Name: In vivo Suivi de l’activité transcriptionnelle pendant la transition métabolique à l’aide d’un rapporteur bioluminescent chez la levure (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-02-21T15:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 53 s
Description: Découvrez le suivi de l'activité transcriptionnelle chez Saccharomyces eubayanus à l'aide d'un rapporteur bioluminescent. Cette méthode permet d'analyser en temps réel les adaptations métaboliques lors de la transition glucose-maltose.

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<ol><li>Salinas, F., Rojas, V., Delgado, V., López, J., Agosin, E., Larrondo, L. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fungal+light-oxygen-voltage+domains+for+optogenetic+control+of+gene+expression+and+flocculation+in+yeast%5BTitle%5D)+AND+%22mBio%22%5BJournal%5D)">Fungal light-oxygen-voltage domains for optogenetic control of gene expression and flocculation in yeast.</a> mBio. 9 (4), e00626-e00718 (2018).</li>
<li>Jacob, F., Monod, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+regulatory+mechanisms+in+the+synthesis+of+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Genetic regulatory mechanisms in the synthesis of proteins.</a> J Mol Biol. 3, 318-356 (1961).</li>
<li>Perez-Samper, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Crabtree+Effect+shapes+the+Saccharomyces+cerevisiae+lag+phase+during+the+switch+between+different+carbon+sources%5BTitle%5D)+AND+%22mBio%22%5BJournal%5D)">The Crabtree Effect shapes the Saccharomyces cerevisiae lag phase during the switch between different carbon sources.</a> mBio. 9 (5), e01331-e01418 (2018).</li>
<li>Vermeersch, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((On+the+duration+of+the+microbial+lag+phase%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Genet%22%5BJournal%5D)">On the duration of the microbial lag phase.</a> Curr Genet. 65 (3), 721-727 (2019).</li>
<li>New, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Different+levels+of+catabolite+repression+optimize+growth+in+stable+and+variable+environments%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Biol%22%5BJournal%5D)">Different levels of catabolite repression optimize growth in stable and variable environments.</a> PLoS Biol. 12 (1), e1001764(2014).</li>
<li>Molinet, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Natural+variation+in+diauxic+shift+between+Patagonian+Saccharomyces+eubayanus+Strains%5BTitle%5D)+AND+%22mSystems%22%5BJournal%5D)">Natural variation in diauxic shift between Patagonian Saccharomyces eubayanus Strains.</a> mSystems. 7 (6), e0064022(2022).</li>
<li>Libkind, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbe+domestication+and+the+identification+of+the+wild+genetic+stock+of+lager-brewing+yeast%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">Microbe domestication and the identification of the wild genetic stock of lager-brewing yeast.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 108 (35), 14539-14544 (2011).</li>
<li>Peris, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complex+ancestries+of+lager-brewing+hybrids+were+shaped+by+standing+variation+in+the+wild+yeast+Saccharomyces+eubayanus%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genet%22%5BJournal%5D)">Complex ancestries of lager-brewing hybrids were shaped by standing variation in the wild yeast Saccharomyces eubayanus.</a> PLoS Genet. 12 (7), e1006155(2016).</li>
<li>Mardones, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+profiling+of+beer+wort+fermentation+diversity+across+natural+Saccharomyces+eubayanus+isolates%5BTitle%5D)+AND+%22Microb+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Molecular profiling of beer wort fermentation diversity across natural Saccharomyces eubayanus isolates.</a> Microb Biotechnol. 13 (4), 1012-1025 (2020).</li>
<li>Brickwedde, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((physiological+and+regulatory+analysis+of+maltose+transporter+genes+in+Saccharomyces+eubayanus+CBS+12357T%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">physiological and regulatory analysis of maltose transporter genes in Saccharomyces eubayanus CBS 12357T.</a> Front Microbiol. 9, 1786(2018).</li>
<li>Brouwers, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+recombination+of+Saccharomyces+eubayanus+maltose-transporter+genes+yields+a+chimeric+transporter+that+enables+maltotriose+fermentation%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genet%22%5BJournal%5D)">In vivo recombination of Saccharomyces eubayanus maltose-transporter genes yields a chimeric transporter that enables maltotriose fermentation.</a> PLoS Genet. 15 (4), e1007853(2019).</li>
<li>Meurer, M., Chevyreva, V., Cerulus, B., Knop, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+regulatable+MAL32+promoter+in+Saccharomyces+cerevisiae%3A+characteristics+and+tools+to+facilitate+its+use%5BTitle%5D)+AND+%22Yeast%22%5BJournal%5D)">The regulatable MAL32 promoter in Saccharomyces cerevisiae: characteristics and tools to facilitate its use.</a> Yeast. 34 (1), 39-49 (2017).</li>
<li>Mashruwala, A. A., Boyd, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((De+novo+assembly+of+plasmids+using+yeast+recombinational+cloning%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">De novo assembly of plasmids using yeast recombinational cloning.</a> Methods Mol Biol. 1373, 33-41 (2016).</li>
<li>Sikorski, R. S., Hieter, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+system+of+shuttle+vectors+and+yeast+host+strains+designed+for+efficient+manipulation+of+DNA+in+Saccharomyces+cerevisiae%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">A system of shuttle vectors and yeast host strains designed for efficient manipulation of DNA in Saccharomyces cerevisiae.</a> Genetics. 122 (1), 19-27 (1989).</li>
<li>Gietz, R. D., Schiestl, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-efficiency+yeast+transformation+using+the+LiAc%2FSS+carrier+DNA%2FPEG+method%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">High-efficiency yeast transformation using the LiAc/SS carrier DNA/PEG method.</a> Nat Protoc. 2 (1), 31-34 (2007).</li>
<li>Baker, E. P., Hittinger, C. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evolution+of+a+novel+chimeric+maltotriose+transporter+in+Saccharomyces+eubayanus+from+parent+proteins+unable+to+perform+this+function%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genet%22%5BJournal%5D)">Evolution of a novel chimeric maltotriose transporter in Saccharomyces eubayanus from parent proteins unable to perform this function.</a> PLoS Genet. 15 (4), e1007786(2019).</li>
<li>Nespolo, R. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+Out-of-Patagonia+migration+explains+the+worldwide+diversity+and+distribution+of+Saccharomyces+eubayanus+lineages%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genet%22%5BJournal%5D)">An Out-of-Patagonia migration explains the worldwide diversity and distribution of Saccharomyces eubayanus lineages.</a> PLoS Genet. 16 (5), e1008777(2020).</li>
<li>Hohnholz, R., Pohlmann, K. J., Achstetter, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Impact+of+plasmid+architecture+on+stability+and+yEGFP3+reporter+gene+expression+in+a+set+of+isomeric+multicopy+vectors+in+yeast%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Impact of plasmid architecture on stability and yEGFP3 reporter gene expression in a set of isomeric multicopy vectors in yeast.</a> Appl Microbiol Biotechnol. 101 (23-24), 8455-8463 (2017).</li>
<li>Wu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Engineering+an+efficient+expression+using+heterologous+GAL+promoters+and+transcriptional+activators+in+Saccharomyces+cerevisiae%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Synth+Biol%22%5BJournal%5D)">Engineering an efficient expression using heterologous GAL promoters and transcriptional activators in Saccharomyces cerevisiae.</a> ACS Synth Biol. 12 (6), 1859-1867 (2023).</li>
<li>Calvey, C. H., Willis, L. B., Jeffries, T. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+optimized+transformation+protocol+for+Lipomyces+starkeyi%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Genet%22%5BJournal%5D)">An optimized transformation protocol for Lipomyces starkeyi.</a> Curr Genet. 60 (3), 223-230 (2014).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Ampicilline, sel de sodium</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>11593027</td><td></td></tr><tr><td>D-Glucose</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>G8270</td><td></td></tr><tr><td>DpnI</td><td>New England Biolabs</td><td>R0176S</td><td></td></tr><tr><td>EcoRI</td><td>New England Biolabs</td><td>R0101S</td><td></td></tr><tr><td>Hygromycine B</td><td>Gold Biotechnology</td><td>H-270-1</td><td></td></tr><tr><td>L-Luciferine</td><td>Gold Biotechnologie</td><td>L-127-10</td><td></td></tr><tr><td>Maltose monohydrate</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>47288</td><td></td></tr><tr><td>Phusion Plus PCR Master Mix</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>F631S</td><td></td></tr><tr><td>Tecan Infinite 200 PRO M</td><td>Tecan</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Wizard Plus SV Minipreps Système de purification d’ADN</td><td>Promega</td><td>A1330</td><td></td></tr><tr><td>XhoI</td><td>New England Biolabs</td><td>R0146S</td><td></td></tr><tr><td>Zymoprep Levure Plasmide Miniprep I</td><td>Zymo Research</td><td>D2001</td><td></td></tr></tbody></table>

in vivo suivi de l’activité transcriptionnelle pendant la transition métabolique à l’aide d’un rapporteur bioluminescent chez la levure

In Vivo Monitoring of Transcriptional Activity During Metabolic Transition Using a Bioluminescent Reporter in Yeast

Les résultats suivants démontrent l’utilisabilité du rapporteur luminescent nouvellement construit pour surveiller la transition du glucose au maltose dans les cellules de levure dans un processus de fermentation. Les plasmides rapporteurs sont initialement assemblés à l’aide d’un clonage recombinatoire de levure13 pour générer des constructions rapporteures épisomiques. Ce processus nécessite le chevauchement de séquences nucléotidiques d’au moins 30 nucléotides entre les différents amplicons, to...

In vivo Suivi de l’activité transcriptionnelle pendant la transition métabolique à l’aide d’un rapporteur bioluminescent chez la levure

Sequential sugar consumption, from a preferred sugar source to a less preferred one, represents a critical metabolic adaptation in yeast, which is ...

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Génétique

Ici, nous décrivons les méthodes pour construire, visualiser et quantifier les réactions bioluminescentes à la fois luciole et la luciférase Renilla enzymes exprimées en cellules cancéreuses mammaires métastatiques au cours de leur croissance et les...

In vivo double Substrat Bioluminescent Imaging

Horloges circadiennes fonctionner dans des cellules individuelles, c'est à dire qu'ils sont des cellules autonomes. Ici, nous décrivons les méthodes pour générer des modèles d'horloge cellules autonomes utilisant des méthodes non-invasives, la luciférase technologie basée sur la bioluminescence en temps réel. Cellules Reporter fournir traitables, des systèmes de modèles fonctionnels pour l'étude de la biologie circadienne.

Surveillance de cellules autonomes Rythmes horloge circadienne de l&#39;expression génique par Reporters Bioluminescence luciférase

Ce protocole décrit une méthode expérimentale pour effectuer...

Visualisation et d&#39;analyse de molécules d&#39;ARNm par fluorescence<em&gt; In Situ</em&gt; Hybridation dans<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em

Nous décrivons l'utilisation de deux ratiométriques, biocapteurs génétiquement codés, qui sont fondés sur la GFP, pour surveiller l'état redox mitochondrial et les niveaux d'ATP à une résolution subcellulaire dans les cellules de levure vivantes.

Biosensors Ratiométrique qui mesurent l&#39;état redox mitochondrial et de l&#39;ATP dans les cellules vivantes de levure

Deux méthodes complémentaires basées sur la cytométrie en flux et la microscopie sont présentées qui permettent la quantification, au niveau de la cellule unique, de la dynamique de l'expression génique induits par l'activation d'une voie de MAPK dans la levure.

Quantification temporelle d&#39;expression MAPK induite en simples cellules de levure

Ce protocole décrit une procédure expérimentale pour la construction rapide des facteurs de transcription artificiels (atfs) avec les journalistes de la GFP apparentées et la quantification de la capacité des carburants de remplacement à stimuler l'expression de la GFP par cytométrie de flux.

Synthèse rapide et le dépistage de facteurs de transcription activés chimiquement avec Reporters base GFP

Un protocole est décrit pour la détection in vivo des effets des inhibiteurs mitochondriaux dans l’organisme modèle Caenorhabditis elegans et pour l’identification de composés potentiellement améliorants. Ce protocole peut être utilisé pour cribler les bibliothèques de médicaments à la recherche de composés modulant la fonction mitochondriale.

Un criblables<em&gt; In Vivo</em&gt; Essai de modulateurs mitochondriale utilisant transgénique Bioluminescent<em&gt; Caenorhabditis elegans</em

Un test de bioluminescence in vitro afin de déterminer des rythme circadien cellulaire dans les cellules épithéliales mammaires est présenté. Cette méthode utilise des plasmides de journaliste de cellules de mammifères exprimant déstabilisé luciférase sous le contrôle du promoteur du gène de la période 2 . Il peut être adapté à d’autres types de cellules pour évaluer les effets spécifiques sur le rythme circadien.

In Vitro Test de bioluminescence pour caractériser le rythme circadien dans les cellules épithéliales mammaires

Nous présentons ici un protocole utilisant RNA-seq pour surveiller les niveaux d’ARNm au fil du temps au cours de la réponse à l’hypoxie des cellules de S. cerevisiae . Cette méthode peut être adaptée pour analyser l’expression des gènes au cours de toute réaction cellulaire.

Mesurer les niveaux d’ARNm au fil du temps au cours de la levure s. cerevisiae réponse à l’hypoxie

Les cellules neurales de tige/progéniteur montrent la dynamique diverse d'expression des composants de signalisation de notch qui mènent aux résultats différents des événements cellulaires. Une telle expression dynamique peut être révélée par une surveillance en temps réel, et non par une analyse statique, à l'aide d'un système d'imagerie de bioluminescence très sensible qui permet de visualiser des changements rapides dans les expressions génétiques.

Imagerie en temps réel de bioluminescence de la dynamique de signalisation d'encoche pendant la neurogenèse de Murine

Les rythmes circadiens, qui existent dans la plupart des organismes, régulent l’organisation temporelle des processus biologiques. Les organoïdes 3D sont récemment apparus comme un modèle in vitro physiologiquement pertinent. Ce protocole décrit l’utilisation de rapporteurs bioluminescents pour observer les rythmes circadiens dans les organoïdes, permettant ainsi d’étudier in vitro les rythmes circadiens dans les systèmes multicellulaires.

Surveillance des oscillations circadiennes à l’aide d’un rapporteur de bioluminescence dans les organoïdes

Découvrez le suivi de l'activité transcriptionnelle chez Saccharomyces eubayanus à l'aide d'un rapporteur bioluminescent. Cette méthode permet d'analyser en temps réel les adaptations métaboliques lors de la transition glucose-maltose.

In vivo Suivi de l’activité transcriptionnelle pendant la transition métabolique à l’aide d’un rapporteur bioluminescent chez la levure (Vidéo) | JoVE Journal

In vivo Suivi de l’activité transcriptionnelle pendant la transition métabolique à l’aide d’un rapporteur bioluminescent chez la levure

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