Name: Danalyser et de structures dacides nucléiques avec 3DNA (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2013-04-26T12:00:00.000+00:00
Duration: 16 min 24 s
Description: Découvrez l'analyse et la visualisation de structures d'acides nucléiques avec le logiciel 3DNA. Cette méthode permet d'examiner l'organisation spatiale de l'ADN et de l'ARN à l'aide d'outils bioinformatiques avancés.

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Nous sommes reconnaissants à Sponer Jiří pour partager les coordonnées des doubles hélices d&#39;ADN générés dans des simulations de dynamique moléculaire. Nous reconnaissons également Nada Spackova de l&#39;aide pour le téléchargement de ces structures. Appui de ces travaux par le biais de subventions de recherche USPHS GM34809 et GM096889 est grandement appréciée.

<ol><li>Lu, X. -J., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((3DNA%3A+a+software+package+for+the+analysis%2C+rebuilding%2C+and+visualization+of+three-dimensional+nucleic+acid+structures%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">3DNA: a software package for the analysis, rebuilding, and visualization of three-dimensional nucleic acid structures.</a> Nucleic Acids Res. 31, 5108-5121 (2003).</li>
<li>Lu, X. -J., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((3DNA%3A+a+versatile%2C+integrated+software+system+for+the+analysis%2C+rebuilding%2C+and+visualization+of+three-dimensional+nucleic-acid+structures%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Protocols%22%5BJournal%5D)">3DNA: a versatile, integrated software system for the analysis, rebuilding, and visualization of three-dimensional nucleic-acid structures.</a> Nature Protocols. 3, 1213-1227 (2008).</li>
<li>Zheng, G., Lu, X. -J., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Web+3DNA-a+web+server+for+the+analysis%2C+reconstruction%2C+and+visualization+of+three-dimensional+nucleic-acid+structures%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids.+Res%22%5BJournal%5D)">Web 3DNA-a web server for the analysis, reconstruction, and visualization of three-dimensional nucleic-acid structures.</a> Nucleic Acids. Res. 37, W240-W246 (2009).</li>
<li>Xin, Y., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((BPS%3A+a+database+of+RNA+base-pair+structures%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">BPS: a database of RNA base-pair structures.</a> Nucleic Acids Res. 37, D83-D88 (2009).</li>
<li>Zheng, G., Colasanti, A. V., Lu, X. -J., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((3DNALandscapes%3A+a+database+for+exploring+the+conformational+features+of+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">3DNALandscapes: a database for exploring the conformational features of DNA.</a> Nucleic Acids Res. 38, 267-274 (2010).</li>
<li>Tolstorukov, M. Y., Colasanti, A. V., McCandlish, D., Olson, W. K., Zhurkin, V. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+novel+%27roll-and-slide%27+mechanism+of+DNA+folding+in+chromatin.+Implications+for+nucleosome+positioning%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">A novel 'roll-and-slide' mechanism of DNA folding in chromatin. Implications for nucleosome positioning.</a> J. Mol. Biol. 371, 725-738 (2007).</li>
<li>Lu, X. -J., Olson, W. K., Bussemaker, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+RNA+backbone+plays+a+crucial+role+in+mediating+the+intrinsic+stability+of+the+GpU+dinucleotide+platform+and+the+GpUpA%2FGpA+miniduplex%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">The RNA backbone plays a crucial role in mediating the intrinsic stability of the GpU dinucleotide platform and the GpUpA/GpA miniduplex.</a> Nucleic Acids Res. 38, 4868-4876 (2010).</li>
<li>Mouw, K. W., Rice, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Shaping+the+Borrelia+burgdorferi+genome%3A+crystal+structure+and+binding+properties+of+the+DNA-bending+protein+Hbb%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Shaping the Borrelia burgdorferi genome: crystal structure and binding properties of the DNA-bending protein Hbb.</a> Mol. Microbiol. 63, 1319-1339 (2007).</li>
<li>Burgdorfer, W., Barbour, A. G., Hayes, S. F., Benach, J. L., Grunwaldt, E., Davis, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Lyme+disease-a+tick-borne+spirochetosis%3F%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Lyme disease-a tick-borne spirochetosis?</a> Science. 216, 1317-1319 (1982).</li>
<li>Benach, J. L., Bosler, E. M., Hanrahan, J. P., Coleman, J. L., Habicht, G. S., Bast, T. F., Cameron, D. J., Ziegler, J. L., Barbour, A. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spirochetes+isolated+from+the+blood+of+two+patients+with+Lyme+disease%5BTitle%5D)+AND+%22N.+Engl.+J.+Med%22%5BJournal%5D)">Spirochetes isolated from the blood of two patients with Lyme disease.</a> N. Engl. J. Med. 308, 740-742 (1983).</li>
<li>Lankaš, F., Špačková, N., Moakher, M., Enkhbayar, P., Šponer, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+measure+of+bending+in+nucleic+acids+structures+applied+to+A-tract+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">A measure of bending in nucleic acids structures applied to A-tract DNA.</a> Nucleic Acids Res. 38, 3414-3422 (2010).</li>
<li>Romanuka, J., Folkers, G. E., Biris, N., Tishchenko, E., Wienk, H., Bonvin, A. M. J. J., Kaptein, R., Boelens, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Specificity+and+affinity+of+Lac+repressor+for+the+auxiliary+operators+O2+and+O3+are+explained+by+the+structures+of+their+protein-DNA+complexes%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Specificity and affinity of Lac repressor for the auxiliary operators O2 and O3 are explained by the structures of their protein-DNA complexes.</a> J. Mol. Biol. 390, 478-489 (2009).</li>
<li>Berman, H. M., Westbrook, J., Feng, Z., Gilliland, G., Weissig, H., Shindyalov, I. N., Bourne, P. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Protein+Data+Bank%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids.+Res%22%5BJournal%5D)">The Protein Data Bank.</a> Nucleic Acids. Res. 28, 235-242 (2000).</li>
<li>Joint, I. U. P. A. C. -I. U. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Commission+on+Biochemical+Nomenclature+%28JCBN%29+Abbreviations+and+symbols+for+the+description+of+conformations+of+polynucleotide+chains%5BTitle%5D)+AND+%22Eur.+J.+Biochem%22%5BJournal%5D)">Commission on Biochemical Nomenclature (JCBN) Abbreviations and symbols for the description of conformations of polynucleotide chains.</a> Eur. J. Biochem. 131, 9-15 (1983).</li>
<li>Altona, C., Sundaralingam, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Conformational+analysis+of+the+sugar+ring+in+nucleosides+and+nucleotides.+A+new+description+using+the+concept+of+pseudorotation%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Chem.+Soc%22%5BJournal%5D)">Conformational analysis of the sugar ring in nucleosides and nucleotides. A new description using the concept of pseudorotation.</a> J. Am. Chem. Soc. 94, 8205-8212 (1972).</li>
<li>Dickerson, R. E., Bansal, M., Calladine, C. R., Diekmann, S., Hunter, W. N., Kennard, O., von Kitzing, E., Lavery, R., Nelson, H. C. M., Olson, W. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Definitions+and+nomenclature+of+nucleic+acid+structure+parameters%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Definitions and nomenclature of nucleic acid structure parameters.</a> J. Mol. Biol. 205, 787-791 (1989).</li>
<li>Olson, W. K., Bansal, M., Burley, S. K., Dickerson, R. E., Gerstein, M., Harvey, S. C., Heinemann, U., Lu, X. -J., Neidle, S., Shakked, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+standard+reference+frame+for+the+description+of+nucleic+acid+base-pair+geometry%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">A standard reference frame for the description of nucleic acid base-pair geometry.</a> J. Mol. Biol. 313, 229-237 (2001).</li>
<li>Lavery, R., Moakher, M., Maddocks, J. H., Petkeviciute, D., Zakrzewska, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Conformational+analysis+of+nucleic+acids+revisited%3A+Curves%2B%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Conformational analysis of nucleic acids revisited: Curves+.</a> Nucleic Acids Res. 37, 5917-5929 (2009).</li>
<li>Franklin, R. E., Gosling, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+configuration+in+sodium+thymonucleate%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Molecular configuration in sodium thymonucleate.</a> Nature. 171, 740-741 (1953).</li>
<li>Watson, J. D., Crick, F. H. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetical+implications+of+the+structure+of+deoxyribonucleic+acid%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Genetical implications of the structure of deoxyribonucleic acid.</a> Nature. 171, 964-967 (1953).</li>
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<li>Stella, S., Cascio, D., Johnson, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+shape+of+the+DNA+minor+groove+directs+binding+by+the+DNA-bending+protein+Fis%5BTitle%5D)+AND+%22Genes+Dev%22%5BJournal%5D)">The shape of the DNA minor groove directs binding by the DNA-bending protein Fis.</a> Genes Dev. 24, 814-826 (2010).</li>
<li>Swigon, D., Coleman, B. D., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modeling+the+Lac+repressor-operator+assembly%3A+the+influence+of+DNA+looping+on+Lac+repressor+conformation%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.S.A%22%5BJournal%5D)">Modeling the Lac repressor-operator assembly: the influence of DNA looping on Lac repressor conformation.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 103, 9879-9884 (2006).</li>
<li>Czapla, L., Swigon, D., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+the+nucleoid+protein+HU+on+the+structure%2C+flexibility%2C+and+ring-closure+properties+of+DNA+deduced+from+Monte-Carlo+simulations%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Effects of the nucleoid protein HU on the structure, flexibility, and ring-closure properties of DNA deduced from Monte-Carlo simulations.</a> J. Mol. Biol. 382, 353-370 (2008).</li>
<li>Czapla, L., Peters, J. P., Rueter, E. M., Olson, W. K., Maher, L. J. 3rd <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Understanding+apparent+DNA+flexibility+enhancement+by+HU+and+HMGB+proteins%3A+experiment+and+simulation%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Understanding apparent DNA flexibility enhancement by HU and HMGB proteins: experiment and simulation.</a> J. Mol. Biol. 409, 278-289 (2011).</li>
<li>Auffinger, P., Hashem, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SwS%3A+a+solvation+web+service+for+nucleic+acids%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">SwS: a solvation web service for nucleic acids.</a> Bioinformatics. 23, 1035-1037 (2007).</li>
<li>Dror, O., Nussinov, R., Wolfson, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ARTS+web+server+for+aligning+RNA+tertiary+structures%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">The ARTS web server for aligning RNA tertiary structures.</a> Nucleic Acids Res. 34, 412-415 (2006).</li>
<li>Dixit, S. B., Beveridge, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+bioinformatics+of+DNA%3A+a+web-based+tool+for+the+analysis+of+molecular+dynamics+results+and+structure+prediction%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Structural bioinformatics of DNA: a web-based tool for the analysis of molecular dynamics results and structure prediction.</a> Bioinformatics. 22, 1007-1009 (2006).</li>
<li>de Vries, S. J., van Dijk, M., Bonvin, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+HADDOCK+web+server+for+data-driven+biomolecular+docking%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Protoc%22%5BJournal%5D)">The HADDOCK web server for data-driven biomolecular docking.</a> Nat. Protoc. 5, 883-897 (2010).</li>
<li>Capriotti, E., Marti-Renom, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SARA%3A+a+server+for+function+annotation+of+RNA+structures%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">SARA: a server for function annotation of RNA structures.</a> Nucleic Acids Res. 37, 260-265 (2009).</li>
<li>van Dijk, M., Bonvin, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((3D-DART%3A+a+DNA+structure+modelling+server%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">3D-DART: a DNA structure modelling server.</a> Nucleic Acids Res. 37, W235-W239 (2009).</li>
<li>Contreras-Moreira, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((3D-footprint%3A+a+database+for+the+structural+analysis+of+protein-DNA+complexes%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">3D-footprint: a database for the structural analysis of protein-DNA complexes.</a> Nucleic Acids Res. 38, D91-D97 (2010).</li>
<li>Popenda, M., Szachniuk, M., Blazewicz, M., Wasik, S., Burke, E. K., Blazewicz, J., Adamiak, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+FRABASE+2.0%3A+an+advanced+web-accessible+database+with+the+capacity+to+search+the+three-dimensional+fragments+within+RNA+structures%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">RNA FRABASE 2.0: an advanced web-accessible database with the capacity to search the three-dimensional fragments within RNA structures.</a> BMC Bioinformatics. 11, 231(2010).</li>
<li>Čech, P., Svozil, D., Hoksza, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SETTER%3A+web+server+for+RNA+structure+comparison%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">SETTER: web server for RNA structure comparison.</a> Nucleic Acids Res. , (2012).</li>
</ol>

Aucun conflit d&#39;intérêt déclaré.

L&#39;ensemble des protocoles présentés dans cet article ne touche pas les possibilités offertes par la suite 3DNA des programmes. Les outils peuvent être appliqués à l&#39;ARN des structures à identifier des paires de bases non canoniques, afin de déterminer les contextes de structure secondaire dans lequel une telle appariement se produit, afin de quantifier la disposition spatiale des fragments hélicoïdaux, pour mesurer le recouvrement de base le long du squelette de la chaîne, etc La commande de reconstruction perme...

Comprendre les structures tridimensionnelles de l&#39;ADN, l&#39;ARN et leurs complexes avec des protéines, des médicaments et d&#39;autres ligands, est essentielle pour déchiffrer leurs fonctions biologiques différentes, et pour permettre la conception rationnelle de médicaments. Exploration de ces structures comporte trois composantes distinctes, mais étroitement liés: l&#39;analyse (pour extraire des motifs dans les formes et les interactions), la modélisation (pour évaluer l&#39;énergétique et la dynamique moléculaire) et la visualisation. Analyse structurale et la construction de modèles sont essentiellement deux faces d&#39;une même pièce de monnaie, et la visualisation des compléments deux d&#39;entre eux. La suite 3DNA des programmes d&#39;ordinateur est une boîte à outils bioinformatique structurale de plus en plus populaire avec des capacités à analyser, construire et visualiser des structures d&#39;acides nucléiques en trois dimensions. Publications antérieures ont décrit les capacités du logiciel 1, à condition que les recettes d&#39;effectuer des tâches sélectionnées 2, introduit l&#39;interface basée sur le Webà des fonctions populaires du logiciel 3, bases de données présentées de caractéristiques structurelles recueillies à l&#39;aide 3DNA 4, 5 et illustré l&#39;utilité du logiciel dans l&#39;analyse de l&#39;ADN et l&#39;ARN structures 6, 7. Le but de cet article est de mettre le kit de logiciel 3DNA aux scientifiques de laboratoire et d&#39;autres qui ont des intérêts et / ou des besoins d&#39;enquêter sur l&#39;ADN et l&#39;ARN organisation spatiale avec des outils informatiques state-of-the-art. Les protocoles présentés ici comprennent des instructions étape-par-étape (i) pour télécharger et installer le logiciel sur un système Mac OS X, (ii-iii) d&#39;analyser et de modifier les structures de l&#39;ADN au niveau des étapes de paires de bases constitutives ( iv-v) d&#39;analyser et d&#39;aligner des séries de structures d&#39;ADN apparentées, et (vi) pour construire des modèles de chaînes d&#39;ADN en protéines décoré de l&#39;interface web conviviale w3DNA. Le logiciel a la capacité d&#39;analyser des structures individuelles résolus en utilisant des méthodes de cristallographie aux rayons X ainsi que de grandesdes ensembles de structures déterminées par des méthodes résonance magnétique nucléaire (RMN) ou produite par des techniques de simulation sur ordinateur. Les structures examinées ici figurent (i) la structure cristalline à haute résolution de l&#39;ADN lié à la protéine Hbb de Borrelia burgdorferi 8 (la bactérie transmise par les tiques qui cause la maladie de Lyme chez les humains 9, 10), (ii) deux grands ensembles de manière séquentielle molécules d&#39;ADN apparentées produites par des simulations moléculaires 11 - 4500 instantanés de D (GGCAAAATTTTGCC) 2 et d (CCGTTTTAAAACGG) 2 collectées à des incréments de 100 ps pendant les calculs, et (iii) d&#39;un petit ensemble de structures de l&#39;opérateur de l&#39;ADN O3 RMN à base lié aux coiffes de l&#39;Escherichia coli Lac répresseur protéique 12. Les instructions ci-dessous contiennent des informations sur la façon d&#39;accéder aux fichiers de coordonnées atomiques associés à chacune de ces structures ainsi que la façon d&#39;utiliser 3DNA (une copie de ce fichier se trouvesur le forum 3DNA à <a href="http://forum.x3dna.org/jove" target="_blank">http://forum.x3dna.org/jove</a> ) pour examiner et modifier ces structures.

d&#39;analyser et de structures d&#39;acides nucléiques avec 3dna

Analyzing and Building Nucleic Acid Structures with 3DNA

Le logiciel 3DNA est un outil bioinformatique populaire et polyvalent avec des capacités à analyser, construire et visualiser des structures d&#39;acides nucléiques en trois dimensions. Cet article présente des protocoles détaillés pour un sous-ensemble de fonctionnalités nouvelles et populaires disponibles dans 3DNA, applicables aux deux structures individuelles et des ensembles de structures connexes. Protocole 1 répertorie l&#39;ensemble des instructions nécessaires pour télécharger et installer le logiciel. Elle est suivie, dans le protocole 2, par l&#39;analyse de la structure des acides nucléiques, y compris l&#39;attribution de paires de bases et la détermination des paramètres de corps rigides qui décrivent la structure et, dans le protocole 3, par une description de la reconstruction d&#39;un atome modèle d&#39;une structure à partir de ses paramètres de corps rigides. La version la plus récente de 3DNA, version 2.1, comporte de nouvelles fonctionnalités pour l&#39;analyse et la manipulation d&#39;ensembles de structures, tels que ceux déduits de résonance magnétique nucléaire mesures (RMN) et la dynamique moléculaire (MDSimulations); ces caractéristiques sont présentées dans les protocoles 4 et 5. En plus du progiciel autonome 3DNA, le serveur Web w3DNA, situé à <a href="http://w3dna.rutgers.edu" target="_blank">http://w3dna.rutgers.edu</a> , fournit une interface conviviale pour les fonctions sélectionnées du logiciel. Protocole n ° 6 montre une nouvelle fonctionnalité du site pour construire des modèles de molécules d&#39;ADN longues ornées de protéines liées à des endroits spécifiés par l&#39;utilisateur.

Les outils logiciels 3DNA sont couramment utilisés pour analyser les structures d&#39;acides nucléiques. Par exemple, les identités des paires de base et des paramètres de corps rigides qui caractérisent les agencements des bases en fragments double hélice d&#39;ADN et de structures d&#39;ARN sont automatiquement calculées et stockées pour chaque nouvelle entrée dans la base de données de l&#39;acide nucléique 22, un stockage à travers le monde de l&#39;information structurelle de l&#39;acide nucléique. Les v...

Le logiciel 3DNA est un outil bioinformatique populaire et polyvalent avec des capacités à analyser, construire et visualiser des structures d&#39;acides nucléiques en trois dimensions. Cet article présente des protocoles détaillés pour un sous-ensemble de fonctionnalités nouvelles et populaires disponibles dans 3DNA, applicables aux deux structures individuelles et des ensembles de structures connexes.

D&#39;analyser et de structures d&#39;acides nucléiques avec 3DNA

Le logiciel 3DNA est un outil bioinformatique populaire et polyvalent permettant d'analyser, de construire et de visualiser des structures tridimensionnelles d'acides nucléiques...

L'objectif général de cette procédure est de rendre la suite de programmes 3D NA accessible aux scientifiques de laboratoire et à d'autres chercheurs afin d'étudier l'organisation spatiale de l'ADN et de l'ARN à l'aide d'outils informatiques de pointe. Cela s'accomplit en premier lieu en téléchargeant le logiciel depuis le forum 3D NA et en l'installant sur un ordinateur local. La deuxième étape consiste à analyser une structure d'ADN représentative au niveau des pas de paires de bases constitutifs.Ensuite, la même structure d'ADN est modifiée au niveau des pas de paires de bases, puis reconstruite à l'aide des nouveaux paramètres définis pour les pas de paires de bases. L'étape suivante consiste à analyser un grand ensemble de structures apparentées. La dernière étape est l'alignement d'un ensemble de structures d'ADN apparentées sur un repère commun afin de visualiser les déformations globales des structures.En fin de compte, les outils 3D NA sont utilisés pour examiner comment chaque pas de paire de bases, y compris ceux liés à des médicaments et des protéines, contribue au repliement global de l'ADN et pour identifier les sites et les directions des déformations globales import

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Motifs d’ADN stable, 1D et 2D Nanostructures construit à partir de molécules d’ADN circulaire petit

3D multicolor DNA FISH représente un outil pour visualiser les loci génomiques multiples dans les noyaux préservés 3D, définissant sans ambiguïté leurs interactions réciproques et leur localisation dans l'espace nucléaire à un seul niveau cellulaire. Ici, un protocole étape par étape est décrit pour un large éventail de cellules primaires humaines.

3D Multicolor DNA FISH Outil pour étudier l'architecture nucléaire dans les cellules primaires humaines

Le protocole fournit des instructions pour modifier l’ARN avec du sulfate de diméthyle pour les expériences de profilage mutationnel. Il comprend le sondage in vitro et in vivo avec deux méthodes alternatives de préparation de bibliothèque.

Criblage de la structure de l’ARN avec le profilage mutationnel du sulfate de diméthyle avec séquençage in vitro et dans les cellules

Les nanomachines basées sur DNAzyme peuvent être utilisées pour la détection hautement sélective et sensible des acides nucléiques. Cet article décrit un protocole détaillé pour la conception de nanomachines basées sur DNAzyme avec un cœur de 10 à 23 à l’aide de logiciels libres et leur application dans la détection d’un fragment de virus d’Epstein-Barr à titre d’exemple.

Nanomachines à base de DNAzyme 10-23 pour la reconnaissance des acides nucléiques

Manipulation des liquides et des particules en suspension dans les technologies de micro-et nano-échelle est de plus en plus d'une réalité que l'activation, comme l'électrocinétique AC, continuent à se développer. Ici, nous discutons de la physique derrière l'électrocinétique AC, comment fabriquer ces dispositifs et la façon d'interpréter les observations expérimentales.

Phénomènes AC électrocinétique générées par des structures microélectrodes

Un protocole court pour la coloration des protéines de Coomassie Brilliant Blue (CBB) G-250 dans des gels de polyacrylamide est décrite sans utiliser de solvants organiques ou d'acide acétique comme dans les procédures de coloration classique avec CBB.

Coloration des protéines dans les gels de Coomassie G-250, sans solvant et l&#39;acide acétique organique

Nous décrivons ici un protocole de base pour le marquage fluorescent des différents éléments de tubes coeur de la larve et...

Marquage fluorescent Drosophile</emOuvrages d&#39;art> Coeur

Une combinaison de trois simples courte longueur d'onde des lasers pulsés sont utilisés pour générer des anti-Stokes cohérente diffusion Raman (CARS) et les voitures doublement résonnant (DR-CARS). La différence entre ces signaux fournit une sensibilité accrue pour les autrement difficiles à détecter des signaux cohérents Raman, permettant l'imagerie de la faiblesse des diffuseurs Raman.

Imagerie différentielle des structures biologiques avec doublement résonnante anti-Stokes cohérente diffusion Raman (CARS)

Découvrez l'analyse et la visualisation de structures d'acides nucléiques avec le logiciel 3DNA. Cette méthode permet d'examiner l'organisation spatiale de l'ADN et de l'ARN à l'aide d'outils bioinformatiques avancés.

D'analyser et de structures d'acides nucléiques avec 3DNA

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