, y compris les résultats de l’histopathologie de routine et les pourcentages de tumeurs, afin de garantir l’identité de l’échantillon.
  3. Remplir un manifeste de transport pour chaque échantillon, avant le transport. Assurez-vous que le processus d’emballage est rapide et que les tubes contenant les échantillons ne sont pas laissés à température ambiante (RT) pendant une période prolongée.
    1. Scellez tous les bouchons de cryoflacons avec du parafilm pour éviter les fuites.
    2. Placez tous les tubes dans un support pour tubes à essai.
    3. Réglez l’enregistreur de température et placez-le sur le support à côté des tubes pour le transport.
    4. Enveloppez les tubes avec un matériau absorbant, puis avec du papier bulle, et placez les articles à l’intérieur du sac refermable. Assurez-vous que l’enregistreur de température enregistre la température et que les tubes sont intacts et positionnés à la verticale avant de sceller les articles à l’intérieur du sac.
    5. Placez les packs de gel au fond de la boîte d’expédition en polystyrène, puis placez le sac refermable contenant les tubes sur les packs de gel. Mettez une autre couche de packs de gel sur le sac. Assurez-vous que les tubes sont pris en sandwich entre des packs de gel pour vous assurer que les échantillons seront conservés au froid pendant le transport.
    6. Fermez la boîte en polystyrène et placez-la dans une boîte d’expédition en carton. S’il n’y a pas de grande boîte en carton disponible, utilisez une boîte en polystyrène plus grande. Placez le manifeste de transport rempli dans un sac ziplock et placez-le à l’intérieur de la boîte. L’emplacement des articles à l’intérieur de la boîte est illustré à la figure 5.
    7. Scellez la boîte en carton et placez l’étiquette d’expédition appropriée à l’extérieur de la boîte.
  4. Informez le destinataire du calendrier de collecte des échantillons et de la date cible d’envoi des échantillons.
    1. Pour la culture d’organoïdes, seuls les tissus tumoraux dérivés des mastectomies sont envoyés et utilisés. Assurez-vous qu’ils sont livrés frais, sur de la glace humide et dans les 24 heures suivant le prélèvement de l’échantillon. Une fois les échantillons emballés et la boîte scellée, réservez rapidement un coursier pour les transporter. Assurez-vous que les boîtes ne seront pas laissées dans des zones à haute température pendant de longues périodes, car une baisse ou une augmentation importante de la température peut compromettre la viabilité des échantillons.
    2. Avant de passer le relais au messager, notez le nombre de flacons/tubes expédiés et l’heure à laquelle le messager a quitté la Biobanque. À l’arrivée du colis, assurez-vous que le destinataire prend note de ce qui suit : l’heure d’arrivée et de réception au centre désigné, la température à l’arrivée, le nombre de flacons/tubes reçus et tout échantillon compromis
    3. Pour l’analyse de l’ARN, vérifiez si les échantillons à livrer ont un résultat histopathologique correspondant et des pourcentages de tumeurs de la division de pathologie chirurgicale, avant d’envoyer des échantillons pour l’analyse de l’ARN. Identifiez et sélectionnez le bloc tissulaire avec la teneur tumorale la plus élevée pour chaque patient à soumettre à l’extraction de l’ARN. Ne transportez des échantillons que ceux avec des pourcentages de tumeurs.
    4. Envoyez les échantillons par groupes de 40 au maximum pour faciliter le traitement par lots. Choisissez n’importe quelle combinaison de tissu tumoral issu d’une biopsie par forage ou d’une mastectomie et de tissu normal issu d’une mastectomie. Examinez les conditions suivantes si du tissu normal provenant d’une biopsie par forage doit être transporté :
      -Inscrit au stade 3, mais le résultat histopathologique montre le stade 4
      -Inscrit au stade 3, mais le résultat histopathologique montre une progression loco-régionale de la maladie.
    5. S’assurer que tous les échantillons sont transportés sur de la glace humide. De la même manière que le protocole suivi lors de l’envoi d’échantillons pour la culture cellulaire 3D, une fois les échantillons emballés et la boîte scellée, réservez rapidement un service de messagerie pour le transport. Évitez de laisser les boîtes dans des zones à haute température pendant de longues périodes, car des fluctuations de température importantes peuvent compromettre la viabilité des échantillons.
    6. Avant de passer le relais au messager, notez le nombre de flacons/tubes expédiés et l’heure à laquelle le messager a quitté la Biobanque. Notez les points suivants à l’arrivée du colis : l’heure d’arrivée et de réception au centre désigné, la température à l’arrivée, le nombre de flacons/tubes reçus et tout échantillon compromis (s’il y en a).
  5. Mettre à jour la base de données des échantillons envoyés et saisir toutes les informations nécessaires avant le traitement ultérieur des échantillons. Surveiller et évaluer la base de données une fois par semaine.

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Résultats

Pour la collecte d’échantillons lors de la biopsie à l’aiguille par forage, la procédure sous guidage échographique a eu un impact énorme sur la commodité du patient et l’efficacité du flux de travail, ainsi que sur l’intégrité de l’ARN des échantillons. Si cela n’est pas fait, les résultats escomptés risquent de ne pas être obtenus et les patients doivent retourner dans les cliniques pour répéter la procédure, prolongeant ainsi la collecte et le traitement des échantillons.

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Discussion

La mise en œuvre réussie de ce protocole repose non seulement sur la précision technique, mais aussi sur la coordination des équipes cliniques et de recherche pour garantir une qualité constante des échantillons et l’intégrité des données. Ce protocole intègre plusieurs procédures clés conçues pour maximiser la précision du diagnostic et générer des échantillons biologiques de haute qualité adaptés aux analyses moléculaires en aval. Les étapes clés comprennent la biopsie par forage guidé...

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Déclarations de divulgation

Les auteurs n’ont aucun conflit d’intérêts, qu’il soit financier, personnel ou institutionnel, à divulguer.

Remerciements

Cette recherche est financée par le Département de la science et de la technologie du Conseil philippin pour la recherche et le développement en santé (DOST-PCHRD) et menée en collaboration avec le Philippine Genome Center (PGC) et l’Institut de biologie de l’Université des Philippines Diliman (UPD-IB). Les auteurs tiennent également à remercier M. Lech Havel Tizon, M. Conrad Chong et Mme Susan Valibia pour leur aide dans l’optimisation de ce protocole, ainsi que les résidents en pathologie qui ont contribué au tournage de ce protocole, la Dre Clarisse Veronica Mirhan et la Dre Patricia Franco.

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Matériaux

Liste des matériaux utilisés dans cet article
NomEntrepriseNuméro de catalogueCommentaires
Solution de formol à 37 %PHILUSA CorporationN/AUtilisé comme conservateur des tissus pour l’analyse histopathologique
Alcool isopropylique à 70 %Green Cross Inc.N/AUtilisé comme désinfectant
Imprimante à codes-barresZebraGC420tPour l’impression d’étiquettes de code-barres destinées à l’étiquetage des tubes contenant les échantillons
JavelGreen Cross Inc.N/AUtilisé comme désinfectant ; pour la décontamination des outils chirurgicaux
Poches de glace bleuesRubbermaid1002Pour conserver les échantillons à basse température pendant le transport
Biopsie de l’aiguille du noyau aiguille 14-GBardeMN1410Un instrument chirurgical tubulaire invasif conçu pour être connecté à un pistolet de biopsie afin d’extraire automatiquement un petit échantillon de tissu d’une structure anatomique (biopsie), tout en causant des dommages minimaux aux tissus environnants, pour un examen/analyse tissulaire pathologique.
Pistolet à biopsie mammaire à l’aiguille du noyauBardeMG1522Instrument de biopsie à carottage réutilisable utilisé pour la collecte d’échantillons de tissu lors de la biopsie par aiguille
Boîte de Petri jetable 90 mm x 15 mmPhoenix Biomedical ProductsBEAUCOUP : 20220206Utilisé dans la collecte de biopsies par aiguille à carotage lors de la plongée des tissus dans le PBS
Solution saline tamponnée phosphate de Dulbecco (PBS)Thermo Fisher Scientific21600010Une solution salaire équilibrée utilisée pour diverses applications de culture cellulaire, telles que le lavage des cellules avant dissociation, le transport de cellules ou de tissus, la dilution des cellules pour le comptage et la préparation de réactifs.  ;
PincesFournisseur localN/A
Kimtech Science Kimwipes Essuie-lingettes délicatesKimberly Clark ProfessionnelleKC341204,3 x 8,4 pouces. (11,0 cm x 21,3 cm) ; 1 fil 280 Count ; Pour nettoyer surfaces, pièces, instruments et cabinets médicaux, ces lingettes nettoient facilement les liquides, la poussière et les petites particules.
Solution de stockage de tissus MACSMiltenyi Biotec130-100-008Solution de stockage utilisée pour permettre un stockage optimisé d’échantillons frais d’organes et de tissus
MicropipetteShanghai Lichen Instrument Technology Co., Ltd.STEM-GC-3197-Ypour pipeteter/transférer des liquides en petits volumes
Pointes de micropipetteTarsons521100pour pipeteter/transférer des liquides en petits volumes
ParafilmParafilm M5259-04LC PM996Pour un étanchéité à l’air et à l’humidité des tubes afin d’éviter les fuites
Primocin 250 mg (5 x 1 mL)InvivoGenant-pm-05Utilisé pour protéger les tissus de la contamination microbienne
Réfrigérateur (4 & degrés ; C)LGModèle : GR-Y331SLZBPour le stockage d’échantillons de tissus et de réactifs
Solution ARNultérieureThermo Fisher ScientificAM7021Solution de stabilisation de l’ARN utilisée dans le stockage et la biobanque des tissus
Tube conique stérile de 15 mL & nbsp ;Thermo Scientific339650Utilisé pour fabriquer des aliquotes de réactifs/milieux utilisés dans le stockage des tissus
Cryovials stériles de 5 mLThermo Scientific5000-1020Utilisé pour fabriquer des aliquotes de réactifs/milieux utilisés dans le stockage des tissus
Scalpel stérile (#11)SurgitechN/APour la tumeur incisive et les tissus mammaires normaux
Ciseaux chirurgicaux (18,5 cm 7 & frac14 ; " str)Olten InstrumentsBO-0125Pour la tumeur incisive et les tissus mammaires normaux
Enregistreur de températureExtech Instruments42280Pour enregistrer la température et l’humidité lors du transport des échantillons
Encre de tissuEpredia3120123Pour la coloration des marges de spécimens chirurgicaux excisés pour une analyse histopathologique
Congélateur ultra-basHaier BiomedicalDW-86L579Pour un stockage indéfini de la tumeur et des tissus mammaires normaux
Contenant d’échantillons d’urine 60 mLSure Guard0016UCS06PCPour le stockage des tissus pour une analyse histopathologique
Sacs ziplockReynolds Consumer Products LLCUtilisé pour emballer les échantillons pour le transport

Références

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