Cette étude a été menée selon les critères de classification EULAR/ACR 2019. Cette étude a été approuvée par l’hôpital populaire de Shenzhen (numéro d’approbation du comité d’éthique LL-KY-2019514).
Analyse de randomisation mendélienne (RM)
Sources de données GWAS
Les données d’association génétique pour le LED et 565 métabolites ont été obtenues à partir de la base de données OpenGWAS (https://gwas.mrcieu.ac.uk/). Les ensembles de données GWAS sur les maladies sont résumés dans le tableau 1, tandis que les sources et la taille des échantillons pour les données GWAS sur les métabolites sont détaillées dans le tableau 2. Ces ensembles de données ont servi de base à l’analyse RM visant à explorer les relations causales entre les métabolites et les LED13, 14, 15 et 16.
Sélection des variables instrumentales
Les variantes génétiques associées aux métabolites sanguins et au LED ont été sélectionnées comme variables instrumentales (IV) pour l’analyse RM. Les IV ont été choisis sur la base des trois hypothèses fondamentales de la RM : pertinence, indépendance et restriction d’exclusion17. Plus précisément, les polymorphismes mononucléotidiques (SNP) associés aux métabolites à un seuil de signification à l’échelle du génome de P < 5 × 10-8 ont été sélectionnés18. Pour assurer l’indépendance entre les IV, un agglomération de déséquilibre de liaison (LD) a été effectué avec un seuil de r2 < 0,001 et une distance physique de 10 000 kb en utilisant la population européenne comme panel de référence19. Ce processus a minimisé la redondance et a permis de s’assurer que chaque IV fournissait des informations uniques pour l’analyse RM.
Analyses statistiques
La principale approche statistique pour l’analyse RM était la méthode pondérée en fonction de l’inverse de la variance (IVW), qui combine les effets de plusieurs IV pour estimer l’effet causal des métabolites sur l’ELS20. Pour tenir compte de la pléiotropie potentielle, des analyses de sensibilité ont été effectuées à l’aide de la régression MR-Egger21. La force de chaque IV a été évaluée à l’aide de statistiques F, seuls les SNP présentant F > 10 ont été retenus pour assurer une force d’instrument robustede 22. Les SNP avec des statistiques F plus faibles ont été exclus pour éviter un biais d’instrument faible. Les analyses RM finales n’ont été effectuées que lorsqu’aucune hétérogénéité ou pléiotropie significative n’a été détectée, ce qui garantit la fiabilité des estimations causales23.
Analyses de sensibilité
Plusieurs analyses de sensibilité ont été utilisées pour évaluer la robustesse des résultats de l’IRM. L’hétérogénéité entre les IV a été évaluée à l’aide du test Q de Cochran, tandis que la pléiotropie a été évaluée à l’aide de la régression MR-Egger24. De plus, une analyse a été effectuée pour déterminer si les résultats de l’IRM étaient influencés de manière disproportionnée par un seul SNP25. Des graphiques forestiers ont été générés pour visualiser les effets individuels et combinés des IV. Ces analyses ont permis de s’assurer collectivement que les résultats de la RM n’étaient pas biaisés par des effets pléiotropiques ou des SNP aberrants.
Source de données métabolomique
Les données métabolomiques utilisées dans cette étude sont dérivées d’une étude précédemment publiée par notre groupe de recherche10. Dans cette étude, nous avons effectué des analyses métabolomiques sur des échantillons de sérum de 121 patients atteints de LED et de 106 individus en bonne santé. Un profilage métabolomique non ciblé a été réalisé à l’aide d’une chromatographie liquide à ultra-haute performance couplée à une spectrométrie de masse (UHPLC-MS). Les données ont été traitées à l’aide de flux de travail métabolomiques standard, y compris la détection des pics, l’alignement et la normalisation, afin d’identifier les métabolites significativement associés au LED. Ces métabolites ont ensuite été croisés avec les résultats de l’analyse RM afin d’identifier les métabolites qui se chevauchent. Des informations plus détaillées sont disponibles dans la publication précédente10. Les métabolites significativement associés dans l’analyse métabolomique et ceux présentant des associations causales significatives dans l’analyse RM ont été cartographiés à leurs identifiants HMDB respectifs à l’aide de la plateforme MetaboAnalyst. Les métabolites communs ont ensuite été identifiés en croisant les deux ensembles d’identifiants HMDB.
Mesures de cytokines et dosage de l’apoptose
Au total, 3 patients atteints de LED ont été recrutés (tableau 3), conformément aux critères de classification EULAR/ACR 2019.
Prélèvement d’échantillons de sang périphérique et isolement des lymphocytes
Des échantillons de sang périphérique (3 à 6 ml) ont été prélevés chez les participants à l’aide de tubes à vide contenant de l’héparine sodique comme anticoagulant. Les cellules mononucléées du sang périphérique (PBMC) ont été isolées par centrifugation à gradient de densité Ficoll-Paque (400-800 × g pendant 20-30 min). Les cellules isolées ont été lavées deux fois avec une solution saline tamponnée au phosphate (PBS, HyClone) par centrifugation à basse vitesse (250 × g pendant 10 min) et remises en suspension dans un milieu RPMI-1640 complet complété par 10 % de sérum de veau fœtal. La densité des cellules a été ajustée à 1 × 106 cellules/mL, comme vérifié par un compteur automatique de cellules. La suspension cellulaire a été ensemencée dans des plaques de culture et pré-incubée pendant 2 heures à 37 °C dans une atmosphère à 5 % de CO2 pour favoriser l’adhérence. Après la pré-incubation, les cellules non adhérentes du surnageant de culture ont été soigneusement prélevées et soumises à l’isolement des lymphocytes. La suspension collectée a été délicatement superposée sur Ficoll-Paque et centrifugée à nouveau à 400 × g pendant 20 min sans frein. La couche cellulaire mononucléaire à l’interface plasma-Ficoll a été soigneusement aspirée, lavée deux fois avec une solution saline tamponnée au phosphate (PBS) et remise en suspension dans un milieu RPMI-1640 contenant 10 % de sérum fœtal bovin. La viabilité et la concentration des cellules ont été évaluées à l’aide du compteur automatique de cellules, et les lymphocytes ont ensuite été utilisés pour des applications en aval.
Traitement cellulaire et culture
Les cellules ont été divisées en cinq groupes pour le traitement : Groupe témoin : Traité avec un volume égal de DMSO. Groupe de traitement du cholestérol : Traité avec du cholestérol à une concentration de 1,5 mmol/L. La concentration de 1,5 mmol/L de cholestérol libre utilisée dans cette étude a été sélectionnée pour simuler un microenvironnement riche en lipides au-delà des niveaux physiologiques. Le cholestérol libre circulant chez les personnes en bonne santé varie généralement de 0,9 à 1,3 mmol/L. La concentration légèrement élevée utilisée dans ces expériences visait à imiter l’accumulation pathologique de lipides qui peut se produire dans les tissus enflammés ou métaboliquement perturbés du LED. Groupes de traitement au stéaramide : Traité avec du stéaramide à des concentrations de 5 μmol/L et 10 μmol/L. Les concentrations de stéaramide (5 et 10 μmol/L) ont été choisies sur la base d’un rapport antérieur26, qui suggérait que des concentrations de stéaramide de l’ordre de 5 à 10 μmol/L pourraient imiter une accumulation élevée de lipides dans des conditions pathologiques. L’intention ici était d’explorer les effets pro-apoptotiques et immunomodulateurs d’une exposition à des lipides à haute concentration sur les lymphocytes LED, en simulant des états inflammatoires ou métaboliquement dérégulés. Le cholestérol et le stéaramide ont d’abord été dissous dans du DMSO pour préparer des solutions mères à haute concentration, qui ont ensuite été diluées dans un milieu de culture pour atteindre les concentrations cibles. La concentration finale de DMSO dans tous les groupes n’a pas dépassé 0,1 % (v/v). Après l’ajout des traitements respectifs, les plaques ont été doucement secouées pour assurer une répartition uniforme et incubées pendant 48 h à 37 °C dans un environnement à 5 % de CO2.
Dosage de l’apoptose
Pour les expériences d’apoptose, 1 × 106 à 3 × 106 cellules ont été prélevées et lavées deux fois avec du PBS pré-réfrigéré. Un groupe témoin positif a été préparé en remettant les cellules en suspension dans 500 μL de solution de contrôle positive à l’apoptose pré-refroidie et en les incubant sur de la glace pendant 30 minutes, suivies d’un autre lavage PBS. Les groupes expérimentaux ont été traités comme décrit à la rubrique 1.7, avec des traitements témoins, au cholestérol (1,5 mmol/L) et au stéaramide (10 μmol/L). Après le traitement, 1 à 10 × 105 cellules (y compris celles du surnageant de culture) ont été recueillies et remises en suspension dans 500 μL de tampon de liaison 1× (préparé en diluant 5× solution mère avec de l’eau doublement distillée). Chaque échantillon a été mélangé avec un nombre égal de cellules vivantes non traitées, et le volume a été ajusté à 1,5 mL avec un tampon de liaison de 1× pré-refroidi. La suspension a ensuite été divisée en trois tubes : un pour le contrôle des flans et deux pour la compensation de la tache unique (Annexin V-FITC et PI). À chaque tube expérimental, 5 μL d’Annexin V-FITC et 10 μL de solution de coloration PI ont été ajoutés, suivis d’un vortex et d’une incubation à température ambiante dans l’obscurité pendant 5 minutes. La cytométrie en flux a été réalisée à l’aide d’un laser d’excitation de 488 nm pour détecter l’annexine V-FITC (émission à 530 nm) et PI (émission à 615 nm). Le tube de contrôle à blanc a été utilisé pour régler les tensions de diffusion directe (FSC), de diffusion latérale (SSC) et de canal de fluorescence, tandis que les tubes à coloration unique ont été utilisés pour la compensation de fluorescence. L’apoptose a été analysée à l’aide de diagrammes de dispersion à deux paramètres pour évaluer la proportion de cellules apoptotiques27,28.
Détection des facteurs immunitaires
Après l’incubation de 48 heures, les suspensions cellulaires ont été centrifugées (250 × g pendant 5 min) pour recueillir les surnageants de culture, qui ont été stockés à -80 °C jusqu’à l’analyse. La quantification des cytokines a été effectuée à l’aide d’un panel commercial de réponse immunitaire essentielle humaine, en suivant les instructions du fabricant avec des optimisations pour l’instrument. En bref, 25 μL de tampon d’essai et 25 μL d’étalons (allant de 2,4 à 10 000 pg/mL) ou d’échantillons ont été ajoutés à chaque puits d’une microplaque. Le mélange de billes a été vortex pendant 30 s et ajouté aux puits, ce qui a porté le volume total de réaction à 75 μL. La plaque a été incubée en secouant (800 tr/min) à température ambiante pendant 2 h dans l’obscurité. Après deux lavages automatisés (1× tampon de lavage, 250 × g pendant 5 min), 25 μL d’anticorps de détection biotinylés ont été ajoutés à chaque puits et incubés pendant 1 h. Par la suite, 25 μL de streptavidine-phycoérythrine (SA-PE) ont été ajoutés pendant 30 minutes pour amplifier le signal.
L’acquisition des données a été réalisée à l’aide d’un cytomètre en flux équipé d’un laser d’excitation de 488 nm et d’un filtre de 575/26 nm pour la détection de l’EP. Avant chaque expérience, des billes d’étalonnage ont été utilisées pour optimiser les tensions des tubes photomultiplicateurs et la compensation spectrale. Les données ont été analysées à l’aide du logiciel LEGENDplex v8.0, les concentrations de cytokines étant déterminées par ajustement de la courbe logistique à cinq paramètres (5PL). Les limites de détection pour chaque cytokine variaient de 0,68 pg/mL à 1,97 pg/mL, et les expériences ont été menées en double pour assurer la précision (coefficient de variation entre puits <10 %). Les résultats ont été exprimés en moyenne ±± en écart-type, et les différences statistiques entre les groupes ont été évaluées à l’aide d’une ANOVA à un facteur suivie du test post-hoc de Tukey dans un logiciel d’analyse statistique approprié. La période d’incubation de 48 heures a été choisie en fonction des changements dynamiques de la sécrétion de cytokines afin de saisir la réponse immunitaire de manière exhaustive. L’étalonnage quotidien de l’instrument et le contrôle de la concentration de DMSO (≤0,1 %) ont assuré la fiabilité et la reproductibilité des résultats 29,30,31.