Une approche d’Extraction de métadonnées pour des rapports de cas cliniques permettre Advanced compréhension des Concepts biomédicales

Cette méthode peut aider à répondre aux questions sur les maladies et les pathologies en fournissant une vue structurée sur les symptômes de la maladie, les procédures diagnostiques et thérapeutiques, et les résultats des patients à partir de rapports cliniques sur les cas. Le principal avantage de cette technique est qu’elle peut être appliquée à n’importe quelle cohorte de patients dans la littérature biomédicale. Rendre plus réalisables les études épidémiologiques sur des conditions rares ou émergentes.

Cette méthode rend les workflows d’analyse de texte ultérieurs plus intuitifs et plus faciles à implémenter. En rendant la machine de données textuelles lisible avec de riches métadonnées, nous pouvons établir des rapports cliniques de cas en tant que ressource de données trouvable, accessible, interopérable et réutilisable ou équitable. Au cœur de cette méthode se trouve le modèle de métadonnées utilisé pour extraire toutes les informations cliniques contenues dans les rapports de cas cliniques sélectionnés.

Suivre le flux de travail tel qu’illustré permettra l’assemblage d’un corpus de rapport de cas clinique. Améliorer la capacité de recherche, l’accessibilité, l’interopérabilité et la réutilisation du contenu médical à partir d’un rapport de cas clinique. Inclure des détails contextuels dans chaque domaine plutôt que de fournir des termes uniquement à partir d’un vocabulaire contrôlé.

Omettez les mots et expressions couramment répétés. Dans le modèle d’annotation, fournir des termes spécifiques identifiés dans un document généralement dans son en-tête comme termes clés séparés avec un point-virgule. Fournir des valeurs démographiques.

Plus précisément toutes les déclarations textuelles décrivant les antécédents d’un patient, y compris le sexe et/ou le sexe, l’origine ethnique de l’âge ou la nationalité. Fournir des emplacements géographiques mentionnés dans le récit clinique autres que des adresses d’établissement spécifiques. Fournir des valeurs de style de vie, y compris toutes les déclarations textuelles décrivant les activités fréquentes des patients ou les comportements pertinents à leur santé générale.

Dans la pratique, cela implique souvent des habitudes de consommation de tabac ou d’alcool, mais peut aussi inclure l’exposition au soleil, l’alimentation ou la fréquence de certains types d’activité physique. Fournir des valeurs d’antécédents médicaux se référant aux antécédents familiaux, y compris les déclarations textuelles décrivant les observations cliniques et les événements vécus par les frères et sœurs, les parents et d’autres membres de la famille. Ainsi que des conditions génétiques et des observations négatives.

Fournir des valeurs se référant à l’histoire sociale, y compris les déclarations textuelles décrivant les antécédents des patients qui ne sont pas couverts dans la démographie ou les sections sur le mode de vie. Les déclarations peuvent inclure des antécédents professionnels et des habitudes sociales. Fournir des valeurs se référant aux antécédents médicaux et chirurgicaux des patients, y compris toutes les déclarations textuelles décrivant des observations médicales, des traitements ou d’autres événements qui ont eu lieu avant le début de la présentation clinique.

Préciser une ou plusieurs des 16 catégories suivantes du système de maladies en fonction de celles utilisées dans la classification statistique internationale des maladies et des problèmes de santé connexes, révision 10 comme indiqué dans le tableau. Fournir des détails sur tous les signes et symptômes, y compris les déclarations textuelles décrivant toute observation médicale de signes ou de symptômes à partir de la présentation initiale sur l’apparition, la durée, la gravité ou la résolution des symptômes tels qu’ils sont fournis. Fournir des détails sur les comorbidités, y compris les termes ou expressions décrivant des maladies distinctes présentes au moment de la présentation clinique initiale.

Fournir des détails sur toutes les techniques et procédures diagnostiques, y compris les noms des procédures médicales effectuées à des fins diagnostiques. Comme les examens, les tests et l’imagination. Ainsi que les conditions dans lesquelles les tests ont été effectués et les emplacements anatomiques pertinents.

Mais à l’exclusion des résultats des tests. Fournir des détails sur le diagnostic. Y compris les déclarations textuelles décrivant les diagnostics de la maladie.

Même si le diagnostic final est ambigu. Fournir toutes les valeurs du laboratoire et les résultats des tests. Y compris les noms des tests diagnostiques, leurs valeurs et les conditions dans lesquelles les tests ont été effectués.

L’utilisation de valeurs numériques et qualitatives est acceptable. Fournir des détails sur la pathologie. Y compris les déclarations textuelles décrivant tous les résultats des études de pathologie et d’histologie.

Comme la pathologie brute, l’immunologie ou les études de microscopie. Certains des termes peuvent chevaucher ceux utilisés dans la section des techniques et procédures diagnostiques. Fournir toutes les thérapies pharmacologiques.

Y compris les déclarations textuelles décrivant les thérapies médicamenteuses utilisées au cours du traitement et quand et comment les thérapies ont été arrêtées. En utilisant des termes généraux tels que les antibiotiques ou des noms de médicaments spécifiques. Fournir toutes les procédures interventionnelles.

Y compris les déclarations textuelles décrivant les procédures thérapeutiques utilisées au cours du traitement et quand et comment les procédures ont été arrêtées ainsi que toutes les procédures invasives. L’implantation de dispositifs médicaux ou d’interventions effectuées pour faciliter d’autres thérapies. Fournir les résultats pour les patients.

Y compris les déclarations textuelles décrivant la santé du patient à la fin de la présentation clinique décrite dans le rapport. Y compris les tests de suivi. Ensuite, fournir des comptes de toutes les images diagnostiques, figures, vidéos ou animations et tableaux.

Y compris tous les dénombrements de supports visuels inclus dans le rapport dans le format indiqué. Pour faire la distinction entre les chiffres et les images, comptez les images comme tous les produits du diagnostic clinique. Y compris des photographies, des micro-graphiques, des images rythmiques d’électrocardiogramme ou d’autres produits d’imagerie diagnostique.

Alors que les chiffres doivent être considérés comme toutes les autres images. Généralement, y compris les parcelles de données et les illustrations. Dans ce tableau, des exemples de deux ensembles d’annotations de métadonnées de rapport de cas cliniques complétés sont montrés.

Le premier exemple inclut des données simulées pour illustrer le format idéal de chaque valeur. Tandis que le deuxième exemple contient des valeurs extraites d’un rapport clinique réel publié de cas sur une condition rare ; Acrodermatite Enteropathica. Cette méthode facilite les approches humaines et automatisées de l’annotation des documents cliniques texte gratuit.

En établissant un modèle standard structuré de métadonnées qui garantit que l’information contenue à l’intérieur est à la fois accessible et utile. Les métadonnées générées par cette méthode prend en charge l’analyse de texte en aval, comme la reconnaissance nommée de l’entité. Permettre aux chercheurs d’extraire de l’information sur les signes et les symptômes, les techniques et procédures diagnostiques et les valeurs de laboratoire dans une cohorte de patients représentée dans la littérature biomédicale.