Optimisation des procédures de prélèvement d’échantillons de biopsie mammaire et de mastectomie pour les applications de biobanque, de médecine personnalisée et de recherche

Le scope vise à améliorer la collecte d’échantillons de cancer pour la biobanque afin de permettre un traitement mieux personnalisé grâce au séquençage d’ARN de haute qualité et à la culture d’organoïdes à partir de tissus du cancer du sein philippins. Les avancées récentes incluent l’utilisation d’organoïdes dérivés des patients et le séquençage à l’ARN pour prédire la réponse au traitement dans le cancer du sein dans un article récent, notamment pour les cas d’invasion lymphovasculaire liée à la résistance aux médicaments. Nous utilisons des biopsies guidées par échographie, un séquençage ARN pour l’estimation du pourcentage de tumeurs et des cultures organoïdes 3D pour analyser précisément les tissus atteints de cancer du sein.

Les principaux défis incluent l’obtention d’ARN de haute qualité à partir de petits échantillons de biopsie, ainsi que les problèmes de qualité pour la préservation des organoïdes. Après avoir commencé avec le cancer du sein, nous explorerons une expression génétique plus large dans une cohorte philippine plus large et utiliserons des organoïdes pour tester des thérapies pour les cancers suivants : les cancers de la thyroïde, de l’ovaire, du pancréas et des cancers rares comme les tumeurs phyllodes. Pour commencer, installez un pistolet à biopsie à aiguille à noyau calibre 14 sous la supervision d’une échographie en consultation externe, en salle d’opération ou dans un autre environnement aseptique.

Pour chaque noyau, prélever un échantillon mammaire d’environ deux centimètres de long depuis le centre de la tumeur et à un centimètre pour le tissu normal adjacent. Prélever deux types d’échantillons, tissu normal et tissu tumoral, de chaque patient. Remettez chaque échantillon à l’assistant de recherche pour le placer dans une boîte de Petri contenant une solution PBS.

Triez les neuf échantillons de tissu tumoral en six noyaux pour l’analyse ARN et trois noyaux pour la biobanque. Coupez chaque cœur dans le sens de la longueur ou en travers à l’aide d’une lame stérile. Placez les trois carottes de tissu normales dans des boîtes de Petri.

Coupez les crottes en deux et allouez-les pour analyse. Distribuez les échantillons entre les tubes selon la priorité. Placez la moitié des cœurs dans des fioles cryo désignées de deux millilitres contenant 1,25 millilitre de solution de stabilisation ARN.

Fixez les autres moitiés dans des fioles contenant du formol tamponné neutre à 10 %. Remplissez et soumettez les formulaires de pathologie chirurgicale avec les échantillons fixés au service de pathologie. Après la mastectomie, placez l’échantillon dans un sac à échantillons propre après la documentation et transportez-le immédiatement au Département des laboratoires de pathologie sans formol afin de réduire le temps d’ischémie froid.

Obtenez un blocage tumoral d’au moins un centimètre cube lors de la grosse et coupez en deux moitiés. Trisectez uniformément le demi-bloc frais pour le séquençage de l’ARN, la biobanque et la culture organoïde. Placez immédiatement le tissu pour le séquençage ARN dans des fioles cryogéniques pré-refroidies et pré-marquées de cinq millilitres, pré-remplies de 2,5 millilitres de solution de stabilisation ARN.

Pour la biobanque, utilisez des fioles cryo de cinq millilitres avec la même solution. Pour la culture organoïde, utilisez des fioles coniques de 15 millilitres, pré-remplies de cinq millilitres de solution de stockage tissulaire et 0,01 millilitre de primocine. Extraire un tiers de tous les blocs tumoraux dans un tube conique.

Prélevez au moins un bloc tissulaire normal d’un centimètre cube et coupez-le en deux pour la biobanque ARN et l’histopathologie de routine. Transférer le bloc tissulaire dans des fioles cryogéniques pré-refroidies et pré-marquées de cinq millilitres, pré-remplies de 2,5 millilitres de solution de stabilisation ARN pour le séquençage et la biobanque d’ARN. Ensuite, sceller toutes les fioles cryo avec du parafilm.

Conserver à quatre degrés Celsius pendant 24 heures. Puis transférez à moins 20 degrés Celsius pendant deux à quatre heures. Et enfin, conservez à moins 80 degrés Celsius.

Scellez les bouchons des fioles cryo avec du parafilm. Placez les fioles cryo scellées dans un support à tube à essai et couvrez-les d’un absorbant et du papier bulle. Placez le support emballé dans un sac refermable avec un enregistreur de température.

Placez les compresses de gel au fond d’une boîte en polystyrène. Ensuite, placez le sac sur les sachets de gel. Mettez une autre couche de sachets gel sur le sachet.

Assurez-vous que les tubes sont entassés entre des sachets de gel pour que les échantillons restent froids pendant le transport. Mettez la boîte en polystyrène fermée dans une boîte en carton et incluez le manifeste dans un sac Ziploc. Scellez et identifiez la boîte pour l’expédition.

Avant la remise par coursier, notez le nombre de fioles et l’heure de départ de la biobanque. Deux échantillons avec des valeurs et concentrations RIN variables ont échoué lors de l’étape de préparation de la bibliothèque lors du séquençage et ont été exclus dans l’analyse finale. Tous les échantillons ont obtenu d’excellents scores de qualité de séquençage, où plus de 90 % des appels de base ont eu une précision d’au moins 99,9 %. L’imagerie en champ clair a montré une formation réussie d’organoïdes à partir des tissus mastectomiques de stade trois du cancer du sein après une thérapie néoadjuvante avec de nombreuses structures sphéroïdiques visibles à faible et haut grossissement.