Name: In vivo et in vitro de ladaptateur-clathrine Interaction (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2011-01-26T23:30:00.000+00:00
Duration: 17 min 14 s
Description: Découvrez l'analyse des interactions adaptateur-clathrine in vivo et in vitro chez la levure Saccharomyces cerevisiae. Cette méthode combine microscopie confocale à disque tournant et essais de pull-down pour étudier la dynamique de l'endocytose.

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DF est soutenu par une Ponts NSF pour la bourse de doctorat. Le microscope utilisé dans ce travail est soutenu en partie par le microscope Imaging Network subvention d&#39;infrastructure de base du Colorado State University. Les travaux sur les adaptateurs de clathrine dans le laboratoire de l&#39;auteur est soutenue par la CSU fonds de démarrage et de prix de l&#39;American Heart Association 09SDG2280525 à SD

1. L'incorporation d'une balise de la GFP et marqueur de sélection dans le gène SLA1 Appliquer la méthode Longtine 17 afin de fusionner une étiquette GFP directement à l'extrémité 3 'du cadre ouvert de lecture du gène SLA1 (Sla1p C-terminale) et simultanément marquer le gène avec les E. coli Kanr gène qui permet la sélection G418. <ol><li> Générer un fragment d'ADN par PCR en utilisant comme modèle le plasmide pFA6a-GFP (S65T)-kanMX6 18 et les amorces suivantes: avant, 5'-CA AGG CAA CCG AAC ATA TTC AAT GCT LOI GCA ACT AAT GCC TTT GGA TTC CGG ATC CCC GGG TTA ATT AA-3 ', et renverser, 5'-CA TAT AGC TTG TTT GCT TTA TTA TCC TAT AAA ATC TTA AAA TAC ATT AAT GAA TTC GAG CCT GTT TAA AC-3'. La séquence soulignée correspond au segment SLA1 gène spécifique qui précède immédiatement (Amorce) et en suivant le codon stop (amorce reverse). Isoler le produit de PCR par électrophorèse sur gel agarose suivie d'une purification d'ADN. </li><li> Préparer une culture de 50 ml S. cerevisiae SEY6210 souche (MAΤα ura3-52, leu2-3, 112 his3-Δ200, trp1-Δ901, lys2-801, SUC2-Δ9 GAL-MEL) 19 au YPD, de plus en plus à la phase logarithmique précoce (DO600 = 0,2-0,6). Spin à température ambiante pendant 3 min à 2000 xg, laver deux fois avec de l'eau stérile. </li><li> Transformer le fragment de PCR obtenu à l'étape 1 dans les cellules en utilisant la procédure d'acétate de lithium 20. Laver les cellules avec 1 ml d'eau stérile, ajouter 1 ml YPD et incuber pendant 4 h à 30 ° C dans un shaker. </li><li> Fais les cellules sur YPD-G418 plaques de sélectionner pour le G418 transformants résistants, incuber à 30 ° C pendant 2-3 jours. Prélever des colonies et la strie eux sur YPD-G418 plaques. </li><li> En utilisant la colonie-PCR, d'identifier les transformants dans lequel le module GFP-kan a été bien intégré au SLA1 séquences du gène par recombinaison homologue. Utilisez une amorce sens que recuits dans le cadre de lecture ouvert SLA1 et une amorce inverse qui s'apparie à l'intérieur du module de la GFP-kan. Identifier les colonies qui ont des produits de PCR de la taille attendue et vérifier par séquençage. </li><li> Ecran des colonies par microscopie à fluorescence pour confirmer qu'ils ont fluorescence de la GFP. </li></ol> 2. Mutation de la boîte de variante de la clathrine (VCB) dans le gène SLA1 <ol><li> Introduire un LLDLQ à la mutation dans le gène de AAALQ SLA1 (nucléotides 2407-2415), après une approche en deux étapes 15. </li><li> Tout d'abord, d'amplifier SLA1 nucléotides 1207-1410 et de 2427-2589 par PCR et clone les fragments dans les sites Notl / BamHI et EcoRI / Sall de pBluescriptKS, respectivement. </li><li> Sous-clone dans les sites BamHI / EcoRI contenant un fragment de PCR URA3. </li><li> Enchaînement avec le plasmide résultant Notl / Sall, isoler le fragment URA3 par purification sur gel, et l'introduire par transformation d'acétate de lithium dans la souche SLA1-GFP générées dans la partie 1, ou dans TVY614 (MATa ura3-52-3112 leu2 his3-Δ200 trp1 -Δ901 lys2-801 SUC2-Δ9 pep4:: LEU2 PRB1:: hisG PRC1:: HIS3) 21. </li><li> Fais les cellules sur des plaques complétées SD dépourvu d'uracile. Confirmez en colonie PCR et séquençage que les colonies Ura + contiennent URA3 correctement intégré remplaçant le fragment VCB. </li><li> Dans une seconde étape, sous-clone SLA1 nucléotides 1207-2589 en Notl / Sall sites de pBluescriptKS. Utilisation de la QuickChange-XL mutagenèse dirigée kit (Stratagene), muter les résidus VCB LLDLQ d'AAALQ. Vérifiez par séquençage. </li><li> Enchaînement avec la construction résultante BSGI / Agel, et d'isoler le VCB mutant contenant le fragment d'une purification sur gel. Cotransformée le fragment BSGI / Agel avec pRS313 (HIS3) 22 dans la souche obtenue dans la partie 2.3. </li><li> Fais les cellules sur des plaques complétées SD manque histidine. Réplique plaque ses colonies + sur un milieu gélosé contenant l'acide 5-fluorotique pour identifier les cellules où les séquences mutantes remplacé URA3, régénérant ainsi le gène SLA1 contenant les LLDLQ à la mutation AAALQ (SLA1 AAA). Confirmez en colonie PCR et séquençage. </li></ol> 3. La microscopie à fluorescence <ol><li> Cultivez les souches de levure SLA1-GFP et SLA1 AAA-GFP générées dans les parties 1 et 2 dans 4 ml de médias SD complété à 30 ° C dans un agitateur dans l'obscurité jusqu'à atteindre une DO 600 = 0,1 à 0,4. Spin 1 ml de culture dans microcentrifugation à 4000 xg pendant 1 min à température ambiante. Jeter ~ 950 pi de surnageant. Resuspendre les cellules dans le liquide restant (~ 50 pi). </li><li> Dépôt 3 ul de la suspension cellulaire sur une lame de microscope et couvrir avec une lamelle de verre. Protéger l'échantillon de la lumière. </li><li> Mont glisser sur un 100x immersion dans l'huile l'objectif d'un microscope confocal à filer le disque. </li><li> Localisez correcte plan focal de cellules en utilisant un éclairage fond clair ou 488 nm laser avec des filtres appropriés pour exciter et détecter la fluorescence de la GFP. </li><li> Capturez des images en accéléré du SLA1-GFP et SLA1 AAA-GFP dans les cellules avec des temps d'exposition de 500 ms (ou valeur appropriée) à unintervalle de n d'une image par seconde pendant 150 secondes. Résultat attendu: punctae GFP étiqueté apparaîtra sur la surface intérieure de limiter la membrane de la cellule, persister pendant plusieurs secondes, et se déplacer vers le centre de la cellule comme le signal disparaît rapidement (indiquant manteau de démontage). </li><li> Sélectionnez une partie d'une image dans laquelle des taches on voit apparaître, restent pendant plusieurs secondes, et disparaissent. Recadrer cette section de l'image à chaque trame des images en accéléré. </li><li> Générer un représentant kymographe cette section de l'image dans chaque image de la 150 secondes time-lapse d'image en alignant les cadres le long d'un axe correspondant au temps écoulé. </li><li> Calculer la durée de chaque spot sur la base de combien de secondes (time-lapse cadres), les taches sont présentes dans le kymographe. Notez que chaque spot devrait "courbe" vers l'intérieur de la cellule car elle tend à disparaître, ce qui reflète l'endocytose et le démontage de la robe. </li><li> Comparez type sauvage SLA1-GFP avec SLA1 AAA-GFP. Répétez cette opération pour déterminer si les résultats sont statistiquement significatifs. Résultat attendu: SLA1 AAA-GFP taches persistent significativement plus longue (~ 80 sec) que de type sauvage (~ 30 sec), indiquant un défaut dans la formation de 15 manteau. </li></ol> 4. Préparation d'extrait de levure cytosoliques et extrait cellulaire total <ol><li> Inoculer 3 litres de YPD avec une souche de levure appropriée, comme TVY614 21, et de croître à 30 ° C dans un incubateur agitateur jusqu'à atteindre une DO 600 = 1-2. </li><li> Centrifuger la culture de levure à la température ambiante pendant 20 min à 3700 x g. Jeter le surnageant, ajouter 3-5 ml d'eau stérile, et la pipette de haut en bas jusqu'à ce que le culot est resuspendu complètement. </li><li> Verser ~ 150 ml d'azote liquide dans un bécher de 250 ml en plastique. Flash-geler la levure en ajoutant goutte à goutte dans l'azote liquide dans un modèle circulaire pour éviter l'agglutination des granules congelés. Ne laissez pas le dégel boulettes, ajouter de l'azote liquide au besoin. </li><li> Réfrigérer une en acier inoxydable récipient du mélangeur en versant l'azote liquide en elle. Permettre à l'azote liquide à près de s'évaporer complètement. Ajouter les boulettes levure surgelée dans le récipient froid mélangeur. Fermez le récipient du mélangeur avec un bouchon de caoutchouc à froid et à broyer les pastilles de la levure pendant 10 secondes. Inverser le temps de conteneurs 3-4 à mélanger le contenu et répétez l'étape de broyage à deux reprises. La levure sol gelé aura une apparence comme de la poudre. </li><li> Réfrigérer un entonnoir et d'un tube conique de 50 ml avec de l'azote liquide. Aide de l'entonnoir à froid, le transfert des levures du sol dans le tube. La levure sol gelé peut être conserver à -80 ° C ou utilisé immédiatement. </li><li> Pour obtenir un extrait cytosolique pour le dosage de la protéine de fusion GST-affinité (partie 5), le poids de 3 g de sol gelé TVY614 levure dans un tube de 15 ml conique et remettre en suspension dans 3 ml de tampon A température ambiante (10 mM HEPES, pH 7,0, NaCl 150 mM, EDTA 1 mM, DTT 1 mM) contenant un cocktail d'inhibiteur de protéase (Sigma). </li><li> Cap et inverser le tube plusieurs fois jusqu'à ce que complètement décongelés puis mis sur la glace. </li><li> Ultracentrifuger l'extrait à 4 ° C pendant 20 min à 300 000 x g. Soigneusement transférer le surnageant (extrait cytosolique) à un tube conique en utilisant une pipette sans perturber le culot. Gardez l'extrait cytosolique sur la glace. </li><li> Ajouter 100 ul d'un 50% (v / v) de glutathione-Sépharose boue dans le tampon A. Il est commode de couper l'extrémité de la pointe, afin de faciliter pipetage des perles. Tournez à 4 ° C pendant 15 min, spin-down des billes par centrifugation à 4 ° C pendant 2 min à 1000 xg, et le transfert du (extrait cytosolique) surnageant dans un nouveau tube. Réserve 50 ul d'extrait pour le contrôle d'entrée. </li><li> Pour obtenir des extraits cellulaires totaux pour les expériences de co-immunoprécipitation (Partie 6), l'utilisation de contrainte TVY614 (WT SLA1), la souche SLA1 AAA portant un LLDLQ à la mutation AAALQ généré dans la partie 2 de TVY614 fond, et une souche portant une délétion SLA1 de l' SLA1 gènes tels que GPY3130 23. Poids 2 g de levure sol gelé correspondant dans des tubes coniques et les remettre en suspension dans 2 ml de tampon A température ambiante, contenant un cocktail d'inhibiteur de protéase (Sigma) et 2% de Triton X-100. </li><li> Cap et inverser le tube plusieurs fois jusqu'à ce que complètement décongelés puis incuber sur de la glace pendant 10 min, périodiquement mélanger par inversion. </li><li> Transfert de la matière à microtubes et de spin à 4 ° C pendant 15 min à 16000 xg (vitesse de pointe de microcentrifugeuse). Soigneusement transférer le surnageant (extrait cellulaire total) à un tube conique sur la glace à l'aide d'une pipette, sans perturber le culot. </li><li> Ajouter 100 ul d'une protéine de 50% (v / v) A-Sépharose boue dans le tampon A. Tournez à 4 ° C pendant 15 min, spin-down des billes par centrifugation à 4 ° C pendant 2 min à 1000 xg, et le transfert le surnageant (extrait total) dans un nouveau tube. Réserve 50 ul d'extrait pour le contrôle d'entrée. </li></ol> 5. TPS-fusion de dosage de protéines par affinité <ol><li> Amplifier par PCR une containi fragmentng la variante Sla1p clathrine-box (VCB) (résidus 803-807), il clone dans pGEX-5X pour obtenir pGEX-5X-VCB. Vérifiez par séquençage. </li><li> En utilisant pGEX-5X-VCB comme un modèle et le QuickChange-XL mutagenèse dirigée kit (Stratagene), muter les résidus VCB LLDLQ d'AAALQ pour obtenir pGEX-5X-vCBmut. Vérifiez par séquençage. </li><li> Exprès de la TPS et les protéines de fusion GST-VCB et GST-vCBmut dans E. coli (BL21 DE3), purifier à l'aide de glutathione-Sépharose, éluer des billes avec le glutathion réduit, dialyser contre du PBS, et de déterminer la concentration de protéines. </li><li> Identifier les tubes à centrifuger 3: TPS, TPS-VCB, et GST-vCBmut, et ajouter 1 ml de PBS, 30 pl d'un 50% (v / v) de glutathione-Sépharose boue dans le tampon A, et 50 ug d'dialized TPS, TPS -VCB, ou des protéines de fusion GST-vCBmut. </li><li> Tournez à température ambiante pendant 30 minutes pour permettre à la liaison. </li><li> Laver les billes deux fois avec du PBS et 1 fois avec le tampon A. Ajouter 1 ml d'extrait de levure cytosolique - préparé comme décrit dans la Partie 4 - à chaque tube. </li><li> Tournez les tubes 1 h à 4 ° C, spin 10 sec à 5000 xg pour culotter les perles, éliminer le surnageant et laver rapidement les billes de 3 fois avec le tampon A contenant 0,1% de Triton X-100, et 1 fois avec le tampon A. </li><li> Isoler les perles une fois de plus et en utilisant une pointe de chargement de gel retirer autant de liquide que possible. A ce stade les échantillons peuvent être conservés à -20 ° C pour continuer à une date ultérieure. </li><li> Ajouter 15 ul de tampon d'échantillon de Laemmli 2x à chaque tube, incuber à 96 ° C pendant 5 min, et de spin 10 sec à 5000 x g. </li><li> Analyser les échantillons par immunoblot en utilisant un anticorps dirigé contre la chaîne lourde de clathrine. Résultats attendus: clathrine se lie à la TPS-VCB, mais pas à la TPS ou GST-vCBmut. Également analyser les échantillons par SDS-PAGE pour confirmer le chargement similaire de protéines de fusion de TPS. </li></ol> 6. Co-immunoprécipitation de dosage <ol><li> Identifier les tubes à centrifuger 3: WT (type sauvage SLA1), SLA1 AAA, et sla1Δ, et ajouter 1 ml de PBS, 30 pl d'une protéine de 50% (v / v) A-Sépharose boue dans le tampon A, et 2 pg d'un lapin anti-Sla1p anticorps. </li><li> Tournez à température ambiante pendant 30 min. </li><li> Laver les billes deux fois avec du PBS et une fois avec le tampon A contenant 1% de Triton X-100. </li><li> Ajouter 1 ml de l'extrait correspondant de la levure total préparé dans la partie 4: SLA1, SLA1 AAA, et sla1Δ. Rotation 1 h à 4 ° C. </li><li> Spin 10 sec à 5000 xg pour culotter les perles, éliminer le surnageant et laver rapidement les billes de 3 fois avec le tampon A contenant 0,1% de Triton X-100, et 1 fois avec le tampon A. </li><li> Isoler les perles une fois de plus et en utilisant une pointe de chargement de gel retirer autant de liquide que possible. A ce stade les échantillons peuvent être conservés à -20 ° C pour continuer à une date ultérieure. </li><li> Ajouter 15 ul de tampon d'échantillon de Laemmli 2x à chaque tube, incuber à 96 ° C pendant 5 min, et de spin 10 sec à 5000 x g. </li><li> Analyser les échantillons par immunoblot en utilisant un anticorps dirigé contre la chaîne lourde de clathrine. Résultats attendus: clathrine co-immunoprécipite avec Sla1p type sauvage mais pas à des SLA1 AAA, ou dans l'échantillon sla1Δ. </li></ol> 7. Les résultats représentatifs <img src="/files/ftp_upload/2352/2352fig1.jpg" alt="Figure 1" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Figure 1"> Figure 1. Analyse des Sla1p adaptateur clathrine sur les sites de l'endocytose par microscopie à fluorescence des cellules vivantes. Une trame (à gauche) à partir d'une vidéo et kymographs correspondante (à droite) de cellules de levure exprimant la GFP ou SLA1-SLA1 AAA-GFP transportant une LLDLQ à la mutation AAALQ. Tant de type sauvage et mutant SLA1-GFP ont été exprimés de la endogènes SLA1 locus. Les sites endocytaire sont observées comme des points lumineux répartis dans la périphérie de la cellule (images de gauche). La zone entre les lignes blanches correspond à la région d'où kymographs ont été générés. Films ont été prises à une cadence de 1 image / sec. Notez la durée de vie des SLA1-GFP dans les LLDLQ d'AAALQ mutant (SLA1 AAA) par rapport au type sauvage (SLA1). <img src="/files/ftp_upload/2352/2352fig2.jpg" alt="Figure 2" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Figure 2"> Figure 2. Interaction physique entre la clathrine et la boîte Sla1p variante clathrine. TPS fusionnée à Sla1p fragment aa798-813 contenant la séquence (TPS-VCB) LLDLQ, correspondant AAALQ mutant (TPS-vCBmut), ou GST seule (TPS) étaient liés au glutathion-Sépharose perles et incubés avec un extrait cytosolique du sauvage Type de cellules de levure. Les protéines associées ont été élues et analysées par immunoblot (IB) pour la chaîne lourde de clathrine.

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<li>Sikorski, R. S., Hieter, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+system+of+shuttle+vectors+and+yeast+host+strains+designed+for+efficient+manipulation+of+DNA+in+Saccharomyces+cerevisiae%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">A system of shuttle vectors and yeast host strains designed for efficient manipulation of DNA in Saccharomyces cerevisiae.</a> Genetics. 122, 19-27 (1989).</li>
<li>Piao, H. L., Machado, I. M., Payne, G. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((NPFXD-mediated+endocytosis+is+required+for+polarity+and+function+of+a+yeast+cell+wall+stress+sensor%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Biol+Cell%22%5BJournal%5D)">NPFXD-mediated endocytosis is required for polarity and function of a yeast cell wall stress sensor.</a> Mol Biol Cell. 18, 57-65 (2007).</li>
</ol>

Clathrine vésicules (CCV) de participer à l&#39;endocytose et le transport à partir du réseau trans de Golgi et les endosomes, les voies qui sont conservés à la biologie fondamentale des cellules eucaryotes. Les approches décrites dans cet article les méthodes sont utiles pour étudier les mécanismes moléculaires responsables de la formation CCV, dans les interactions entre les protéines notamment adaptateur et la clathrine. L&#39;affinité des protéines de fusion GST et de co-immunoprécipitation permettent de te...

<table border="1"><th> Matériau </th><th> Société </th><tbody><tr><td> QuickChange-XL mutagenèse dirigée kit </td><td> Stratagene </td></tr><tr><td> Cocktail inhibiteur de protéase </td><td> Sigma </td></tr></tbody></table>

in vivo et in vitro de l&#39;adaptateur-clathrine interaction

In vivo and in vitro Studies of Adaptor-clathrin Interaction

Une importante voie endocytaire initie avec la formation de vésicules recouvertes de clathrine (CCV) que les cargaisons de transport de la surface de la cellule vers les endosomes 1-6. CCVS sont distingués par un treillis polyédriques de la clathrine qui recouvre la membrane de la vésicule et sert mécaniques échafaud. Manteaux de clathrine sont assemblés lors de la formation des vésicules de clathrine triskelia individuelles, la forme soluble de la clathrine composée de trois lourdes et trois sous-unités de la chaîne légère 7,8. Parce que le triskelion n&#39;a pas la capacité de se lier à la membrane directement, la clathrine contraignante adaptateurs sont indispensables pour relier le réseau formant la clathrine à la membrane par l&#39;association avec les lipides et / ou protéines de la membrane 9. Adaptateurs également des marchandises protéines transmembranaires emballage, tels que des récepteurs, et peuvent interagir les uns avec les autres et avec les autres composantes de la formation CCV machines 9. Plus de vingt adaptateurs de clathrine ont été décrites, plusieurs sont impliqués dans l&#39;endocytose médiée clathrine et d&#39;autres localiser dans le réseau trans de Golgi ou les endosomes 9. À l&#39;exception de HIP1R (levure Sla2p), toutes les cartes connues clathrine se lier au domaine N-terminal-hélice de la chaîne lourde clathrine 9. Adaptateurs de clathrine sont des protéines modulaires constitués de domaines reliés par replié non structurées lieurs. Dans ces régions linker, courts motifs de liaison avec la médiation des interactions clathrine domaine N-terminal ou d&#39;autres composantes de la formation des vésicules machines 9. Deux distinctes clathrine motifs de liaison ont été définis: la boîte clathrine et le W-box 9. Le consensus de clathrine boîte de séquence a été initialement défini comme L [L / I] [D / E / N] [L / F] [D / E] 10, mais des variantes ont été découvert par la suite 11. Le W-box est conforme à la séquence PWxxW (où x est un résidu). Sla1p (synthétique létale avec l&#39;actine binding protein-1) a été initialement identifié comme une protéine actine associé et est nécessaire pour la structure normale cytosquelette d&#39;actine et la dynamique des sites endocytose dans les cellules de levure 12. Sla1p lie également le signal de tri NPFxD endocytose et est essentielle pour l&#39;endocytose des marchandises portant le signal de NPFxD 13,14. Plus récemment, Sla1p a été démontré pour lier la clathrine par un motif similaire à la boîte de clathrine, LLDLQ, appelée variante de la clathrine boîte (VCB), et de fonctionner comme un adaptateur endocytose clathrine 15. En outre, Sla1p est devenu un marqueur couramment utilisé pour la couche endocytose dans les études de cellules vivantes de microscopie par fluorescence 16. Ici, nous utilisons Sla1p comme un modèle pour décrire les approches pour les études d&#39;interaction adaptateur clathrine. Nous nous concentrons sur la microscopie à fluorescence des cellules vivantes, GST-pull down, et co-immunoprécipitation méthodes.

Clathrine endocytose dépend de protéines adaptatrices qui coordonnent la sélection de fret et de l&#39;assemblage manteau de clathrine. Nous décrivons ici les procédures pour étudier l&#39;adaptateur clathrine interaction physique et imagerie des cellules vivantes approches utilisant comme modèle la levure Sla1p endocytose protéine adaptatrice.

In vivo et in vitro de l&#39;adaptateur-clathrine Interaction

Une voie endocytaire majeure débute par la formation de vésicules recouvertes de clathrine (VRC) qui transportent le cargo de la surface cellulaire vers les endosomes1-6. Les VRC ...

Lors de l'endocytose médiée par la clathrine, un réseau polyédrique de clathrine est lié à des protéines membranaires ou à des lipides par l'intermédiaire de protéines adaptatrices liant la clathrine, telles que SLA1. SLA1 lie la clathrine par son motif boîte de clathrine variant, ou VCB. Dans cette vidéo, trois méthodes sont utilisées pour analyser les interactions entre la clathrine et SLA1. Premièrement, des cellules de levure exprimant SLA1 natif ou des mutants VCB marqués avec GFP sont observées par microscopie confocale à disque tournant.Des films en accéléré sont ensuite analysés afin de déterminer l'effet de la mutation sur la cinétique de l'endocytose. En second lieu, des extraits cytosoliques de levure sont préparés à partir de cellules de type sauvage comme source de clathrine, et des tests d'immunoprécipitation par fusion GST-VCB sont réalisés pour examiner l'interaction entre la clathrine et VCB in vitro. Troisièmement, des extraits totaux sont préparés à partir de cellules de levure exprimant des formes natives et des mutants de VCB.Les immunoprécipitations de SLA1 et de ses partenaires sont réalisées afin d'examiner l'effet de la mutation sur l'affinité de la liaison

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La cellule perméables réticulant DSP [dithiobis (succinimidyl propionate)] stabilise les interactions transitoires et...

Isolement du labiles complexes multi-protéiques par des In vivo Contrôlée Cellulaire réticulation et chromatographie d&#39;affinité immuno-magnétiques

Cette vidéo montre des expériences avec l'analyse subséquente des interactions protéine-protéine par l'utilisation de micro-surfaces texturées. L'approche offre la possibilité de détecter les interactions entre protéines dans les cellules vivantes et combine haute capacité de débit avec la possibilité d'extraire des informations quantitatives.

In vivo de détection des interactions protéine-protéine sur la micro-surfaces texturées

La localisation subcellulaire des protéines est important dans la détermination de la régulation spatio-temporelle de la signalisation cellulaire. Ici, nous décrivons bimoléculaire complémentation de fluorescence (BiFC) comme une méthode simple pour le suivi des interactions spatiale des protéines dans la cellule.

Bimoléculaire complémentation de fluorescence

Kystique régulateur de la conductance transmembranaire de la fibrose (CFTR), un canal chlorure épithéliale, a été signalé à interagir avec des protéines et de réglementer divers processus cellulaires importants, parmi lesquels les CFTR PDZ motif-médiées par les interactions ont été bien documentés. Ce protocole décrit les méthodes que nous avons développés pour assembler un macromoléculaire CFTR PDZ-dépendante complexe de...

L&#39;analyse in vitro de PDZ-dépendants complexes macromoléculaires CFTR de signalisation

Procédé de criblage à haut contenu de la nouvelle identification de signalisation des récepteurs transmembranaires compétentes est décrite. Cette méthode se prête à l'automatisation à grande échelle et permet des prédictions...

Un workflow d&#39;imagerie à haute teneur pour étudier Grb2 complexes de signalisation par clonage d&#39;expression

endocytose médiée par la clathrine, un processus rapide et hautement dynamique internalise de nombreuses protéines, y compris les récepteurs de signalisation. Le protocole décrit ici visualise directement la cinétique des événements endocytaires individuels. Ceci est essentiel pour comprendre comment les membres centraux de la machinerie endocytaire se coordonnent les uns avec les autres, et comment la cargaison de protéines influence ce processus.

Visualisation endocytose clathrine de G récepteurs couplés aux protéines à un seul événement résolution par microscopie TIRF

L’oligomérisation du récepteur de la ryanodine, un canal ionique homo-tétramérique médiant la libération de Ca2+ à partir des réserves intracellulaires, est essentielle pour la contraction des muscles squelettiques et cardiaques. Ici, nous présentons des méthodes complémentaires in vivo et in vitro pour détecter l’auto-association des protéines et déterminer la stœchiométrie des homo-oligomères.

Approches génétiques et biochimiques pour<em&gt; In Vivo</em&gt; et<em&gt; In vitro</em&gt; Évaluation de Protein oligomérisation: Étude de cas Ryanodine Receptor

Ici, nous décrivons une procédure pour visualiser et de quantifier avec une grande sensibilité les interactions endogènes entre le réticulum endoplasmique et les mitochondries dans les cellules fixes. Le protocole optimisé comprend un essai de ligature de proximité in situ dans le ciblage de l'inositol 1,4,5-triphosphate récepteur / protéine régulée par le glucose 75 / D complexe canal anionique / cyclophiline dépendant de la tension à l'interface de la membrane associée à la mitochondrie.

Etude de réticulum endoplasmique et mitochondries Interactions par<em&gt; In Situ</em&gt; Proximité Ligation Assay dans des cellules fixes

Début endosome fonctions dépendent de la polymérisation de l’actine-F. Nous décrivons ici une analyse axée sur la microscopie in vitro qui reconstitue la nucléation et la polymérisation de l’actine F sur les membranes endosomale précoce dans des éprouvettes, rendant ainsi cette série complexe de réactions se prêtent à biochimiques et génétiques manipulations.

In Vitro Polymérisation de l’actine F sur Endosomes précoces

Présenté ici est un protocole pour la détermination de l’état oligomérique des protéines membranaires qui utilise un système de nanoparticules de membrane cellulaire indigène en conjonction avec la microscopie électronique.

Système de nanoparticules de membrane cellulaire indigène pour l’analyse d’interaction protéine-protéine de membrane

Le protocole présente une méthode de fixation covalente in vivo de la biotine à des protéines basée sur leur proximité avec une biotine ligase fusionnée à une protéine d’intérêt. Cette modification permet un enrichissement sélectif des protéines à l’aide de billes de streptavidine selon les besoins des études d’interaction protéique.

In vivo Biotinylation de proximité pour les études d’interaction protéique chez Paramecium tetraurelia

Découvrez l'analyse des interactions adaptateur-clathrine in vivo et in vitro chez la levure Saccharomyces cerevisiae. Cette méthode combine microscopie confocale à disque tournant et essais de pull-down pour étudier la dynamique de l'endocytose.

In vivo et in vitro de l'adaptateur-clathrine Interaction

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