Génération du vecteur d’expression rd29A : DREB1A (Figure 1)
Le cadre de lecture ouvert DREB1A sur toute la longueur (ORF, 651 pb) a été amplifié à partir de l’ADNc d’Arabidopsis thaliana L. à l’aide d’amorces spécifiques au gène incorporant les sites de restriction BamHI et EcoRI : forward 5/-GGCGGATCCATGAACTCATTTTCTGCT-3/ et reverse 5/-GGCGAATTCTTAATAACTCCATAACGA-3/. De même, le promoteur rd29A (499 pb) a été amplifié à partir de l’ADN génomique d’Arabidopsis à l’aide d’amorces contenant les sites KpnI et BamHI : forward 5/-GCGGGTACCCCTATTAGAACGATTAAGGAG-3/ et reverse 5/-GGCGGATCCGGTGGTTCCTCTGTTTGATCC-3/. Les réactions de PCR ont été réalisées dans un volume de 25 μL contenant 2,5 μL de tampon PCR 10x, 1,5 mM de MgCl2, 0,2 mM de chaque dNTP, 0,4 μM de chaque amorce, 1 U d’ADN polymérase Taq et 1 μL de matrice d’ADN (environ 100 ng pour l’ADN génomique ou 50 ng pour l’ADNc), avec de l’eau sans nucléase ajoutée au volume final. Les conditions d’amplification des fragments promoteurs DREB1A et rd29A étaient les suivantes : dénaturation initiale à 95 °C pendant 3 min ; 35 cycles de dénaturation à 95 °C pendant 30 s, de recuit à 58 °C pendant 30 s et d’extension à 72 °C pendant 1 min ; suivi d’une dernière extension à 72 °C pendant 7 min. Les produits amplifiés ont été résolus sur un gel d’agarose à 0,7 % et purifiés en gel à l’aide d’un kit d’extraction de gel conformément au protocole du fabricant.
Les produits de PCR amplificateurs DREB1A et rd29A ont été clonés dans le vecteur de clonage, pTZ57R/T, à l’aide d’un clonage TA, et les produits ont été soumis au séquençage de Sanger pour confirmation. La séquence DREB1A (n° d’accession AM992886) a été soumis à GenBank (le promoteur rd29A a été inséré dans les sites KpnI et BamHI, et la séquence codante DREB1A a été insérée en aval dans les sites BamHI et EcoRI, remplaçant ainsi le promoteur 2x35S d’origine et positionnant DREB1A sous le contrôle de rd29A. La cassette finale (rd29A ::DREB1A ::CamV) a été excisée à l’aide de KpnIet d’EcoRV et clonée dans la région de l’ADN-T du vecteur binaire pGA482 pour générer la construction utilisée pour la transformation de la plante (Figure 1). Après le séquençage initial de Sanger pour valider les produits clonés, aucune autre vérification de séquençage n’a été effectuée.
Analyse de séquences génétiques
À l’aide de l’outil bioinformatique référencé, une analyse phylogénétique des séquences protéiques d’AtDREB1A et DREB1 de 13 espèces différentes de dicotylédones et de monocotylédones a été réalisée et comparée via la méthode de jonction par voisinage. Les séquences d’acides aminés ont été extraites de Phytozome (http://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html) et de GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/). L’analyse d’alignement de séquences multiples a été effectuée à l’aide du programme en ligne Clustal Omega. Une fois que les séquences essentielles ont été acquises à partir de Phytozome et de GenBank, il n’est plus nécessaire de récupérer des séquences.
Préparation des explants et pistolet à induction des callosités20,34
Le cultivar de canne à sucre a été cultivé dans le champ expérimental de NIBGE, à Faisalabad. Après 6 mois, la partie supérieure de la tige saine a été excisée pour récupérer la région apicale, qui a été taillée jusqu’au bourgeon terminal. Dans des conditions stériles, les rouleaux de feuilles ont été pelés en segments cylindriques de ~5 mm et stérilisés en surface avec de l’éthanol à 70 %. Dans la région située immédiatement au-dessus du méristème apical, environ 10 à 15 disques apicaux (d’une taille de ~3 mm) ont été préparés par tige. Les disques ont été cultivés sur le milieu d’induction des callosités (CIM) comme décrit précédemment 1,20,34. Après 4 à 6 semaines, les Calli embryogènes résultants ont été sous-cultivés sur des CIM frais pour une prolifération supplémentaire. REMARQUE : L’utilisation d’éthanol à 70 % pour la désinfection des surfaces a été jugée suffisante, et aucune étape de stérilisation supplémentaire n’a été requise.
Transformation génétique de rd29A : DREB1A dans la canne à sucre par le gèneGun 20,34
Le cal embryogénique proliféré a été disposé au centre de la plaque de Pétri contenant la CIM. Après 3 jours, les cals ont été bombardés avec un vecteur binaire exprimable végétal recouvert d’or, pGA482, contenant rd29A : DREB1A, à l’aide d’un canon biolistique PDS-1000/He comme décrit en détail34. Après le bombardement, de petites portions de cals ont été cultivées sur CIM pendant 3 jours et placées dans l’obscurité à 26 ± 2 °C. Ensuite, les cals ont été cultivés sur un milieu de sélection de callosités (CSM) contenant 60 mg/L de génétique, sous-cultivés sur CSM tous les 10 jours et placés dans l’obscurité à 26 ± 2 oC.
Après 30 jours, des cals sains ont été cultivés sur un milieu de sélection de régénération (RSM) contenant 60 mg/L d’antibiotique pour obtenir des pousses. Les plaques ont été placées dans une salle de culture pendant 4 semaines à une température contrôlée (26 ± 2 °C), une photopériode lumière/obscurité de 16 h/8 h, une intensité lumineuse de 500 μmol m-2 s-1 et une humidité contrôlée35. Les pousses régénérées ont été cultivées sur un milieu de sélection d’enracinement (RtSM) contenant 60 mg/L d’antibiotique dans des bocaux en verre et placées dans la salle de croissance dans les conditions mentionnées ci-dessus. Après 4 à 6 semaines, les transformants présumés ont été transférés dans de petits pots en plastique contenant de la terre sablonneuse stérilisée et placés dans la salle de culture dans les conditions mentionnées ci-dessus. Il n’est plus nécessaire de procéder à une sous-culture sur milieu de sélection des callosités (CSM) au-delà de 10 jours.
Confirmation moléculaire des plants de canne à sucre transgéniques
Comme décrit précédemment, l’ADN génomique a été isolé à partir des jeunes feuilles de plantules de canne à sucre transgéniques présumées à l’aide de la méthode d’extraction CTAB36. La qualité et la concentration de l’ADN ont été évaluées à l’aide d’un spectrophotomètre NanoDrop et d’une électrophorèse sur gel d’agarose. L’amplification par PCR du gène marqueur sélectionnable nptII (750 pb) et du transgène DREB1A (651 pb) a été réalisée à l’aide d’amorces spécifiques au gène énumérées dans le tableau 1. Chaque réaction de PCR de 25 μL contenait 1 tampon PCR, 2,5 mM de MgCl₂, 0,2 mM de dNTP chacune, 0,4 μM de chaque amorce, 1 U d’ADN polymérase Taq, ~100 ng d’ADN génomique et de l’eau désionisée au volume. Les réactions ont été exécutées dans un thermocycleur dans les conditions suivantes : dénaturation initiale à 95 °C pendant 3 min ; 35 cycles de 94 °C pendant 30 s, 58 °C pendant 30 s, 72 °C pendant 45 s ; suivi d’une extension finale à 72 °C pendant 5 min. Les produits de PCR ont été résolus sur un gel d’agarose à 1 % et visualisés sous lumière UV pour confirmer l’amplification. Les plantules transgéniques positives à la PCR (T0) ont ensuite été transférées dans de grands pots en terre et durcies dans un environnement de serre contrôlé jusqu’à maturité. À maturité, des segments de canne provenant de cinq lignées T₁ sélectionnées au hasard et confirmées par PCR ont été plantés et multipliés dans des microparcelles pendant 12 mois afin de générer suffisamment de séries clonales pour l’expérience de stress hydrique. REMARQUE : Une fois que les gènes nptII et DREB1A ont été confirmés, aucune amplification PCR supplémentaire n’a été effectuée.
Étude d’expression DREB1A
L’expression relative de DREB1A dans les feuilles stressées de plantes de canne à sucre transgéniques et non transgéniques a été quantifiée par PCR en temps réel (qPCR). L’ARN total a été isolé à partir de ~100 mg de tissu foliaire à l’aide du réactif d’extraction selon le protocole du fabricant. La qualité de l’ARN a été vérifiée par électrophorèse sur gel d’agarose et quantifiée à l’aide d’un spectrophotomètre. Pour chaque échantillon, 2 μg d’ARN ont été retranscrits à l’aide du kit de synthèse d’ADNc en suivant les instructions du fournisseur, avec des amorces oligo(dT).
L’ADNc résultant a été utilisé comme matrice pour amplifier un DREB1A de 188 pb à l’aide d’amorces spécifiques au gène : 5'-ACAGAGGAGTTCGTCGGAGA-3' avant et 5'-GAGTCTCCAAGCCGAGTCAG-3'. Chaque réaction qPCR de 25 μL contenait 12,5 μL de 2x SYBR Green qPCR Master Mix, 0,4 μM de chaque amorce, 2 μL d’ADNc dilué (~100 ng de matrice) et de l’eau sans nucléase pour porter le volume à 25 μL. Les réactions ont été effectuées en triple exemplaire sur un thermocycleur en utilisant le programme suivant : dénaturation initiale à 95 °C pendant 5 min, suivi de 40 cycles de 95 °C pendant 30 s, 56 °C pendant 30 s et 72 °C pendant 30 s, avec une extension finale à 72 °C pendant 10 min.
Pour confirmer l’efficacité et la linéarité des réactions de qPCR, une courbe standard a d’abord été générée à l’aide de dilutions en série de 10 fois de l’ADN plasmidique contenant le fragment cloné DREB1A . Cependant, pour l’analyse de l’expression, la quantification relative a été effectuée à l’aide de la méthode 2−ΔΔCt 37. Le gène Actin a servi de référence endogène, et le niveau d’expression de DREB1A dans chaque lignée transgénique a été normalisé à celui du témoin de type sauvage. Toutes les valeurs Ct ont été collectées à l’aide des paramètres automatiques de base et de seuil recommandés par le logiciel de l’instrument. Seules les courbes de fusion avec des pics simples et aigus ont été acceptées, confirmant la spécificité. Un ARN de haute qualité et non dégradé était essentiel pour une quantification précise. Les échantillons d’ARN impurs ou dégradés ont été exclus afin de ne pas compromettre la fiabilité de la synthèse de l’ADNc et de l’analyse de l’expression génique en aval.
Etude des modifications de la canne à sucre induites par DREB1A : expérience de stress hydrique20,34
Après 1 an, trois répétitions de cinq segments de canne (deux nœuds/segment) de plantes transgéniques et non transgéniques (de type sauvage) ont été semées à 5 cm de profondeur dans des pots en terre contenant 18 kg de terre (ECe 1,34 ; SAR 2,72 ; pH 7,8). Trois régimes de stress hydrique : 100, 80 et 60 % FC ont été appliqués (tableau 2). L’activité photosynthétique de la canne à sucre (PN, E et gs) et les relations entre les plantes et l’eau (Ψw, Ψ s et RWC) ont été étudiées après 12 mois. Ne modifiez pas les régimes d’eau établis, car cela affecterait la cohérence des traitements.
Détermination de l’activité photosynthétique
Après 180 jours de stress hydrique, les paramètres d’échange gazeux - taux de photosynthèse (PN), taux de transpiration (E) et conductance stomatique (gs) - ont été mesurés chez des plants de canne à sucre transgéniques et sauvages à l’aide d’un système de photosynthèse portable portable. Les mesures ont été prises entre 09h00 et 11h00 en utilisant la troisième feuille complètement déployée du haut de chaque plante. Le vantail sélectionné a été inséré en douceur dans la chambre de vantail transparente intégrée (3 cm2 de surface de serrage), assurant un contact complet sans plis ni obstruction. Les conditions ambiantes ont été enregistrées en temps réel par le système, tandis que l’intensité lumineuse a été maintenue à environ 1 000 μmol m-2 s-1 sous la lumière naturelle du soleil. L’appareil a été laissé s’équilibrer pendant 30 à 60 s jusqu’à ce que des lectures à l’état d’équilibre soient obtenues pour l’assimilation du CO2 et l’échange de vapeur d’eau. Les capteurs internes de l’instrument ont automatiquement enregistré la température des feuilles, l’humidité relative et la concentration ambiante de CO2 . Pour chaque génotype et traitement, les mesures ont été répliquées sur au moins trois plantes biologiquement indépendantes, et les données ont été stockées à l’interne et exportées ultérieurement pour analyse. On a pris soin de maintenir des conditions environnementales uniformes d’un bout à l’autre des répétitions afin d’assurer la fiabilité des données.
Détermination du potentiel hydrique foliaire et du potentiel osmotique
Le potentiel hydrique (Ψw) de la troisième feuille complètement expansée à partir du sommet des plantes a été déterminé à l’aide de la chambre de pression de type Scholander. Les feuilles ont ensuite été congelées à -20 °C dans des tubes de 1,5 mL, et la sève cellulaire obtenue à partir des feuilles congelées a été utilisée pour analyser le potentiel osmotique (Ψs) à l’aide de l’osmomètre.
Détermination de la teneur en eau relative des feuilles
La teneur en eau des feuilles des plantes transgéniques et de type sauvage a été examinée en détail. Le poids frais des feuilles a été mesuré et les feuilles ont été immergées dans de l’eau distillée pendant la nuit. Par la suite, le poids turgescent des feuilles a été enregistré, tandis que le poids sec a été déterminé en incubant les feuilles à 70 °C pendant 72 h. La RWC de la feuille a été calculée à l’aide de la formule suivante :

REMARQUE : Pour analyser avec précision le potentiel osmotique à l’aide d’un osmomètre, les feuilles doivent être congelées à -20 °C une fois que le potentiel hydrique a été déterminé.
Attributs de rendement
Les caractéristiques de rendement de la canne à sucre ont été mesurées au stade de la récolte, telles que la hauteur de la canne (cm), le diamètre, le nombre de tiges broyables, le brix ( %) et la biomasse des pousses et des racines.
Analyses statistiques
Les expériences sur le terrain (contrôlées à l’aide d’une clôture) ont été réalisées à l’aide d’un plan de conception en blocs complets randomisés avec trois répétitions par traitement (cinq plantes par répétition ; n = 15). Une analyse bidirectionnelle de la variance a été effectuée pour analyser les changements dans différents caractères agronomiques et physiologiques à un niveau de signification de P ≤ 0,05.