L’un des défis des études biologiques est de détecter avec précision les matériaux de construction biologiques dans leur état natif et dans l’architecture intacte des cellules et des tissus. La spectroscopie Raman présente un potentiel sans précédent pour la détection des métabolites intrinsèques et des espèces chimiques dans les échantillons biologiques et a récemment été reconnue comme un outil émergent pour le profilage métabolique des échantillons biologiques1. En analysant les pics de divers groupes métaboliques montrés dans les spectres d’empreintes digitales Raman, de plus en plus de preuves montrent que les caractéristiques de l’empreinte digitale peuvent être utilisées pour détecter les premiers stades de maladies telles que le cancer 2,3,4, les troubles cardiaques 5,6 et les maladies neurodégénératives 7,8 et sont particulièrement utiles pour résoudre des problèmes biologiques fondamentaux 9,10 y compris l’imagerie des structures intracellulaires sans aucune perturbation de marquage11, la différenciation de divers états cellulaires12,13 et la classification des types cellulaires 14,15,16. La plupart des informations chimiques ( > 90 %) codées dans les spectres Raman se trouvent dans la région des empreintes digitales (500 à 1800 cm-1), ce qui rend cette région de loin la plus utile pour discriminer les compositions chimiques dans les échantillons biologiques17. Cependant, la faiblesse du signal Raman dans cette gamme de fréquences rend difficiles les applications de la spectroscopie d’empreintes digitales Raman aux études biologiques, en particulier pour les spécimens biologiques vivants et intacts1.
Les approches d’imagerie Raman cohérente (IRC) raccourcissent considérablement le temps d’acquisition des signaux Raman, mais la plupart d’entre elles acquièrent des segments spectraux relativement étroits et sont optimisées pour les signaux d’étirement CH forts entre 2800 et 3100 cm-1. Les CARS à bande étroite et la diffusion Raman stimulée (SRS) (Figure 1A, B) utilisent deux impulsions picosecondes, généralement pour acquérir une partie étroite du signal CH fort 18,19,20,21,22,23. Les approches IRC multiplexes, telles que les CARS multiplex (Figure 1C), utilisent une combinaison d’impulsions picosecondes et d’impulsions ~100 fs pour obtenir une gamme spectrale modérée (généralement ≤ 400 cm-1) généralement dans la région CH 24,25,26,27,28,29,30. L’acquisition d’un spectre Raman complet pertinent sur le plan biologique (de 600 à 3200 cm-1) par pixel à l’aide de ces approches d’imagerie est généralement prohibitive, car la plupart des signaux d’empreintes digitales sont 10 à 100 fois plus faibles que les signaux d’étirement CH31. Contrairement à la plupart des approches CRI, la diffusion Raman cohérente anti-Stokes à large bande (BCARS) est optimisée pour l’acquisition à large bande en une seule fois qui couvre les régions d’empreinte digitale et d’étirement CH 31,32,33. Le BCARS utilise les interactions intra-impulsions d’une impulsion fs de ~10 pour exciter efficacement les vibrations à basse fréquence (empreinte digitale) (Figure 1D), et utilise le même mécanisme que le CARS multiplexe, la combinaison de l’impulsion fs et d’une impulsion ps pour générer une cohérence vibratoire dans la région d’étirement CH (Figure 1C)32,33. De plus, les signaux BCARS sont intrinsèquement calibrés en raison de leur interaction avec le fond non résonant (NRB), ce qui permet d’obtenir un spectre Raman complet quantitatif et invariant par impulsion laser à chaque pixel31, avec la capacité d’acquérir rapidement des données à haut contenu en information à partir de cellules, de tissus intacts et d’organismes biologiques vivants 32,34,35,36,37,38 et 39.
Les spectres BCARS bruts acquis contiennent un fort « bruit de fond non résonant » (NRB). Le NRB est la contribution de la réponse électronique aux impulsions laser qui n’est pas chimiquement spécifique. Le NRB interfère de manière cohérente avec le signal de résonance vibratoire, agissant comme un amplificateur hétérodyne32. Le NRB déforme également le spectre Raman sous-jacent (Figure 2A), mais le spectre Raman peut être récupéré tant que des sections spectrales contiguës significatives sont acquises. À l’heure actuelle, il n’existe aucune méthode de post-traitement permettant de séparer le signal CARS résonant de la composante non résonante à l’aide d’une approche CARS à bande étroite. La récupération du signal Raman à partir du signal CARS à large bande peut être réalisée en utilisant la relation de Kramers-Kronig dans le domaine temporel (ou transformée de Hilbert)33,40 (Figure 2B), l’entropie maximale41,42 ou l’apprentissage automatique 43,44,45,46,47,48 Approches. Notez que les deux premières méthodes récupèrent analytiquement la phase (le signal Raman résonant) à partir des spectres BCARS bruts, les approches d’apprentissage automatique peuvent être fortement dépendantes de l’instrumentation et des modèles d’entraînement.
Alors que la microscopie BCARS permet une caractérisation sans marquage du profilage métabolique des échantillons biologiques, le même laser supercontinuum (950 - 1200 nm pour la configuration BCARS présentée dans ce travail) utilisé pour la génération de signaux BCARS peut également exciter une large gamme de colorants, tels que les colorants à base de rhodamine, de bodipy, à base de fluor Alexa et de cyanine, et diverses protéines fluorescentes, y compris GFP et mCherry49. 50. Paragraphe 50. Par rapport à l’excitation monophotonique à l’aide de lasers à ondes continues visibles (CW), la microscopie à fluorescence multiphotonique, telle que la microscopie d’imagerie à vie de fluorescence à deux photons (2p-FLIM) et la microscopie à fluorescence à excitation à deux photons (TPEF), l’utilisation de la lumière proche infrarouge (NIR) offre une profondeur de pénétration d’échantillon plus profonde, une capacité de sectionnement 3D intrinsèque, des images à contraste élevé et une bonne résolution comparable à la microscopie confocale de pointe, ce qui en fait un outil attrayant pour les applications biologiques. recherche 51,52. La microscopie d’imagerie à durée de vie de fluorescence (FLIM) utilisant une approche de comptage de photons uniques corrélée dans le temps (TCSPC) détecte les signaux de décroissance de fluorescence excités de manière répétée par une source laser modulée dans le temps53,54. Le spectre de fluorescence d’un fluorophore donné peut changer en fonction de facteurs environnementaux tels que la polarité du solvant, mais ces changements sont généralement subtils. D’autre part, les durées de vie de la fluorescence varient souvent de deux facteurs ou plus avec des changements environnementaux tels que les valeurs de pH55, la viscosité56, la polarité57 et la concentration d’espèces ioniques58,59, les interactions de liaison, la présence de trempeurs ou les changements structurels53,54. Cette propriété unique de la durée de vie de la fluorescence fournit un contraste de signal supplémentaire dans l’imagerie de fluorescence et a résolu avec succès les problèmes d’interférence de l’autofluorescence dans l’imagerie cellulaire et tissulaire60, en démélangeant plusieurs fluorophores à l’aide d’une approche FLIM résolue spectralement61, le diagnostic et le traitement du cancer62, la détection sans marquage de l’hétérogénéité cellulaire63 et les changements métaboliques64,65.
Dans ce travail, nous introduisons une plateforme d’imagerie multimodale combinant BCARS, 2p-FLIM et TPEF. À notre connaissance, c’est la première fois qu’une plateforme d’imagerie permettant l’imagerie BCARS et 2p-FLIM/TPEF est simultanée. Nous démontrons les capacités d’imagerie in vivo de cet instrument à l’aide d’un organisme modèle génétiquement traitable largement utilisé, Caenorhabditis elegans (C. elegans). Nous montrons que les spectres BCARS, les désintégrations 2p-FLIM du rouge du Nil (un colorant lipidique vital) et les signaux GFP de fluorescence à deux photons d’un marqueur lipidique rapporté (DHS-3 ::GFP) peuvent être acquis simultanément in vivo à partir de vers colorés au rouge du Nil. Un guide pratique pour l’approche d’imagerie présentée ici comprend (i) l’échantillon doit être optiquement transparent et d’une épaisseur généralement inférieure à 100 μm ; (ii) L’état de coloration peut être différent selon les colorants et les échantillons. Dans les résultats de la coloration rouge du Nil de C. elegans présentés ici, la concentration de rouge du Nil est au niveau ~μM, et le temps de coloration peut varier de quelques heures à une nuit66 ; iii) un environnement sombre de l’échantillon est nécessaire pour éviter toute fuite de lumière visible dans les détecteurs 2p-FLIM/TPEF. Ces conditions d’imagerie sont identiques à celles de la plupart des microscopies optiques non linéaires et de la microscopie à fluorescence. De plus, notre système présenté ici peut être appliqué pour détecter d’autres colorants et rapporteurs fluorescents en plus du rouge du Nil et du GFP en introduisant un laser Ti :Sapphire fs supplémentaire qui couvre la gamme 700 -950 nm pour l’excitation de fluorescence à deux photons. Ainsi, alors que les résultats représentatifs décrits dans ce protocole sont l’imagerie in vivo de C. elegans colorés exprimant la GFP, la plateforme de bioimagerie chimique à très haut contenu en information a des applications vastes et de grande portée.