Name: Identifier les sites dinteraction protéine-protéine à laide de peptides tableaux (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2014-11-18T15:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 44 s
Description: Découvrez le criblage par peptides pour identifier les sites d'interaction protéine-protéine entre still et CHFR. Cette méthode haut débit permet de cartographier les interactions et de repérer des cibles thérapeutiques potentielles en cancérologie.

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AF a été financé par une subvention à partir du Conseil européen de la recherche sous septième programme-cadre de la Communauté européenne (FP7 / 2007-2013) / accord de subvention du CER n ° 203413 et par le Centre Minerva pour Bio-hybride systems.HA complexe et AI sont pris en charge par Dalia et Dan Maydan bourse pour les étudiants de diplôme d&#39;études supérieures à l&#39;Université hébraïque de Jérusalem.

1. Concevoir un tableau Peptide <ol><li> Diviser la séquence de la protéine cible en se chevauchant en partie les résidus 10 à 20 peptides. Varier la quantité de chevauchement sur l&#39;expérience spécifique et les ressources du laboratoire performant, mais en principe, plus le chevauchement le mieux. Lors de la conception des peptides prennent en compte les éléments connus de la structure secondaire de la protéine qui peut être responsable de l&#39;interaction. </li><li> Commandez le réseau de peptides conçu par les fournisseurs commerciaux. Ici, l&#39;utilisation des peptides liés de façon covalente à la matrice par l&#39;intermédiaire du C-terminal. </li></ol> Non-spécifique 2. bloquer la liaison <ol><li> Ajouter une solution de tampon Tris 50 mM et de phosphate contenant 0,05% de Tween 20 (TBST / PBST) et ajuster au pH désiré avec une quantité mesurée de HCl ou de NaOH (pour connaître la force ionique précis) et de la force ionique désirée avec NaCl . Ici, en utilisant un pH de 7,5 et une force ionique de 150 mM. </li><li> Faire une solution de blocage de2,5% (p / v) de lait écrémé en poudre dans du TBST / PBST. </li><li> Pour éviter la liaison non spécifique, immerger la matrice dans 5 ml d&#39;une solution de blocage. Incuber la gamme de 2 à 4 h à la température ambiante ou une nuit à 4 ° C sur un agitateur. </li></ol> 3. L&#39;incubation avec la protéine <ol><li> Laver le premier réseau avec 5 ml de solution de blocage pendant 30 secondes et ensuite deux fois avec 5 ml de TBST / PBST pendant 5 min sur un agitateur à température ambiante. </li><li> Incuber la gamme lavé avec 5 ml de His-solution de protéines contenant 2,5% (p / v) de lait écrémé en poudre pour éviter la liaison non spécifique. Ici, en utilisant 4,5 M de solution de protéine (STIL 500-650) dissous dans la solution de blocage décrite. NOTE: Habituellement 5-10 protéine uM sont utilisés pour le dépistage, mais la concentration de protéine peut être même aussi bas que 2-3 uM, en fonction de l&#39;affinité de liaison et les concentrations locales des peptides qui se lient à la matrice (l&#39;efficacité de la synthèse). Le tampon dans lequel la protéineest dissous peut varier mais est commun pour diluer la protéine en utilisant la même solution de blocage décrite ci-dessus. </li><li> Incuber la matrice dans la solution de protéine de 3-8 heures à la température ambiante ou une nuit à 4 ° C. </li></ol> 4. Incubation avec l&#39;Anticorps <ol><li> Laver le tableau trois fois avec 5 ml de TBST / PBST. Le premier lavage est de 30 secondes, suivi de deux lavages de 5 min sur un agitateur à température ambiante. </li><li> Incuber la gamme lavé avec 5 ml d&#39;anticorps conjugué à HRP dilué (1: 1500) dans un tampon d&#39;incubation contenant les mêmes ingrédients à la même concentration que la solution de blocage, pendant 1 heure sur un agitateur à température ambiante. L&#39;anticorps peut se lier soit à la protéine cible ou l&#39;étiquette. </li><li> Réaliser des expériences de contrôle de tester l&#39;interaction de l&#39;anticorps avec des peptides sur le réseau, surtout si le tableau contient des peptides de la protéine cible (par exemple, pour oligomérisation études) en répétant le même protocole sans step 3, l&#39;incubation avec la protéine. </li><li> Laver le tableau trois fois avec 5 ml de TBST / PBST. Le premier lavage est de 30 secondes, suivi de deux lavages de 5 min sur un agitateur à température ambiante. </li></ol> 5. La lecture du tableau <ol><li> Effectuer le développement de chimiluminescence avec un kit de substrat Western blot ECL. </li><li> Effectuer la détection avec un analyseur d&#39;image luminescent. </li><li> Analyser les résultats. Assurez-vous que les deux exemplaires de la matrice montrent les mêmes signaux, de sorte que les résultats sont fiables. Si la structure de la partenaire de protéine est connue, la recherche sur la structure des peptides de liaison et de chercher les sites de liaison. Même les peptides qui sont bien dans la séquence peuvent être rapprochés dans la structure tertiaire et de créer un site de liaison. </li></ol>

<ol><li>Benyamini, H., Friedler, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Using+peptides+to+study+protein%E2%80%93protein+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Future+Medicinal+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Using peptides to study protein–protein interactions.</a> Future Medicinal Chemistry. 2 (6), 989-1003 (2010).</li>
<li>Geysen, H. M., Wagner, C. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isotope+or+mass+encoding+of+combinatorial+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Chemistry+%26+Biology%22%5BJournal%5D)">Isotope or mass encoding of combinatorial libraries.</a> Chemistry & Biology. 3 (8), 679-688 (1996).</li>
<li>Frank, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spot-synthesis%3A+an+easy+technique+for+the+positionally+addressable%2C+parallel+chemical+synthesis+on+a+membrane+support%5BTitle%5D)+AND+%22Tetrahedron%22%5BJournal%5D)">Spot-synthesis: an easy technique for the positionally addressable, parallel chemical synthesis on a membrane support.</a> Tetrahedron. 48 (42), 9217-9232 (1992).</li>
<li>Katz, C., Levy-Beladev, L., Rotem-Bamberger, S., Rito, T., Rudiger, S. G., Friedler, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Studying+protein-protein+interactions+using+peptide+arrays%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Soc+Rev%22%5BJournal%5D)">Studying protein-protein interactions using peptide arrays.</a> Chem Soc Rev. 40 (5), 2131-2145 (2011).</li>
<li>Hansen, L. B., Buus, S., Schafer-Nielsen, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+and+Mapping+of+Linear+Antibody+Epitopes+in+Human+Serum+Albumin+Using+High-Density+Peptide+Arrays%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Identification and Mapping of Linear Antibody Epitopes in Human Serum Albumin Using High-Density Peptide Arrays.</a> PLoS ONE. 8 (7), (2013).</li>
<li>Uecker, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+substrate+peptide+for+the+FLT3+receptor+tyrosine+kinase%5BTitle%5D)+AND+%22British+Journal+of+Haematology%22%5BJournal%5D)">A substrate peptide for the FLT3 receptor tyrosine kinase.</a> British Journal of Haematology. 144 (1), 127-130 (2009).</li>
<li>Gabizon, R., Faust, O., Benyamini, H., Nir, S., Loyter, A., Friedler, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure-activity+relationship+studies+using+peptide+arrays%3A+the+example+of+HIV-1+Rev-integrase+interaction%5BTitle%5D)+AND+%22Med.+Chem.+Commun%22%5BJournal%5D)">Structure-activity relationship studies using peptide arrays: the example of HIV-1 Rev-integrase interaction.</a> Med. Chem. Commun. 4 (1), 252-259 (2013).</li>
<li>Frank, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+SPOT-synthesis+technique%3A+Synthetic+peptide+arrays+on+membrane+supports%E2%80%94principles+and+applications%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Immunological+Methods%22%5BJournal%5D)">The SPOT-synthesis technique: Synthetic peptide arrays on membrane supports—principles and applications.</a> Journal of Immunological Methods. 267 (1), 13-26 (2002).</li>
<li>Innovative Peptide Solutions. , 
 
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<li>PEPSCAN shaping peptides to perfection. , 
 
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<li>Intavis Bioanalytical Instruments. , 
 
 <a target="_blank" href="http://www.intavis.com">http://www.intavis.com</a> (2014).</li>
<li>Falsey, J. R., Renil, M., Park, S., Li, S., Lam, K. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptide+and+Small+Molecule+Microarray+for+High+Throughput+Cell+Adhesion+and+Functional+Assays%5BTitle%5D)+AND+%22Bioconjugate+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Peptide and Small Molecule Microarray for High Throughput Cell Adhesion and Functional Assays.</a> Bioconjugate Chemistry. 12 (3), 346-353 (2001).</li>
<li>Castiel, A., Danieli, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Stil+protein+regulates+centrosome+integrity+and+mitosis+through+suppression+of+Chfr%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Cell+Science%22%5BJournal%5D)">The Stil protein regulates centrosome integrity and mitosis through suppression of Chfr.</a> Journal of Cell Science. 124 (4), 532-539 (2011).</li>
<li>Amartely, H., David, A., Lebendiker, M., Benyamini, H., Izraeli, S., Friedler, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+STIL+protein+contains+intrinsically+disordered+regions+that+mediate+its+protein-protein+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Chemical+Communications%22%5BJournal%5D)">The STIL protein contains intrinsically disordered regions that mediate its protein-protein interactions.</a> Chemical Communications. 50, Cambridge, England. 5245-5247 (2013).</li>
<li>Izraeli, S., Lowe, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+SIL+gene+is+required+for+mouse+embryonic+axial+development+and+left-right+specification%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">The SIL gene is required for mouse embryonic axial development and left-right specification.</a> Nature. 399 (6737), 691-694 (1999).</li>
<li>Izraeli, S., Colaizzo-Anas, T., Bertness, V. L., Mani, K., Aplan, P. D., Kirsch, I. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Expression+of+the+SIL+gene+is+correlated+with+growth+induction+and+cellular+proliferation%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Growth+Differ%22%5BJournal%5D)">Expression of the SIL gene is correlated with growth induction and cellular proliferation.</a> Cell Growth Differ. 8 (11), 1171-1179 (1997).</li>
<li>Arquint, C., Sonnen, K. F., Stierhof, Y. -D., Nigg, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((a+Cell-cycle-regulated+expression+of+STIL+controls+centriole+number+in+human+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Cell+Science%22%5BJournal%5D)">a Cell-cycle-regulated expression of STIL controls centriole number in human cells.</a> Journal of Cell Science. 125 (5), 1342-1352 (2012).</li>
<li>Tang, C. J., Lin, S. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+human+microcephaly+protein+STIL+interacts+with+CPAP+and+is+required+for+procentriole+formation%5BTitle%5D)+AND+%22Embo+J%22%5BJournal%5D)">The human microcephaly protein STIL interacts with CPAP and is required for procentriole formation.</a> Embo J. 30 (23), 4790-4804 (2011).</li>
<li>Vulprecht, J., David, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((STIL+is+required+for+centriole+duplication+in+human+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Cell+Science%22%5BJournal%5D)">STIL is required for centriole duplication in human cells.</a> Journal of Cell Science. 125 (5), 1353-1362 (2012).</li>
<li>Campaner, S., Kaldis, P., Izraeli, S., Kirsch, I. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sil+phosphorylation+in+a+Pin1+binding+domain+affects+the+duration+of+the+spindle+checkpoint%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Sil phosphorylation in a Pin1 binding domain affects the duration of the spindle checkpoint.</a> Mol Cell Biol. 25 (15), 6660-6672 (2005).</li>
<li>Kasai, K., Inaguma, S., Yoneyama, A., Yoshikawa, K., Ikeda, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SCL%2FTAL1+interrupting+locus+derepresses+GLI1+from+the+negative+control+of+suppressor-of-fused+in+pancreatic+cancer+cell%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">SCL/TAL1 interrupting locus derepresses GLI1 from the negative control of suppressor-of-fused in pancreatic cancer cell.</a> Cancer Res. 68 (19), 7723-7729 (2008).</li>
<li>Chaturvedi, P., Sudakin, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chfr+regulates+a+mitotic+stress+pathway+through+its+RING-finger+domain+with+ubiquitin+ligase+activity%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Chfr regulates a mitotic stress pathway through its RING-finger domain with ubiquitin ligase activity.</a> Cancer Res. 62 (6), 1797-1801 (2002).</li>
<li>Olaussen, K. a, Commo, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synergistic+proapoptotic+effects+of+the+two+tyrosine+kinase+inhibitors+pazopanib+and+lapatinib+on+multiple+carcinoma+cell+lines%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Synergistic proapoptotic effects of the two tyrosine kinase inhibitors pazopanib and lapatinib on multiple carcinoma cell lines.</a> Oncogene. 28 (48), 4249-4260 (2009).</li>
<li>Reingewertz, T. H., Britan-Rosich, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mapping+the+Vif%E2%80%93A3G+interaction+using+peptide+arrays%3A+A+basis+for+anti-HIV+lead+peptides%5BTitle%5D)+AND+%22Bioorganic+%26+Medicinal+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Mapping the Vif–A3G interaction using peptide arrays: A basis for anti-HIV lead peptides.</a> Bioorganic & Medicinal Chemistry. 21 (12), 3523-3532 (2013).</li>
<li>Katz, C., Benyamini, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+basis+of+the+interaction+between+the+antiapoptotic+Bcl-2+family+proteins+and+the+proapoptotic+protein+ASPP2%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Molecular basis of the interaction between the antiapoptotic Bcl-2 family proteins and the proapoptotic protein ASPP2.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 105 (34), 12277-12282 (2008).</li>
<li>Katz, C., Zaltsman-Amir, Y., Mostizky, Y., Kollet, N., Gross, A., Friedler, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+Basis+of+the+Interaction+between+Proapoptotic+Truncated+BID+%28tBID%29+Protein+and+Mitochondrial+Carrier+Homologue+2+%28MTCH2%29+Protein%3A+KEY+PLAYERS+IN+MITOCHONDRIAL+DEATH+PATHWAY%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Molecular Basis of the Interaction between Proapoptotic Truncated BID (tBID) Protein and Mitochondrial Carrier Homologue 2 (MTCH2) Protein: KEY PLAYERS IN MITOCHONDRIAL DEATH PATHWAY.</a> Journal of Biological Chemistry. 287 (18), 15016-15023 (2012).</li>
<li>Rosenberg, M. M., Ronen, D., Lahav, N., Nazirov, E., Ravid, S., Friedler, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High+resolution+characterization+of+myosin+IIC+tailpiece+and+its+effect+on+filament+assembly%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">High resolution characterization of myosin IIC tailpiece and its effect on filament assembly.</a> Journal of Biological Chemistry. 288 (14), 9779-9789 (2013).</li>
</ol>

Les auteurs n’ont rien à divulguer.

Dépistage du tableau peptide est un excellent outil pour identifier les sites de liaison d&#39;une protéine cible dans ses partenaires. Ce test est rapide et facile à réaliser et les résultats peuvent être obtenus dans un ou deux jours ouvrables. Dépistage du tableau peptide est polyvalent et peut être utilisé à de nombreuses fins. Il peut être utilisé pour caractériser les modifications de traduction soumettre comme la phosphorylation et l&#39;identification des substrats de kinases. Par exemple, la kinase FLT3, qui es...

Les interactions protéine-protéine médient la plupart des processus dans la cellule vivante. Les interactions entre protéines peut provoquer une baisse de la maladie, ce qui rend les interactions entre protéines cibles médicamenteuses importantes. Il est donc très important de comprendre ces interactions au niveau moléculaire. Les interactions protéiques sont étudiés en utilisant une variété de techniques allant de dosages biochimiques et cellulaires à des analyses quantitatives biophysiques, et ceux-ci peuvent être réalisés soit avec des protéines de pleine longueur, avec des domaines de protéines ou de peptides. Les peptides sont d&#39;excellents outils pour étudier les interactions entre protéines. En effet, les peptides peuvent être facilement synthétisés et permettent la mise au point d&#39;un site d&#39;interaction spécifique d&#39;une part, et sur ​​plusieurs cibles protéiques d&#39;une manière à haut débit, d&#39;autre part de 1,2. dépistage de réseau de peptides est un moyen rapide, facile à réaliser procédé pour obtenir une grande quantité de données sur les interactions d&#39;une protéine cible avec de nombreux partenaires dans un court laps de temps 3. Contrairement à d&#39;autres méthodes biochimiques ou biophysiques pour détecter et analyser les interactions protéine-protéine, le criblage de la matrice de peptide nécessite une très faible concentration de protéine et peut détecter de très faible liaison. matrices de peptides peuvent être utilisés pour de nombreuses applications dans les interactions peptide-protéine tels que la cartographie de la protéine-protéine ou des sites d&#39;interaction ligand-récepteur 4, les interfaces d&#39;homo- ou d&#39;hétéro-oligomérisation, des anticorps caractérisant épitopes 5, étudier les activités enzymatiques 6 et un débit élevé structure- relation de l&#39;activité (SAR) étudie 7. Pour un examen approfondi sur le dépistage du réseau de peptides voir Katz et al. 4 Plusieurs types de tableaux peptidiques existent actuellement. Il existe deux stratégies de synthèse pour la fabrication de grands ensembles de peptides: synthèse des peptides avant de les attacher au support solide, ou la synthèse de peptides directement sur ​​le support solide, en utilisant essentiellement la technique de 4,8 SPOT. Leles peptides sont synthétisés sur le support solide généralement par 9-fluorénylméthyloxycarbonyle (Fmoc) 8 chimie. Parmi les schémas de synthèse courantes sont l&#39;attachement peptide par l&#39;extrémité N-terminale (par exemple, les JPT PepStar tableaux 9) et la fixation de peptides grâce à l&#39;extrémité C-terminale (par exemple, des tableaux de PEPSCAN pepchip 10, JPT pepspot tableaux 9 et Intavis tableaux de celluspot 11) 4. Le support solide peut varier et il en va de la chimie du couplage peptidique pour elle. Peptides Cys-terminés peuvent être fixés à des lames de verre par l&#39;intermédiaire du groupe thiol 12. L&#39;extrémité N-terminale d&#39;un peptide peut être lié de manière covalente à un groupe hydroxyle sur la membrane de cellulose par estérification de l&#39;acide aminé fixé huit. Ici, nous présentons un protocole détaillé pour cribler des matrices de peptides en tant que méthode pour l&#39;étude des interactions protéine-protéine. Le tableau que nous avons utilisé est le tableau Celluspots, qui est un micro-array contenant grand amount de taches (doublons de 384 points) sur une petite membrane de cellulose pris en charge par une lame de verre. Cela permet de travailler avec de faibles volumes de protéines et d&#39;anticorps et d&#39;obtenir quantité importante de données par expérience unique. Ce tableau contient également la densité de peptide élevé qui permet la détection de faible affinité de liaison. La matrice a été utilisé pour cartographier l&#39;interaction STIL-CHFR, ce qui est très important pour le contrôle de la prolifération cellulaire 13 normal. Interaction non contrôlée entre les deux protéines peut conduire au développement d&#39;un cancer. En cartographiant cette interaction, nous avons trouvé le site de liaison spécifique et les résidus 14 de liaison. Cela ouvre la voie à la conception d&#39;inhibiteurs rationnels qui inhibent cette interaction protéine-protéine.

<table><tbody><tr><td>Réseau de peptides</td><td>INTAVIS Instruments</td><td></td><td></td>bioanalytiques</tr><tr><td>Sonde His-probe Anticorps (H-3) HRP</td><td>Santa Cruz Biotechnology</td><td>sc-8036 HRP</td><td></td></tr><tr><td>EZ-ECL Kit</td><td>Industries biologiques</td><td>20-500-120</td><td></td></tr><tr><td>Lait écrémé</td><td>Becton, Dickinson and Company</td><td>232100</td><td></td></tr><tr><td>LAS-3000 caméra&nbsp ;</td><td>Film</td><td></td><td></td> FUJI</tr></tbody></table>

identifier les sites d&#39;interaction protéine-protéine à l&#39;aide de peptides tableaux

Identifying Protein-protein Interaction Sites Using Peptide Arrays

Les interactions protéine-protéine médient la plupart des processus dans la cellule et le contrôle de l&#39;homéostasie de l&#39;organisme vivant. Les interactions entre protéines peut provoquer une baisse de la maladie, ce qui rend les interactions entre protéines cibles médicamenteuses importantes. Il est donc très important de comprendre ces interactions au niveau moléculaire. Les interactions protéiques sont étudiés en utilisant une variété de techniques allant de dosages biochimiques et cellulaires à des analyses quantitatives biophysiques, et ceux-ci peuvent être réalisés soit avec des protéines de pleine longueur, avec des domaines de protéines ou de peptides. Les peptides sont d&#39;excellents outils pour étudier les interactions entre protéines depuis peptides peuvent être synthétisés facilement et permettre la mise au point sur des sites d&#39;interaction spécifiques. Tableaux peptidiques permettent l&#39;identification des sites d&#39;interaction entre les deux protéines, ainsi que le dépistage de peptides qui se lient à la protéine cible à des fins thérapeutiques. Ils permettent également des études SAR haut débit. Pour l&#39;identification des sites de liaison, un Typical réseau de peptides contient habituellement se chevauchant partiellement 10-20 résidus des peptides dérivés des séquences complètes d&#39;un ou plusieurs protéines partenaires de la protéine cible souhaitée. La sélection de la gamme pour la liaison de la protéine cible révèle les peptides de liaison, correspondant aux sites de liaison dans les protéines partenaires, dans une méthode facile et rapide à l&#39;aide de seulement petite quantité de protéines. Dans cet article, on décrit un protocole de criblage de matrices de peptides pour la cartographie des sites d&#39;interaction entre une protéine cible et de ses partenaires. Le réseau peptidique est conçue sur la base des séquences des protéines partenaires compte tenu de leurs structures secondaires. Les tableaux utilisés dans ce protocole étaient Celluspots tableaux préparés par Intavis Instruments de bioanalyse. L&#39;ensemble est bloqué pour éviter une liaison non spécifique et ensuite incubé avec la protéine étudiée. La détection en utilisant un anticorps révèle des peptides de liaison correspondant à des sites d&#39;interactions spécifiques entre les protéines.

STIL est une protéine très importante centrosomale. Il contrôle la division cellulaire normale et la prolifération cellulaire 13,15 - 19. STIL interagit avec plusieurs protéines 18,20,21, et la plupart des interactions se produisent à travers sa partie centrale, qui est une région désordonnée intrinsèque (IDR) 14. Nous avons conçu un tableau composé de peptides dérivés de la protéine de liaison CHFR STIL. CHFR est un gène suppresseur de tumeur qui est induite en réponse à un stress ...

Le criblage de peptides est un test à haut débit permettant d’identifier les sites d’interaction protéine-protéine. Cela permet de cartographier plusieurs interactions d’une protéine cible et peut servir de méthode pour identifier les sites d’inhibiteurs qui ciblent une protéine. Nous décrivons ici un protocole de criblage et d’analyse des réseaux de peptides.

Identifier les sites d&#39;interaction protéine-protéine à l&#39;aide de peptides tableaux

Protein-protein interactions mediate most of the processes in the living cell and control homeostasis of the organism. Impaired protein interactions may ...

L’objectif global de cette procédure est de cartographier l’interaction entre deux protéines ou domaines protéiques. Dans ce cas, les domaines protéiques liés au cancer et CHFR sont encore étudiés. L’objectif global de cette procédure est de cartographier l’interaction entre deux protéines ou domaines protéiques.Dans ce cas, les domaines protéiques liés au cancer et CHFR sont encore étudiés. La deuxième étape consiste à incuber le réseau de peptides CHFR avec son partenaire de liaison, la protéine immobile. Ensuite, la matrice est lavée et incubée avec de la peroxydase de raifort, un anticorps conjugué.Le réseau est ensuite soumis à une détection de luminescence chimique pour détecter la liaison. La dernière étape consiste à analyser les résultats et à identifier les sites de liaison entre les protéines. Cette étude ouvre la voie à la conception d’inhibiteurs rationnels de la liaison encore CHFR, dont l’interaction incontrôlée peut conduire au développement d’un cancer.Cette méthode peut aider à répondre à des questions clés dans la recherche sur l’interaction des protéines, telles que quelles sont les régions spécifiques qui méditent Une interaction entre deux protéines, Divisez l

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Tandem Affinity Purification est une approche robuste pour l'identification de partenaires de liaison aux protéines. Comme preuve de concept, cette méthodologie a été appliquée à la eIF4E facteur d'initiation de traduction bien caractérisé à la co-précipité les facteurs cellulaires de l'hôte impliqués dans l'initiation de la traduction. Cette méthode est facilement adaptable à n'importe quelle protéine cellulaire ou virale.

Identification des partenaires protéine interagissant Utilisation Tandem Affinity Purification

Cette vidéo présente une technique qui utilise des peptides biotinylés pénétrant dans les cellules pour détecter les interactions protéine-protéine intracellulaires. Les peptides pénétrant dans les cellules facilitent l’entrée du peptide conjugué dans une cellule et se lient spécifiquement à ses protéines en interaction. La biotine, après s’être liée à l’avidine, permet de purifier le complexe des protéines en interaction à partir d’un lysat cellulaire.

Sonde peptidique biotinylée pénétrant dans les cellules pour détecter les interactions protéine-protéine

Cette vidéo présente une technique qui applique la technologie des microréseaux peptidiques pour profiler la spécificité des anticorps reconnaissant les modifications post-traductionnelles (PTM) sur les peptides d’histones. Une lame de microréseau contenant des peptides d’histones conjugués à des fluorophores immobilisés avec des combinaisons PTM connues est traitée avec des anticorps spécifiques de PTM cibles. Ce processus permet d'identifier la spécificité de l'anticorps pour la cible et sa...

Une technologie de microréseau peptidique pour le profilage de spécificité des anticorps

Techniques pour disséquer les mécanismes qui sous-tendent la sécrétion de HIV-1 Nef dans exosomes sont décrits. Peptides courts spécifiques provenant de Nef et la transfection de protéines ont été exploités pour déterminer la structure, la fonction et les partenaires de liaison de la sécrétion Modification de la région de Nef. Ces procédures présentent un intérêt général dans de nombreuses études mécanistes.

Identification de Motifs Fonctionnelles et leurs PARTENAIRES DE LIAISON Peptide-basée sur

Expériences d'immunoprécipitation SILAC représentent un puissant moyen de découvrir de nouvelles interactions protéine: protéine. En permettant la quantification relative exacte de l'abondance de la protéine à la fois le contrôle et les échantillons de test, les interactions véritables peut être facilement distinguée de contaminants expérimentales, et les interactions de faible affinité préservée grâce à l'utilisation de conditions de tampon moins rigoureuses.

Identification des protéines d&#39;interaction partenaires dans les cellules de mammifères à l&#39;aide SILAC-immunoprécipitation quantitatives en protéomique

En utilisant des puces à protéines contenant presque toute la S. cerevisiae protéome est sondé pour interrogatoire impartiale rapide de milliers d'interactions protéine-protéine en parallèle. Cette méthode peut être utilisée pour la molécule de protéine-petite, la modification post-traductionnelle, et d'autres dosages in à haut débit.

Sondage haute densité fonctionnels des puces à protéines pour détecter les interactions protéine-protéine

Les réseaux de peptides synthétisés par la méthode SPOT peuvent être utilisés pour analyser la spécificité du substrat des protéines lysine méthyltransférases (PKMT) et pour définir le spectre du substrat des PKMT afin de comprendre leur rôle biologique. Ce protocole décrit comment synthétiser des réseaux de peptides, les méthyler avec des PKMT et analyser les résultats.

Spécificité Analyse des protéines lysine Methyltransferases Utilisation SPOT Peptide Arrays

Ce manuscrit décrit des méthodes pour l'application de la technologie des micro-aigres peptidiques au profilage spécifique des anticorps qui reconnaissent les histones et leurs modifications post-traductionnelles.

Analyse de la spécificité d&#39;anticorps d&#39;histone avec des microarrays de peptides

Nous présentons ici un protocole à l’écran une protéine extracellulaire microarrays pour l’identification des interactions ligand-récepteur roman en haut débit. On décrit également une méthode pour améliorer la détection des interactions protéine-protéine transitoires en utilisant des complexes protéine-faisant.

Technologie des microréseaux protéine extracellulaire pour détection haut débit des Interactions Ligand-récepteur de faible affinité

Ici, nous présentons un protocole permettant la capture et l’identification d’interactions protéine-protéine spécifiques à une maladie à partir de cellules et de tissus natifs à l’aide de sondes chimiques et de spectrométrie de masse. Les ensembles de données d’interaction qui en résultent sont analysés par le biais d’une plate-forme Web dédiée pour révéler les dysfonctionnements dynamiques du réseau et les altérations des voies liées à la maladie.

Cartographie des interactions protéine-protéine dysfonctionnelles dans la maladie

Découvrez le criblage par peptides pour identifier les sites d'interaction protéine-protéine entre still et CHFR. Cette méthode haut débit permet de cartographier les interactions et de repérer des cibles thérapeutiques potentielles en cancérologie.

Identifier les sites d'interaction protéine-protéine à l'aide de peptides tableaux

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