Les fonctions cérébrales sous-jacentes à la sensation, à la cognition et à l’action sont organisées et distribuées sur de vastes échelles spatiales et temporelles, allant des pointes de neurones uniques aux champs électriques générés par des populations de neurones dans une colonne corticale à l’organisation topographique des colonnes dans les zones du cerveau (par exemple, la somatotopie dans le cortex somatosensoriel, la tonotopie dans le cortex auditif primaire). Pour comprendre le fonctionnement du cerveau, il faut détecter des signaux électriques à travers ces échelles spatiales1. Les neurosciences disposent actuellement de nombreuses méthodes largement utilisées pour surveiller l’activité du cerveau. D’un point de vue électrophysiologique, les polytrodes laminaires (tels que les neuropixels) permettent de surveiller un nombre modeste (~300) de neurones uniques, généralement au sein d’une poignée de colonnes éloignées de distance, avec une résolution temporelle élevée (≥1 kHz). L’imagerie Ca2+ permet de surveiller un nombre modeste à grand de neurones uniques identifiés génétiquement et anatomiquement dans une étendue spatiale de ~1-2 mm à une résolution temporelle inférieure (~10 Hz)2. L’IRMf permet de surveiller l’état métabolique d’un grand nombre de neurones (~1 M de neurones dans un volume de 36 mm3 ) dans l’ensemble du cerveau à une résolution temporelle très faible (~0,2 Hz). L’EEG/MEG permet de surveiller l’activité électrique de l’ensemble de la surface corticale/du cerveau à une résolution temporelle modeste (<100 Hz) et à une très faible résolution spatiale (centimètres)3. Bien que chacune de ces méthodologies ait fourni des informations fondamentales et synergiques sur le fonctionnement du cerveau, les méthodes qui permettent la détection directe de signaux électrophysiologiques à haute résolution temporelle à partir de positions anatomiques précises dans de vastes régions spatiales du cortex sont naissantes. La nécessité d’une large couverture spatiale est soulignée par le fait que dans le cerveau, la fonction neuronale change beaucoup plus radicalement à la surface qu’à la profondeur4.
L’électrocorticographie (ECoG) est une méthode dans laquelle des grilles d’électrodes à faible impédance sont implantées à la surface du cerveau et permettent l’enregistrement ou la stimulation du cortex 1,5. L’ECoG est généralement déployé dans des contextes neurochirurgicaux humains dans le cadre du bilan clinique pour le traitement de l’épilepsie pharmacologiquement réfractaire. Cependant, il fournit également des informations uniques sur le traitement cortical distribué chez l’homme, comme la parole et la cartographie topographique sensorielle 6,7. Ces capacités ont motivé son utilisation dans des modèles animaux, notamment chez les singes, les rats et les souris 5,8,9,10,11. Chez les rongeurs, il a récemment été démontré que le micro-ECoG (μECoG) permet une surveillance électrique directe à haute résolution temporelle (~100 Hz) des populations neuronales avec une résolution spatiale en colonnes (~200 μm) et une large couverture spatiale (plusieurs millimètres). μECoG permet aux chercheurs d’étudier la dynamique neuronale distribuée associée au traitement sensoriel complexe, aux fonctions cognitives et aux comportements moteurs dans des modèles animaux12,13. Des progrès récents ont intégré μECoG à l’optogénétique et aux enregistrements de polytrodes laminaires 14,15,16,17,18,19,20, permettant des investigations multi-échelles des réseaux corticaux et comblant le fossé entre l’activité neuronale à l’échelle microscopique et la dynamique corticale à l’échelle macro 21,22. De manière critique, parce que le signal μECoG est très similaire chez les humains et les modèles animaux non humains, l’utilisation de μECoG rend la traduction des résultats et des découvertes des modèles animaux aux humains beaucoup plus directe23. En tant que telles, les approches intégratives sont cruciales pour faire progresser notre compréhension des circuits neuronaux et sont prometteuses pour le développement de nouvelles interventions thérapeutiques pour les troubles neurologiques 5,24,25.
Par conséquent, il existe un besoin émergent de protocoles qui intègrent des réseaux μECoG à haute densité avec des enregistrements laminaires et des outils optogénétiques pour permettre des investigations multi-échelles complètes du traitement cortical 8,26. Pour combler cette lacune, nous avons développé des dispositifs μECoG conçus sur mesure avec 128 électrodes à faible impédance avec un diamètre d’électrode de 40 μm et un espacement inter-électrode de 20 μm sur un substrat polymère flexible et transparent (parylène-C et polyimide) avec des perforations entre les électrodes, permettant des enregistrements simultanés de μECoG et de polytrode laminaire avec des manipulations optogénétiques13,22. Les principaux aspects de ce protocole expérimental comprennent : (i) la résolution spatiale en colonnes et la couverture à grande échelle de l’activité corticale par le biais de réseaux μECoG à haute densité ; (ii) la capacité d’enregistrer à partir de plusieurs couches corticales à l’aide de polytrodes laminaires insérés à travers la grille μECoG ; et (iii) l’incorporation de techniques optogénétiques pour activer ou inhiber sélectivement des populations neuronales spécifiques, permettant ainsi la dissection causale des circuits neuronaux 27,28,29. La configuration à haute densité permet des enregistrements à haute résolution spatiale, fournissant efficacement une « vue en colonne » de l’activité corticale, car des études antérieures ont montré que les signaux μECoG peuvent résoudre l’activité à une échelle spatiale comparable au diamètre de la colonne corticale du rongeur (~20 μm)11. Cette méthodologie intégrée permet une surveillance et une manipulation multi-échelles simultanées de l’activité neuronale, ce qui pourrait permettre des expériences causales pour déterminer les sources neuronales des signaux μECoG ainsi que le traitement cortical distribué. Pour atteindre ces objectifs, ce manuscrit fournit des protocoles détaillés pour l’utilisation de réseaux μECoG à haute densité en deux combinaisons.
Tout d’abord, nous décrivons μECoG combiné à la manipulation des cellules pyramidales de la couche 5 (L5) dans le cortex somatosensoriel primaire (S1) de la souris. Chez la souris, le réseau μECoG est placé par voie épidurale (en raison de l’intraitabilité chirurgicale de la durotomie chez la souris). Une fibre optique est positionnée sur la grille ou combinée à une lentille pour focaliser la lumière optogénétique sur une petite zone cible de la surface corticale. La stratégie optogénétique est décrite ici pour l’inhibition des neurones excitateurs de la couche 5, mais peut être facilement adaptée à n’importe quelle population de neurones pourvue de la lignée de souris exprimant Cre correspondante, spécifique à la population. Deuxièmement, nous décrivons l’utilisation combinée de μECoG avec des polytrodes laminaires en silicium pour enregistrer simultanément les potentiels électriques de surface corticale (CSEP) et l’activité de pointe unitaire de plusieurs neurones à travers les couches corticales du cortex auditif du rat (A1). Le réseau présente des perforations entre les électrodes, ce qui permet d’insérer des polytrodes laminaires multicanaux à travers la grille pour enregistrer l’activité neuronale à travers différentes couches corticales. Au cours de la procédure de craniotomie, le réseau μECoG est placé sous-duralement sur le cortex auditif et le polytrode laminaire est inséré à travers les perforations. Les signaux neuronaux de la sonde μECoG et de la sonde laminaire sont enregistrés simultanément, échantillonnés respectivement à 6 kHz et 24 kHz, à l’aide d’un système d’amplification connecté optiquement à un processeur de signal numérique.