Cette étude ne concernait que des lignées cellulaires commerciales établies et n’incluait pas de participants humains, d’échantillons cliniques ou d’expériences animales. Par conséquent, l’approbation éthique institutionnelle et le consentement éclairé n’étaient pas requis. Toutes les expériences ont été menées conformément aux directives de sécurité des laboratoires institutionnels. Les réactifs dangereux étaient manipulés dans des hottes désignées, avec l’utilisation d’équipements de protection individuelle (EPI) appropriés. Les déchets chimiques et biologiques étaient éliminés conformément aux règlements institutionnels. Les produits chimiques, kits et réactifs utilisés dans le protocole sont listés dans le tableau des matériaux.
1. Culture cellulaire
Les macrophages murins RAW264.7, les cellules de carcinome cervical humain HeLa et HEK293T cellules embryonnaires rénales humaines ont été achetés auprès de la Banque cellulaire de l’Académie chinoise des sciences (Shanghai, Chine). Toutes les cellules ont été maintenues dans le Médium Eagle Modifié (DMEM) de Dulbecco, contenant 10 % de sérum bovin fœtal (FBS) et 1 % de pénicilline-streptomycine. L’environnement de culture était fixé à 37 °C avec 5 % de CO₂ et une humidité saturée.
2. Analyse de viabilité cellulaire
La viabilité cellulaire a été évaluée via un test Cell Counting Kit-8 (CCK-8). 264,7 cellules RAW264,7 (2,5 × 104 cellules/puits) ont été placées en plaques de 96 puits et cultivées toute la nuit à 37 °C. Les cellules ont ensuite été traitées avec des concentrations variables de XTT pendant 24 heures, avec ou sans LPS (0,5 μg/mL). La concentration de LPS et la durée du traitement ont été optimisées lors d’expériences préliminaires pour induire des réponses inflammatoires modérées sans provoquer de cytotoxicité significative. Par la suite, 10 μL de réactif CCK-8 ont été ajoutés à chaque puits, et la plaque a été maintenue à 37 °C pendant 2 heures. L’absorbance a été mesurée à 540 nm à l’aide d’un lecteur de microplaques.
3. Détermination des niveaux de NO et PGE₂ dans le milieu de culture cellulaire
Les cellules RAW264,7 ont été placées en plaques à 24 puits à une densité de 2,5 × 10 cellulesde 5 puits et cultivées toute la nuit à 37 °C. Les cellules ont été prétraitées avec XTT pendant 2 heures avant la stimulation LPS ou TNF-α (15 ng/mL) pendant 24 heures supplémentaires. La période pré-traitement de 2 h a été choisie afin de permettre une interaction adéquate entre la XTT et les cibles cellulaires avant le défi inflammatoire. Les niveaux d’oxyde nitrique (NO) et de prostaglandine E₂ (PGE₂) dans le milieu de culture ont été quantifiés selon les protocoles du fabricant.
4. Réaction en chaîne quantitative en temps réel par polymérase (qRT-PCR)
264,7 cellules RAW264,7 (2 × 106 cellules) ont été placées en plaques à 6 puits pendant la nuit et prétraitées avec diverses doses de XTT pendant 2 heures avant le test LPS (0,5 μg/mL) pendant 24 heures. L’ARN total a été isolé à l’aide d’un réactif TRIzol selon les instructions du fabricant. La concentration et la pureté de l’ARN ont été évaluées à l’aide d’un spectrophotomètre, et des échantillons avec des rapports A260/A280 >1,8 ont été utilisés pour les analyses en aval.
L’ARN total (2 μg) a été rétrotranscrit en ADNc dans un volume de réaction final de 20 μL à l’aide d’un kit de synthèse d’ADNc. La PCR quantitative en temps réel a été réalisée en utilisant la chimie verte SYBR sur un système de détection PCR en temps réel. Les séquences d’amorces étaient les suivantes :
iNOS avant : 5′-GGA TCT TCC CAG GCA ACC A-3′
iNOS marche arrière : 5′-AAT CCA CAA CTC GCT CCA AGA TT-3′
COX2 avant : 5′-CAA CAC CTG AGC GGT TAC-3′
COX2 marche arrière : 5′-GTT CCA GGA GGA TGG AGT-3′
IL-1β avant : 5′-GCC TTG GGC CTC AAA GGA AAG AAT C-3′
IL-1β inverse : 5′-GGA AGA CAC AGA TTC CAT GGT GAA G-3′
IL-6 avant : 5′-TGG AGT CAC AGA AGG AGT GGC TAA G-3′
IL-6 revers : 5′-TCT GAC CAC AGT GAG GAA TGT CCA C-3′
TNF-α avant : 5′-CAC CAC GCT CTT CTG TCT-3′
TNF-α revers : 5′-GGC TAC AGG CTT GTC ACT C-3′
GAPDH avant : 5′-TGC ACC ACC TGC TGC TTA GC-3′
GAPDH revers : 5′-GGC ATG GAC TGT GGT CAT GAG-3′
La procédure d’amplification par PCR s’est déroulée ainsi : dénaturation initiale à 95 °C pendant 5 minutes, suivie de 39 cycles à 95 °C pendant 15 s et 60 °C pendant 30 s. Les niveaux relatifs d’expression génique ont été calculés à l’aide de la méthode 2−ΔΔCt avec le GAPDH comme contrôle interne.
5. Plaque western
Après traitement, les cellules RAW264,7 ont été homogénéisées dans un tampon RIPA contenant des inhibiteurs de protéase et de phosphatase. Ces inhibiteurs étaient préparés frais immédiatement avant utilisation afin de prévenir la dégradation et la déphosphorylation des protéines. Les niveaux totaux de protéines ont été quantifiés à l’aide d’un kit de test BCA. Des quantités égales de protéines ont été séparées par électrophorèse en gel de dodécyle sulfate de sodium et polyacrylamide à 10 % et transférées sur des membranes de nitrocellulose. Après le transfert, les membranes ont été incubées avec 5 % de lait écrémé préparé dans un TBST contenant Tween-20 (TBST) pour le blocage, puis sondées avec des anticorps primaires (dilution 1:1 000) pendant la nuit à 4 °C. Les membranes ont ensuite été sondées avec des anticorps secondaires conjugués à la peroxydase de raifort (dilution 1:5 000) pendant 1 h à température ambiante. Les bandes protéiques ont été détectées à l’aide d’un système de détection de chimiluminescence, et les intensités des bandes ont été analysées par quantification densitométrique.
6. Dosage d’immunofluorescence
Les cellules HeLa ont été ensemencées en plaques à 6 puits et pré-traitées avec du XTT (8 μM) pendant 4 h avant la stimulation du TNF-α (15 ng/mL) pendant 30 minutes. Cette période de 4 heures avant l’incubation a été choisie pour maximiser l’engagement de la cible avant l’activation du NF-κB. Les cellules ont été fixées avec 4 % de paraformoldéhyde pendant 15 minutes et perméabilisées avec 0,25 % de Triton X-100 pendant 15 minutes à température ambiante. Après un blocage avec 2 % d’albumine sérique bovine (BSA) et 10 % de sérum de chèvre dilués dans du sérum tamponné phosphate (PBS), les cellules ont été incubées avec un anticorps primaire anti-p65 (dilution 1:250) pendant la nuit à 4 °C, suivies d’une sonde avec un anticorps secondaire conjugué au TRITC (dilution 1:1 000) pendant 1 h à température ambiante. Les noyaux ont été contre-colorés avec DAPI (0,5 μg/mL) pendant 5 minutes dans l’obscurité. Des images de fluorescence ont été capturées à l’aide d’un microscope à fluorescence. Les cellules HeLa ont été sélectionnées car leur important rapport cytoplasme/noyau facilite la visualisation de la translocation nucléaire p65.
7. Fractionnement cytoplasmique et nucléaire
Les cellules HeLa ont été pré-incubées avec du XTT pendant 4 heures puis stimulées avec du TNF-α (15 ng/mL) pendant 30 minutes. Les cellules ont été collectées, rincées avec du PBS froid, puis traitées pour l’extraction de protéines cytoplasmiques et nucléaires à l’aide d’un kit commercial d’extraction de protéines nucléaires et cytoplasmiques selon les instructions du fabricant. Toutes les interventions ont été réalisées sur la glace afin de préserver l’intégrité des protéines.
8. Essai de décalage thermique cellulaire (CETSA)
CETSA s’est déroulé comme décritprécédemment le 14. Environ 1 × 107 cellules HeLa ont été collectées et resuspendues dans 500 μL de PBS froid contenant des inhibiteurs de protéases, puis lysées via trois cycles de gel-dégel dans de l’azote liquide. Les lysats cellulaires ont été centrifugés à 20 000 × g pendant 15 minutes à 4 °C. Les surnatants résultants étaient aliquotés en deux groupes également et traités soit avec du XTT (100 μM), soit avec du DMSO pendant 1 h à température ambiante. XTT (100 μM) a été appliqué pour améliorer la sensibilité à la détection dans les expériences CETSA. Les échantillons étaient ensuite aliquotés en sept tubes et chauffés à la température indiquée pendant 3 minutes, suivis d’une incubation à température ambiante pendant 3 minutes supplémentaires. Des fractions de protéines solubles ont été collectées pour une analyse d’immunoblottage.
9. Amarrage moléculaire
L’analyse du docking moléculaire a été réalisée comme décritprécédemment 14. Les structures cristallines d’IKKβ (IDs PDB : 3BRT et 4KIK) ont été extraites de la Protein Data Bank (PDB). Les structures protéiques ont été prétraitées avec PyMOL (version 2.3.4) pour éliminer les molécules d’eau, les ligands originaux et les impuretés, suivies d’une addition d’atomes d’hydrogène. Les charges de Gasteiger ont été calculées, et les poches actives identifiées à l’aide d’AutoDock Tools (version 1.5.6). Les structures protéiques étaient ensuite stockées au format PDBQT.
La structure XTT a été générée dans Chem3D (version 15.1) et optimisée via la minimisation d’énergie. Le docking semi-flexible a été réalisé avec AutoDock Vina (version 1.1.2). Des boîtes de grille ont été construites pour couvrir entièrement les poches actives, tandis que tous les autres paramètres restaient aux réglages par défaut. Les poses d’amarrage avec les énergies de liaison les plus faibles et les conformations les plus stables ont été sélectionnées pour analyse. Des énergies de liaison inférieures à −5 kcal/mol étaient considérées comme indicatives d’une forte affinité de liaison selon les critères publiés. PyMOL a également été utilisé pour visualiser les modes de liaison et évaluer les liaisons hydrogène, les interactions hydrophobes, les interactions de van der Waals et les sites potentiels de liaison.
10. Analyse statistique
Toutes les analyses statistiques ont été réalisées à l’aide du logiciel GraphPad Prism 5.0. Les données sont présentées comme la moyenne ± l’erreur standard de la moyenne (MEB) issues de trois expériences indépendantes. La signification statistique a été évaluée à l’aide d’une analyse unidirectionnelle de la variance (ANOVA), suivie du test post hoc de Dunnett. Une valeur de p < 0,05 a été considérée comme statistiquement significative.