Name: Manipulation de lunité Molécules contrôlée main via un microscope à balayage de la sonde avec une interface de réalité virtuelle 3D (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-10-02T14:00:00.000+00:00
Duration: 11 min
Description: Découvrez la manipulation manuelle de molécules individuelles par microscope à sonde à balayage avec une interface de réalité virtuelle 3D. Cette méthode intuitive permet d'explorer systématiquement les protocoles de manipulation moléculaire en trois dimensions.

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Les auteurs n’ont aucune reconnaissance.

<ol><li>Barth, J. V., Costantini, G., Kern, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Engineering+atomic+and+molecular+nanostructures+at+surfaces%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Engineering atomic and molecular nanostructures at surfaces.</a> Nature. 437, 671-679 (2005).</li>
<li>Otero, R., Rosei, F., Besenbacher, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Scanning+tunneling+microscopy+manipulation+of+complex+organic+molecules+on+solid+surfaces%5BTitle%5D)+AND+%22Annu.+Rev.+Phys.+Chem%22%5BJournal%5D)">Scanning tunneling microscopy manipulation of complex organic molecules on solid surfaces.</a> Annu. Rev. Phys. Chem. 57, 497-525 (2006).</li>
<li>Urgel, J. I., Ecija, D., Auwärter, W., Barth, J. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Controlled+Manipulation+of+Gadolinium+Coordinated+Supramolecules+by+Low-Temperature+Scanning+Tunneling+Microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Nano+Lett%22%5BJournal%5D)">Controlled Manipulation of Gadolinium Coordinated Supramolecules by Low-Temperature Scanning Tunneling Microscopy.</a> Nano Lett. 14, 1369-1373 (2014).</li>
<li>Fournier, N., Wagner, C., Weiss, C., Temirov, R., Tautz, F. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Force-controlled+lifting+of+molecular+wires%5BTitle%5D)+AND+%22Phys.+Rev.+B%22%5BJournal%5D)">Force-controlled lifting of molecular wires.</a> Phys. Rev. B. 84, 035435(2011).</li>
<li>Wagner, C., Fournier, N., Tautz, F. S., Temirov, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Measurement+of+the+Binding+Energies+of+the+Organic-Metal+Perylene-Tetracarboxylic-Dianhydride%2FAu%28111%29+Bonds+by+Molecular+Manipulation+Using+an+Atomic+Force+Microscope%5BTitle%5D)+AND+%22Phys.+Rev.+Lett%22%5BJournal%5D)">Measurement of the Binding Energies of the Organic-Metal Perylene-Tetracarboxylic-Dianhydride/Au(111) Bonds by Molecular Manipulation Using an Atomic Force Microscope.</a> Phys. Rev. Lett. 109 (7), 076102(2012).</li>
<li>Wagner, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Non-additivity+of+molecule-surface+van+der+Waals+potentials+from+force+measurements%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Commun%22%5BJournal%5D)">Non-additivity of molecule-surface van der Waals potentials from force measurements.</a> Nat. Commun. 5, 5568(2014).</li>
<li>Green, M. F. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Patterning+a+hydrogen-bonded+molecular+monolayer+with+a+hand-controlled+scanning+probe+microscope%5BTitle%5D)+AND+%22Beilstein+Journal+of+Nanotechnology%22%5BJournal%5D)">Patterning a hydrogen-bonded molecular monolayer with a hand-controlled scanning probe microscope.</a> Beilstein Journal of Nanotechnology. 5, 1926-1932 (2014).</li>
<li>Leinen, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Virtual+reality+visual+feedback+for+hand-controlled+scanning+probe+microscopy+manipulation+of+single+molecules%5BTitle%5D)+AND+%22Beilstein+J.+Nanotechnol%22%5BJournal%5D)">Virtual reality visual feedback for hand-controlled scanning probe microscopy manipulation of single molecules.</a> Beilstein J. Nanotechnol. 6, 2148-2153 (2015).</li>
<li>Wagner, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Scanning+Quantum+Dot+Microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Phys.+Rev.+Lett%22%5BJournal%5D)">Scanning Quantum Dot Microscopy.</a> Phys. Rev. Lett. 115 (2), 026101(2015).</li>
<li>Mura, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Experimental+and+theoretical+analysis+of+H-bonded+supramolecular+assemblies+of+PTCDA+molecules%5BTitle%5D)+AND+%22Phys.+Rev.+B%22%5BJournal%5D)">Experimental and theoretical analysis of H-bonded supramolecular assemblies of PTCDA molecules.</a> Phys. Rev. B. 81 (19), 195412(2010).</li>
<li>Besocke, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+easily+operable+scanning+tunneling+microscope%5BTitle%5D)+AND+%22Surf.+Sci.+Lett%22%5BJournal%5D)">An easily operable scanning tunneling microscope.</a> Surf. Sci. Lett. (1-2), 145-153 (1987).</li>
<li>Giessibl, F. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advances+in+atomic+force+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Rev.+Mod.+Phys%22%5BJournal%5D)">Advances in atomic force microscopy.</a> Rev. Mod. Phys. 75 (3), 949-983 (2003).</li>
<li>Albrecht, T. R., Grütter, P., Horne, D., Rugar, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Frequency+modulation+detection+using+high-Q+cantilevers+for+enhanced+force+microscope+sensitivity%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Appl.+Phys%22%5BJournal%5D)">Frequency modulation detection using high-Q cantilevers for enhanced force microscope sensitivity.</a> J. Appl. Phys. 69 (2), 668-673 (1991).</li>
<li>Temirov, R., Lassise, A., Anders, F. B., Tautz, F. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Kondo+effect+by+controlled+cleavage+of+a+single-molecule+contact%5BTitle%5D)+AND+%22Nanotechnology%22%5BJournal%5D)">Kondo effect by controlled cleavage of a single-molecule contact.</a> Nanotechnology. 19 (6), 065401(2008).</li>
<li>Glöckler, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Highly+ordered+structures+and+submolecular+scanning+tunnelling+microscopy+contrast+of+PTCDA+and+DM-PBDCI+monolayers+on+Ag%28111%29+and+Ag%28110%29%5BTitle%5D)+AND+%22Surf.+Sci%22%5BJournal%5D)">Highly ordered structures and submolecular scanning tunnelling microscopy contrast of PTCDA and DM-PBDCI monolayers on Ag(111) and Ag(110).</a> Surf. Sci. 405 (1), 1-20 (1998).</li>
<li>Simon, G. H., Heyde, M., Rust, H. -P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recipes+for+cantilever+parameter+determination+in+dynamic+force+spectroscopy%3A+spring+constant+and+amplitude%5BTitle%5D)+AND+%22Nanotechnology%22%5BJournal%5D)">Recipes for cantilever parameter determination in dynamic force spectroscopy: spring constant and amplitude.</a> Nanotechnology. 18 (25), 255503(2007).</li>
<li>Rohlfing, M., Temirov, R., Tautz, F. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Adsorption+structure+and+scanning+tunneling+data+of+a+prototype+organic-inorganic+interface+PTCDA+on+Ag+%28111%29%5BTitle%5D)+AND+%22Phys.+Rev.+B%22%5BJournal%5D)">Adsorption structure and scanning tunneling data of a prototype organic-inorganic interface PTCDA on Ag (111).</a> Phys. Rev. B. 76 (11), 115421(2007).</li>
<li>Guthold, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Controlled+Manipulation+of+Molecular+Samples+with+the+nanoManipulator%5BTitle%5D)+AND+%22IEEE%2FASME+Trans.+Mechatronics%22%5BJournal%5D)">Controlled Manipulation of Molecular Samples with the nanoManipulator.</a> IEEE/ASME Trans. Mechatronics. 5 (2), 189-198 (2000).</li>
</ol>

Les auteurs n’ont rien à divulguer et n’ont pas d’intérêts financiers concurrents.

Comme d&#39;autres méthodes basées sur la SPM, les expériences de manipulation moléculaire décrits dans le présent document dépendent aussi dans une certaine mesure sur les propriétés de la pointe de SPM. La structure apex pointe (qui ne peut être totalement contrôlé) détermine la force de la liaison pointe-molécule. D&#39;où la force du contact pointe-molécule peut varier considérablement et donc parfois peut être trop faible. Ainsi dans le protocole, nous référons à certains tests de base de procédures de qualité de p...

Le sans contact force / balayage atomique microscope à effet tunnel à basse température (LT NC-AFM / STM, dans ce qui suit simplement appelé SPM) est l&#39;outil de choix pour la manipulation atomiquement précise des atomes ou des molécules 1 individuelles - 3. la manipulation basée SPM est généralement limitée à deux dimensions et se compose d&#39;une série d&#39;événements de manipulation brusque et souvent aléatoires (sauts). Cela limite essentiellement le contrôle sur le processus. Contacter la molécule en question par une liaison chimique simple à une position atomique bien définie conduit à une approche qui peut surmonter ces limitations 4 - 9. Tout au long de sa manipulation de la molécule en contact est connecté à la pointe de SPM de telle sorte que le déplacement de la molécule dans les trois dimensions par des déplacements appropriés de la pointe devient possible. Cela crée la possibilité pour diverses procédures de manipulation complexes effectuées dans l&#39;espace 3D. Cependant, la manipulation en contact peut être salutndered par des interactions de la molécule manipulée avec la surface et / ou d&#39;autres molécules dans son environnement, ce qui peut créer des forces qui sont assez grands pour rompre le contact pointe-molécule. Par conséquent, une trajectoire 3D particulière de la pointe de SPM peut ou ne peut pas donner lieu à un événement de manipulation réussie. Une question se pose donc de savoir comment définir des protocoles qui mènent à la réussite de la manipulation dans les circonstances lorsque la liaison pointe-molécule a une force limitée, tandis que les interactions de la molécule manipulée avec son environnement ne sont pas a priori bien caractérisés. Voici cette question est abordée de manière imaginable la plus intuitive. L&#39;expérimentateur est autorisé à contrôler les déplacements de la pointe de SPM en déplaçant simplement la main 7. Ceci est réalisé en couplant le GPS à un système de capture de mouvement commerciale, certaines des caractéristiques qui sont fournies ci-dessous. L&#39;avantage de &quot;manipulation contrôlée de la main&quot; (HCM) est en til la capacité de expérimentateur d&#39;essayer différentes trajectoires de manipulation rapidement et apprendre de leur échec ou de réussite. La configuration HCM a été utilisée pour mener une expérience de validation de principe dans lequel un mot ( «JÜLICH») a été stenciled dans une couche fermée de pérylène-3,4,9,10-tétracarboxylique dianhydride (PTCDA) molécules sur Ag ( 111), supprimant les 48 molécules, une par une, avec 7 MCH. Levage d&#39; une molécule à partir de la surface clive les liaisons hydrogène intermoléculaires qui lient les molécules dans la monocouche 10. Typiquement , la force totale des liaisons intermoléculaires présentes dépasse la force de la liaison chimique simple entre l&#39;atome le plus externe de la pointe et un atome d&#39;oxygène carboxylique de PTCDA par lequel la molécule est en contact (voir Figure 1). Cela peut conduire à la rupture du contact pointe-molécule et l&#39;échec suivant de la tentative de manipulation. La tâche de l&#39;expérimentateur est donc de détermidéfinir une trajectoire de pointe qui brise les liaisons intermoléculaires résistent séquentiellement plutôt que simultanément, de sorte que la force totale appliquée à la pointe de contact molécule ne dépasse jamais sa force. Bien que la trajectoire désirée peut en principe être simulé, en raison de la taille et de la complexité du système impliqué les simulations nécessaires prendraient une prohibitif grande quantité de temps. Par contraste avec cela, en utilisant MCH il était possible d&#39;enlever la première molécule au bout de 40 minutes. Vers la fin de l&#39;expérience, l&#39;extraction a déjà beaucoup moins de temps ce qui confirme l&#39;efficacité de la procédure d&#39;apprentissage. En outre, la précision et la polyvalence de la méthode HCM a été mis en évidence dans l&#39;acte de manipulation inverse quand une molécule extraite de l&#39;emplacement voisin a été utilisé pour fermer le vide laissé après la suppression erronée d&#39;une autre molécule de la monocouche. Mouvement approche de capture, tout en étant rapide et intuitive, estlimitée à la génération de données pointe trajectoire. Pour le développement systématique de nouveaux protocoles de manipulation moléculaire, il est tout aussi important d&#39;être en mesure d&#39;afficher les données pointe de trajectoire en temps réel, ainsi que pour analyser les données précédemment générées. Par conséquent, la fonctionnalité de la configuration HCM est améliorée sensiblement en ajoutant des lunettes de réalité virtuelle qui permettent à l&#39;expérimentateur de voir les données tracées dans la scène virtuelle 3D où la pointe trajectoire est augmentée par le courant (I) et un décalage de fréquence (Af) des valeurs mesurées par le SPM en temps réel 8 (voir ci - dessous). En plus de cela, la scène de réalité virtuelle montre un modèle de la molécule manipulée qui sert de référence d&#39;échelle visuelle. Ainsi, la configuration HCM complimenté par l&#39;interface de réalité virtuelle est adaptée pour la cartographie systématique de l&#39;espace manipulation de trajectoire et de raffinement successifs des protocoles de manipulation prometteurs. Outre que le système facilite également le transfert de connaissances entre les dexpériences ifférents. Les paragraphes qui suivent donnent une description de la configuration et de certaines de ses spécifications qui sont pertinentes pour les expériences de manipulation. Les expériences sont réalisées en ultravide (UHV) , à une pression de base de 1 x 10 -10 mbar avec un SPM commercial constitué d&#39;une chambre de préparation et une chambre d&#39;analyse. La chambre de préparation est équipée de: Ar + source utilisée pour l&#39; échantillon de pulvérisation, le transfert de l&#39; échantillon par l&#39; intermédiaire manipulateur (permet le chauffage et le refroidissement d&#39;un échantillon), la diffraction de faible énergie électronique (LEED), une cellule de Knudsen personnalisée (K-cellule) contenant de la poudre PTCDA purifié par sublimation. La chambre d&#39;analyse est équipé de: LN 2 salles de bain cryostat avec un volume de 12 L et un temps de maintien de 46 h, LHe bain cryostat (5 L, 72 h), Besocke 11 type coléoptère SPM équipé d&#39;un capteur de diapason 12 ( TFS) constitué d&#39;un diapason de quartz avec une pointe PTIR connecté électriquement (pour le fonctionnement de la STM)Qui est découpée et aiguisée par un faisceau d&#39;ions focalisé (FIB) (figure 2). <img alt="Figure 1" src="/files/ftp_upload/54506/54506fig2.jpg" /> Figure 2. Tuning capteur fourchette. (A) l&#39; image d&#39;un capteur de diapason commercial avec pointe PTIR joint. (B) image MEB de la pointe apex PTIR coupé avec FIB. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54506/54506fig2large.jpg" target="_blank">S&#39;il vous plaît cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figure.</a> L&#39;AFM est utilisé en mode (FM) 13 modulé en fréquence où le TFS est excité à la résonance (f 0 ≈ 31080 Hz) avec un piezo de tramage. Le signal piézo-électrique du diapason oscillant est amplifié et utilisé par une boucle à verrouillage de phase (PLL), qui maintient l&#39;amplitude d&#39;oscillation de la constante du TFS et le suivi des changements de its fréquence de résonance, Af = f - f 0, qui provient du gradient de la force agissant sur la pointe. Comme le montre la figure 3 , la position de la pointe de SPM est contrôlé par des tensions (u x, u y, u z) appliqué à un ensemble de x, y, z-piezos (constantes piézoélectriques à 5 K: x = 15, y = 16, z = 6 Å / V). Le u x, u y, z u -voltages (± 10 V à 20 bits de résolution) sont générés au niveau des sorties de l&#39; électronique SPM. Ils sont en outre amplifiés par un amplificateur haute tension (HT), qui a une tension maximale de sortie de ± 200 V. <img alt="Figure 1" src="/files/ftp_upload/54506/54506fig3.jpg" /> Figure 3. Schéma de la configuration HCM. La position de (objet suivi) A qui a de multiples sources (infrarouge) IR installés sur sa surface est suivie par deux caméras infrarouges du système de capture de mouvement (MCS). TipControl doncobtient ftware TO coordonnées (x, y, z) de MCS et il passe à la source de tension à distance (RVS) qui génère un ensemble de tensions (v x, v y, v z) qui sont additionnées avec les tensions (u x , u y, u z) produit par l&#39;électronique de SPM pour le contrôle de la position de pointe de SPM. La tension supplémentaire passe à travers un amplificateur de haute tension (HV) et est en outre appliquée au système de la pointe de SPM piézo-positionnement. La configuration permet le contrôle manuel du positionnement de la pointe lorsque la boucle retour de SPM (FB) est ouvert. La position (x, y, z) de la pointe, ainsi que I (x, y, z) et Af (x, y, z) sont transmis au logiciel VRinterface qu&#39;il trace dans la scène virtuelle 3D vu par l&#39;opérateur portant le visiocasque (HMD). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54506/54506fig3large.jpg" target="_blank">S&#39;il vous plaît cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figure.</a> Le courant tunnel qui circule entre la pointe de SPM etla surface est mesurée par un amplificateur de transimpédance avec un gain variable qui varie de 1 x 10 3 à 1 x 10 9 V / A (largeur de bande de gain à 1 x 10 9 V / A est égal à 1 kHz). La sortie de l&#39;amplificateur est introduit dans la boucle rétroaction de la STM (FB) pour régler la hauteur de la pointe au-dessus de la surface en mode de balayage de courant constant. La stabilité de la jonction (avec l&#39;oscillation TFS éteint) est 1-3 pm. Le signal d&#39;oscillation piézoélectrique du TFS est amplifié en deux étapes: (1) pré - amplificateur fixé à la LN 2 bouclier (gain de 1 x 10 8 V / A, la bande passante de 20 kHz), et (2) un amplificateur de tension externe à gain variable à partir d&#39; une x 10 1 à 5 x 10 4 et une bande passante de 1 MHz. Pour les expériences HCM, la configuration du SPM est étendu avec: système de mouvement de capture (MCS), source de tension multicanal contrôlable à distance (RVS), un amplificateur de sommation et la tête de la réalité virtuelle monté affichage (HMD). Tous les dispositifs énumérés à l&#39;exception du summing amplificateur ont été acquis dans le commerce. MSC est un (IR), le système de suivi de marqueur infrarouge qui permet la résolution des déplacements spatiaux de millimètre à une vitesse de 100 Hz. Le système se compose de deux caméras IR, un objet traçable (TO) et le logiciel de contrôle. Le logiciel MCS obtient les axes X, Y, z les coordonnées de la TO dans l&#39;espace 3D en analysant ses images obtenues par les deux caméras. MCS contient une bibliothèque de programmation qui permet d&#39;utiliser les coordonnées de A dans un programme informatique distinct. Les coordonnées de A (x A, y A, z A) sont transmis à un logiciel développé sur mesure &quot;TipControl&quot;. La figure 4 montre une capture d&#39; écran de l&#39;interface utilisateur graphique. Le logiciel est activé par le bouton &quot;start&quot; dans la fenêtre. Après activation (τ = 0) , le logiciel définit tous les v x -, v y -, v z -voltages sur RVS (plage de tension ± 10 V à 16bits de résolution, temps d&#39;attente de 50 ms par pas de tension) en fonction de l&#39;expression suivante <img alt="L&#39;équation 1" src="/files/ftp_upload/54506/54506eq1.jpg" /> etc., où c x, c y, z c sont les facteurs qui convertissent 5 cm du déplacement de TO dans 1 Å déplacement de la pointe de SPM. Les facteurs p x (t), P y (t), p z (t) ont des valeurs définies par l&#39;état de la direction x, y, z les cases de la fenêtre de logiciel. Si la case est cochée, le p correspondant (t) est mis à 1. Tous les p (t) sont mis à 0 au moment où le bouton &quot;pause&quot; est pressée dans la fenêtre du logiciel. Cela permet à l&#39;opérateur de temporairement &quot;geler&quot; la position de la pointe. En appuyant sur le bouton &quot;reset all&quot; dans la fenêtre du logiciel définit v x -, v y -, v z -voltages à zéro qui retourne la pointe à sa position initiale définie par le logiciel SPM. Le champ de texte &quot;commande manuelle pour RVS&quot; dans la fenêtre du logiciel ca<html> n être utilisé pour définir l&#39; un des v x -, v y -, v z -voltages à une valeur quelconque dans la plage autorisée de ± 10 V. Le v x -, v y -, v z -voltages générée par RVS sont ajoutés à l&#39;u x -, u y -, u z signaux de tension -output de l&#39; électronique SPM via un amplificateur de sommation (gain 1, la bande passante de 50 kHz, la plage de sortie ± 10 V). <img alt="Figure 1" src="/files/ftp_upload/54506/54506fig4.jpg" /> Figure 4. Capture d&#39; écran de la fenêtre d&#39;interface. Deux indicateurs montrent l&#39;état de la connexion avec les systèmes MCS et RVS. Checkboxes sont utilisés pour activer la main-commande le long d&#39;axes spatiaux sélectionnés. Le bouton &quot;Démarrer&quot; lance le flux de données entre les MCS, TipControl et RVS selon le schéma de la figure 3. Bouton &quot;Pause&quot; arrête le flux de données. Bouton &quot;Reset All&quot; définit toutes les RVS tensions à zéro.= &quot;Https://www.jove.com/files/ftp_upload/54506/54506fig4large.jpg&quot; target = &quot;_ blank&quot;&gt; S&#39;il vous plaît cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figure. Pour la visualisation des données expérimentales (pointe trajectoire, I, Af) une tête montée affichage (HMD) est utilisé. Le HMD offre une vue stéréoscopique (affichage split HD - moitié pour chaque oeil, 1.920 x 1.080 pixels à 75 Hz). Une caméra infrarouge dédiée suit la position et l&#39;orientation de la HMD dans l&#39;espace 3D en utilisant LED IR fixes sur la surface de la HMD. Le système de suivi HMD permet à l&#39;opérateur de changer la vue à l&#39;intérieur de la scène de réalité virtuelle 3D par un tour de leur tête ou se déplaçant simplement leur corps. Le logiciel écrit sur mesure &quot;VRinterface&quot; recueille les données à la fois de SPM et MCS, rend dans la scène 3D en utilisant OpenGL et l&#39;affiche dans le HMD avec l&#39;aide du kit de développement logiciel de HMD (SDK). VRinterface récupère le x- réelle, z, coordonnées y- de la pointe directement à partir de lalogiciel de pointe (quelques millisecondes de latence) tandis que les signaux I et Af sont lues directement à partir des sorties de l&#39;électronique de SPM (latence ≈ 250 msec). La figure 5 montre une capture d&#39; écran de la scène virtuelle 3D comme vu par l&#39;opérateur portant HMD pendant HCM. A l&#39;intérieur de la scène virtuelle 3D la pointe apex est rendu sous la forme d&#39;une sphère blanche. La coloration des trajectoires de pointe enregistrées reflète les valeurs de l&#39;un rondin (I (x, y, z)) ou Af (x, y, z). Commutation entre log (I (x, y, z)) ou Af (x, y, z) les modes de couleur se fait par la pression d&#39;un bouton. Un autre bouton lance l&#39;enregistrement (et l&#39;affichage) de données pointe de trajectoires expérimentales. Lorsque vous appuyez à nouveau sur le bouton arrête l&#39;enregistrement. La scène virtuelle montre également une molécule PTCDA statique qui est utilisée comme une aide visuelle au cours de la manipulation. L&#39;opérateur aligne son orientation manuellement pour adapter l&#39;orientation de la molécule réelle sur la surface en utilisant les touches sur un clavier. Attention: Parce que la tête tdébourbage HMD repose sur LED IR, il peut interférer avec le MCS, car il utilise également la lumière infrarouge pour suivre la position de TO. Donc doit avoir une forme unique reconnu par le MCS. Cela permet MCS de discriminer entre les signaux qui viennent de TO et ceux qui viennent de DEL IR de HMD. <img alt="Figure 1" src="/files/ftp_upload/54506/54506fig5.jpg" /> Figure 5. S creenshot de la scène 3D virtuelle affichée à l&#39;opérateur en HMD pendant HCM. Un ensemble de sphères blanches constitue un modèle Ag (111) surface. L&#39;orientation de la surface du modèle peut ne pas coïncider avec l&#39;orientation de l&#39;échantillon. Un modèle de la molécule PTCDA est placée au-dessus de la surface du modèle. C, O, H atomes de PTCDA sont représentés en noir, rouge et blanc, respectivement. Aux fins de commodité azimutale orientation de la molécule modèle peut être ajusté en fonction de l&#39;orientation de la molécule réelle choisiepour la manipulation. La position de pointe est marquée par une seule sphère blanche représentant la plus externe atome pointe de l&#39;apex. Le temps réel I (x, y, z) et Af (x, y, z) les données sont affichées sous forme d&#39;indicateurs de barres placés à côté de la pointe. Auparavant enregistrés ainsi que les manipulations en cours d&#39;exécution sont affichées comme des trajectoires 3D dont la couleur représente soit log (I (x, y, z)) ou Af (x, y, z) les valeurs mesurées à des positions de la trajectoire correspondant. La figure montre les trajectoires qui sont colorées avec log (I x, y, z) () le signal. Le contraste des couleurs peut être commuté entre log (I (x, y, z)) et Af (x, y, z) modes par pression d&#39;un bouton. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54506/54506fig5large.jpg" target="_blank">S&#39;il vous plaît cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figure.</a>

<table><tbody><tr><td>LN2</td><td></td><td></td><td>attention : liquide cryogénique</td></tr><tr><td>LHe</td><td></td><td></td><td>prudence : liquide cryogénique</td></tr><tr><td>PTCDA</td><td></td><td></td><td>attention : substance irritante</td></tr><tr><td>Cellule Knudsen (cellule</td><td></td><td></td> K)<td>personnalisée</td></tr><tr><td>ErLEED</td><td>Spécifications</td><td></td><td>utilisées avec l’alimentation électrique ErLEED 1 000 A</td></tr><tr><td>combient LT NC-AFM/STM</td><td>Capteur Createc</td><td></td><td></td></tr><tr><td>qPlus</td> Préamplificateur <td>TFS</td><td>Createc</td><td></td></tr><tr><td></td><td>Amplificateur Createc</td><td></td> pour signal de <td>diapason fixé sur blindage LN2 (étage 1)</td></tr><tr><td>Préamplificateur de tension à faible bruit</td><td>Standford Research System</td><td>SR560</td><td>Amplificateur externe pour signal de diapason (étage 2)</td></tr><tr><td>Amplificateur de courant à faible bruit à gain variable</td><td>Femto</td><td>Amplificateur DLPCA-200</td><td>pour courant tunnel</td></tr><tr><td>Bonita</td><td>Vicon</td><td>B10, SN : MXBN-0B10-3658</td><td>Caméra IR MCS Dispositif d’interaction</td></tr><tr><td>Apex</td><td>Vicon</td><td>SN : AP0062</td><td>Objet traçable MCS (TO)</td></tr><tr><td>MX Baguette d’étalonnage</td><td>Vicon</td><td></td><td>MCS objet d’étalonnage</td></tr><tr><td>Tracker</td><td>Logiciel Vicon</td><td></td><td>MCS</td></tr><tr><td>Alimentation en</td> <td>tension série BSstahl-electronics</td><td>BS 1-4</td><td></td></tr><tr><td>Amplificateur de sommation RVS&nbsp ;</td><td></td><td></td><td>personnalisé, gain 1, basé sur l’amplificateur opérationnel TL072</td></tr><tr><td>Oculus Rrift Development Kit 2</td><td>Oculus VR</td><td></td><td>HMD</td></tr><tr><td>TipControl</td><td></td><td></td><td>logiciel écrit sur mesure</td></tr><tr><td>VRinterface</td><td></td><td></td> logiciel <td>écrit sur mesure</td></tr></tbody></table>

manipulation de l&#39;unité molécules contrôlée main via un microscope à balayage de la sonde avec une interface de réalité virtuelle 3d

Hand Controlled Manipulation of Single Molecules via a Scanning Probe Microscope with a 3D Virtual Reality Interface

Considérant les molécules organiques comme les blocs de construction fonctionnels de la future technologie nanométrique, la question de la façon d&#39;organiser et d&#39;assembler ces blocs de construction dans une approche bottom-up est toujours ouverte. Le microscope à sonde à balayage (SPM) pourrait être un outil de choix; Cependant, la manipulation à base SPM a été jusqu&#39;à récemment limité à deux dimensions (2D). Reliure la pointe de SPM à une molécule à une position bien définie ouvre la possibilité de manipulation contrôlée dans l&#39;espace 3D. Malheureusement, la manipulation 3D est essentiellement incompatible avec le modèle 2D typique des données de visualisation et la génération SPM sur un ordinateur. Pour une manipulation intuitive et efficace nous donc coupler une basse température sans contact force / balayage atomique microscope à effet tunnel (LT NC-AFM / STM) à un système de capture de mouvement et totalement immersive lunettes de réalité virtuelle. Cette configuration permet &quot;manipulation contrôlée de la main&quot; (HCM), dans laquelle la pointe de SPM est déplacé en fonction du mouvement de la main de l&#39;expérimentateur, wien que les trajectoires de pointe ainsi que la réponse de la jonction SPM sont visualisés en 3D. HCM ouvre la voie à l&#39;élaboration de protocoles de manipulation complexes, pouvant conduire à une meilleure compréhension fondamentale des interactions à l&#39;échelle nanométrique agissant entre les molécules sur les surfaces. Nous décrivons ici la configuration et les étapes nécessaires à la réalisation réussie de manipulation moléculaire contrôlée à la main dans l&#39;environnement de réalité virtuelle.

Note: Cette partie montre les travaux publiés dans 7,8. Application HCM au problème de levage PTCDA / Ag (111) sur une couche, nous avons été en mesure d&#39;écrire un motif en enlevant séquentiellement des molécules individuelles (Figure 9). Au total 48 molécules ont été enlevées, dont 40 pourraient être redépose à l&#39;Ag propre (111), montrant que les molécules restent intactes ...

Nous démontrons la manipulation précise de molécules organiques individuelles sur une surface métallique avec la pointe d’un microscope à sonde à balayage piloté en 3D par la main de l’expérimentateur à l’aide d’un système de capture de mouvement et de lunettes de réalité virtuelle totalement immersives.

Manipulation de l&#39;unité Molécules contrôlée main via un microscope à balayage de la sonde avec une interface de réalité virtuelle 3D

Considering organic molecules as the functional building blocks of future nanoscale technology, the question of how to arrange and assemble such building ...

L'objectif général de la manipulation manuelle de molécules individuelles à l'aide du microscope à sonde locale est l'exploration systématique et intuitive de protocoles de manipulation en trois dimensions. Cette méthode étend nos capacités dans le domaine de la nanotechnologie moléculaire. Par exemple, elle nous permet d'affiner systématiquement les protocoles de manipulation des molécules, d'étudier les orientations intermoléculaires ou même de fabriquer des structures supramoléculaires complexes.Le principal avantage de cette technique réside dans son caractère intuitif. L'expérimentateur rompt avec la programmation automatique des trajectoires de la pointe. Et s'engage directement dans le processus de manipulation.Étendre la manipulation des molécules à la troisième dimension et les détacher de la surface ouvre de nombreuses nouvelles possibilités, mais en même temps, la nécessité d'un contrôle de visualisation en 3D émerge inévitablement. Installez le microscope à sonde locale fonctionnant à basse température, piloté en 3D par la main de l'expérimentateur, à l'aide d'un système de capture de mouvement tel que décrit dans le protocole textuel. Préparez également un échantillon

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Un nouveau système de calcul comprenant une simulation de dynamique moléculaire accélérée par GPU et la visualisation, l’analyse et la manipulation 3D/VR de nanostructures a été mis en œuvre, représentant une nouvelle approche pour faire progresser la recherche sur les matériaux et promouvoir des investigations innovantes et des méthodes alternatives pour en savoir plus sur les structures de matériaux dont les dimensions sont invisibles à l’œil humain.

Roman 3D / VR environnement interactif pour MD simulations, visualisation et d&#39;analyse

Nous décrivons ici l'instrumentation et des méthodes pour la détection de molécules de protéine unique marqués par fluorescence qui interagissent avec une molécule d'ADN unique suspendu entre deux microsphères optiquement piégés.

La combinaison unique molécule manipulation et d&#39;imagerie pour l&#39;étude des interactions protéine-ADN

La nanoscopie à sonde colloïdale peut être utilisée dans une variété de domaines pour mieux comprendre la stabilité physique et la cinétique de coagulation des systèmes colloïdaux et aider à la découverte de médicaments et aux sciences de formulation à l’aide de systèmes biologiques. La méthode décrite ci-dessous fournit un moyen quantitatif et qualitatif d’étudier de tels systèmes.

Examen quantitative et qualitative des interactions entre particules à l&#39;aide de la sonde colloïdale nanoscopie

Une méthode d’étude de la structure d’un photorécepteur protéique à l’aide de la microscopie à force atomique (AFM) est décrite dans cet article. La cartographie quantitative des propriétés nanomécaniques PeakForce (PF-QNM) révèle des dimères de protéines intacts à la surface d’un mica.

Microscopie à force atomique de Red-Light photorécepteurs Utilisation de l&#39;association PeakForce quantitative nanomécanique propriété

Nous présentons un protocole pour la manipulation de vortex individuels dans des films supraconducteurs minces, en utilisant un contact mécanique local. La méthode n’inclut pas l’application de courant, de champ magnétique ou d’étapes de fabrication supplémentaires.

Numérisation Etude SQUID de Vortex Manipulation par contact local

La combinaison de la synthèse assistée par solution et par surface ouvre de nouvelles directions dans la synthèse atomiquement précise de nanostructures. La microscopie à effet tunnel (STM) complétée par la microscopie à force atomique sans contact (nc-AFM) permet une caractérisation détaillée de nano-objets à base de carbone nouvellement conçus et générés.

Visualisation microscopique de nanographènes poreux synthétisés par une combinaison de chimie en solution et de chimie de surface

Ce travail présente un flux de travail pour le suivi de la position atomique dans l’imagerie par microscopie électronique à transmission de résolution atomique. Ce flux de travail est effectué à l’aide d’une application Matlab open source (EASY-STEM).

Suivi de position atomique picomètre-précision par microscopie électronique

Nous présentons ici un protocole pour étudier les propriétés mécaniques intracellulaires de cellules embryonnaires isolées de poisson-zèbre en confinement tridimensionnel avec mesure directe de la force par un piège optique.

Mesures de force directe de la mécanique subcellulaire en confinement à l’aide de pinces optiques

La biochimie visuelle à molécule unique étudiée à travers des chambres microfluidiques est grandement facilitée à l’aide d’un baril en verre, de seringues étanches aux gaz, de connexions stables de tubes aux cellules d’écoulement et d’élimination des bulles en plaçant des vannes de commutation entre les seringues et les tubes. Le protocole décrit deux pièges optiques qui permettent de visualiser les transactions d’ADN et les interactions intermoléculaires.

Utilisation de pincettes optiques doubles et de microfluidique pour les études sur une seule molécule

L’inspection d’échantillons à grande échelle avec une résolution à l’échelle nanométrique a un large éventail d’applications, en particulier pour les plaquettes de semi-conducteurs nanofabriquées. Les microscopes à force atomique peuvent être un excellent outil à cette fin, mais sont limités par leur vitesse d’imagerie. Ce travail utilise des réseaux de porte-à-faux actifs parallèles dans les AFM pour permettre des inspections à haut débit et à grande échelle.

Microscopie à force atomique à sonde active avec réseaux en porte-à-faux quattro-parallèles pour l’inspection d’échantillons à grande échelle à haut débit

Ici, nous montrons le protocole d’imagerie pour l’observation des interactions biomoléculaires avec le tapping photothermique hors résonance (PORT), où nous avons optimisé les paramètres d’imagerie, identifié les limites du système et étudié les améliorations potentielles dans l’imagerie de l’assemblage de motifs d’ADN en étoile à trois points.

Imagerie par microscopie à force atomique à grande vitesse de l’auto-assemblage du motif d’étoile à trois points d’ADN à l’aide d’un tapotement photothermique hors résonance

Découvrez la manipulation manuelle de molécules individuelles par microscope à sonde à balayage avec une interface de réalité virtuelle 3D. Cette méthode intuitive permet d'explorer systématiquement les protocoles de manipulation moléculaire en trois dimensions.

Manipulation de lunité Molécules contrôlée main via un microscope à balayage de la sonde avec une interface de réalité virtuelle 3D (Vidéo) | JoVE Journal

Manipulation de l'unité Molécules contrôlée main via un microscope à balayage de la sonde avec une interface de réalité virtuelle 3D

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