Culture cellulaire et transfection
Les lignées cellulaires TPC-1 et K1 du carcinome thyroïdien humain (CT) ont été cultivées dans le milieu Eagle modifié (DMEM) de Dulbecco contenant 4,5 g/L de glucose, complété par 10 % de sérum de bovin fœtal et 100 μg/mL de pénicilline-streptomycine. Les cellules ont été maintenues à 37 °C dans un incubateur humidifié avec 5 % de CO2. Pour le traitement de l’hypoxie, 1 x 105 cellules ont été transférées dans une chambre hypoxique scellée équilibrée avec 1 % d’O2, 5 % de CO2 et 94 % de N2 à 37 °C pendant 24 h, sauf indication contraire. Une surexpression stable de lncPVT1 (lncPVT1 OE) et du témoin négatif (NC) correspondant a été générée dans les cellules TPC-1 et K1 à l’aide d’un système d’expression lentivirale, en suivant les instructions du fabricant.
Évaluation de la glycémie
Pour évaluer la consommation de glucose, des lignées cellulaires de carcinome thyroïdien ont été cultivées dans des conditions normoxiques (21 %O2) et hypoxiques (1 %O2) pendant 24 h. Les concentrations de glucose dans le milieu de culture ont été mesurées à l’aide d’un kit de dosage du glucose conformément au protocole du fabricant. Brièvement, 2 μL de milieu conditionné ont été mélangés avec un réactif de travail au glucose fraîchement préparé et incubés à 37 °C pendant 10 min. L’absorbance a été mesurée à 530 nm à l’aide d’un lecteur de microplaques pour quantifier les niveaux de glucose.
Évaluation du taux de lactate
Les lignées cellulaires de carcinome thyroïdien TPC-1 et K1 (2 x 104 cellules/puits) ont été cultivées dans des conditions normoxiques (21 % O2, 5 % CO2, 37 °C) et hypoxiques (1 % O2, 5 % CO2, 37 °C) pendant 24 h. Après l’incubation, les plaques de culture ont été centrifugées à 300 x g pendant 5 min à température ambiante pour granuler les cellules et les débris. Par la suite, 2 μL du surnageant clarifié ont été prélevés dans chaque puits et mélangés à 200 μL de réactif de dosage de lactate dans une plaque à 96 puits. Le mélange réactionnel a été incubé à 37 °C pendant 10 min, après quoi une solution d’arrêt a été ajoutée pour terminer la réaction. L’absorbance a été mesurée à 530 nm à l’aide d’un lecteur de microplaques. Les concentrations de lactate ont été déterminées en comparant les valeurs d’absorbance à une courbe standard générée à partir d’étalons de lactate connus (allant généralement de 0 à 20 nmol). Toutes les mesures ont été effectuées en trois exemplaires.
Essai de prolifération cellulaire
Les cellules de carcinome thyroïdien ont été ensemencées dans des plaques de 96 puits à une densité de 3 x 103 cellules par puits dans 100 μL de milieu de culture. Les cellules ont ensuite été incubées dans des conditions normoxiques (21 % O2, 5 % CO2, 37 °C) ou hypoxiques (1 % O2, 5 % CO2, 37 °C) pendant 0 h, 24 h ou 48 h. À chaque point temporel, 10 μL de réactif de prolifération cellulaire ont été ajoutés à chaque puits d’une plaque de 96 puits. La plaque a ensuite été incubée à 37 °C pendant 40 min. Après l’incubation, la densité optique à 450 nm (OD450) a été mesurée à l’aide d’un lecteur de microplaques pour quantifier la prolifération cellulaire. Toutes les mesures ont été effectuées dans au moins trois réplicats techniques.
Analyse qRT-PCR
L’ARN total a été extrait de 1 x 106 cellules de carcinome thyroïdien dans des conditions normoxiques (21 % O2, 5 % CO2, 37 °C) et hypoxiques (1 % O2, 5 % CO2, 37 °C) à l’aide d’un réactif d’extraction de thiocyanate-phénol-chloroforme de guanidinium conformément au protocole du fabricant. La pureté et la concentration de l’ARN ont été évaluées par spectrophotométrie en mesurant les rapports d’absorbance à 260/280 nm. Pour la synthèse de l’ADN complémentaire (ADNc), 500 ng d’ARN total ont été transcrits en sens inverse dans un volume de réaction de 20 μL contenant de la transcriptase inverse, des amorces hexamères aléatoires, des dNTP, un inhibiteur de RNase et un tampon de réaction. La transcription inverse a été effectuée à 25 °C pendant 10 min, suivie de 42 °C pendant 50 min, et terminée par un chauffage à 70 °C pendant 15 min.
La PCR quantitative a été réalisée à l’aide d’un système de détection basé sur SYBR Green dans un volume de réaction total de 20 μL contenant une matrice d’ADNc (dilution de 1:5 à 1:20 de la synthèse originale de l’ADNc), un mélange maître de PCR SYBR Green, des amorces directes et inverses (chacune à 0,2 μM) et de l’eau sans nucléases. L’amplification par PCR a été réalisée sur un thermocycleur dans les conditions de cycle suivantes : dénaturation initiale à 95 °C pendant 3 min ; 40 cycles de dénaturation à 95 °C pendant 15 s, de recuit à 60 °C pendant 30 s et d’extension à 72 °C pendant 30 s ; suivi d’une analyse de la courbe de fusion pour vérifier la spécificité de l’amplification.
Les séquences d’amorces de GLUT1, HK1, HK2, PGK1 et GAPDH (tableau 1) ont été conçues à partir des séquences publiées18 et synthétisées commercialement. Les niveaux d’expression des gènes cibles ont été normalisés en GAPDH et calculés à l’aide de la méthode 2-ΔΔCt 19.
Transfert Western
Après le traitement, les cellules du carcinome thyroïdien ont été lavées 2 fois avec une solution saline tamponnée au phosphate froid (PBS) et lysées à l’aide d’un tampon de test de radio-immunoprécipitation (RIPA) complété par un cocktail d’inhibiteurs de protéase. Les lysats cellulaires ont été incubés sur de la glace pendant 30 minutes avec mélange intermittent, puis centrifugés à 12 000 x g pendant 15 minutes à 4 °C pour éliminer les débris insolubles. La concentration protéique du surnageant a été déterminée à l’aide d’un dosage de l’acide bicinchoninique (ACB) conformément aux instructions du fabricant. Des quantités égales de protéines (30 μg par échantillon) ont été mélangées avec un tampon de charge 5x, bouillies à 95 °C pendant 5 min et chargées sur des gels de polyacrylamide SDS à 10 % pour la séparation électrophorétique. Les protéines ont été séparées par électrophorèse à 120 V pendant environ 90 min, puis transférées sur des membranes de fluorure de polyvinylidène (PVDF) à l’aide d’un système de transfert humide à 100 V pendant 90 min à 4 °C. Les membranes ont été bloquées avec du lait écrémé à 5 % dans une solution saline tamponnée au Tris contenant 0,1 % de Tween-20 (TBST) pendant 1 h à température ambiante pour éviter la liaison non spécifique. Par la suite, les membranes ont été incubées pendant la nuit à 4 °C avec des anticorps primaires dilués dans un tampon bloquant : anticorps anti-HIF-1α (1:3 000) et anticorps anti-bêta-actine (1:8 000). Après avoir été lavées 3 fois avec du TBST (chacune pendant 10 min), les membranes ont été incubées avec des anticorps secondaires conjugués à la peroxydase de raifort appropriés dilués à 1:5 000 dans un tampon bloquant pendant 1 h à température ambiante. Après trois lavages supplémentaires de TBST, les bandes de protéines ont été visualisées à l’aide d’un système de détection de chimiluminescence amélioré (ECL) et imagées à l’aide d’un système de documentation sur gel.
Double dosage de la luciférase
Afin d’étudier la régulation transcriptionnelle des gènes liés à la glycolyse par lncPVT1, les cellules TPC-1 ont été ensemencées dans des plaques de 24 puits à une densité de 1 x 10cellules 5 par puits et cultivées dans du DMEM contenant 4,5 g/L de glucose, complété par 10 % de sérum de bovin fœtal et 100 μg/mL de pénicilline-streptomycine pendant la nuit. Les cellules ont été co-transfectées avec 500 ng d’un plasmide rapporteur de luciférase de luciférase induit par un élément de réponse à l’hypoxie (HRE) et 50 ng de plasmide de contrôle de Renilla luciferase à l’aide d’un réactif de transfection à base de lipides à une concentration finale de 2 μL par puits, conformément aux instructions du fabricant. L’efficacité de la transfection a été confirmée en incluant une transfection parallèle avec un plasmide exprimant la GFP et en évaluant l’expression de la GFP au microscope à fluorescence 24 h après la transfection. Après une incubation de 24 heures dans des conditions normoxiques (21 % O2) ou hypoxiques (1 % O2), les activités de la luciférase ont été mesurées à l’aide d’un système de dosage à double rapporteur de luciférase. L’activité de la luciférase Firefly a été normalisée en fonction de l’activité de la Renilla luciferase, et le rapport a été utilisé pour l’analyse comparative entre les échantillons.
Analyse des données
Toutes les données ont été présentées en moyenne ± écart-type. Les évaluations statistiques ont été exécutées à l’aide d’un logiciel d’analyse statistique. Des comparaisons entre les groupes ont été effectuées à l’aide de tests t indépendants, et la signification statistique a été déterminée sur la base d’un seuil de valeur p inférieur à 0,05.