Techniques de détection des interactions biomoléculaires

Dans cette vidéo, nous décrivons la technologie de biodétection à effet de champ (FEB) pour détecter et quantifier les interactions protéine-protéine. Les protéines cibles immobilisées sur le biocapteur de graphène interagissent avec les protéines de l’analyte en solution, ce qui entraîne des altérations du courant électrique dans le système FEB. Ce changement dans la réponse électrique indique l’affinité de liaison entre les protéines.

Dans cette vidéo, nous montrons l’utilisation de la photométrie de masse pour étudier les interactions antigène-anticorps dans une chambre d’écoulement. La lumière focalisée se diffuse différemment en fonction de la masse des molécules. Un détecteur recueille la lumière diffusée et génère le motif d’interférence sous forme de taches d’intensités variables, qui sont en corrélation avec les masses moléculaires.

La vidéo décrit la technique d’imagerie FLIM-FRET pour déterminer l’interaction protéine-protéine dans des bactéries vivantes exprimant des protéines cytoplasmiques marquées avec des protéines fluorescentes, un eGFP donneur et un accepteur mCherry. La technique combinée permet également de quantifier les protéines en interaction.

Dans cette vidéo, nous démontrons la technique permettant de mesurer les interactions transcellulaires entre les molécules d’adhésion des cellules synaptiques grâce au test d’agrégation cellulaire HEK. Dans ce test, un nombre égal de cellules HEK exprimant une molécule d’adhésion cellulaire présynaptique souhaitée et une protéine fluorescente sont mélangés avec des cellules HEK exprimant une molécule d’adhésion cellulaire post-synaptique et une autre protéine fluorescente. L’interaction entre...

Cette vidéo décrit le test de ligature de proximité pour étudier in situ les interactions protéine-protéine dans les cellules de nématodes. La proximité des protéines d’intérêt génère la matrice d’ADN circulaire à l’aide d’une sonde PLA attachée à un anticorps secondaire. La sonde est encore amplifiée à l’aide de la solution d’amplification, qui produit un long ADN simple brin suivi de l’hybridation de la sonde détecteur, permettant la localisation des interactions protéine-protéine dans les...

Cette vidéo démontre des complexes protéiques co-immunoprécipités sur une membrane PVDF pour l’analyse de l’interaction protéine-protéine. Les protéines réduites des complexes ont été traitées avec de la trypsine pour cliver les protéines individuelles au niveau des peptides plus petits, puis les peptides restants ont été extraits de la membrane PVDF. Le peptide tiré dérivé des deux protéines du complexe a ensuite été séché et remis en suspension dans une faible concentration d’acide formique...

Dans cette vidéo, nous faisons la démonstration de la technologie d’interférométrie de biocouche (BLI) pour détecter les interactions intermoléculaires entre les ligands et les analytes cibles en temps réel. BLI mesure les changements dans le modèle d’interférence de la lumière blanche réfléchie par une couche de ligands immobilisés à la surface d’un biocapteur lorsqu’ils interagissent avec des analytes en solution.

Cette vidéo montre l’utilisation de la spectroscopie de fluctuation de fluorescence pour détecter l’interaction entre les protéines de surface cellulaire au niveau des contacts cellule-cellule. En exprimant le récepteur d’adhésion transmembranaire d’intérêt marqué par une protéine fluorescente et en mélangeant deux populations cellulaires différentes hébergeant deux marqueurs fluorescents séparés spectralement, la trans-interaction entre les récepteurs de deux cellules voisines avec une...

Dans cette vidéo, nous démontrons une technique permettant d’effectuer la co-immunoprécipitation de protéines-1 de type sauvage et mutées marquées à la GFP à l’aide de billes enrobées d’anticorps anti-GFP. Les protéines-1-GFP liées aux billes sont incubées avec les protéines SHP2 qui interagissent avec-1, ce qui permet d’identifier des motifs structurels spécifiques dans-1 qui jouent un rôle essentiel dans l’interaction SHP2.

Cette vidéo décrit une technique basée sur ELISA qui détecte les interactions protéine-protéine entre deux protéines en mesurant la liaison de la deuxième protéine à la première protéine immobilisée. La deuxième protéine liée est détectée à l’aide d’anticorps spécifiques marqués avec une enzyme, comme la peroxydase de raifort.

Cette vidéo présente un test de biocapteur conductimétrique pour étudier l’interaction d’un anticorps avec un antigène cible immobilisé sur une puce de transducteur. Le biocapteur est conçu pour avoir une protéine chimérique bifonctionnelle – une enzyme β-lactamase avec un site catalytique fonctionnel fusionné à un nanocorps pour se lier à l’antigène cible immobilisé. Lors de la liaison, l’hydrolyse catalytique d’un substrat antibiotique par l’enzyme β-lactamase génère un signal électrique,...

Cette vidéo présente une technique qui utilise des peptides biotinylés pénétrant dans les cellules pour détecter les interactions protéine-protéine intracellulaires. Les peptides pénétrant dans les cellules facilitent l’entrée du peptide conjugué dans une cellule et se lient spécifiquement à ses protéines en interaction. La biotine, après s’être liée à l’avidine, permet de purifier le complexe des protéines en interaction à partir d’un lysat cellulaire.

Cette vidéo montre le test à deux hybrides de levure pour détecter des auto-interactions protéiques spécifiques. Dans ce test, la protéine d’intérêt est associée à deux domaines d’un facteur de transcription qui code pour l’enzyme β-galactosidase. Lorsque les deux protéines interagissent, la transcription et la traduction forment l’enzyme, qui est ensuite détectée à l’aide d’un test biochimique.

Cette vidéo présente la purification par affinité en tandem, une technique permettant de purifier les complexes protéiques des cellules eucaryotes afin d’étudier l’interaction protéine-protéine. Le complexe contient deux protéines marquées avec des étiquettes d’épitopes différentes. Lors de la purification du complexe à l’aide de deux résines ayant une affinité pour les deux marqueurs différents de manière séquentielle, la présence des deux protéines dans l’élué confirme l’interaction entre les...

Cette vidéo décrit la technique de résonance plasmonique de surface, ou SPR, permettant d’étudier l’interaction entre deux molécules à l’aide d’une puce de capteur. Le changement d’angle de résonance et l’intensité de la lumière réfléchie sont détectés en fonction de l’association et de la dissociation de deux molécules, ce qui fournit des informations sur les interactions entre les deux molécules.

Cette vidéo décrit la technique de spectroscopie par résonance magnétique nucléaire permettant d’étudier les interactions protéine-protéine entre 15 protéines d’envoplakine de type sauvage et mutantes 15N-marquées et la protéine vimentine non marquée. L’interaction réussie entre l’envoplakine de type sauvage et la vimentine conduit à un élargissement important des raies et à la disparition des pics dans les spectres RMN, tandis que l’absence d’interaction entre l’envoplakine mutée et la...

Dans cette vidéo, nous démontrons la technique d’affichage des phages pour isoler des phages pré-modifiés exprimant des protéines ayant une grande affinité pour la protéine cible.

Cette vidéo présente la technique de spectroscopie de fluctuation de fluorescence (FFS) pour étudier l’homo-oligomérisation des protéines. Les protéines marquées par fluorescence dans un échantillon sont dimérisées à l’aide d’un agent lors de l’étude de l’oligomérisation des protéines à l’aide de la FFS. À l’aide d’un microscope confocal, au fur et à mesure que les protéines entrent et sortent du petit volume d’observation, l’analyse des fluctuations de la luminosité des molécules fluorescentes...

Cette vidéo décrit BiFC-PALM ― une combinaison de microscopie de localisation photoactivée et de complémentation de fluorescence bimoléculaire ― pour évaluer les interactions protéine-protéine. BiFC implique la fusion de deux fragments de protéines fluorescentes avec deux protéines d’intérêt en interaction. Lorsque les deux protéines interagissent, les fragments sont rapprochés, ce qui permet aux deux parties de se réunir et de reconstituer une protéine fluorescente fonctionnelle. La...

Dans cette vidéo, nous décrivons la technique d’anisotropie de fluorescence pour étudier les interactions entre la protéine du syndrome de Shwachman-diamond (SBDS) marquée au fluorophore et la GTPase 1 de type facteur d’allongement 1 (EFL1). Lors de l’incubation de protéines SBDS avec des concentrations progressivement croissantes d’EFL1, une augmentation constante de l’anisotropie est observée, indiquant une interaction réussie entre les deux protéines.

Dans cette vidéo, nous démontrons la technique de spectroscopie par résonance magnétique nucléaire dans la cellule pour étudier les interactions protéine-ligand entre les protéines surexprimées non marquées et les petites molécules. L’interaction ligand-protéine réussie est confirmée visuellement par l’apparition d’un ensemble supplémentaire de pics dans la région spectrale d’intérêt qui remplace progressivement les pics d’origine.

Cette vidéo présente une méthode permettant d’étudier les interactions protéine-médicament à l’aide du biopanoramique basé sur le biocapteur QCM de la banque de peptides T7 affichée par phage. Le biopannage des phages affichant un peptide spécifique sur le biocapteur QCM permet l’isolement spécifique des peptides de haute affinité, suivi d’un séquençage d’acides aminés, ce qui permet d’identifier des sites d’interaction spécifiques sur la protéine cible.

Cette vidéo décrit la SEC-MALS, qui exploite les capacités de la chromatographie d’exclusion stérique (SEC) et de la diffusion de la lumière multi-angle (MALS). Dans SEC-MALS, le SEC sépare les protéines ou les complexes protéiques en fonction de leur taille, et le détecteur MALS détermine le poids moléculaire moyen en mesurant l’intensité de la lumière diffusée par la molécule sous différents angles.

Dans cette vidéo, nous avons démontré la purification par affinité de complémentation bimoléculaire, BiCAP, pour détecter et isoler des dimères protéiques spécifiques à l’aide d’anticorps à domaine unique spécifiques à la conformation.

Dans cette vidéo, nous décrivons un test de liaison compétitive basé sur la cytométrie en flux pour détecter les interactions entre le récepteur 4 des chimiokines CXC (CXCR4) et son ligand naturel marqué par fluorescence CXC Chemokine Ligand 12 (CXCL12), en présence d’une petite molécule ciblant CXCR4. L’incubation de cellules exprimant CXCR4 avec des concentrations plus faibles de petites molécules permet une liaison CXCR4-CXCL12 dans une certaine mesure, qui diminue progressivement lors d’une...

Cette vidéo montre la détection de l’interaction récepteur-ligand basée sur le dosage du rapporteur. L’interaction récepteur-ligand réussie active la voie de signalisation en aval, provoquant la génération et la libération de cytokines en tant que molécules rapporteures sécrétoires dans la solution, ce qui est confirmé par ELISA.

Dans cette vidéo, les sondes de force biomembranaire (BFP) sont utilisées pour mesurer les forces entre les récepteurs et les ligands. Cette technique permet de détecter les interactions en surveillant la pression nécessaire pour rompre les liaisons entre le pMHC conjugué sur les billes de la sonde et les TCR sur les cellules cibles.

Cette vidéo présente un test de compétition pour étudier les partenaires protéiques de liaison à la GTPase. En utilisant la protéine GTPase liée aux nucléotides immobilisée sur des billes magnétiques, la liaison compétitive entre deux partenaires protéiques en interaction pour le même site de liaison sur la GTPase peut être étudiée pour évaluer les affinités de liaison des partenaires protéiques.

Dans cette vidéo, nous démontrons le processus de détection des isotypes d’anticorps dans plusieurs échantillons de sérum humain à l’aide d’une lame de microréseau imprimée avec des sous-types antigéniques de souches de virus de la grippe.

Dans cette vidéo, nous démontrons le test de décalage de mobilité électrophorétique pour détecter les interactions protéine-ADN à l’aide de sondes d’ADN marquées par fluorescence infrarouge. Lorsque la protéine se lie à la sonde d’ADN, elle forme un grand complexe qui migre lentement et apparaît comme une bande décalée sur le gel.

Dans cette vidéo, nous démontrons la technique d’immunoprécipitation de la chromatine pour identifier les sites de liaison aux protéines sur des régions spécifiques de l’ADN génomique des cellules précurseurs d’oligodendrocytes via l’immunoprécipitation sélective de fragments de chromatine liés aux protéines. Cette méthode permet d’étudier l’interaction de plusieurs protéines régulatrices, y compris les facteurs de transcription impliqués dans la régulation des gènes.

Cette vidéo décrit l’anisotropie de fluorescence haute performance qui permet de surveiller l’interaction entre les facteurs de transcription et l’ADN. Le test surveille les interactions d’une molécule d’ADN marquée au fluorophore avec son facteur de transcription spécifique en mesurant le degré de polarisation dû à la rotation moléculaire ou à l’anisotropie de l’ADN marqué au fluorophore.

Cette vidéo présente un test in vivo chez des bactéries pour étudier l’interaction des protéines de liaison à l’ARN (RBP) avec l’ARN. Les cellules bactériennes sont transformées à l’aide de deux constructions plasmidiques – un plasmide de site de liaison codant pour un ARNm contenant un gène rapporteur fluorescent en aval d’un site de liaison RBP – tandis qu’un plasmide RBP exprime les protéines RBP sous le contrôle d’un inducteur. Lors de l’augmentation de la production de RBP par l’induire,...

Dans cette vidéo, nous démontrons le test modifié à un hybride de levure, qui détecte plusieurs protéines interagissant avec l’ADN cible. Les cellules de levure transformées contiennent la séquence d’ADN cible en amont du gène rapporteur. De plus, ils expriment des protéines de facteur de transcription. Lorsque les protéines forment des complexes et se lient à l’ADN cible, le gène rapporteur est exprimé et peut être détecté par voie enzymatique.

Dans cette vidéo, nous montrons la procédure permettant de déterminer l’activité hélicase d’une protéine cible pour dérouler le substrat d’ARNdb marqué à la biotine. L’activité de l’enzyme a été identifiée en analysant le décalage de mobilité électrophorétique, suivi d’un test de chimiluminescence utilisant de la streptavidine conjuguée à l’enzyme chimiluminescente.

Dans cette vidéo, nous décrivons la méthode d’immunofluorescence pour visualiser la localisation des protéines de réparation de l’ADN γH2AX et 53BP1 aux sites de cassures d’ADN double brin dans les noyaux cellulaires irradiés.

Cette vidéo présente un test de pull-down d’ARN in vitro pour identifier les protéines de liaison à l’ARN (RBP), qui interagissent avec les séquences d’éléments riches en adénylate-uridylate (ARE) dans l’ARNm. Les RBP cibles d’un lysat cellulaire sont mélangées à une sonde d’ARN pour former des complexes ARN-protéines. Les complexes sont isolés par purification d’affinité en utilisant l’affinité du marquage à la desthiobiotine de la sonde d’ARN avec une bille magnétique marquée à la...

Dans cette vidéo, nous décrivons l’évolution systématique des ligands par la méthode d’enrichissement exponentiel (SELEX) pour identifier des séquences spécifiques de liaison à l’ARN pour une protéine cible d’intérêt. La protéine est incubée avec un grand nombre de séquences d’ARN randomisées, et les séquences d’ARN de liaison aux protéines sont isolées, amplifiées par PCR et séquencées pour identifier leurs sites de liaison aux protéines.

Cette vidéo décrit une méthode permettant de visualiser l’assemblage de condensats de protéines de fusion sur des molécules d’ADN à des loci spécifiques à l’aide de l’imagerie à molécule unique. Ces condensats sont formés en raison d’interactions LCD-LCD et LCD-DBD, qui permettent le recrutement de l’ARN polymérase II et l’amélioration de la transcription des gènes.

Cette vidéo présente la calorimétrie différentielle à balayage, une technique permettant d’étudier l’interaction entre une biomolécule et un ligand. La liaison d’un aptamère d’ADN et d’un ligand thermolabile est étudiée en appliquant des cycles répétés de chauffage et de refroidissement à l’échantillon et en obtenant des balayages pour l’analyse thermodynamique.

Cette vidéo démontre la thermophorèse à l’échelle microscopique pour l’étude de l’interaction protéine-lipide. Le test détecte l’interaction entre les molécules en quantifiant le mouvement thermophorétique des protéines marquées par fluorescence en réponse à un gradient de température. La molécule fluorescente est mélangée à différentes concentrations de molécules lipidiques non fluorescentes, et le mélange de molécules dans la solution est chargé dans des capillaires. Un gradient de...

Dans cette vidéo, nous démontrons l’interaction entre les protéines et les vésicules phospholipidiques artificielles à l’aide de la cytométrie quantitative en flux. La liaison des protéines marquées par fluorescence aux vésicules phospholipidiques marquées par fluorescence augmente l’intensité moyenne de la fluorescence, et cette augmentation est détectée par un cytomètre en flux.

Cette vidéo présente une technique de microgravimétrie dissipative pour étudier la liaison des protéines aux bicouches lipidiques. De petites vésicules unilamellaires sont ajoutées pour recouvrir la surface du capteur à quartz d’une microbalance. En utilisant la liaison dépendante des ions calcium de la protéine de liaison phospholipidique cible à la bicouche, les changements de fréquence d’oscillation du capteur et la dissipation de l’oscillation sont surveillés pour déterminer la nature de la...

Dans cette vidéo, nous démontrons les interactions protéine-phosphoinositide dans un motif microfluidique à l’aide du test de modulation du pH, en utilisant un colorant fluorescent sensible au pH marqué sur le lipide phosphatidyléthanolamine d’une bicouche lipidique supportée, appelée plateforme microfluidique. Les modulations du pH après la liaison des protéines aux phospholipides provoquent l’extinction de la fluorescence.