Name: Petit volume (1-3L) filtration déchantillons deau de mer côtière (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2009-06-19T00:00:00.000+00:00
Duration: 4 min 21 s
Description: Apprenez la filtration de petits volumes d'eau de mer pour collecter la biomasse microbienne. Cette méthode permet d'étudier la diversité microbienne marine et l'écosystème côtier.

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Nous tenons à remercier la Fondation canadienne pour l&#39;innovation, le Fonds de développement des connaissances en Colombie-Britannique et les sciences naturelles et en génie (CRSNG) du Canada pour soutenir les études en cours sur les régions pauvres en oxygène des eaux côtières et océaniques ouverts. DAW a été soutenu par des bourses du CRSNG, la Fondation Killam et TULA Centre a financé pour la diversité microbienne et évolution.

<ol><li> Mise en place d&#39;un appareil de filtration <ol><li> Avant de filtrage, d&#39;abord essuyer la condensation de l&#39;bouteilles pleines et les peser </li><li> Placez un bac autoclave sur un côté de la pompe, et le ballon de déchets sur l&#39;autre. </li><li> Ensuite, placez une bouteille échantillon complet dans le bac à l&#39;autoclave; cependant, ne pas enlever le bouchon de la bouteille encore. </li><li> Passez le tube à travers la pompe péristaltique de telle sorte que l&#39;embout Luer de la tubulure est dans le ballon. </li><li> En utilisant une pince à épiler, retirez le coton à partir d&#39;un stérile de 25 ml pipette, et joindre la pipette à l&#39;autre extrémité du tube. </li></ol></li><li> Filtration de l&#39;eau de mer <ol><li> Pour commencer le filtrage d&#39;eau de mer, ouvert le flacon et insérer la pipette. Tournez sur la pompe et régler la vitesse d&#39;écoulement à 1. Regarder pour s&#39;assurer que l&#39;eau est pompée dans la bonne direction. </li><li> Autoriser ~ 100 ml d&#39;eau de passer à travers le tube entier. </li><li> Arrêtez la pompe et fixez un filtre Sterivex au raccord Luer mâle à l&#39;extrémité libre de la tubulure. </li><li> Continuez jusqu&#39;à ce filtrage sans eau est laissé dans les bouteilles. </li></ol></li><li> Stockage des filtres <ol><li> Pour stocker les filtres, tout d&#39;abord expulser toute l&#39;eau restante avec une seringue 30-60 ml. </li><li> Sceller le bas du filtre Sterivex avec du parafilm. Avec une pipette, ajouter 1,8 ml de tampon de lyse dans le filtre, en gardant ~ 200 ul d&#39;espace dans le filtre pour plus tard des réactifs. </li><li> Puis, sceller le dessus du filtre Sterivex avec un petit morceau de parafilm, et étiqueter les filtres avec la date et l&#39;identification de l&#39;échantillon. </li><li> Stocker les filtres pré-étiquetés 50 tubes Falcon ml à -80 ° C </li></ol></li><li> Nettoyer <ol><li> Insérez la pipette 25 ml dans un flacon contenant 0,1% de HCl, et l&#39;interrupteur sur la pompe. </li><li> Après le lavage HCl, rincer la tubulure avec de l&#39;eau en autoclave. Enfin, mesurer et enregistrer la masse de la bouteille maintenant vide 1L, afin de calculer le volume d&#39;eau à travers le filtre. </li></ol></li></ol> Les résultats représentatifs: Chaque échantillon de 1 L d&#39;eau donne une Sterivix filtre, qui contient de la biomasse supérieure à 0,22 um. Il est stocké dans un tampon de lyse pour l&#39;extraction de l&#39;ADN et l&#39;analyse subséquente. Le résultat final se compose d&#39;un filtre à Sterivix par bouteille d&#39;1 litre stocké dans un tampon de lyse et prêt pour l&#39;extraction de l&#39;ADN. Le filtre contient biomasse supérieure à 0,22 um. Les filtres peuvent être conservés à -80 ° C avant l&#39;extraction Edna.

Les auteurs n'ont rien à divulguer.

Il est impératif d&#39;essuyer les bancs et les pompes avec une serviette humide après utilisation afin d&#39;éliminer toute trace persistante d&#39;eau salée qui, autrement, se corrodent équipement. Bien que la procédure est simple, l&#39;exigence de temps peut être étendue en fonction de la concentration de la biomasse ou de débris dans l&#39;échantillon filtré.

<table><tbody><tr><td>Pompe péristaltique</td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>77913-20, 77200-62, 77200-04</td><td></td></tr><tr><td>Tuyau Tygon LFL</td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>06429-24</td><td>Pour l'appareil de filtration</td></tr><tr><td>Colliers de serrage</td><td>Cole-Parmer</td><td>0683204</td><td>Pour l'appareil de filtration</td></tr><tr><td>Adaptateurs de tuyauterie 1/4&amp;#8221; x 3/16&amp;#8221;</td><td>Cole-Parmer</td><td>31702-20</td><td>Pour l'appareil de filtration</td></tr><tr><td>Boîtier de préfiltre en polypropylène</td><td>ADVANTEC</td><td>501200</td><td>Pour l'appareil de filtration</td></tr><tr><td>Raccord luer métallique (extrémité tuyau à raccord luer mâle verrouillable)</td><td>Cole-Parmer</td><td>31507-27</td><td>Pour l'appareil de filtration</td></tr><tr><td>2&amp;#8220; aimants</td><td></td><td></td><td>Pour l'appareil de filtration</td></tr><tr><td>Bouchons de fût à trois orifices</td><td></td><td></td><td>Pour l'appareil de filtration</td></tr><tr><td>Filtres GV 0,22 &amp;mu;m STERIVIX</td><td>EMD Millipore</td><td>SVGV01R5</td><td></td></tr><tr><td>Filtres GF/D de 47 mm de diamètre, 2,7 &amp;mu;m</td><td>Whatman, GE Healthcare</td><td>1823047</td><td></td></tr><tr><td> tampon de lyse</td><td></td><td></td><td>0,75 M de saccharose, 40 mM de EDTA, 50 mM de Tris (pH 8,3)</td></tr><tr><td>HCl 0,1 %</td><td></td><td></td><td>Pour le rinçage post-filtration</td></tr><tr><td>Eau autoclavée</td><td></td><td></td><td>Pour le rinçage post-filtration</td></tr></tbody></table>

petit volume (1-3l) filtration d&#39;échantillons d&#39;eau de mer côtière

Small Volume (1-3L) Filtration of Coastal Seawater Samples

Le flux de travail commence avec la collecte des eaux marines côtières pour la communauté microbienne en aval, des analyses des éléments nutritifs et de gaz de trace. Pour les échantillons de la manifestation d&#39;aujourd&#39;hui s ont été recueillies dans le pont de l&#39;exploitation du HMS John Strickland dans l&#39;inlet Saanich. Ce volume de documents vidéo de petite taille (~ 1 L) de la filtration de la biomasse microbienne de la colonne d&#39;eau. Le protocole est une extension du protocole de grand volume d&#39;échantillonnage décrit précédemment, avec une différence majeure: ici, il n&#39;ya aucune étape de pré-filtration, alors toutes les classes de taille de la biomasse sont collectées vers le 0,22 um de coupure du filtre. Les échantillons recueillis de cette façon sont idéales pour l&#39;analyse des acides nucléiques. Étapes de la mise en place, la filtration et de nettoyage prennent chacun environ 20-30 minutes. Si vous utilisez deux pompes péristaltiques simultanément, jusqu&#39;à 8 échantillons peuvent être filtrés dans le même temps. Pour prévenir la formation de biofilm entre les voyages d&#39;échantillonnage, tous les équipements de filtration doit être rincée avec de l&#39;HCl dilué et de l&#39;eau déminéralisée et autoclavées immédiatement après usage.

Ce volume de documents vidéo de petite taille (~ 1 L) de la filtration de la biomasse microbienne de la colonne d&#39;eau.

Petit volume (1-3L) filtration d&#39;échantillons d&#39;eau de mer côtière

Le flux de travail commence par le prélèvement d'eaux marines côtières en vue d'analyses ultérieures des communautés microbiennes, des nutriments et des gaz traces. Pour aujourd'hui...

Bonjour, je suis David Walsh du laboratoire de Steven Hallam, Département de microbiologie et d'immunologie à l'Université de la Colombie-Britannique. Aujourd'hui, nous allons vous montrer une procédure permettant de filtrer de petits volumes d'eau de mer afin d'isoler la biomasse microbienne. Nous utilisons cette procédure dans notre laboratoire pour étudier la diversité microbienne dans l'environnement marin.Commençons donc. Avant le filtrage, essuyez toute condensation sur les bouteilles pleines et pesez-les. Placez un bac d'autoclave d'un côté de la pompe et le flacon de déchets dans un bac d'autoclave de l'autre côté.Ensuite, placez une bouteille d'échantillon complète dans le bac de l'autoclave. Toutefois, ne retirez pas encore le bouchon de la bouteille. Faites passer le tube à travers la pompe péristaltique de sorte que l'extrémité du tube plonge dans le bécher.À l’aide de pinces, retirez le coton d’une pipette stérile de 25 millilitres et fixez la pipette à l’autre extrémité du tube. Pour commencer à filtrer l’eau de mer, ouvrez la bouteille et insérez la pipette. Mettez la pompe en marche et réglez la vitesse d’écoulement sur une montre afin de vous assurer que l’eau est

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Cette vidéo documente les méthodes de collecte des échantillons d'eau côtiers marins et à leur traitement pour diverses applications en aval y compris la concentration de la biomasse, la purification d'acides nucléiques, l'abondance des cellules, des nutriments et des analyses de gaz de trace.

L&#39;échantillonnage d&#39;eau de mer et de Collection

Ce volume de gros documents vidéo (≥ 20 L) de filtration de la biomasse microbienne, variant entre 0.22μm et 2.7μm de diamètre, à partir de la colonne d'eau.

Grand volume (20L +) filtration d&#39;échantillons d&#39;eau de mer côtière

Une approche a été développée pour identifier les conditions optimales de concentration virale pour des échantillons d’eau de petit volume à l’aide de pointes d’adénovirus humains. Les techniques décrites ici sont utilisées pour identifier les paramètres de concentration d’autres cibles virales et appliquées à l’expérimentation de concentration virale à grande échelle.

Une procédure de petit volume pour la concentration virale de l&#39;eau

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Démêler les joueurs invisibles dans l&#39;océan - un guide de terrain à la chimie de l&#39;eau et de microbiologie marine

Ce manuscrit décrit une approche automatisée de sélection de la taille du gel pour purifier les fragments d’ADN pour le séquençage de nouvelle génération. La technologie Ranger permet une automatisation complète de l’ensemble du processus de chargement de gel d’agarose, d’analyse électrophorétique et de récupération de fragments d’ADN ciblés, ce qui permet d’obtenir des bibliothèques de séquençage de nouvelle génération à haut débit et de haute qualité.

Sélection de la taille Gel automatisé pour améliorer la qualité des bibliothèques de séquençage de prochaine génération Préparé à partir d&#39;échantillons d&#39;eau de l&#39;environnement

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VACUSIP, une méthode Inex améliorée pour<em&gt; In Situ</em&gt; Mesure des particules et composés dissous transformés par suspensivores actifs

Nous décrivons un protocole pour la filtration d’échantillons d’eau avec une cartouche filtrante et l’extraction de l’ADN environnemental (ADNe) sans avoir à ouvrir le boîtier pour retirer le filtre. Ce protocole est développé pour le métacodage à barres de l’ADNe des poissons, mais s’applique également à l’ADNe d’autres organismes.

Utilisation d&#39;une cartouche filtrante pour la filtration de l&#39;eau et des échantillons d&#39;extraction de l&#39;ADN de l&#39;environnement

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Un appareil ultra propre multicouche pour la collecte de plancton marin taille fractionné et particules en suspension

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Détermination des classes totales de lipides et de lipides dans les échantillons marins

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Petit volume (1-3L) filtration d'échantillons d'eau de mer côtière

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