Name: Analyseur de tomate: Un logiciel dapplication utile de recueillir des données précises et détaillées morphologiques et colorimétrique des objets en deux dimensions (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2010-03-16T16:30:00.000+00:00
Duration: 15 min 25 s
Description: Découvrez le protocole standardisé pour mesurer la morphologie et la couleur des fruits de tomate avec le logiciel Tomato Analyzer. Cette méthode permet une quantification objective et reproductible de 37 attributs de forme et de couleur à partir d'images numérisées.

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Cette recherche a été soutenue par la National Science Foundation (DBI 0227541).

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D&#39;évaluation à haut débit et précise de la morphologie d&#39;organes et la couleur est difficile en raison de sa nature quantitative et la quantification souvent subjective. TA fournit des mesures objectives et précises sur les traits morphologiques de plusieurs fruits et colorimétriques de façon à haut débit et semi-automatiques. L&#39;utilité de l&#39;AT a été démontrée dans des études qui ont conduit à l&#39;identification de la forme des fruits de tomate QTL 2,4,5. En outre, la classification des cultivars6 et la taxonomie d&#39;un groupe d&#39;espèces a été évaluée en utilisant la sortie de la TA 15,16. Une expression élevée de fruits de tomate les résultats de gènes dans la forme dim. 17 fruits allongés. En utilisant la forme d&#39;assistance technique, des feuilles et des cotylédons a été déterminée dans lignées exprimant dim. à un haut niveau 7, ce qui démontre que l&#39;application peut être utilisée efficacement pour mesurer la morphologie des organes de la plante ainsi que d&#39;autres. Par ailleurs, AT a été très important dans l&#39;identification des bases génétiques de la taille des graines de tomate et le tournesol 8,9. Enfin, le module de test des couleurs mises en œuvre dans l&#39;AT est plus précise et exacte, et moins coûteux que d&#39;autres méthodes pour analyser la couleur des fruits de la tomate. En résumé, l&#39;AT est devenu un outil clé pour l&#39;évaluation objective et fiable de la morphologie et la variation de couleur des organes de la plante.

analyseur de tomate: un logiciel d&#39;application utile de recueillir des données précises et détaillées morphologiques et colorimétrique des objets en deux dimensions

Tomato Analyzer: A Useful Software Application to Collect Accurate and Detailed Morphological and Colorimetric Data from Two-dimensional Objects

Mesure la morphologie des fruits et des traits de couleur des cultures de légumes et de fruits, de façon objective et reproductible est important pour les analyses détaillées de ces traits phénotypiques. Tomate Analyzer (TA) est un logiciel qui mesure 37 attributs liés à deux dimensions forme dans un 1,2 de manière semi-automatique et reproductible. Beaucoup de ces attributs, tels que les angles aux extrémités distales et proximales des fruits et des zones de retrait, sont difficiles à quantifier manuellement. Les attributs sont organisés dans dix catégories dans le logiciel: Mesure de base, l&#39;indice de la forme des fruits, blockiness, homogénéité, forme d&#39;extrémité proximale de fruits, Distal forme d&#39;extrémité de fruits, asymétrie, excentricité interne, la Section de latitude et de Morphologie. La dernière catégorie ne nécessite ni connaissances préalables, ni notions prédéterminées des attributs de forme, l&#39;analyse morphométrique de sorte propose une option impartiale qui peuvent être mieux adaptés au haut débit d&#39;analyses que l&#39;analyse des attributs. TA propose aussi l&#39;application de test de couleur qui a été conçu pour recueillir des mesures de couleur à partir d&#39;images scannées et permettre la numérisation des dispositifs pour être calibré en utilisant les standards de couleur 3. TA fournit plusieurs options pour l&#39;exportation et d&#39;analyser les attributs de forme, morphométriques, et les données de couleur. Les données peuvent être exportées vers un fichier Excel en mode batch (plus de 100 images en une seule fois) ou exporté sous forme d&#39;images individuelles. L&#39;utilisateur peut choisir entre la sortie qui affiche la moyenne pour chaque attribut pour les objets dans chaque image (y compris l&#39;écart-type), ou une sortie qui affiche les valeurs des attributs pour chaque objet sur l&#39;image. TA a été un outil précieux et efficace pour l&#39;identification et la confirmation de tomates fruits Loci forme caractères quantitatifs (QTL), ainsi que l&#39;exécution des analyses en profondeur de l&#39;effet des gènes clés forme du fruit sur la morphologie des plantes. En outre, l&#39;AT peut être utilisée pour classer les fruits objectivement dans des catégories différentes formes. Enfin, la forme des fruits et des traits de couleur dans les autres espèces végétales ainsi que les organes d&#39;autres plantes telles que les feuilles et les graines peuvent être évaluées avec TA.

Tomate Analyzer (TA) quantifie les attributs de formes à deux dimensions et la couleur d&#39;une manière reproductible et précise. Une procédure étape par étape pour obtenir des images de haute qualité digitalisée du fruit de tomate, les analyses morphologiques et la couleur de ces images et plusieurs applications en utilisant les données générées par ce logiciel sont décrites.

Analyseur de tomate: Un logiciel d&#39;application utile de recueillir des données précises et détaillées morphologiques et colorimétrique des objets en deux dimensions

La mesure objective et reproductible de la morphologie et des caractéristiques colorimétriques des fruits pour les cultures maraîchères et fruitières est essentielle pour une analyse phénotypique détaillée...

Pour utiliser l'analyseur de tomates, des fruits de tomate sont préparés et coupés afin de collecter des images numérisées. Le fruit est placé sur le scanner avec les faces coupées vers le bas, puis numérisé pour obtenir une image au format JPEG.Ensuite, les images sont visualisées et analysées à l'aide du logiciel tomato analyzer. Toutes les mesures de forme des fruits sont calculées à partir des contours des fruits reconnus par le logiciel, tandis que le module de test de couleur est conçu pour quantifier les paramètres de couleur à l'intérieur de ces contours. Enfin, les données sont exportées vers un fichier Excel en mode par lot avec plus de 100 images à la fois, ou bien image par image.Bonjour, je suis Estevan Dena et je fais partie du corps professoral du Département d'horticulture et de science des cultures à l'Université d'État de l'Ohio. Je suis Matthew Robbins du laboratoire Francis au Département d'horticulture et de science des cultures de l'Université d'État de l'Ohio. Je suis Gu Rodriguez du laboratoire Francis. Aujourd'hui, nous allons vous montrer une procédure permettant de collecter et d'analyser les données de forme, de taille et de couleur des fruits de tomate à l'aide de Tomato Analyzer.Nous utilisons cette procédure pour étudier la morphologie et la couleur du fruit de tomate. Commençons donc. L'analyseur de tomate, abrégé en TA, est un programme informatique qui mesure 37 attributs liés à la forme bidimensionnelle et peut également capturer les données de couleur en RVB ainsi que dans l'espace colorimétrique universel L étoile, A étoile, B étoile de manière semi-automatique et reproductible. Ici, le TA est utilisé avec des images numérisées de fruits de tomate.Pour commencer cette procédure, assurez-vous que le fruit est propre et sec. Si le fruit est charnu, vérifiez qu’il n’est pas trop mûr, car l’attendrissement pourrait provoquer une déformation de sa forme lors de la coupe. Afin de mesurer à quel point un fruit est plat ou allongé, ainsi que pour tous les attributs à l’exception de ceux relevant de la catégorie de section latitudinale, utilisez un couteau dentelé ou une lame de rasoir neuve pour couper le fruit longitudinalement par le centre afin de mesurer l’épaisseur du péricarpe ; pour tous les attributs relevant de la catégorie de section latitudinale, ainsi que pour certains relevant des mesures de base et de la morphologie, coupez le fruit transversalement.L'analyse de la couleur peut être appliquée à des fruits coupés longitudinalement ou transversalement, ainsi qu'à d'autres sections conçues pour mettre en évidence des caractéristiques spécifiques. Enfin, séchez la partie interne du fruit en tamponnant avec un tissu ou du papier absorbant. Si le fruit est très juteux, le fruit coupé est désormais prêt à être photographié.Pour une analyse à haut débit, il est essentiel de numériser les fruits provenant d'une seule plante ou d'un seul génotype à la fois, et de numériser des fruits coupés soit longitudinalement, soit transversalement, mais pas un mélange des deux sur une même numérisation. Commencez par placer les fruits coupés sur le scanner avec la face coupée vers le bas, soigneusement et précisément. Disposez les fruits sur le scanner proches les uns des autres, mais sans se toucher.Moins les objets sont bien alignés et présentent de grands espaces vides entre eux, plus d'ajustements manuels à l'aide d'un logiciel d'imagerie tel qu'Adobe Photoshop seront nécessaires. Avant d'analyser le fruit dans ta, placer une règle au-dessus du fruit afin de vérifier que la résolution de numérisation correcte a été sélectionnée, ce qui est important pour la mesure précise des caractéristiques du fruit. Placer une étiquette sous le fruit pour s'assurer que le fichier est nommé correctement.Étant donné que le logiciel TA utilise la résolution de l'image pour mesurer précisément les dimensions, le choix adéquat de la résolution de numérisation est important en règle générale pour les objets compris entre un et huit centimètres. Numérisez à 300 DPI pour les objets de plus de huit centimètres. Numérisez à 100 DPI et, pour les objets très petits tels que les graines, numérisez à 750 DPI ou plus.Pour une analyse par lots lorsque la taille des fruits ne varie pas fortement entre différentes plantes, sélectionnez un seul réglage de résolution du scanner pour toutes les images à acquérir dans le cadre de la même expérience. Réglez également la taille des images de sortie sur le nombre maximal de couleurs disponible dans le logiciel du scanner. Créez un fond sombre pour les objets en plaçant une boîte en carton au-dessus ou par-dessus l'écran du scanner.Un fond noir ou très sombre empêche la formation d'ombres qui pourraient interférer avec l'analyse. Un fond blanc provoquera un arrêt du TA, car celui-ci est optimisé pour l'utilisation d'un fond sombre. Les reflets lumineux et le fond peuvent également être détectés par le balayage logiciel.Le fruit, après le balayage initial, a permis de rogner l'image avant de l'enregistrer afin d'éviter de grandes zones vides. Si l'image n'est pas rognée à ce stade, elle devra être rognée à l'aide d'un logiciel d'imagerie tel qu'Adobe Photoshop avant d'être analysée avec ta. Enregistrez l'image scannée au format JPEG pour l'analyse de la couleur, qui consiste à traduire les valeurs RVB en paramètres L étoile, A étoile et B étoile, après étalonnage du scanner à l'aide d'un nuancier préalablement préparé.Ici, un nuancier personnalisé est utilisé, représentant la gamme de couleurs présente dans les images d'intérêt. Un nuancier standard peut également être utilisé. Numérisez le nuancier pendant la numérisation des fruits.Enregistrez la numérisation du color checker dans le même dossier que les images de fruits numérisées. L'étalonnage est nécessaire car les scanners peuvent différer dans la manière dont ils capturent et interprètent les couleurs. L'étalonnage des couleurs RVB permet la conversion vers un espace colorimétrique universel avant de procéder à l'analyse d'image.La version 2.200 de Tomato Analyzer nécessite un système d'exploitation Windows version 2000 ou ultérieure et peut être téléchargée depuis notre site web. Un manuel utilisateur et un manuel de test de couleur sont également disponibles sur ce même site afin de s'assurer que les images originales sont enregistrées dans le même dossier que les images ajustées produites par l'application TA. Placez le dossier contenant les images originales sur le disque dur et non dans le dossier Mes documents ou sur un serveur distant.Lancez le programme TA. Commencez par régler le DPI et les unités de mesure dans le menu des paramètres en sélectionnant le DPI du scanner. Le paramètre DPI doit être identique à celui des fichiers image afin que les mesures de taille soient précises.Les unités utilisées dans la boîte de dialogue déterminent les unités de la sortie de données. Dans la même boîte de dialogue, ajustez la luminosité si nécessaire lorsque les objets sont relativement sombres. Ensuite, sélectionnez les attributs à mesurer à partir du menu des paramètres en choisissant la mesure enregistrée.Les attributs sont regroupés en 10 catégories, allant des mesures de base aux morphométriques. On peut sélectionner ou désélectionner des attributs individuels ou un groupe entier de mesures en cliquant sur le groupe ou l'attribut. Tous les attributs d'un groupe de mesures peuvent être affichés en cliquant sur le signe plus.Les attributs sélectionnés sont affichés par catégorie dans la fenêtre située en bas à droite de l'écran. Après avoir défini la résolution d'entrée, les unités de sortie et sélectionné les attributs à analyser, cliquez sur le bouton ouvrir l'image et choisissez le fichier image. À partir de la boîte de dialogue contextuelle, l'image sélectionnée sera affichée dans la fenêtre de gauche.Pour analyser l'image ouverte, cliquez sur le bouton analyser. Une fois terminé, le périmètre de chaque fruit est mis en évidence par une ligne jaune et les données s'affichent dans la fenêtre de données en bas à droite. Notez que les données relatives à la couleur ne sont pas affichées dans cette fenêtre.Le logiciel désélectionne automatiquement les objets très grands ou très petits, comme une règle ou une étiquette. Les objets désélectionnés sont mis en évidence par une ligne bleue. Utilisez la règle pour vous assurer que les unités et la résolution ont été sélectionnées correctement.En comparant avec les mesures de hauteur et de largeur, des fruits supplémentaires peuvent être désélectionnés en cliquant avec le bouton droit de la souris uniquement sur leur image. Les éléments encadrés en jaune sont affichés dans la fenêtre de données, tandis que les éléments exportés encadrés en bleu ne sont pas inclus dans les analyses. Les objets individuels peuvent être affichés dans la fenêtre en haut à droite en cliquant dessus avec le bouton gauche de la souris.Les données dans la fenêtre inférieure droite correspondent à un objet particulier de l'image et sont affichées dans le même ordre que les objets présents sur l'image. La première ligne affiche les valeurs de l'objet situé dans le coin supérieur gauche, tandis que la dernière ligne de données affiche les valeurs de l'objet situé dans le coin inférieur droit de l'image. En plus de cliquer sur un fruit pour mettre en surbrillance la ligne de données correspondante, on peut cliquer sur une ligne de données pour afficher le fruit correspondant dans la fenêtre supérieure de droite.En cliquant sur l'onglet attribut dans la fenêtre inférieure droite, il est possible de visualiser la manière dont l'attribut est mesuré pour chaque fruit particulier. Par exemple, en cliquant sur l'angle de l'extrémité distale, les angles sur le fruit dans la fenêtre de gauche qui seront mesurés par le logiciel seront affichés. Cette fonction est très utile lorsqu'on identifie des objets nécessitant un ajustement manuel.Pour des mesures plus précises, un clic sur le bouton révisé affiche les ajustements manuels qui peuvent être effectués dans l'application. Voici quelques-uns des ajustements manuels les plus fréquemment utilisés. Cliquez d'abord avec le bouton gauche sur un objet dans l'image de la fenêtre de gauche s'il nécessite un ajustement manuel.Si la limite nécessite un ajustement, ajustez d'abord cette fonctionnalité en sélectionnant la limite. Dans le menu déroulant du bouton modifié, sélectionnez l'emplacement de la limite à modifier en cliquant sur le point de départ et le point d'arrivée de la limite incorrecte. La limite délimitée sera alors supprimée.Pour ajouter une nouvelle limite, cliquez avec le bouton gauche en partant du point de départ vers le point d'arrivée, puis continuez à cliquer pour suivre le contour souhaité. Pour confirmer la nouvelle limite, appuyez sur la touche Entrée. Sinon, appuyez sur la touche Échap pour annuler cette opération.Les objets nécessitant une rotation devront être ajustés après le contour, mais avant les autres réglages manuels : cliquez sur le fruit approprié dans la fenêtre de gauche. Cliquez sur la flèche à côté du bouton révisé et sélectionnez « rotate » dans la liste déroulante ; l'accès s'affichera alors dans la fenêtre en haut à droite. Faites glisser le carré vert à l'extrémité de l'axe et le fruit tournera en conséquence.Appuyez sur la touche Entrée pour terminer cet ajustement. D'autres ajustements manuels sont disponibles. Les instructions se trouvent dans le protocole écrit accompagnant.Pour certains attributs tels que les angles et le caractère anguleux, sélectionnez les paramètres selon lesquels la mesure doit être effectuée. Les angles peuvent être calculés à différentes positions à partir des extrémités du fruit. Ces paramètres peuvent être choisis dans le menu des paramètres.Le degré de rectangularité est calculé comme le rapport entre la largeur à une proportion de la hauteur choisie par l'utilisateur, la plus proche de l'extrémité distale ou proximale du fruit, et la largeur médiane. Pour le test de couleur, il est nécessaire d'étalonner le scanner. Ouvrez d'abord l'image numérisée du nuancier de couleurs et analysez-la de la même manière que celle qui a été démontrée pour le fruit.Pour recueillir les valeurs L étoile, A étoile, B étoile, assurez-vous que le logiciel reconnaît chaque nuance comme un objet à analyser, marqué par la limite jaune. Si vous utilisez un nuancier standard, le logiciel pourrait ne pas être en mesure de reconnaître les teintes plus foncées. Ces couleurs ne seront pas incluses dans l'étalonnage.La reconnaissance des bandes peut être améliorée en modifiant la luminosité sous le DPI du scanner depuis le menu des paramètres. Ensuite, dans le menu des paramètres, sélectionnez le test de couleur pour l'étalonnage. Les paramètres par défaut doivent être utilisés lorsque la boîte de dialogue apparaît.Assurez-vous que les valeurs de correction sont réglées à un pour la pente dans les cases de gauche et à zéro pour l'ordonnée à l'origine dans les cases de droite. La valeur bleue minimale doit être réglée à zéro, et les paramètres un et deux peuvent être ignorés. Cliquez maintenant sur le bouton analyser dans la boîte de dialogue du test de couleur.Une nouvelle fenêtre apparaît pour enregistrer le résultat dans un document Excel. Spécifiez le nom et le répertoire du fichier de données. Le fichier de données de sortie contiendra les valeurs RVB, les valeurs ASTER A et B, ainsi que les calculs pour la teinte (HU) et la chroma.Pour chaque teinte, tracez les valeurs L*, a* et b* de chaque teinte par rapport aux valeurs du fabricant pour L*, a* et b*, disponibles auprès du fabricant de la table de couleurs ou dans le protocole écrit joint. Déterminez l'équation de régression et notez la pente et l'ordonnée à l'origine pour chaque paramètre. Dans la boîte de dialogue du test de couleur, saisissez l'inverse de la pente et l'opposé du signe de la valeur de l'ordonnée à l'origine.Pour L étoile, A étoile et B étoile, ces valeurs seront utilisées comme valeurs de correction. Pour les paramètres du test de couleur. Dans cette boîte de dialogue, réglez la valeur bleue minimale à 30 pour le fruit de la tomate.Si les fruits ont une taille inférieure à trois centimètres, réglez la valeur minimale de bleu à 20. Cette valeur peut nécessiter un ajustement si TA éprouve des difficultés à détecter les limites correctes ou si l'analyse porte sur des objets autres que des fruits de tomate. Le test de couleur permet également à l'utilisateur de définir deux paramètres indiquant le pourcentage de pixels qui se situent dans des plages spécifiées.Quelques valeurs pour l'analyse de la tomate fixent les valeurs inférieure et supérieure du paramètre un à 70 et 100 respectivement, ce qui correspond au jaune et au vert indésirables. Couleur de pulpe jaune. Réglez les valeurs inférieure et supérieure du paramètre deux à zéro et 50 respectivement.Elles correspondent à la couleur rouge souhaitée. Enregistrez les paramètres pour ces valeurs. Ces valeurs sont ensuite appliquées à toutes les images analysées jusqu'à la fermeture du programme.Pour les images numérisées, sélectionnez l'option Illuminate C deux degrés et non l'option Illuminate D 65 dix degrés, qui n'est appliquée que pour les images acquises en lumière naturelle après étalonnage. Analysez les images des fruits pour la couleur après les ajustements manuels d'une image et l'analyse d'image par TA décrits dans le protocole écrit accompagnant. Cliquez sur le bouton enregistrer le fruit.Toutes les informations actuelles, y compris les ajustements manuels et les objets désélectionnés, sont enregistrées dans un nouveau fichier portant le même nom que celui de l'image d'origine, mais avec l'extension TMT. Pour revenir au fichier image d'origine sans aucun des ajustements, il suffit de supprimer le fichier TMT associé. Sinon, sélectionnez analyser et réanalysez l'image d'origine.Cependant, notez que tout fichier TMT portant le même nom que l'image scannée reste associé à l'image d'origine, sauf si l'on écrase ce fichier pour enregistrer les modifications. Exportez les données en sélectionnant le bouton d'exportation ; les données sont exportées vers un fichier Excel. Les valeurs d'attribut pour chaque fruit, ainsi que la moyenne et l'écart type, sont affichées.La fonction d'analyse par lot permet d'exporter les valeurs d'attributs à partir de deux images ou plus. Lancez l'analyse par lot en cliquant sur le bouton d'ouverture d'image. Sélectionnez les fichiers d'image à analyser par lot.Sélectionnez plusieurs fichiers à l’aide de la touche Maj ou Ctrl tout en choisissant des fichiers supplémentaires. Une fois les fichiers sélectionnés, cliquez sur la touche ouvrir ; vous pouvez alors sélectionner le type de sortie d’analyse par lot : moyenne uniquement, moyenne et écart type, ou mesures individuelles par image.Choisissez un nom pour le fichier Excel qui sera créé et cliquez sur la touche enregistrer. Le logiciel ouvre automatiquement les fichiers et commence l'analyse en lot. Si les fichiers d'image ont été précédemment analysés et enregistrés par ta, les fichiers TMT enregistrés seront ouverts pour l'analyse en lot.Si les fichiers n'ont pas été analysés auparavant, le logiciel effectue l'analyse des images sans ajustements manuels ni sélections de DES ; TA peut réaliser une analyse en lot d'au moins 100 images à 600 DPI. L'analyse en lot peut également être utilisée pour le test de couleur : jusqu'à 100 images de fruits peuvent être analysées en lot, selon le matériel informatique. Ouvrez l'option de test de couleur dans le menu des paramètres.Vérifiez l'analyse par lot et cliquez sur analyser. Une nouvelle fenêtre apparaît pour sélectionner les images à analyser. Dans la fenêtre suivante, indiquez le nom et le répertoire du fichier de données.Cliquez sur enregistrer et l'analyse par lots du test de couleur commence. Voici les résultats de forme et de couleur pour deux images représentant la variation chez la tomate. Les fichiers de sortie des deux images se trouvent à droite, affichant les valeurs de plusieurs attributs de forme et de couleur pour chaque fruit.Les résultats de l'analyse par lots sont affichés dans ce fichier de sortie, montrant les valeurs moyennes des formes d'attributs et l'écart type pour 10 variétés de tomates. Le résultat de l'analyse de couleur de l'analyse par lots contient les valeurs moyennes de couleur pour chaque fruit, ainsi que d'autres paramètres. Nous venons de vous montrer comment collecter des images de fruits de tomate et les analyser à l'aide des fonctionnalités les plus couramment utilisées disponibles dans Tomato Analyzer.Bien que ce logiciel ait été développé pour analyser les fruits de tomate, il peut également être utilisé pour analyser d'autres organes végétaux, notamment les feuilles et les graines de tomate ainsi que d'autres espèces végétales. Voilà, c'est tout. Merci d'avoir regardé et bonne chance avec votre expérience.

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Nous illustrons ici comment utiliser électrons cryotomography (ECT) pour étudier l'ultrastructure des cellules bactériennes en quasi-natif états, à «macromoléculaires" (~ 4 nm) de résolution.

Cryotomography électrons des cellules bactériennes

Nous avons développé une plate-forme logicielle qui utilise Imaris Neuroscience, ImarisXT et MATLAB pour mesurer les changements dans la morphologie d'une forme indéfinie pris trois dimensions fluorescence confocale de cellules individuelles. Cette nouvelle approche peut être utilisée pour quantifier les changements dans la forme des cellules qui suivent l'activation du récepteur et représente donc un outil possible supplémentaire pour la découverte de médicaments.

Un outil analytique qui quantifie les changements de morphologie cellulaire en trois dimensions des images de fluorescence

Haute résolution x-ray tomodensitométrie (TDM-HR) est une technique non destructive d'imagerie diagnostique qui peut être utilisée pour étudier la structure et la fonction des vaisseaux des plantes en 3D. Nous montrons comment HRCT facilite l'exploration des réseaux du xylème dans un large éventail de tissus et espèces végétaux.

Utilisation à haute résolution tomodensitométrie pour visualiser la structure tridimensionnelle et la fonction des vaisseaux sanguins des végétaux

Nous décrivons une méthode de microscopie corrélative qui combine la microscopie à haute vitesse 3D de cellules vivantes fluorescent lumière et de haute résolution tomographie cryo-électronique. Nous démontrons la capacité de la méthode corrélative par imagerie dynamique, les petites VIH-1 particules en interaction avec des cellules HeLa d'accueil.

Microscopie corrélative pour l&#39;analyse structurale 3D des interactions dynamiques

Nous présentons un protocole sur la façon d'utiliser à haut débit tomographie cryo-électronique pour déterminer haute résolution dans les structures in situ de machines moléculaires. Le protocole permet de grandes quantités de données à traiter, évite les goulots d'étranglement communs et de réduire l'indisponibilité des ressources, permettant à l'utilisateur de se concentrer sur des questions biologiques importantes.

Utilisation Tomoauto: Un protocole pour la tomographie à haut débit automatisé cryo-électronique

Un protocole est présenté qui permet la visualisation de Drosophila melanogaster intact à n’importe quel stade de développement à l’aide de la tomographie microcalculée.

Imagerie d’animaux entiers de Drosophila melanogaster à l’aide de la tomographie microcalculée

Nous décrivons la préparation de rubans de sections série et leur collecte sur un grand support de transfert pour une utilisation en tant qu’échantillons de tomographie en réseau, ainsi que des procédures d’imagerie automatisées dans un microscope électronique à balayage. Le protocole permet le dépistage, la récupération et l’imagerie ciblée d’événements locaux rares, ainsi que l’acquisition de grands volumes de données.

Flux de travail de tomographie en réseau pour l’acquisition ciblée d’informations de volume à l’aide de la microscopie électronique à balayage

Ici, un protocole décrivant les étapes de préparation des échantillons et de collecte de données requises en cryomodensitométrie à rayons X mous (SXT) pour imager l’ultrastructure de cellules entières cryo-préservées à une résolution de 25 nm demi-pas, est présenté.

Une description cartographique 3D de la cellule par cryo tomographie par rayons X mous

Le présent protocole décrit l’acquisition à distance de données par cryotomographie électronique à haute résolution à l’aide de Tomo5, ainsi que le traitement ultérieur des données et la moyenne des sous-tomogrammes à l’aide d’emClarity. L’apoferritine est utilisée comme exemple pour illustrer des processus détaillés étape par étape pour obtenir une structure cryo-ET à une résolution de 2,86 Å.

Cryotomographie électronique Collecte de données à distance et moyenne par sous-tomogramme

Nous présentons un protocole étape par étape pour l’imagerie tridimensionnelle à haute résolution, sans marquage et des organoïdes à l’aide de l’holotomographie à faible cohérence. Ce protocole détaille la préparation de la culture d’organoïdes, l’acquisition d’images et l’analyse d’images informatiques, permettant de visualiser en temps réel la dynamique structurelle et les réponses aux médicaments dans les organoïdes vivants.

Imagerie 3D haute résolution sans marquage et analyse par apprentissage automatique d’organoïdes intestinaux par holotomographie à faible cohérence

Découvrez le protocole standardisé pour mesurer la morphologie et la couleur des fruits de tomate avec le logiciel Tomato Analyzer. Cette méthode permet une quantification objective et reproductible de 37 attributs de forme et de couleur à partir d'images numérisées.

Analyseur de tomate: Un logiciel dapplication utile de recueillir des données précises et détaillées morphologiques et colorimétrique des objets en deux dimensions (Vidéo) | JoVE Journal

Analyseur de tomate: Un logiciel d'application utile de recueillir des données précises et détaillées morphologiques et colorimétrique des objets en deux dimensions

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