Name: Cartographie moléculaire à double modalité : intégration de la détection multiplex de l’ARNm avec la cytométrie de masse par imagerie protéique (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-11-14T12:45:00.000+00:00
Duration: 6 min 51 s
Description: Découvrez la cartographie moléculaire à double modalité combinant détection multiplex de l'ARNm et cytométrie de masse par imagerie protéique sur tissus FFPE. Cette méthode permet d'identifier de nouvelles cibles thérapeutiques et biomarqueurs pour le cancer de l'ovaire.

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<ol><li>Cai, S., Allam, M., Coskun, A. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplex+spatial+bioimaging+for+combination+therapy+design%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Cancer%22%5BJournal%5D)">Multiplex spatial bioimaging for combination therapy design.</a> Trends Cancer. 6 (10), 813-818 (2020).</li>
<li>Lu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+biomarker+modalities+for+predicting+response+to+PD-1%2FPD-L1+checkpoint+blockade%3A+a+systematic+review+and+meta-analysis%5BTitle%5D)+AND+%22JAMA+Oncol%22%5BJournal%5D)">Comparison of biomarker modalities for predicting response to PD-1/PD-L1 checkpoint blockade: a systematic review and meta-analysis.</a> JAMA Oncol. 5 (8), 1195-1204 (2019).</li>
<li>Parolini, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microplastic+contamination+in+snow+from+western+Italian+Alps%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Environ+Res+Public+Health%22%5BJournal%5D)">Microplastic contamination in snow from western Italian Alps.</a> Int J Environ Res Public Health. 18 (2), 768(2021).</li>
<li>Carstens, J. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stabilized+epithelial+phenotype+of+cancer+cells+in+primary+tumors+leads+to+increased+colonization+of+liver+metastasis+in+pancreatic+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Stabilized epithelial phenotype of cancer cells in primary tumors leads to increased colonization of liver metastasis in pancreatic cancer.</a> Cell Rep. 35 (2), 108990(2021).</li>
<li>Allam, M., Cai, S., Coskun, A. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplex+bioimaging+of+single-cell+spatial+profiles+for+precision+cancer+diagnostics+and+therapeutics%5BTitle%5D)+AND+%22NPJ+Precis+Oncol%22%5BJournal%5D)">Multiplex bioimaging of single-cell spatial profiles for precision cancer diagnostics and therapeutics.</a> NPJ Precis Oncol. 4 (1), 1-12 (2020).</li>
<li>Ferri-Borgogno, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((metabolic%2C+and+subcellular+mapping+of+the+tumor+immune+microenvironment+via+3D+targeted+and+non-targeted+multiplex+multi-omics+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">metabolic, and subcellular mapping of the tumor immune microenvironment via 3D targeted and non-targeted multiplex multi-omics analyses.</a> Cancers (Basel). 16 (5), 846(2024).</li>
<li>Schulz, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simultaneous+multiplexed+imaging+of+mRNA+and+proteins+with+subcellular+resolution+in+breast+cancer+tissue+samples+by+mass+cytometry%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Syst%22%5BJournal%5D)">Simultaneous multiplexed imaging of mRNA and proteins with subcellular resolution in breast cancer tissue samples by mass cytometry.</a> Cell Syst. 6 (1), 25-36.e25 (2018).</li>
<li>Kochan, J., Wawro, M., Kasza, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simultaneous+detection+of+mRNA+and+protein+in+single+cells+using+immunofluorescence-combined+single-molecule+RNA+FISH%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechniques%22%5BJournal%5D)">Simultaneous detection of mRNA and protein in single cells using immunofluorescence-combined single-molecule RNA FISH.</a> Biotechniques. 59 (4), 209-221 (2015).</li>
<li>Ferri-Borgogno, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+transcriptomics+depict+ligand-receptor+cross-talk+heterogeneity+at+the+tumor-stroma+interface+in+long-term+ovarian+cancer+survivors%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Spatial transcriptomics depict ligand-receptor cross-talk heterogeneity at the tumor-stroma interface in long-term ovarian cancer survivors.</a> Cancer Res. 83 (9), 1503-1516 (2023).</li>
<li>Mok, S. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+gene+signature+predictive+for+outcome+in+advanced+ovarian+cancer+identifies+a+survival+factor%3A+microfibril-associated+glycoprotein+2%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Cell%22%5BJournal%5D)">A gene signature predictive for outcome in advanced ovarian cancer identifies a survival factor: microfibril-associated glycoprotein 2.</a> Cancer Cell. 16 (6), 521-532 (2009).</li>
<li>Yeung, T. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Anticancer+immunotherapy+by+MFAP5+blockade+inhibits+fibrosis+and+enhances+chemosensitivity+in+ovarian+and+pancreatic+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Anticancer immunotherapy by MFAP5 blockade inhibits fibrosis and enhances chemosensitivity in ovarian and pancreatic cancer.</a> Clin Cancer Res. 25 (21), 6417-6428 (2019).</li>
<li>Ogura, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interleukin-17+promotes+autoimmunity+by+triggering+a+positive-feedback+loop+via+interleukin-6+induction%5BTitle%5D)+AND+%22Immunity%22%5BJournal%5D)">Interleukin-17 promotes autoimmunity by triggering a positive-feedback loop via interleukin-6 induction.</a> Immunity. 29 (4), 628-636 (2008).</li>
<li>Murakami, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Local+microbleeding+facilitates+IL-6-+and+IL-17-dependent+arthritis+in+the+absence+of+tissue+antigen+recognition+by+activated+T+cells%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Med%22%5BJournal%5D)">Local microbleeding facilitates IL-6- and IL-17-dependent arthritis in the absence of tissue antigen recognition by activated T cells.</a> J Exp Med. 208 (1), 103-114 (2011).</li>
<li>Hou, W., Jin, Y. -H., Kang, H. S., Kim, B. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interleukin-6+%28IL-6%29+and+IL-17+synergistically+promote+viral+persistence+by+inhibiting+cellular+apoptosis+and+cytotoxic+T+cell+function%5BTitle%5D)+AND+%22J+Virol%22%5BJournal%5D)">Interleukin-6 (IL-6) and IL-17 synergistically promote viral persistence by inhibiting cellular apoptosis and cytotoxic T cell function.</a> J Virol. 88 (15), 8479-8489 (2014).</li>
<li>Geskin, L. J., Viragova, S., Stolz, D. B., Fuschiotti, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interleukin-13+is+overexpressed+in+cutaneous+T-cell+lymphoma+cells+and+regulates+their+proliferation%5BTitle%5D)+AND+%22Blood%22%5BJournal%5D)">Interleukin-13 is overexpressed in cutaneous T-cell lymphoma cells and regulates their proliferation.</a> Blood. 125 (18), 2798-2805 (2015).</li>
<li>Aspord, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Breast+cancer+instructs+dendritic+cells+to+prime+interleukin+13-secreting+CD4%2B+T+cells+that+facilitate+tumor+development%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Med%22%5BJournal%5D)">Breast cancer instructs dendritic cells to prime interleukin 13-secreting CD4+ T cells that facilitate tumor development.</a> J Exp Med. 204 (5), 1037-1047 (2007).</li>
<li>Votava, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+expression+profiles+of+CD47+in+the+tumor+microenvironment+of+salivary+gland+cancers%3A+a+next+step+in+histology-driven+immunotherapy%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Cancer%22%5BJournal%5D)">The expression profiles of CD47 in the tumor microenvironment of salivary gland cancers: a next step in histology-driven immunotherapy.</a> BMC Cancer. 22 (1), 1-12 (2022).</li>
<li>Liu, X., Kwon, H., Li, Z., Fu, Y. X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Is+CD47+an+innate+immune+checkpoint+for+tumor+evasion%5BTitle%5D)+AND+%22J+Hematol+Oncol%22%5BJournal%5D)">Is CD47 an innate immune checkpoint for tumor evasion.</a> J Hematol Oncol. 10 (1), 1-10 (2017).</li>
<li>Salerno, F., Guislain, A., Cansever, D., Wolkers, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TLR-mediated+innate+production+of+IFN-%CE%B3+by+CD8%2B+T+cells+is+independent+of+glycolysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Immunol%22%5BJournal%5D)">TLR-mediated innate production of IFN-γ by CD8+ T cells is independent of glycolysis.</a> J Immunol. 196 (9), 3695-3705 (2016).</li>
<li>Kalia, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Prolonged+interleukin-2R%CE%B1+expression+on+virus-specific+CD8%2B+T+cells+favors+terminal-effector+differentiation+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Immunity%22%5BJournal%5D)">Prolonged interleukin-2Rα expression on virus-specific CD8+ T cells favors terminal-effector differentiation in vivo.</a> Immunity. 32 (1), 91-103 (2010).</li>
<li>Cancino-Díaz, J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interleukin-13+receptor+in+psoriatic+keratinocytes%3A+overexpression+of+the+mRNA+and+underexpression+of+the+protein%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Interleukin-13 receptor in psoriatic keratinocytes: overexpression of the mRNA and underexpression of the protein.</a> J Invest Dermatol. 119 (5), 1114-1120 (2002).</li>
<li>Wang, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNAscope%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Diagn%22%5BJournal%5D)">RNAscope.</a> J Mol Diagn. 14 (1), 22-29 (2012).</li>
<li>Marlin, M. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+novel+process+for+H%26E%2C+immunofluorescence%2C+and+imaging+mass+cytometry+on+a+single+slide+with+a+concise+analytics+pipeline%5BTitle%5D)+AND+%22Cytometry+A%22%5BJournal%5D)">A novel process for H&E, immunofluorescence, and imaging mass cytometry on a single slide with a concise analytics pipeline.</a> Cytometry A. 103 (12), 1010-1018 (2023).</li>
<li>Pemberton, J., Kala, S., Dikshit, A., Hupple, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regular+and+young+investigator+award+abstracts%5BTitle%5D)+AND+%22Thorax%22%5BJournal%5D)">Regular and young investigator award abstracts.</a> Thorax. 72 (Suppl 3), A1654(2017).</li>
<li>Hu, K., Harman, A., Baharlou, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Imaging+mass+cytometry+for+in+situ+immune+profiling%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Imaging mass cytometry for in situ immune profiling.</a> Methods Mol Biol. 2779, 407-423 (2024).</li>
<li>Chevrier, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Compensation+of+signal+spillover+in+suspension+and+imaging+mass+cytometry%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Syst%22%5BJournal%5D)">Compensation of signal spillover in suspension and imaging mass cytometry.</a> Cell Syst. 6 (5), 612-620.e15 (2018).</li>
<li>Shi, S. R., Imam, S. A., Young, L., Cote, R. J., Taylor, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antigen+retrieval+immunohistochemistry+under+the+influence+of+pH+using+monoclonal+antibodies%5BTitle%5D)+AND+%22J+Histochem+Cytochem%22%5BJournal%5D)">Antigen retrieval immunohistochemistry under the influence of pH using monoclonal antibodies.</a> J Histochem Cytochem. 43 (2), 193-201 (1995).</li>
<li>Duncan, J. S., Elliott, K. L., Kersigo, J., Gray, B., Fritzsch, B. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aDuncan%2C+JS+%22In+situ+hybridization+methods%22">In situ hybridization methods</a>. , Springer. New York, NY. (2015).</li>
<li>Rivest, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fully+automated+sequential+immunofluorescence+%28seqIF%29+for+hyperplex+spatial+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Fully automated sequential immunofluorescence (seqIF) for hyperplex spatial proteomics.</a> Sci Rep. 13 (1), 1-12 (2023).</li>
<li>Sans, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+transcriptomics+of+intraductal+papillary+mucinous+neoplasms+of+the+pancreas+identifies+NKX6-2+as+a+driver+of+gastric+differentiation+and+indolent+biological+potential%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Discov%22%5BJournal%5D)">Spatial transcriptomics of intraductal papillary mucinous neoplasms of the pancreas identifies NKX6-2 as a driver of gastric differentiation and indolent biological potential.</a> Cancer Discov. 13 (8), 1844-1861 (2023).</li>
<li>Glasson, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+high-dimensional+imaging+mass+cytometry%3A+one+step+beyond+in+oncology%5BTitle%5D)+AND+%22Semin+Immunopathol%22%5BJournal%5D)">Single-cell high-dimensional imaging mass cytometry: one step beyond in oncology.</a> Semin Immunopathol. 46 (1), 1-12 (2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>&nbsp ; https://www.protocols.io/view/oligonucleotide-polymer-conjugation-for-imaging-ma-dm6gpjz91gzp/v2.</td><td>Protocols.IO</td><td>dx.doi.org/10.17504/protocols.io.dm6gpjz91gzp/v2</td><td>Conjugaison oligonucléotide-polymère pour imagerie de la cytométrie de masse V.2&nbsp ;</td></tr><tr><td>10 TBS sans ARNSE</td><td>Thermo Fisher Scientific & nbsp ;</td><td>J62780. K7</td><td>Pour les lavages intermittents entre les étapes</td></tr><tr><td>Système d’hybridation ACD HybEZ II</td><td>ACD Biotechne</td><td>321711</td><td>Four pour lames de mouchoir de cuisson</td></tr><tr><td>Diluant d’anticorps</td><td>Dako</td><td>S0809&nbsp ;</td><td>Tampon diluant anticorps</td></tr><tr><td>Anticorps : B7-H3</td><td>Bethyl</td><td>A700-025CF, A700-026CF</td><td>Clone : BLR025F, BLR026F</td></tr><tr><td>Anticorps : B7-H4</td><td>Thermo Fisher Scientific & nbsp ;</td><td>14-5949-82</td><td>Clone : H74</td></tr><tr><td>Anticorps : BRD4(6F11)</td><td>Bethyl</td><td>A700-005CF</td><td>Clone : BL-151-6F11</td></tr><tr><td>Anticorps : CCR6</td><td>R& D</td><td>MAB195-100</td><td>Clone : 53103</td></tr><tr><td>Anticorps : CD11b</td><td>Abcam&nbsp ;</td><td>ab209970</td><td>Clone : EPR1344</td></tr><tr><td>Anticorps : CD25</td><td>Abcam&nbsp ;</td><td>ab215378</td><td>Clone : EPR6452</td></tr><tr><td>Anticorps : CD278/ICOS</td><td>CST&nbsp ;</td><td>89601BF</td><td>Clone : D1K2T</td></tr><tr><td>Anticorps : CD31</td><td>Abcam&nbsp ;</td><td>ab207090</td><td>Clone : EPR3094</td></tr><tr><td>Anticorps : CD33</td><td>Abcam&nbsp ;</td><td>ab238784</td><td>Clone : SP266</td></tr><tr><td>Anticorps : CD3e & nbsp ;</td><td>CST</td><td>85061BF</td><td>Clone : D7A6E</td></tr><tr><td>Anticorps : CD4</td><td>Abcam</td><td>déc. 181724</td><td>Clone : EPR6855</td></tr><tr><td>Anticorps : CD44</td><td>Thermo Fisher Scientific & nbsp ;</td><td>MA1-10225</td><td>Clone : IM7</td></tr><tr><td>Anticorps : CD45</td><td>Thermo Fisher Scientific & nbsp ;</td><td>14-9457-82</td><td>Clone : CD45-2B11</td></tr><tr><td>Anticorps : CD8a</td><td>CST&nbsp ;</td><td>85336BF</td><td>Clone : D8A8Y</td></tr><tr><td>Anticorps : CXCL13</td><td>R& D</td><td>AF801</td><td>Clone : Polyclonal</td></tr><tr><td>Anticorps : CXCR5</td><td>R& D</td><td>MAB190-100</td><td>Clone : CXCR5</td></tr><tr><td>Anticorps : gamma-H2AX</td><td>Bethyl</td><td>A700-053CF</td><td>Clone : BLR053F</td></tr><tr><td>Anticorps : Granzyme B</td><td>Santa Cruz</td><td>SC-8022 X</td><td>Clone : 2C5</td></tr><tr><td>Anticorps : KAP1</td><td>Bethyl</td><td>A700-014CF</td><td>Clone : BL-248-2G6</td></tr><tr><td>Anticorps : Ki67</td><td>Bethyl</td><td>A700-021CF</td><td>Clone : BLR021E</td></tr><tr><td>Anticorps : LCK & nbsp ;</td><td>CST</td><td>2984BF</td><td>Clone : D88</td></tr><tr><td>Anticorps : MFAP5</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>PMID : 31332047 / Clone : 130A&nbsp ; (Note : conçu sur mesure)&nbsp ;</td></tr><tr><td>Anticorps : AMS</td><td>CST</td><td>56856BF</td><td>Clone : 1A4</td></tr><tr><td>Anticorps : VEGF</td><td>STB-Fluidigm</td><td>3163028D</td><td>Clone : G153-494</td></tr><tr><td>Anticorps : VISTA</td><td>CST</td><td>64953BF</td><td>Clone : D1L2G</td></tr><tr><td>AZ-AR1 Elegance Citra&nbsp ;</td><td>BioGeneX</td><td>HK546-XAK</td><td>Tampon de récupération d’antigènes</td></tr><tr><td>Alcool éthylique 100 % (200 degrés)</td><td>Pharmco</td><td>111000200</td><td>Pour la déparaffinisation</td></tr><tr><td>EZ & ndash ; Retriever IR</td><td>BioGeneX</td><td>MW016-IR</td><td>Système de prélèvement antigénique pour les sections tissulaires FFPE</td></tr><tr><td>Système d’hybridation HybEZ II</td><td>ACD Biotechne</td><td>321710</td><td>Le système comprend : four HybEZ (PN 321710/321720), un plateau de contrôle d’humidité (PN 310012), et du papier humidificateur HybEZ (2 feuilles PN 310025), un bac de lavage EZ Batch (PN 321717), un porte-culasse EZ Batch (PN 321716)</td></tr><tr><td>Stylo PAP barrière hydrophobe ImmEdge & nbsp ;</td><td>VectorLabs</td><td>H-4000</td><td>Enclos barrières hydrophobes</td></tr><tr><td>Solution intercalateur IR</td><td>Thermo Fisher Scientific & nbsp ;</td><td>NC1038184</td><td>Utilisé pour identifier les cellules nucléées</td></tr><tr><td>KERATIN 18/08</td><td>CST&nbsp ;</td><td>4546BF</td><td>Clone : C51</td></tr><tr><td>Metal Oligos</td><td>Divers</td><td>Divers</td><td>Une vigne métallique allant de T1 à T12 selon ce qui est nécessaire</td></tr><tr><td>Eau sans nucléase (NFW)</td><td>Corning&nbsp ;</td><td>46-000-CM&nbsp ;</td><td>Nettoyer et préparer tout le matériel, et utiliser comme diluant lorsque nécessaire</td></tr><tr><td>RNAscope Protéase Plus & nbsp ;</td><td>ACD Biotechne</td><td>322331&nbsp ;</td><td>Utilisé pour perméabiliser les membranes cellulaires des échantillons</td></tr><tr><td>Porte-lames RNAscope EZ-Batch</td><td>ACD Biotechne</td><td>310017</td><td>Conçu pour traiter manuellement en lot jusqu’à 20 lames efficacement</td></tr><tr><td>RNAscope HiPlex12 Reagents Kit v2&nbsp ;</td><td>ACD Biotechne</td><td>324409</td><td>Réactifs pour RNAScope</td></tr><tr><td>Sonde RNAscope HiPlex - Sondes cibles</td><td>ACD Biotechne</td><td>Divers</td><td>Plage de T1 à T12 selon laquelle est nécessaire</td></tr><tr><td>Solution de décontamination RNaseZap RNase</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AM9782</td><td>Une solution de décontamination de surface qui détruit les RNases</td></tr><tr><td>Porte-lames pour microscope à rack de teinture Plastique résistant aux produits chimiques 24 places</td><td>Optimal Scientific</td><td>3028</td><td>Pour la teinture de plusieurs lames</td></tr><tr><td>Préadolescent 20</td><td>Thermo Fisher Scientific & nbsp ;</td><td>AAJ20605AP</td><td>Pour les lavages intermittents entre les étapes</td></tr><tr><td>Bloc protéique ultravision</td><td>Thermo Fisher Scientific & nbsp ;</td><td>TA125PBQ</td><td>Tampon de blocage</td></tr></tbody></table>

cartographie moléculaire à double modalité : intégration de la détection multiplex de l’arnm avec la cytométrie de masse par imagerie protéique

Dual-modality Molecular Cartography: Integrating Multiplex mRNA Detection with Protein Imaging Mass Cytometry

Cartographie moléculaire à double modalité : intégration de la détection multiplex de l’ARNm avec la cytométrie de masse par imagerie protéique

The ability to detect protein and mRNA in the same assay helps us understand how the cell is priming for an arrival and what cues it receives as it ...

dual-modality-molecular-cartography-integrating-multiplex-mrna

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L’immunohistochimie est une technique de laboratoire puissante pour évaluer la localisation et l’expression des protéines dans les tissus. Les méthodes semi-automatisées actuelles de quantification introduisent de la subjectivité et créent souvent des résultats irreproductibles. Nous décrivons ici des méthodes d’immunohistochimie multiplexée et de quantification objective de l’expression et de la co-localisation des protéines à l’aide de l’imagerie multispectrale.

Quantification de l&#39;expression protéique et co-localisation utilisant multiplexé Immuno-histochimie Coloration et multispectrale Imaging

Nous démontrons une méthode pour imaginer des molécules multiples dans des nano-structures hétérogènes à une seule précision de la molécule en utilisant la liaison séquentielle et l'élution d'anticorps marqués par fluorescence.

Imagerie haute résolution et ultra-résolution des cellules T à l&#39;aide de madSTORM

Nous décrivons une méthode de coloration rapide pour effectuer l’imagerie multispectrale sur les tissus congelés.

Une méthode rapide pour l’imagerie multispectrale de fluorescence des sections de tissu congelé

Ici, nous décrivons un protocole de réglage fin des régions d’intérêt (ROI) pour les technologies Spatial Omics afin de mieux caractériser le microenvironnement tumoral et d’identifier des populations cellulaires spécifiques. Pour les tests protéomiques, des protocoles personnalisés automatisés peuvent guider la sélection du retour sur investissement, tandis que les tests transcriptomiques peuvent être affinés en utilisant des retours sur investissement aussi petits que 50 μm.

Profilage spatial de l’expression des protéines et de l’ARN dans les tissus : une approche pour affiner la microdissection virtuelle

À l’ère de l’immunothérapie du cancer, l’intérêt pour l’élucidation de la dynamique du microenvironnement tumoral a augmenté de manière frappante. Ce protocole détaille une technique d’imagerie par spectrométrie de masse en ce qui concerne ses étapes de coloration et d’imagerie, qui permettent une analyse spatiale hautement multiplexée.

Élargir la compréhension du microenvironnement tumoral à l’aide de l’imagerie par spectrométrie de masse d’échantillons de tissus fixés au formol et incorporés à la paraffine

L’analyse d’images de codes à barres multiplexés a récemment amélioré la caractérisation du microenvironnement tumoral, permettant des études approfondies de la composition cellulaire, de l’état fonctionnel et des interactions cellule-cellule. Nous décrivons ici un protocole de coloration et d’imagerie utilisant le codage à barres d’anticorps conjugués oligonucléotidiques et l’imagerie cyclique, qui permet l’utilisation d’une technique d’analyse d’images de haute dimension.

Analyse d’images de codes à barres multiplexés pour l’immunoprofilage et la caractérisation de la cartographie spatiale dans l’analyse unicellulaire d’échantillons de tissus de paraffine

Ce protocole décrit une méthode d’analyse complète de cytométrie de masse (cytométrie par temps de vol [CyTOF]) pour évaluer les réponses immunitaires systémiques et locales dans le carcinome hépatocellulaire (CHC). L’approche vise à fournir des informations sur le paysage immunitaire du CHC, offrant une compréhension plus profonde du microenvironnement tumoral et des mécanismes immunitaires associés.

Analyse par cytométrie de masse des réponses immunitaires systémiques et locales dans le carcinome hépatocellulaire

Ce rapport décrit un protocole automatisé pour les tests d’immunofluorescence multiplex (mIF) sur un colorateur de lames automatisé. Il démontre la haute reproductibilité de la protéomique spatiale sur des autocolorateurs tissulaires standard à haut débit et des imageurs de fluorescence sur lames entières, ce qui est idéal pour les tests mIF personnalisés sur un grand nombre de lames de tissus dans la recherche translationnelle.

Tests d’immunofluorescence multiplex automatisés à haut débit pour la recherche translationnelle

Ce protocole fournit un guide étape par étape pour la conception d’un panel d’anticorps d’immunofluorescence multiplex pour l’imagerie basée sur un code-barres d’ADN des tissus murins de mélanome FFPE. Nous décrivons également un pipeline d’analyse d’images utilisant des outils open-source pour générer des informations protéomiques spatiales sur le microenvironnement immunitaire de la tumeur du mélanome murin.

Imagerie par immunofluorescence multiplex basée sur un code-barres d’ADN pour analyser des échantillons FFPE provenant d’un mélanome murin génétiquement reprogrammé

Orthotopique injection intracrânienne des cellules tumorales a été utilisée dans la recherche sur le cancer pour étudier la biologie de tumeur de cerveau, progression, évolution et réponse thérapeutique. Nous présentons ici la tomographie moléculaire de xénogreffes tumorales, à fluorescence qui fournit une imagerie intravitale en temps réel et la quantification d’une tumeur de masse dans des modèles précliniques de glioblastome.

Fluorescence moléculaire tomographie pour l’imagerie In Vivo des xénogreffes de glioblastome

Découvrez la cartographie moléculaire à double modalité combinant détection multiplex de l'ARNm et cytométrie de masse par imagerie protéique sur tissus FFPE. Cette méthode permet d'identifier de nouvelles cibles thérapeutiques et biomarqueurs pour le cancer de l'ovaire.

Cartographie moléculaire à double modalité : intégration de la détection multiplex de l’ARNm avec la cytométrie de masse par imagerie protéique (Vidéo) | JoVE Journal

Cartographie moléculaire à double modalité : intégration de la détection multiplex de l’ARNm avec la cytométrie de masse par imagerie protéique

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