Toutes les opérations de pharmacologie en réseau ont été menées conformément aux Directives pour les méthodes d’évaluation de la pharmacologie en réseau. Toutes les procédures expérimentales ont été réalisées conformément aux règlements de gestion des laboratoires de l’Université scientifique et technologique de Zhejiang.
Pharmacologie des réseaux
Prédiction des cibles potentielles de GAS : Le SMILES canonique de GAS (PubChem CID : 1150) a été extrait de la basede données PubChem 42. La structure SMILES a été téléchargée dans la base de données SwissTargetPrediction (http://www.swisstargetprediction.ch/)43. Le paramètre d’espèce était réglé sur Homo sapiens. Les cibles prédites avec une valeur de probabilité > 0,1 ont été conservées afin de réduire les prédictions de faux positifs. Toutes les cibles protéiques prédites ont été standardisées en symboles géniques officiels à l’aide de la base de donnéesUniProt 43 (espèce limitée à Homo sapiens), et les entrées en double ont été supprimées.
Les gènes liés à la maladie d’Alzheimer ont été collectés à partir de la base de données GeneCards (https://www.genecards.org/)44,45 et de la base OMIM (https://www.omim.org/)46 en utilisant « Alzheimer » comme terme de recherche. Dans les GeneCards, les gènes avec un score de pertinence > 10 ont été sélectionnés. Les cibles obtenues à partir de GeneCards et OMIM ont été fusionnées, les doublons ont été retirés, et les noms de gènes ont été standardisés à l’aide de UniProt.
Les cibles GAS prédites et les gènes liés à la DA ont été importés sur la plateforme en ligne Venny 2.1 afin d’obtenir des cibles qui se chevauchent. Un total de 52 gènes intersectants (voir Tableau Supplémentaire 1) ont été identifiés comme cibles thérapeutiques potentielles du SGA dans la MA.
Les 52 cibles qui s’entrecroisent ont été téléchargées dans la base de données STRING (https://string-db.org/)47 pour l’analyse PPI. L’espèce a été réglée sur Homo sapiens, et le score minimum requis d’interaction a été fixé à 0,4 (confiance moyenne). Les nœuds déconnectés étaient cachés. Les données d’interaction obtenues ont été exportées et visualisées à l’aide du logiciel Cytoscape (version 3.9.1).
Analyse d’enrichissement GO et KEGG : Les 52 cibles croisées ont été téléchargées dans la base de données Metascape (https://metascape.org/)48 pour les analyses d’enrichissement de Gene Ontology (GO) et de la Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG). L’espèce était réglée sur Homo sapiens. Les critères d’enrichissement ont été définis comme étant < valeur p de 0,01, chevauchement minimum ≥ 3, et facteur d’enrichissement > 1,5. Les voies KEGG ont été classées selon la valeur p, et les 20 voies les plus significativement enrichies ont été sélectionnées pour la visualisation. Les résultats d’enrichissement ont été visualisés à l’aide d’une plateforme de bioinformatique en ligne.
Le fichier de structure protéique de GSK-3β a été obtenu à partir de la base de données RCSB PDB. Le fichier de structure de GAS au format SDF a été téléchargé depuis la base de données PubChem puis converti au format Mol2 à l’aide du logiciel Open Babel GUI. Les fichiers mentionnés ci-dessus ont été traités à l’aide d’un logiciel AutoDock pour ajouter des atomes d’hydrogène, éliminer les molécules d’eau et assigner des charges. Les fichiers traités ont ensuite été sauvegardés au format PDBQT. Après avoir détecté et traité les liaisons de torsion dans les molécules de ligand, les fichiers étaient ensuite stockés au format PDBQT. L’énergie de liaison la plus faible entre les deux molécules a été obtenue en effectuant un amarrage moléculaire à l’aide du logiciel AutoDock Vina. Par la suite, les résultats de l’amarrage ont été visualisés et analysés à l’aide de PyMOL.
Préparation de la solution de la crosse
La poudre d’OA (25 μg) a été complètement dissoute dans 1200 μL de 10 % de diméthylsulfoxyde (DMSO) préparée avec une solution stérile tamponnée phosphate (PBS) pour générer une solution de type stock à 25 μM. La solution d’origine était alicotée et stockée à -80 °C. Avant chaque expérience, l’OA était fraîchement dilué avec le Médium Eagle Modifié (DMEM) complet de Dulbecco (voir Tableau des matériaux) jusqu’aux concentrations de travail souhaitées. La poudre de gaz (20 mg) était dissoute dans 1,4 mL de PBS stérile, filtrée à travers une membrane de 0,22 μm pour la stérilisation, puis préparée sous forme de solution de 50 mM, stockée à -20 °C. Avant utilisation, la solution d’origine était diluée avec du DMEM complet aux concentrations de travail indiquées.
Construction du modèle de cellules AD
Des cellules SH-SY5Y du neuroblastome humain ont été obtenues et utilisées dans cette étude (voir tableau des matériaux). Les cellules SH-SY5Y ont été induites avec des concentrations de gradient d’OA (0, 10, 20, 40, 80, 160 nM) pour des durées de 12, 24 et 36 heures respectivement, afin d’établir le modèle des cellules AD.
Essai de viabilité cellulaire
Pour déterminer la concentration optimale et la durée d’induction d’OA pour établir le modèle de cellules AD, les cellules SH-SY5Y ont été traitées avec des concentrations de gradient d’OA (0, 10, 20, 40, 80 et 160 nM) pour différentes périodes (12, 24 et 36 h), et la viabilité cellulaire a été évaluée à l’aide du testCCK-8 49. Les cellules SH-SY5Y ont été ensemencées en plaques de 96 puits à une densité de 7,5 × 10cellules de 3 par puits dans 100 μL de DMEM complet. Les plaques ont été incubées à 37 °C dans un incubateur humidifié avec 5 % de CO₂ pendant 24 heures afin de permettre l’attachement cellulaire. Après 24 heures d’attachement, 100 μL de solution de travail OA ont été ajoutés à chaque puits pour atteindre des concentrations finales de 0, 10, 20, 40, 80 et 160 nM sur un volume total de 200 μL par puits. Le groupe témoin (CON) a reçu un volume égal de DMEM complet sans OA, tandis que le groupe OA a reçu OA aux concentrations indiquées. Les cellules ont été incubées pendant 12 heures, 24 heures ou 36 heures dans des conditions de culture standard. Chaque concentration et chaque moment temporel étaient réglés avec six puits répliqués. Trois puits vierges (uniquement le milieu) étaient inclus pour la correction de fond.
Détermination de l’indice de stress oxydatif cellulaire
Les cellules SH-SY5Y en phase de croissance logarithmique ont été ensemencées en une plaque à 6 puits. Après le traitement cellulaire, le milieu précédent a été jeté des puits. Par la suite, les puits ont été lavés trois fois avec du PBS pré-refroidi à 4 °C. Ensuite, un tampon de lyse cellulaire a été ajouté, et les cellules ont été lysées sur glace selon la méthode appropriée indiquée par le kit. La teneur en protéines des échantillons a été quantifiée à l’aide du kit de test des protéines BCA (voir Tableau des matériaux). Les activités du T-AOC, SOD et MDA ont été déterminées selon les instructions fournies avec les kits de test respectifs (voir Tableau des matériaux).
Détection de l’apoptose cellulaire
L’apoptose cellulaire a été évaluée à l’aide d’un kit de double coloration Annexin V-FITC/PI (voir Tableau des matériaux) selon les instructions du fabricant. En résumé, des cellules flottantes et des cellules adhérentes ont été prélevées. Les cellules adhérentes ont été digérées à l’aide de trypsine sans EDTA pour éviter les dommages aux membranes artificielles et combinées avec des cellules flottantes. Les cellules ont été lavées deux fois avec du PBS froid et resuspendues dans 500 μL de tampon de liaison 1× à une densité de 0,5–1 ×10,6 cellule.
Par la suite, 5 μL d’Annexine V-FITC et 5 μL de Propidium Iodure (PI) ont été ajoutés à chaque échantillon, légèrement mélangés, puis incubés à température ambiante dans l’obscurité pendant 10 à 20 minutes. Les échantillons ont été placés sur la glace et analysés en moins d’une heure à l’aide d’un cytomètre en flux.
Pour l’analyse cytométrique en flux, des contrôles non colorés et des contrôles à une seule coloration (Annexin V-FITC seulement et PI uniquement) ont été utilisés pour définir les paramètres de compensation et les portes de quadrants. La grille de diffusion avant et latérale (FSC/SSC) a été appliquée pour la première fois pour exclure les débris et les agrégats cellulaires. Un minimum de 10 000 événements par échantillon a été réalisé. Les données ont été analysées à l’aide du logiciel FlowJo.
Analyse quantitative PCR en temps réel (RT-qPCR)
Selon les instructions fournies par le kit de transcription inverse AG, l’ARN extrait a été soumis à une transcription inverse pour générer de l’ADN complémentaire (ADNc), qui a ensuite été dilué 10 fois avec de l’eau stérile servant de modèle. Le système de réaction RT-qPCR a été préparé selon le protocole du kit Green Master Mix (No Rox), et l’analyse a été réalisée à l’aide d’un instrument de PCR quantitative fluorescente (voir Tableau des matériaux). Les valeurs de Ct obtenues ont été traitées et analysées, et les niveaux d’expression des gènes cibles ont été calculés à l’aide de la méthode 2-ΔΔCt, où ΔCt représente la différence entre les valeurs de Ct dans le groupe traité et GAPDH, et ΔΔCt représente la différence entre les valeurs de ΔCt dans le groupe traité et le groupe témoin. La liste des amorces se trouve dans le Tableau Supplémentaire 2.
Analyse du Western blotting
Le tampon de lyse cellulaire, ainsi qu’un inhibiteur de protéase et un inhibiteur de phosphatase, ont été combinés dans un ratio de 100:1:1. Les cellules ont été lysées pour extraire des protéines cellulaires. La concentration en protéines a été déterminée à l’aide du kit de test BCA. Les protéines (20–30 μg par voie) ont été séparées sur des gels SDS-PAGE à 10 % à 80 V pour le gel d’empilement et 120 V pour le gel résolus. Les protéines ont été transférées dans les membranes de PVDF (0,45 μm) à 300 mA pendant 90 minutes grâce au transfert humide. La membrane a été bloquée avec 5 % de lait écrémé à température ambiante pendant 2 heures, suivie d’une incubation nocturne avec un anticorps primaire (voir Tableau des matériaux) à 4 °C. Après incubation avec l’anticorps secondaire à température ambiante pendant 1 heure, la membrane a été lavée quatre fois avec TBST pendant 5 minutes chacune. Les bandes ont été visualisées à l’aide de réactifs de détection par chimiluminescence améliorée (ECL) (voir Tableau des matériaux), et la détection a été réalisée à l’aide d’un système d’imagerie sur gel. Les valeurs en niveaux de gris ont été analysées à l’aide du logiciel ImageJ pour obtenir des informations sur les données.