Dans les petits modèles animaux de développement cardiovasculaire et de maladies, les simulations informatiques spécifiques du flux sanguin permettent des évaluations quantitatives de paramètres hémodynamiques difficiles à mesurer expérimentalement. Les simulations numériques de la dynamique des fluides mettent en lumière les rôles critiques de la mécanique dans la fonction cardiovasculaire et la progression de la maladie. L’acquisition d’images volumétriques de haute qualité des récipients d’intérêt est essentielle à la précision et à la reproductibilité des résultats de mesure morphologique et de quantification des débits. Cette étude propose une méthode rapide, rentable et accessible pour l’imagerie haute résolution de l’ensemble du système vasculaire de petits animaux à l’aide de la microscopie à fluorescence à feuillet de lumière. Le protocole modifié iDISCO+ (immunomarking-enabled three-dimensional imaging of solvant-cleared organs) implique (1) le marquage du système vasculaire avec un agent fluorescent, (2) la préservation de l’échantillon et (3) la transparence de l’échantillon. Contrairement à l’iDISCO+ classique, qui utilise une coloration immunohistochimique, les auteurs marquent l’endothélium vasculaire avec de la poly-L-lysine marquée FITC, un colorant fluorescent non spécifique abordable qui résiste très bien au photo-blanchiment, dans un processus appelé « endo-peinture ». L’étiquetage rapide réduit le temps de préparation des échantillons d’environ quatre semaines à moins de 3 jours. De plus, l’utilisation de solvant peu dangereux (ECi) comme agent de clarification et solution d’imagerie rend les échantillons plus sûrs à manipuler et conformes à un plus large éventail d’installations d’imagerie. Le protocole proposé est appliqué pour obtenir des empilements d’images de microscopie à fluorescence à feuillet de lumière à haute résolution du système cardiovasculaire dans des embryons de poussin allant du jour 3 (HH18) au jour 8 (HH34). Cette étude démontre en outre l’adéquation de cette méthode pour la quantification vasculaire par reconstruction 3D et modélisation hémodynamique computationnelle d’un embryon de poussin du jour 5 (HH 26).