Spatial Profiling of Protein and RNA Expression in Tissue: An Approach to Fine-Tune Virtual Microdissection

Veronica Ibarra-Lopez; Sangeeta Jayakar; Yeqing Angela Yang; Ciara Martin; Zora Modrusan; Sandra Rost

doi:10.3791/62651

Profilage spatial de l’expression des protéines et de l’ARN dans les tissus : une approche pour a...

JoVE Journal
Cancer Research

A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

JoVE Journal Cancer Research

Spatial Profiling of Protein and RNA Expression in Tissue: An Approach to Fine-Tune Virtual Microdissection

Profilage spatial de l’expression des protéines et de l’ARN dans les tissus : une approche pour affiner la microdissection virtuelle

Full Text

5,486 Views

09:19 min

July 6, 2022

DOI: 10.3791/62651-v

Veronica Ibarra-Lopez¹, Sangeeta Jayakar¹, Yeqing Angela Yang², Ciara Martin³, Zora Modrusan², Sandra Rost¹

¹Department of Pathology,Genentech, ²Department of Microchemistry, Proteomics, Lipidomics & Next Generation Sequencing (MPL-NGS),Genentech, ³NanoString Technologies

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

Overview

This protocol guides the selection of regions of interest (ROIs) for spatial omics technologies, enhancing the characterization of tissues and specific cell populations. Automated protocols for ROI selection in proteomics assays improve robustness and reproducibility compared to manual methods.

Key Study Components

Area of Science

Spatial Omics
Proteomics
Transcriptomics

Background

Spatial omics technologies allow for detailed tissue characterization.
Automated protocols enhance the selection process for ROIs.
Using smaller ROIs can improve profiling of specific cell populations.
Fluorescent visualization antibodies are utilized in the process.

Purpose of Study

To refine ROI selection for better analysis of the tumor microenvironment.
To identify specific cell populations within tissues.
To improve the accuracy and reproducibility of spatial omics assays.

Methods Used

Programming the autostainer for fluorescent visualization.
Creating/editing protocols in autostainer software.
Applying automated protocols for ROI selection in proteomics.
Utilizing 50 µm ROIs for transcriptomics assays.

Main Results

Automated protocols yield more consistent ROI selection.
Smaller ROIs allow for targeted profiling of cell populations.
Enhanced characterization of the tumor microenvironment achieved.
Improved reproducibility in proteomics assays noted.

Conclusions

Automated ROI selection is superior to manual methods.
Fine-tuning ROIs can significantly enhance spatial omics analysis.
Future applications may further refine tissue characterization.

Frequently Asked Questions

What are regions of interest (ROIs)?

ROIs are specific areas selected for detailed analysis in spatial omics studies.

How does automated ROI selection improve assays?

It enhances robustness and reproducibility compared to manual selection methods.

What is the significance of using smaller ROIs?

Smaller ROIs allow for more precise profiling of specific cell populations.

What technologies are involved in this protocol?

The protocol involves spatial omics technologies, including proteomics and transcriptomics.

How are fluorescent visualization antibodies used?

They are applied during the programming of the autostainer to visualize specific targets.

What improvements were noted in proteomics assays?

The use of automated protocols led to improved consistency and reproducibility.

Ici, nous décrivons un protocole de réglage fin des régions d’intérêt (ROI) pour les technologies Spatial Omics afin de mieux caractériser le microenvironnement tumoral et d’identifier des populations cellulaires spécifiques. Pour les tests protéomiques, des protocoles personnalisés automatisés peuvent guider la sélection du retour sur investissement, tandis que les tests transcriptomiques peuvent être affinés en utilisant des retours sur investissement aussi petits que 50 μm.

Ce protocole aide à orienter la sélection des régions d’intérêt pour les technologies spatiales omiques, ce qui permet une caractérisation plus ciblée des tissus ou des populations cellulaires. Un protocole automatisé pour la sélection du retour sur investissement dans les tests protéomiques est plus robuste et reproductible que les protocoles manuels, et l’utilisation de ROI de 50 micromètres pour les tests transcriptomiques permet de profiler des populations cellulaires spécifiques. Commencez par programmer l’autocolorant pour appliquer des anticorps de visualisation fluorescente.

Dans le logiciel autostainer, cliquez sur le bouton d’accueil et choisissez Protocoles. Cliquez ensuite sur Créer / Modifier des protocoles et sélectionnez RUO Discovery Universal comme procédure. Cliquez sur Première séquence, puis sélectionnez Déparaffination, puis Deparazation v2.

View the full transcript and gain access to thousands of scientific videos

Explore More Videos

Cancer Research numéro 185 multiplexage ARN protéine cibles automatisation ROI visualisation anticorps sondes protéomique transcriptomique