Name: Flux de travail d’imagerie et d’analyse à haut débit pour l’évaluation des phénotypes et des états de prolifération des cellules cutanées dans des échantillons de tissus (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-31T14:20:00.000+00:00
Duration: 11 min 24 s
Description: Découvrez une méthode d'imagerie multiplex IBEX avec marquage Click-iT EdU pour analyser la prolifération cellulaire dans la peau murine. Ce protocole offre un pipeline open-source accessible sans programmation.

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<ol><li>Eming, S. A., Martin, P., Tomic-Canic, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Wound+repair+and+regeneration%3A+Mechanisms%2C+signaling%2C+and+translation%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Transl+Med%22%5BJournal%5D)">Wound repair and regeneration: Mechanisms, signaling, and translation.</a> Sci Transl Med. 6 (265), 265sr6(2014).</li>
<li>Martin, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Wound+healing+-+aiming+for+perfect+skin+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Wound healing - aiming for perfect skin regeneration.</a> Science. 276 (5309), 75-81 (1997).</li>
<li>Gurtner, G. C., Werner, S., Barrandon, Y., Longaker, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Wound+repair+and+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Wound repair and regeneration.</a> Nature. 453 (7193), 314-321 (2008).</li>
<li>Harsum, S., Clarke, J. D. W., Martin, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+reciprocal+relationship+between+cutaneous+nerves+and+repairing+skin+wounds+in+the+developing+chick+embryo%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">A reciprocal relationship between cutaneous nerves and repairing skin wounds in the developing chick embryo.</a> Dev Biol. 238 (1), 27-39 (2001).</li>
<li>Barker, A. R., Rosson, G. D., Dellon, A. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Wound+healing+in+denervated+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+Plast+Surg%22%5BJournal%5D)">Wound healing in denervated tissue.</a> Ann Plast Surg. 57 (3), 339-342 (2006).</li>
<li>Rinkevich, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clonal+analysis+reveals+nerve-dependent+and+independent+roles+on+mammalian+hind+limb+tissue+maintenance+and+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Clonal analysis reveals nerve-dependent and independent roles on mammalian hind limb tissue maintenance and regeneration.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 111 (27), 9846-9851 (2014).</li>
<li>Donnerer, J., Schuligoi, R., Stein, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Increased+content+and+transport+of+substance+P+and+calcitonin+gene-related+peptide+in+sensory+nerves+innervating+inflamed+tissue%3A+Evidence+for+a+regulatory+function+of+nerve+growth+factor+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Neuroscience%22%5BJournal%5D)">Increased content and transport of substance P and calcitonin gene-related peptide in sensory nerves innervating inflamed tissue: Evidence for a regulatory function of nerve growth factor in vivo.</a> Neuroscience. 49 (3), 693-698 (1992).</li>
<li>Ashrafi, M., Baguneid, M., Bayat, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+role+of+neuromediators+and+innervation+in+cutaneous+wound+healing%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Derm+Venereol%22%5BJournal%5D)">The role of neuromediators and innervation in cutaneous wound healing.</a> Acta Derm Venereol. 96 (5), 587-597 (2016).</li>
<li>Johnston, A. P. W., Naska, S., Jones, K., Jinno, H., Kaplan, D. R., Miller, F. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sox2-mediated+regulation+of+adult+neural+crest+precursors+and+skin+repair%5BTitle%5D)+AND+%22Stem+Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Sox2-mediated regulation of adult neural crest precursors and skin repair.</a> Stem Cell Rep. 1 (1), 38-45 (2013).</li>
<li>Napoli, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+central+role+for+the+ERK-signaling+pathway+in+controlling+Schwann+cell+plasticity+and+peripheral+nerve+regeneration+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Neuron%22%5BJournal%5D)">A central role for the ERK-signaling pathway in controlling Schwann cell plasticity and peripheral nerve regeneration in vivo.</a> Neuron. 73 (4), 729-742 (2012).</li>
<li>Johnston, A. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dedifferentiated+Schwann+cell+precursors+secreting+paracrine+factors+are+required+for+regeneration+of+the+mammalian+digit+tip%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Stem+Cell%22%5BJournal%5D)">Dedifferentiated Schwann cell precursors secreting paracrine factors are required for regeneration of the mammalian digit tip.</a> Cell Stem Cell. 19 (4), 433-448 (2016).</li>
<li>Radtke, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((IBEX%3A+An+iterative+immunolabeling+and+chemical+bleaching+method+for+high-content+imaging+of+diverse+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">IBEX: An iterative immunolabeling and chemical bleaching method for high-content imaging of diverse tissues.</a> Nat Protoc. 17 (2), 378-401 (2022).</li>
<li>Uxa, S., Castillo-Binder, P., Kohler, R., Stangner, K., Müller, G. A., Engeland, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ki-67+gene+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Death+Differ%22%5BJournal%5D)">Ki-67 gene expression.</a> Cell Death Differ. 28 (12), 3357-3370 (2021).</li>
<li>Sun, X., Kaufman, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ki-67%3A+More+than+a+proliferation+marker%5BTitle%5D)+AND+%22Chromosoma%22%5BJournal%5D)">Ki-67: More than a proliferation marker.</a> Chromosoma. 127 (2), 175-186 (2018).</li>
<li>Peng, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+BaSiC+tool+for+background+and+shading+correction+of+optical+microscopy+images%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">A BaSiC tool for background and shading correction of optical microscopy images.</a> Nat Commun. 8 (1), 14836(2017).</li>
<li>Chalfoun, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MIST%3A+Accurate+and+scalable+microscopy+image+stitching+tool+with+stage+modeling+and+error+minimization%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">MIST: Accurate and scalable microscopy image stitching tool with stage modeling and error minimization.</a> Sci Rep. 7 (1), 4358(2017).</li>
<li>Schindelin, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fiji%3A+An+open-source+platform+for+biological-image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Fiji: An open-source platform for biological-image analysis.</a> Nat Methods. 9 (7), 676-682 (2012).</li>
<li>Bankhead, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((QuPath%3A+Open+source+software+for+digital+pathology+image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">QuPath: Open source software for digital pathology image analysis.</a> Sci Rep. 7 (1), 16878(2017).</li>
<li>Parfejevs, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Injury-activated+glial+cells+promote+wound+healing+of+the+adult+skin+in+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Injury-activated glial cells promote wound healing of the adult skin in mice.</a> Nat Commun. 8 (1), 14396(2018).</li>
<li>Peña, O. A., Martin, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cellular+and+molecular+mechanisms+of+skin+wound+healing%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Cellular and molecular mechanisms of skin wound healing.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 25 (8), 599-616 (2024).</li>
<li>Eming, S. A., Wynn, T. A., Martin, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inflammation+and+metabolism+in+tissue+repair+and+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Inflammation and metabolism in tissue repair and regeneration.</a> Science. 356 (6342), 1026-1030 (2017).</li>
<li>Dowsett, M., Dunbier, A. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Emerging+biomarkers+and+new+understanding+of+traditional+markers+in+personalized+therapy+for+breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Emerging biomarkers and new understanding of traditional markers in personalized therapy for breast cancer.</a> Clin Cancer Res. 14 (24), 8019-8026 (2008).</li>
<li>Dowsett, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assessment+of+Ki67+in+breast+cancer%3A+Recommendations+from+the+International+Ki67+in+Breast+Cancer+Working+Group%5BTitle%5D)+AND+%22J+Natl+Cancer+Inst%22%5BJournal%5D)">Assessment of Ki67 in breast cancer: Recommendations from the International Ki67 in Breast Cancer Working Group.</a> J Natl Cancer Inst. 103 (22), 1656-1664 (2011).</li>
<li>Gerdes, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Prognostic+relevance+of+tumour-cell+growth+fraction+in+malignant+non-Hodgkin%27s+lymphomas%5BTitle%5D)+AND+%22Lancet%22%5BJournal%5D)">Prognostic relevance of tumour-cell growth fraction in malignant non-Hodgkin's lymphomas.</a> Lancet. 330 (8556), 448-449 (1987).</li>
<li>Hickey, J. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+mapping+of+protein+composition+and+tissue+organization%3A+A+primer+for+multiplexed+antibody-based+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Spatial mapping of protein composition and tissue organization: A primer for multiplexed antibody-based imaging.</a> Nat Methods. 19 (3), 284-295 (2021).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Anticorps et réactifs & nbsp ;</td><td>SOURCE</td><td>IDENTIFICATEUR</td><td>Commentaires</td></tr><tr><td>< fort>Anticorps </forts ></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>CD31 Alexa Fluor 647 (Cycle 2)&nbsp ;</td><td>BioLegend</td><td>Cat#102516</td><td>1:100</td></tr><tr><td>AB_2161029</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>CD45 Alexa Fluor 488 (Cycle 2)&nbsp ;</td><td>BioLegend</td><td>Cat#103122</td><td>1:100</td></tr><tr><td>AB_493531</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Ki-67 FITC (Cycle 1) & nbsp ;</td><td>BioLegend</td><td>Cat#151212</td><td>1:50</td></tr><tr><td>AB_2814055</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Poulet Ki-67 (CK)</td><td>LSBio</td><td>Cat#LS-C772946</td><td>1:800</td></tr><tr><td>Ki-67 rat (rt) & nbsp ;</td><td>BioLegend</td><td>Cat#652402</td><td>1:100</td></tr><tr><td>AB_11204254</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Neurofilament H & M (NF-H/NF-M) Alexa Fluor 647 (Cycle 3)&nbsp ;</td><td>BioLegend&nbsp ;</td><td>Cat#837710</td><td>1:300</td></tr><tr><td>AB_2734613</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>p75NTR (Cycle 1)&nbsp ;</td><td>Technologie de signalisation cellulaire</td><td>Cat#8238&nbsp ; &nbsp ; &nbsp ; &nbsp ; &nbsp ; &nbsp ; &nbsp ; &nbsp ; &nbsp ; &nbsp ; &nbsp ; &nbsp ; &nbsp ; &nbsp ; &nbsp ; &nbsp ; &nbsp ; &nbsp ; &nbsp ; &nbsp ; &nbsp ; &nbsp ; AB_10839265</td><td>1:1500</td></tr><tr><td>Vimentin Alexa Fluor 488 (Cycle 3)&nbsp ;</td><td>BioLegend</td><td>Cat#699305</td><td>1:100</td></tr><tr><td>AB_2888889</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Alexa Fluor 647 anti-lapin d’âne</td><td>Jackson ImmunoResearch</td><td>Cat#711-605-152</td><td></td></tr><tr><td><fort>Réactifs</fort>&nbsp ;</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Plaque inférieure en verre Cellvis à 24 puits</td><td>Cellvis&nbsp ;</td><td>P24-1.5H-N</td><td></td></tr><tr><td>Gélatine à l’alun chromé</td><td>Approvisionnement des nouveaux arrivants</td><td>Cat#1033A</td><td></td></tr><tr><td>Kit&nbsp ; Click-iT EdU</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>C10637</td><td></td></tr><tr><td>Hoechst 33342</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Cat#14533 ; CAS# 23491-52-3</td><td></td></tr><tr><td>LiBH4, Lithium Borohydrure, 95 %</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Cat#10438443</td><td></td></tr><tr><td>Tissu-Tek Composé O.C.T Sakura</td><td>Biosystèmes Suisse</td><td>Cat#7109-4583</td><td></td></tr><tr><td>PBS</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Cat#10010-015</td><td></td></tr><tr><td>Lames de microscope Superfrost Plus Adhérences &nbsp ;</td><td>Epredia</td><td>Cat#J1800AMNZ</td><td></td></tr><tr><td>Triton X-100</td><td>Sigma-Aldrich & nbsp ;</td><td>Cat#T8787</td><td></td></tr><tr><td><Fort>Équipement</Solide></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Brosse à cheveux & nbsp ;</td><td>Faust AG</td><td>Cat#9172051 et 9172050</td><td></td></tr><tr><td>Lames microtomes &nbsp ;</td><td>Biosystèmes Suisse</td><td>Cat#207500011</td><td></td></tr><tr><td>Microscope</td><td>Dispositifs moléculaires, ImageXpress Confocal HT.ai</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Four & nbsp ;</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Cat#HBMCR4220</td><td></td></tr><tr><td>Vibrateur à bascule</td><td>Edmund B&uuml ; hler GmbH</td><td>Cat#32310015</td><td></td></tr></tbody></table>

flux de travail d’imagerie et d’analyse à haut débit pour l’évaluation des phénotypes et des états de prolifération des cellules cutanées dans des échantillons de tissus

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Flux de travail d’imagerie et d’analyse à haut débit pour l’évaluation des phénotypes et des états de prolifération des cellules cutanées dans des échantillons de tissus

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