Haute résolution In Vivo Protocole de segmentation manuelle pour les sous-zones de l'hippocampe humain Utilisation 3T imagerie par résonance magnétique

L’objectif global de ce protocole est de fournir une méthode fiable et anatomiquement précise pour segmenter l’hippocampe humain avec des sous-champs sur les images par résonance magnétique. Ici, les sous-champs de l’hippocampe sont divisés en cinq étiquettes, CA un, CA deux, ca trois, CA quatre, gyrus denté, S-R-S-L-S-M et l’icm. Cette méthode peut aider à répondre à des questions clés dans le domaine de la neuroimagerie, telles que la façon dont la structure du sous-champ de l’hippocampe change dans les états sains et pathologiques.

Le principal avantage de cette technique est qu’elle est adaptée aux images haute résolution collectées sur un scanner à trois T, et qu’elle comprend des définitions de sous-champs pour toute la longueur antérieure postérieure de l’hippocampe. Commencez par entrer la scène de commande suivante ici dans le terminal. Pour ouvrir l’interface du logiciel sur une image pondérée T un, agrandissez la vue coronale et zoomez sur l’hippocampe, sélectionnez segmentation dans la fenêtre de navigation, puis sélectionnez Rayon XY.

Définissez la taille du pinceau XY sur 0,1. Faites défiler jusqu’à la tranche coronale la plus antérieure de l’hippocampe pour la tranche a, la tranche de mott antérieure. Tracez la bordure la plus externe de la matière grise de l’hippocampe à l’endroit où elle rencontre la substance blanche du lobe temporal environnant, et utilisez la matière blanche de haute intensité des alves pour aider avec la bordure supérieure.

Utilisez la clé de remplissage de l’étiquette dans le menu de segmentation de la fenêtre de navigation pour remplir l’étiquette à l’intérieur de la bordure. Pour la tranche B, c’est la tête de l’hippocampe qui a gagné. Continuez à dessiner les limites de la tête de l’hippocampe en utilisant la substance blanche du lobe temporal et de l’alves comme guide.

Ensuite, pour la tranche C, la tête de l’hippocampe deux avec des dations. Dessinez les dations de l’hippocampe en utilisant la substance blanche de l’alius. Ensuite, utilisez la vue axiale pour tracer une ligne horizontale à partir du bord antérieur de l’hippocampe latéral et désignez tout ce qui se trouve en dessous de cette ligne comme faisant partie de l’hippocampe.

Maintenant, pour la tranche D, la tête de l’hippocampe, trois, tracez le bord inférieur de l’hippocampe au niveau de la substance blanche du lobe temporal et le bord latéral au niveau de la corne inférieure du ventricule latéral. Tracez la bordure supérieure au niveau de la substance blanche de l’alius fibr et la bordure médiale au niveau de la région hypo-intense de la citerne ambiante. Pour la tranche, E, dessinez les bordures inférieures, latérales, supérieures et médiales.

Comme précédemment, définissez la bordure médiane déduite en dessinant la partie inférieure de la bordure médiane où l’hippocampe s’amincit légèrement et s’étend dans la matière grise du cortex interne. Dans ces tranches, incluez le fardeau dans les segmentations de l’hippocampe. Désignez ensuite le corps de l’hippocampe sur la tranche F.As avant, n’incluez pas le liquide céphalo-rachidien de faible intensité du sillon de l’hippocampe vestigial dans la segmentation.

Maintenant, pour le segment G, la queue de l’hippocampe commence à segmenter la queue. Quand la croisière du fornix est visible pour la première fois. Excluez le gyrus vésiculaire en extrapolant la forme du gyrus vésiculaire dans la queue de l’hippocampe pour des tranches plus antérieures.

Lorsque le gyrus vésiculaire ne peut plus être distingué, traitez toute matière grise visible comme la queue d’hippocampe. Ensuite, pour la tranche H, la queue de l’hippocampe à deux segments, la matière grise de faible intensité de la queue postérieure de l’hippocampe de la substance blanche de haute intensité environnante. Enfin, ou œil de tranche, le segment de tranche le plus postérieur, la petite zone restante de la matière grise de l’hippocampe de la substance blanche environnante du lobe temporal.

Commencez par faire défiler jusqu’à la tranche coronale la plus antérieure de l’hippocampe sur une image pondérée en T deux. Changez la couleur du pinceau en sélectionnant définir l’étiquette de peinture et en entrant un nombre compris entre un et 255 dans le terminal. Pour la tranche A, la tranche la plus antérieure, tracez une ligne divisant la matière grise visible de l’hippocampe le long de son axe visible le plus long en deux sections égales.

Utilisez deux couleurs différentes pour étiqueter la partie supérieure de ces deux sections comme ca one et la section inférieure comme le sulu pour la tranche B, la tête de l’hippocampe. Étiquetez la zone de faible intensité au milieu de la formation de l’hippocampe. Comme SR SLSM, définissez le csum inférolatéral environ une bordure à la courbure de l’hippocampe inférieur.

Continuez à suivre l’axe le plus long de l’hippocampe pour dessiner la bordure d’environ un sulu sur l’extrémité médiane supérieure de la tranche C, la tête de l’hippocampe. Deux avec des tentations. Étiquetez la bande sombre S-R-S-L-S-M qui suit la courbe de l’étiquette ca un, toute matière grise de haute intensité à l’intérieur du S-R-S-L-S-M comme CA quatre dg.

Définissez ensuite le sicm environ une bordure en utilisant le coude et l’hippocampe inférieur. Définissez la frontière entre CA un et ca deux, CA trois comme une ligne d’angle de 45 degrés, s’étendant dans la direction superolatérale à partir du bord le plus supérolatéral du S-R-S-L-S-M. Prolongez le ca deux CA trois médialement le long du bord supérieur jusqu’à l’auge entre les dations et étiquetez le reste du bord supérieur comme ca un pour la tranche D, la tête de l’hippocampe trois.

Étiquetez les S-R-S-L-S-M CA four, DG et ICM exactement comme nous venons de le décrire. Pour la tranche C, étendez l’AC deux, l’AC trois médialement à mi-chemin le long de l’arête supérieure et étiquetez l’autre moitié de l’arête supérieure comme CA un. Divisez verticalement la tête de l’hippocampe super médiale en deux.

Étiquetez la moitié médiale comme S-R-S-L-S-M. Ensuite, horizontalement, divisez la moitié latérale en deux. Encore une fois, étiquetez la partie inférieure comme CA deux, CA trois, et étiquetez la partie supérieure comme CA quatre DG pour la tranche E, la tête de l’hippocampe quatre avec Angus.

Définissez le saeculum ca one border comme une ligne verticale s’étendant dans la direction inférieure à partir du bord le plus médian du ca quatre dg. Continuez à définir les frontières CA un, CA deux, CA trois s, RSL, SM et ca quatre frontières DG. Comme précédemment, étiquetez le fardeau de l’hippocampe comme la tête de l’hippocampe passe au corps de l’hippocampe dans le paquet de l’étiquette, la région de faible intensité au centre comme le SRSL sm.

En continuant sur la tranche E, tracez une ligne sur le bord supérieur de la section S-R-S-L-S-M le long de l’axe super médial inférolatéral de l’étiquette UCAS. Toute la matière grise au-dessus de cette ligne comme CA deux, CA trois, étiquetez toute matière grise non étiquetée sous cette ligne comme CA quatre D. Ensuite, ou tranche F, le corps de l’hippocampe. Continuez à appliquer les bordures pour le sulu S-R-S-L-S-M ca quatre, DG ca deux, CA trois comme mentionné pour la tranche E sur la tranche G, la queue de l’hippocampe une.

La bordure ICM ca one devient une ligne d’angle de 45 degrés, s’étendant dans la direction infra-médiale à partir du bord médial du CA quatre DG pour la tranche H.La queue de l’hippocampe deux étiquette la couche interne de faible intensité comme S-R-S-L-S-M et la couche externe de haute intensité comme CA un. Une fois que le gyrus vésiculaire ne peut plus être distingué de la formation hippocampique, étiquetez toute matière grise restante au milieu comme CA quatre dg. Enfin, pour l’œil de tranche, la tranche la plus postérieure laisse la structure entière comme CA.

Une fois que le S-R-S-L-S-M sombre n’est plus visible dans la formation de l’hippocampe, ce protocole utilise l’imagerie par résonance magnétique pour segmenter l’hippocampe humain. Ici, l’hippocampe entier est divisé en neuf tranches coronales à l’aide d’images pondérées T un. Cinq, les sous-champs de l’hippocampe sont ensuite segmentés à l’aide de T deux images pondérées ici, l’AC un, l’AC deux, l’AC trois, l’AC quatre, le gyrus dénate, S-R-S-L-S-M et ICM peuvent être vus dans cette tranche de tête d’hippocampe.

Une fois maîtrisée, cette technique peut être réalisée pour chaque sujet en 40 heures si elle est correctement exécutée. Il est important de ne pas oublier de suivre autant que possible les modèles d’intensité dans les images et d’être cohérent avec les frontières entre les sujets après cette procédure. D’autres techniques de segmentation automatisée peuvent être effectuées pour répondre à des questions sur le volume et la forme de l’hippocampe chez les populations vulnérables telles que celles qui vieillissent en bonne santé ou qui souffrent de la maladie d’Alzheimer.

Après avoir regardé cette vidéo, vous devriez être en mesure de reproduire de manière fiable ce protocole et d’avoir un aperçu de l’anatomie détaillée du sous-champ de l’hippocampe de vos sujets.