Name: Analyse de lexpression de mammifères Linker-histones sous-types (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2012-03-19T12:00:00.000+00:00
Duration: 14 min 40 s
Description: Découvrez une méthode complète pour analyser l'expression des sous-types d'histones H1 chez les mammifères par PCR quantitative et chromatographie HPLC. Cette approche permet de quantifier simultanément les niveaux d'ARNm et de protéines.

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<ol><li>Fan, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((H1+linker+histones+are+essential+for+mouse+development+and+affect+nucleosome+spacing+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">H1 linker histones are essential for mouse development and affect nucleosome spacing in vivo.</a> Mol. Cell Biol. 23, 4559-4572 (2003).</li>
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<li>Th'ng, J. P., Sung, R., Ye, M., Hendzel, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((H1+family+histones+in+the+nucleus.+Control+of+binding+and+localization+by+the+C-terminal+domain%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biol.+Chem%22%5BJournal%5D)">H1 family histones in the nucleus. Control of binding and localization by the C-terminal domain.</a> J. Biol. Chem. 280, 27809-27814 (2005).</li>
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<li>Brown, D. T., Sittman, D. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+through+overexpression+and+tagging+of+the+variant+type+of+the+mouse+H1e+and+H1c+genes%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biol.+Chem%22%5BJournal%5D)">Identification through overexpression and tagging of the variant type of the mouse H1e and H1c genes.</a> J. Biol. Chem. 268, 713-718 (1993).</li>
<li>Fan, Y., Sirotkin, A., Russell, R. G., Ayala, J., Skoultchi, A. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Individual+somatic+H1+subtypes+are+dispensable+for+mouse+development+even+in+mice+lacking+the+H1%280%29+replacement+subtype%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Cell.+Biol%22%5BJournal%5D)">Individual somatic H1 subtypes are dispensable for mouse development even in mice lacking the H1(0) replacement subtype.</a> Mol. Cell. Biol. 21, 7933-7943 (2001).</li>
<li>Fan, Y., Skoultchi, A. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+analysis+of+H1+linker+histone+subtypes+and+their+functions+in+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Enzymol%22%5BJournal%5D)">Genetic analysis of H1 linker histone subtypes and their functions in mice.</a> Methods Enzymol. 377, 85-107 (2004).</li>
<li>Heid, C. A., Stevens, J., Livak, K. J., Williams, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real+time+quantitative+PCR%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Real time quantitative PCR.</a> Genome Res. 6, 986-994 (1996).</li>
</ol>

Pas de conflits d&#39;intérêt déclarés.

L&#39;ensemble des analyses présentées ici permettent une analyse complète des niveaux d&#39;expression de mammifères linker sous-types d&#39;histones. Bien conçus qRT-PCR fournir des mesures très sensibles et précises de messages d&#39;ARN à partir des gènes de mammifères histone H1. La partie critique de qRT-PCR pour l&#39;éditeur de liens de sous-type gènes des histones est la préparation de l&#39;ADNc en utilisant une amorce aléatoire basé transcription inverse. ARNm des gènes les plus histones, y compris la plupart...

<table border="1"><tbody><tr><td> Nom du réactif </td><td> Entreprise </td><td> Numéro de catalogue </td></tr><tr><td> RNase Zap </td><td> Applied Biosystems </td><td> AM9780 </td></tr><tr><td> Réactif Trizol </td><td> Invitrogen </td><td> 15596-018 </td></tr><tr><td> SuperScriptIII </td><td> Invitrogen </td><td> 18080-051 </td></tr><tr><td> L&#39;éthanol absolu </td><td> Fisher Scientific </td><td> BP2818-4 </td></tr><tr><td> IQ SYBR Green </td><td> Bio-Rad </td><td> 170-8880 </td></tr><tr><td> RNeasy Mini Kit </td><td> Qiagen </td><td> 74104 </td></tr><tr><td> Deoxyribonuclease I </td><td> Sigma </td><td> AMP-D1 </td></tr><tr><td> Microseal plaque de 96 puits PCR </td><td> Bio-Rad </td><td> MSP-9605 </td></tr><tr><td> Joints adhésifs «B» Microseal </td><td> Bio-Rad </td><td> MSB-1001 </td&gt; </tr><tr><td> Saccharose </td><td> Organics Agros </td><td> AC40594 </td></tr><tr><td> Phosphate de sodium dibasique heptahydraté (Na 2 HPO 4 · 7H 2 O) </td><td> Fisher Scientific </td><td> BP332 </td></tr><tr><td> Le chlorure de sodium (NaCl) </td><td> Américaine bioanalytique </td><td> AB01915 </td></tr><tr><td> Heptahydraté phosphate monosodique (NaH 2 PO 4 · 7H2O) </td><td> Fisher Scientific </td><td> BP-330 </td></tr><tr><td> HEPES </td><td> Fisher Scientific </td><td> BP310 </td></tr><tr><td> Complete tablette Mini cocktail inhibiteur de la protéinase </td><td> Roche Applied Science </td><td> 11836153001 </td></tr><tr><td> EDTA </td><td> Sigma </td><td> E-5134 </td></tr><tr><td> Fluorure de phénylméthanesulfonyle (PMSF) </td><td> Américaine bioanalytique </td><td> AB01620 </td></tr><tr><td> Nonidet-40 (NP-40) </td&gt; <td> Américaine bioanalytique </td><td> AB01425 </td></tr><tr><td> Le chlorure de potassium (KCl) </td><td> Fisher Scientific </td><td> BP366 </td></tr><tr><td> Tris [hydroxyméthyl aminométhane] </td><td> Américaine bioanalytique </td><td> AB02000 </td></tr><tr><td> Le chlorure de magnésium (MgCl2) </td><td> Fisher Scientific </td><td> BP214 </td></tr><tr><td> L&#39;acide sulfurique (H2SO4) </td><td> VWR </td><td> VW3648-3 </td></tr><tr><td> L&#39;hydroxyde d&#39;ammonium (NH 4 OH) </td><td> Organics Agros </td><td> AC42330 </td></tr><tr><td> Bradford Protein Assay </td><td> Bio-Rad </td><td> 500-0001 </td></tr><tr><td> Acétonitrile </td><td> EMD </td><td> AX0145-1 </td></tr><tr><td> L&#39;acide trifluoroacétique (TFA) </td><td> JTBaker </td><td> 9470-01 </td></tr></tbody></table>

analyse de l&#39;expression de mammifères linker-histones sous-types

Expression Analysis of Mammalian Linker-histone Subtypes

Linker histone H1 se lie à la particule de noyau nucléosome et l&#39;ADN linker, pour faciliter le pliage de la chromatine dans la structure d&#39;ordre supérieur. H1 est essentielle pour le développement des mammifères 1 et régule l&#39;expression génique spécifique in vivo 2-4. Parmi les protéines hautement conservées des histones, la famille des histones H1 est le groupe le plus hétérogène. Il ya 11 sous-types H1 chez les mammifères qui sont différentiellement régulés au cours du développement et dans différents types cellulaires. Ces sous-types H1 comprennent 5 somatiques H1 (H1a-e), le H1 0 remplacement, 4 germinales sous-types de cellules H1 spécifiques, et H1x 5. La présence de sous-types H1 multiples qui diffèrent de l&#39;affinité de liaison à l&#39;ADN et la capacité compaction de la chromatine 6-9 fournit un niveau supplémentaire de modulation de la fonction chromatine. Ainsi, l&#39;analyse d&#39;expression quantitative des sous-types H1 individuels, à la fois de l&#39;ARNm et de protéines, est nécessaire pour une meilleure compréhension de la régulation de l&#39;enseignement supérieurstructure de la chromatine ordre et la fonction. Nous décrivons ici un ensemble de tests conçus pour analyser les niveaux d&#39;expression des sous-types H1 individuels (Figure 1). expression des ARNm de différents gènes variants H1 est mesurée par un ensemble de très sensibles et quantitative RT-PCR (qRT-PCR), qui sont plus rapides, plus précis et nécessitent des échantillons beaucoup moins par rapport à l&#39;approche alternative de l&#39;analyse par Northern blot. Contrairement à la plupart des autres messages d&#39;ARNm cellulaires, les ARNm des gènes les plus histones, y compris la majorité des gènes H1, ​​n&#39;ont pas une longue queue polyA, mais qui contiennent une structure en tige-boucle à la région 3 &#39;non traduite (UTR) 10. Par conséquent, les ADNc sont préparés à partir d&#39;ARN totaux par transcription inverse en utilisant des amorces aléatoires au lieu d&#39;oligo-dT amorces. En temps réel PCR avec des amorces spécifiques à chaque sous-types H1 (Tableau 1) sont effectuées pour obtenir une mesure hautement quantitative des taux d&#39;ARNm de sous-type H1 individuelles. Expression des gènes de ménage sont analysés comme des contrôles pour la normalisation. L&#39;abondance relative des protéines de chaque sous-type H1 et histones est obtenue par chromatographie en phase liquide inverse à haute performance (CLHP-PI) l&#39;analyse des histones totaux extraits de cellules de mammifères 11-13. La méthode par CLHP et les conditions d&#39;élution décrites ici donnent des séparations optimales de sous-types H1 souris. En quantifiant le profil HPLC, nous calculons la proportion relative des sous-types H1 individuels au sein de la famille H1, ainsi que de déterminer le ratio de H1 à nucléosome dans les cellules.

Nous décrivons un ensemble de tests pour analyser les niveaux d&#39;expression des histones H1. ARNm de gènes H1 individuels sont mesurés quantitativement par transcription inverse amorce aléatoire basé suivie par PCR en temps réel, alors que la quantification des protéines histones H1 de est obtenue par une analyse HPLC.

Analyse de l&#39;expression de mammifères Linker-histones sous-types

L'histone de liaison H1 se lie à la particule centrale du nucléosome et à l'ADN linker, facilitant ainsi le repliement de la chromatine en une structure d'ordre supérieur. H1 est essentielle...

L'objectif général de cette procédure est d'analyser les niveaux d'expression des sous-types d'histone H1, à la fois par l'analyse des niveaux d'ARNm de H1 et par la mesure des niveaux protéiques de H1. Pour réaliser l'analyse de l'ARNm, l'ARN total est d'abord extrait à partir de cellules en culture ou de tissus murins. La deuxième étape de la procédure consiste à effectuer une transcription inverse de l'ARN total à l'aide d'amorces aléatoires, suivie de tests de PCR quantitative en temps réel pour chacun des gènes des sous-types de H1. L'analyse de la protéine histone H1 commence par la préparation d'extraits totaux d'histones à partir de tissus murins ou de cellules en culture.Cela est suivi par la fractionnation et la quantification de chaque sous-type d'histone H1 et de l'histone centrale H2B par analyse HPLC en phase inverse. Finalement, la PCR quantitative en temps réel et l'analyse HPLC en phase inverse montrent les niveaux d'expression des ARNm et des protéines. Pour chaque sous-type d'histone H1.Nous sommes des étudiants diplômés du laboratoire FES du Dr. Yuhan à l'École de biologie du Georgia Institute of Technology. Aujourd'hui, nous allons vous présenter un ensemble d'analyses complètes permettant d'étudier l'expression des H ones dans les différents sous-types d'H one chez les mammifères. Grâce à ces analyses, vous pouvez obtenir une mesure quantitative des niveaux d'expression d'ARNm et de protéines dans divers sous-types d'H one.L'histone H1 est la principale protéine chromostructurale qui facilite le repliement supérieur de la chromatine. De nombreuses variantes de l'histone H1 existent et sont exprimées de manière différentielle au cours de la différenciation cellulaire et du développement. L'analyse d'expression de ces sous-types H1 est nécessaire pour mieux comprendre la régulation de la structure et de la fonction de la chromatine supérieure. Commençons donc.Avant l'extraction de l'ARN, toutes les surfaces de travail et les pipettes doivent être essuyées avec de l'éthanol à 70 % et traitées avec une solution de décontamination des ARN. Cette pratique réduit les risques de contamination par les ARN et de dégradation de l'ARN. En outre, des gants doivent être portés pendant toutes les procédures afin de commencer l'extraction de l'ARN à partir d'une culture cellulaire adhérente, d'aspirer le milieu de culture et de rincer les cellules avec du PBS.Ensuite, retirez le PBS des puits. Une quantité suffisante de réactif triol est nécessaire pour obtenir un ARN de haute qualité. Utilisez un millilitre de réactif triol pour extraire l'ARN à partir d'un puits d'une plaque à six puits, puis procédez à l'extraction de l'ARN à partir des cellules selon le mode d'emploi du fabricant pour le réactif triol. Après l'extraction de l'ARN, mesurez la concentration d'ARN à l'aide du NanoDrop 1000.Le rendement typique varie de cinq à quinze microgrammes d'ARN par un fois 10 à la puissance six cellules cultivées. Avant de passer à la synthèse d'ADNc, analyser la qualité de l'ARN par électrophorèse GE afin d'éliminer toute contamination potentielle de l'ARN par de faibles quantités d'ADN génomique. Traiter les échantillons d'ARN avec une DNase sans ARNase selon les instructions du fabricant pour la rétrotranscription d'ARN total en ADNc. Utiliser le système de synthèse du premier brin Superscript Trois conformément aux instructions du fabricant. Étant donné que les ARNm de la majorité des gènes H1 ne possèdent pas de queue polyA, il est essentiel d'utiliser des hexamères aléatoires au lieu d'oligo(dT) comme amorces.Pour la synthèse d'ADNc, après l'amplification d'ADN complémentaire par transcription inverse, on peut procéder à une amplification par RT-PCR en temps réel, détectée à l'aide du colorant vert cyber, avant le test de RT-PCR en temps réel. Des amorces spécifiques en sens direct et inverse pour chaque gène H un et pour le gène de référence interne ont été conçues, et l'efficacité des amorces a été évaluée par la méthode de la courbe standard, telle que décrite dans le protocole écrit. Préparez ensuite chaque réaction de PCR en mélangeant les amorces, l'ADNc et le supermix vert CYBERG.Mélanger soigneusement les réactions dans une plaque PCR 96 puits à l’aide de scellements adhésifs pour microplaques afin de garantir que le couvercle est bien scellé à la plaque. Vortexer ensuite la plaque scellée et centrifuger brièvement pour rassembler les gouttelettes. Placer la plaque dans le système de détection en temps réel My IQ à une couleur pour la PCR quantitative.Configurez les conditions de QPCR et effectuez l'analyse comme indiqué dans le texte suivant l'amplification. Examinez les courbes d'amplification pour évaluer l'efficacité de la PCR et le seuil du nombre de cycles ou valeurs CT. La ligne de seuil peut être définie automatiquement par le logiciel de version 2.0 du système optique IQ Five.Étant donné que le cyber vert détecte tout ADN double brin, il est essentiel d'effectuer une courbe de fusion après la PCR quantitative afin de s'assurer que l'amplicon souhaité, et non les dimères de primers ou les contaminants, est amplifié et détecté. Pour le programme d'analyse de courbe de fusion, l'appareil de PCR quantitative doit chauffer les échantillons de 55 degrés Celsius à 95 degrés Celsius par incréments de 0,5 degré Celsius, avec collecte de données. Puisque la température ou TM d'un ADN double brin dépend de la longueur de l'amplicon et de sa teneur en GC, différents amplicons auront des TM différents.Examinez les courbes de dérivée de fusion des produits de PCR quantitative afin de confirmer la température de fusion spécifique des amplicons souhaités, ainsi que l'absence de pics d'amplicons parasites, comme les courbes de fusion des amplicons PCR de H one A illustrées ici, avec une TM de 86 degrés Celsius. Passez ensuite à l'analyse des données de PCR quantitative à l'aide du logiciel IQ five optical system. Normalisez les valeurs d'expression des gènes de l'isoforme H one par rapport à l'expression des gènes ménagers pour obtenir les niveaux d'expression relatifs des gènes H one.Après avoir disséqué l'organe d'intérêt chez une souris euthanasiée, rincez-le avec du PBS glacé. Dans cette démonstration, la préparation de l'histone totale est réalisée sur le foie ; après le lavage, hachez le tissu en morceaux à l'aide d'une lame de rasoir. Transférez le tissu haché dans un homogénéisateur Dounce, puis ajoutez du tampon au saccharose dans l'homogénéisateur à un volume de 10 millilitres par gramme de tissu.Procédez à l'homogénéisation du tissu avec 10 à 15 mouvements. Après avoir transféré les homogénats dans un tube de 15 millilitres, effectuez une centrifugation des échantillons à 500 tr/min pendant 30 secondes. Après la centrifugation, transférez soigneusement le surnageant dans un nouveau tube et centrifugez à 2000 tr/min pendant cinq minutes.Pour former un culot cellulaire, resuspendre le culot cellulaire dans 10 millilitres de tampon au saccharose, supplémenté avec 0,5 % de NP 40. Transférer l'échantillon dans un homogénéisateur en aval et effectuer 10 passages en 20 minutes d'incubation. À ce stade, les noyaux sont obtenus.Examinez la qualité des noyaux au microscope. Après avoir mis les noyaux en pellet par centrifugation à 2000 tr/min pendant cinq minutes, le surnageant peut être éliminé. Ensuite, resuspendez le culot de noyaux dans trois millilitres de tampon à haute force ionique par gramme de tissu.Transférez l'échantillon dans un petit homogénéisateur et homogénéisez à l'aide de cinq à dix mouvements. Répartissez la suspension dans trois tubes einor. Incubez les tubes sur de la glace pendant 20 minutes.Après l'incubation, procédez à une centrifugation à 14 000 tr/min pendant 10 minutes pour former un culot de chromatine. Après avoir éliminé le surnageant, extrayez les histones totales en ajoutant 0,8 millilitre d'acide sulfurique 0,2 N à chaque culot de chromatine. Utilisez un pilon pour tubes Eppendorf afin de bien broyer le culot jusqu'à ce qu'il soit complètement dissocié.Incubez les échantillons sur une plateforme rotative à quatre degrés centigrades toute la nuit. Après centrifugation, transférez le surnageant dans deux tubes EOR. Ajoutez 2,5 volumes d'éthanol glacé à chaque tube.Conserver les échantillons à moins 20 degrés Celsius pendant la nuit ; le jour suivant, centrifuger à 14 000 tr/min pendant 10 minutes afin de former un culot d'histones totales, puis éliminer le surnageant. Après avoir lavé le culot trois fois avec de l'éthanol à 70 %, laisser les tubes ouverts sur la paillasse pendant 20 à 30 minutes pour les faire sécher à l'air, puis procéder immédiatement à l'analyse par HPLC. Resuspendre le culot d'histones dans le volume recommandé d'eau doublement distillée, en fonction de la capacité de la colonne en phase inverse et de l'appareil d'HPLC, puis centrifuger à 14 000 tr/min pendant cinq minutes.Pour éliminer les résidus insolubles, injecter de 50 à 100 microgrammes de protéine histonique totale sur la colonne en phase inverse du système HPLC, comme le purificateur GE ACTA UPC 900. Chargement. Une quantité excessive de protéine doit être évitée afin de prévenir l'obstruction de la colonne. La fraction huit, l'histone liante et les histones centrales sont séparées à l'aide d'un gradient croissant d'acétonitrile selon le protocole écrit ; l'effluent est surveillé à 214 nanomètres et les profils HPLC sont enregistrés et analysés. Les fractions protéiques peuvent également être collectées à l'aide du collecteur automatique de fractions GE FRAC nine 20 pour des analyses ultérieures.Des courbes d'amplification typiques de réactions H one A-Q-P-C-R à partir d'ADNc préparé à partir de foie de souris et de cellules souches embryonnaires de souris sont présentées ici. L'analyse du tracé d'amplification montre que les réactions QPCR en triplicat de chaque échantillon ont donné des signaux cohérents avec des valeurs de CT quasi identiques, suggérant une forte reproductibilité. L'absence d'accumulation d'amplicons dans les réactions QPCR sans RT indique qu'aucune contamination par l'ADN génomique n'était présente, ou qu'elle était minimale. À l'aide des valeurs de CT des gènes H one et des gènes ménagers, les niveaux relatifs d'expression ARN de chaque gène H one ont été calculés.Les graphiques présentés ici sont des exemples de résultats calculés pour les gènes H one A et H one zero. Les niveaux d'expression relatifs de l'ARNm de H one A sont plus élevés dans les cellules souches embryonnaires de souris que dans le foie de souris, tandis que l'expression de H one zero est nettement plus élevée dans le foie que dans les cellules souches embryonnaires. La différence d'expression de H one A ou de H one zero entre les cellules souches embryonnaires de souris et le foie adulte de souris apparaît également clairement dans les profils HPLC des protéines histones.H un zéro. La H un spécifique de la différenciation s'accumule en grande quantité dans le foie de souris adulte. En revanche, la protéine H un zéro est presque absente dans les cellules souches embryonnaires de souris non différenciées.En revanche, H1a est fortement exprimée dans les cellules souches embryonnaires, mais est présente à de faibles concentrations dans le foie de souris adulte, comme le montre la quantification des pics d’H1. Dans le profil HPLC, la proportion relative de chaque sous-type individuel d’H1 au sein de la famille H1 est déterminée dans le foie de souris adulte. En outre, les valeurs de chaque sous-type d’H1 par nucléosome peuvent être calculées à partir du rapport entre la valeur normalisée du pic d’absorbance à 214 nanomètres des sous-types d’H1 correspondants et la moitié de la valeur normalisée d’H2B. Cette valeur peut être calculée de manière similaire pour la quantité totale d’H1 par nucléosome.Une fois maîtrisée, l'analyse Q-R-T-P-C-R d'un sous-type de l'histone H peut être réalisée en une journée, tandis que l'extraction des histones et l'analyse HPRC peuvent être effectuées en trois jours si elles sont correctement réalisées. Lors de l'analyse Q-R-T-P-C-R des gènes d'histone H, il est essentiel d'éviter la dégradation de l'ARN, d'éliminer toute contamination par de l'ADN génomique et, plus important encore, d'inclure des amorces aléatoires dans la réaction de transcription inverse. Pendant l'extraction des histones et l'analyse HPOC, il est important d'ajouter fraîchement des inhibiteurs de protéines au tampon d'extraction afin d'éviter la dégradation protéique, et nous devons également veiller à désagréger complètement la chromatine pour faciliter une extraction complète des histones.Après avoir visionné cette vidéo, vous devriez avoir une bonne compréhension de la manière d'analyser de façon exhaustive l'expression des sous-types d'histone H1 des mammifères au niveau de l'ARNm et des protéines.

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Nous présentons une méthode efficace et reproductible pour isoler et de la culture des cellules progénitrices neurales de tissus du cerveau embryonnaire et postnatale pour l’immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) de l’histone 3 lysine 79 MBD (H3K79me2) - une marque d’histone agrave la domaine globulaire de l’histone 3.

Isolement et culture des progéniteurs neurones suivie par immunoprécipitation de la chromatine de marque d’Histone 3 Lysine 79 MBD

Les inhibiteurs de l’hétone acétyltransférases (HATs, également connu sous le nom d’acétyltransférases de lysine), tels que CBP/p300, sont des traitements potentiels pour traiter le cancer. Cependant, des méthodes rigoureuses pour valider ces inhibiteurs sont nécessaires. Trois méthodes in vitro pour la validation incluent des essais de HAT avec des acétyltransférases recombinantes, l’immunoblotting pour l’acétylation d’histone dans la culture cellulaire, et ChIP-qPCR.

Tests de validation des inhibiteurs de l’histone d’acétyltransférase

Le rideau d’ADN, une technique d’imagerie à haut débit d’une seule molécule, fournit une plate-forme pour la visualisation en temps réel de diverses interactions protéine-ADN. Le présent protocole utilise la technique du rideau d’ADN pour étudier le rôle biologique et le mécanisme moléculaire d’Abo1, une ATPase AAA+ contenant du bromodomaine de Schizosaccharomyces pombe .

Déchiffrer le mécanisme moléculaire de l’assemblage des histones par la technique du rideau d’ADN

Ce protocole décrit comment un système de culture cellulaire tridimensionnel peut être utilisé pour modéliser, traiter et analyser les modifications de la chromatine dans un état quasi physiologique.

Quantification au niveau global des modifications post-traductionnelles des histones dans un modèle de culture cellulaire 3D de tissu hépatique

Un flux de travail analytique basé sur la chromatographie liquide, la spectrométrie de mobilité des ions piégés et la spectrométrie de masse à temps de vol (LC-TIMS-TOF MS/MS) pour une analyse ascendante hautement fiable et hautement reproductible des modifications et de l’identification des histones en fonction des principaux paramètres (temps de rétention [RT], section efficace de collision [CCS] et rapport masse/charge précis [m/z]).

Criblage de modification des histones par chromatographie liquide, spectrométrie de mobilité des ions piégés et spectrométrie de masse à temps de vol

Cette méthode décrit une stratégie simple et rapide pour la caractérisation et l’investigation des protéoformes d’histones.

Dévoilement des protéoformes d’histones à l’aide de l’électrophorèse sur gel 2D-TAU

Découvrez une méthode complète pour analyser l'expression des sous-types d'histones H1 chez les mammifères par PCR quantitative et chromatographie HPLC. Cette approche permet de quantifier simultanément les niveaux d'ARNm et de protéines.

Analyse de l'expression de mammifères Linker-histones sous-types

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