17 juin 2009
Cette vidéo documente les méthodes de collecte des échantillons d'eau côtiers marins et à leur traitement pour diverses applications en aval y compris la concentration de la biomasse, la purification d'acides nucléiques, l'abondance des cellules, des nutriments et des analyses de gaz de trace.
Bonjour, je m’appelle Elena Kova et je travaille au laboratoire de Stephen Hallam au Département de microbiologie et d’immunologie de l’Université de la Colombie-Britannique. Aujourd’hui, nous allons vous montrer une procédure de collecte de l’eau de mer pour des analyses physiques, chimiques et biologiques. Nous utilisons cette procédure dans notre laboratoire pour étudier les paramètres graphiques océaniques des eaux marines.
Alors commençons. Tout d’abord, le nombre de coulées et les profondeurs de chaque coulée sont attribués, puis les profondeurs à échantillonner et le volume total à collecter pour la coulée actuelle sont déterminés. Assurez-vous que les dispositifs d’échantillonnage d’eau go flow et kin sont en position ouverte et que toutes les vannes et robinets sont fermés.
Fixez le CTD à la base de la ligne et abaissez-le dans l’eau pour obtenir la profondeur la plus profonde dans le profil. Installer un dispositif d’échantillonnage sur la ligne immédiatement après le CTD. Assurez-vous que la ligne est correctement insérée dans le support de l’appareil et que les vis sont serrées.
Fixez un messager lesté à chaque appareil, à l’exception de la profondeur d’échantillonnage la plus profonde, avant de le descendre dans l’eau. Abaissez la ligne et la distance entre la première profondeur spécifiée et la suivante, puis installez un autre dispositif d’échantillonnage. Notez que pour les intervalles de profondeur où de grands volumes d’échantillons d’eau sont prélevés, un total de deux bouteilles de 12 litres sont chargées consécutivement à environ 0,75 mètre l’une de l’autre.
Une fois que tous les appareils sont sur la ligne, abaissez la ligne à la profondeur la plus profonde et laissez passer deux minutes. Envoyez un messager vers le bas, en faisant trébucher chaque appareil en position rapprochée. Laisser passer quelques minutes avant de récupérer la ligne.
Pour vous assurer que tous les appareils sont fermés, enroulez la ligne et déchargez chaque appareil sur le pont lorsqu’il sort de l’eau. Pour les profondeurs qui nécessitent de grands volumes d’échantillons pour la purification de l’ADN ou de l’ARN des protéines, utilisez deux appareils d’échantillonnage en tandem. Prélevez immédiatement l’ARN d’une bouteille et filtrez-le sur le navire.
Après avoir échantillonné les produits chimiques et les nutriments dans l’autre bouteille, vidangez l’eau restante dans la voiture pour obtenir un volume final de 20 litres. Pour les échantillons de faible volume, réservez un litre d’eau pour la filtration dans des bouteilles Nalgene stériles. En règle générale, les échantillons de faible volume provenant de 16 intervalles de profondeur sont collectés sous forme d’échantillons de 16 x un litre et de six échantillons de 20 litres sont collectés sous forme d’échantillons de grand volume.
Lors du prélèvement d’échantillons de gaz, prélevez toujours des échantillons d’oxygène et de gaz traces. Tout d’abord, fixez un mince morceau de tube au robinet du dispositif d’échantillonnage de l’eau. Placez l’autre extrémité du tube dans les flacons de sérum glos.
Rincez le flacon de sérum trois fois, mais échantillonnez l’eau et remplissez-le jusqu’à ce qu’il déborde de manière à ce qu’il n’y ait pas de bulles d’air. Ajoutez 50 microlitres de chlorure mercurique dans le flacon de sérum. Veillez à ne pas introduire de bulles d’air dans l’échantillon.
Fermez le flacon de sérum avec un bouchon en caoutchouc, un sertissage en C avec un bouchon en aluminium, puis rangez-le sur de la glace pour prélever des échantillons pour des mesures de nutriments, y compris des nitrates, des phosphates et des silicates. Rincez d’abord une seringue de 60 cc avec de l’eau d’échantillon. Fixez ensuite un filtre à disque acro de 0,2 micromètre en ligne.
Poussez environ deux ml d’eau dans la seringue. Pour purger le filtre. Rincez trois fois une bouteille en polyéthylène avec environ 10 ml d’eau filtrée.
Secouez la bouteille lors du rinçage, puis ajoutez de l’eau d’échantillon filtrée dans les bouteilles remplies aux trois quarts. Conservez l’échantillon sur de la glace. Vider les tubes de collecte d’eau distale pour prélever des échantillons pour les mesures de l’ammoniac.
Rincez d’abord les tubes de prélèvement, mais échantillonnez complètement l’eau. Remplir un cylindre gradué de 10 ml avec une pipe à eau d’échantillon à raison de cinq ml d’eau d’échantillon et vider le reste du cylindre. Ensuite, rajoutez les cinq ml dans le cylindre vide.
Une fois que des échantillons de toutes les profondeurs ont été prélevés à 7,5 ml de réactif de travail à l’ammonium dans chaque tube. Pour prélever des échantillons pour le comptage cellulaire, remplissez un tube Falcon pré-étiqueté de 50 ml contenant 5,4 ml, une hauteur de formalité de 37 % jusqu’à la marque de 50 ml pour une concentration finale de 4 % Veillez à ne pas faire déborder le tube. Conservez l’échantillon sur de la glace pour en prélever.
Pour les mesures de sulfure d’hydrogène. Remplissez un tube Falcon pré-étiqueté de 50 ml contenant trois ml d’acétate de zinc à 20 % jusqu’en haut. Veillez à ne pas faire déborder le tube.
Conservez l’échantillon sur de la glace pour recueillir de petits volumes. Pour la concentration de la biomasse. Remplissez des bouteilles Nalgene d’un litre jusqu’au sommet pour collecter de grands volumes pour la concentration de la biomasse.
Remplissez des bonbonnes de 20 litres jusqu’en haut. Le résultat final de l’échantillonnage de l’eau de mer donne environ 32 à 48 échantillons. Échantillons de gaz, 32 échantillons d’ammonium.
16 échantillons de sulfure d’hydrogène. 16 échantillons pour le comptage des cellules. Six voitures de 20 litres, 16 bouteilles d’un litre et quatre sterex.
Les filtres à deux points de deux micromètres contenant de la biomasse microbienne sont conservés pour plus tard. Isolement de l’ARN. Nous venons de montrer comment collecter différents types d’échantillons d’eau pour l’analyse biochimique.
Cela nécessite beaucoup de préparation et de planification. Prévoyez donc deux jours avant le voyage pour mettre les choses en ordre et un jour après pour le nettoyage, ne laissez pas l’eau salée entrer en contact avec une pompe peralt ou dans la boîte en aluminium utilisée pour transporter l’équipement de terrain. Traitez l’équipement avec respect et il vous servira bien pendant longtemps.
Donc c’est tout. Merci d’avoir regardé et bonne chance dans vos expériences.
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Cette vidéo documente des méthodes pour collecter des échantillons d'eau marine côtière et les traiter pour diverses applications en aval, y compris la concentration en biomasse, la purification des acides nucléiques, l'abondance cellulaire, les analyses de nutriments et de gaz traces.
Robust seawater sampling and collection protocols are foundational for generating high-quality datasets in marine biopharma discovery, enabling accurate assessment of environmental variables and biological materials. These methods underpin downstream analyses such as nucleic acid purification, cell abundance quantification, and nutrient profiling, which are critical for target validation and mechanistic de-risking in marine-derived drug discovery. Standardized collection ensures reproducibility and comparability across discovery programs, supporting portfolio-wide decision-making.
Seawater sampling and collection methods are positioned at the front end of the marine biopharma discovery continuum, providing foundational material for workflows spanning target validation, screening, and translational research.