HCR-DNA FISH : une technique d’hybridation in situ en fluorescence pour détecter l’ADN viral dans les cellules infectées

- HCR-FISH, ou hybridation in situ par réaction en chaîne d’hybridation-fluorescence, détecte les séquences d’acides nucléiques viraux dans le génome des cellules infectées par le virus. Pour commencer, fixez une culture adhérente de cellules infectées par le virus et perméabilisez leur membrane cellulaire. Incuber les cellules avec un tampon d’hybridation pour réduire tout signal de fond. Traiter les cellules avec des sondes initiatrices porteuses d’une séquence initiatrice HCR et d’une séquence complémentaire ciblant l’ADN viral. Chauffez l’échantillon pour dénaturer l’ADN double brin de l’hôte en ADN simple brin. Incuber l’échantillon pour permettre à la sonde de se lier à sa séquence d’ADN viral cible complémentaire.

Ensuite, traitez avec un tampon d’amplification contenant deux ensembles de sondes en épingle à cheveux oligonucléotidiques marquées par fluorescence, H1 et H2. Incuber pour faciliter l’hybridation en chaîne. La séquence initiatrice non appariée se lie à sa queue H1 complémentaire, linéarisant la structure en épingle à cheveux. La séquence H1 exposée se lie de la même manière à sa queue H2 complémentaire. Le H2 arrière continue de se lier à une queue H1. De cette f