Profilage spatial complet de transcriptomes agnostiques par stéréo-seq

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31 octobre 2025

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Anna K. Casasent^*¹ , Danielle L. Stolley^*¹ , Basant T. Gamal^*² , Arnold Dahay² , Samuel Mok² , Lidia Rocha³ , Vincent Li³ , Arizona T. Nguyen³ , Boyu Zhang⁴ , Clay T. Brasuell⁴ , Erika J. Thompson⁴ , Thomas Huynh³ , Jared K. Burks¹ , Sammy Ferri-Borgogno²

¹Department of Hematopoietic Biology and Malignancies, The University of Texas MD Anderson Cancer Center, ²Department of Gynecologic Oncology and Reproductive Medicine, The University of Texas MD Anderson Cancer Center, ³Department of Veterinary Medicine & Surgery, University of Texas MD Anderson Cancer Center, ⁴Department of Genetics, The University of Texas MD Anderson Cancer Center

^* These authors contributed equally

Cet article présente un protocole permettant d’effectuer un profilage transcriptomique spatial complet de l’ARN de l’hôte, du virus, du fongique et du microbiome à partir de coupes de tissus fixés au formol et inclus dans de la paraffine à l’aide de Stereo-seq, qui permet de cartographier à haute résolution divers transcriptomes tout en préservant l’architecture tissulaire.