Essai de liaison in vitro basé sur SELEX pour identifier les interactions ARN-protéines

L’évolution systématique des ligands par enrichissement exponentiel, SELEX, permet l’identification de séquences d’ARN liant des protéines.

Tout d’abord, obtenir un pool d’ARN randomisé contenant des ARN radiomarqués avec des séquences aléatoires qui se replient en structures hautement spécifiques. Incuber avec la protéine cible. La protéine se lie aux molécules d’ARN avec des séquences spécifiques et des structures tridimensionnelles, tandis que les ARN non spécifiques restent non liés.

Passez le mélange à travers un filtre en nitrocellulose. L’ARN non lié passe à travers les pores du filtre, tandis que les complexes ARN-protéines restent conservés.

Coupez le filtre contenant le complexe ARN-protéine en fragments. Répéter l’interaction ARN-protéine en incubant le pool d’ARN avec une concentration réduite de protéines cibles, ce qui ne permet que la liaison de séquences de haute affinité, tandis que les séquences de faible affinité ne parviennent pas à se lier.

Chargez ce mélange sur un gel de polyacrylamide et effectuez une électrophorèse. Les complexes ARN-protéines migrent lentement à travers le gel par rapport aux ARN non liés de faible affinité. L’imagerie par gel à rayons X m