Name: Métagénomique de la fraction virale de taille de l’ADN pour les échantillons de selles humaines (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-03-24T13:00:00.000+00:00
Duration: 5 min 15 s
Description: Découvrez une méthode flexible d'enrichissement et d'extraction d'ADN viral à partir d'échantillons de selles humaines. Ce protocole génère des viromes de haute qualité pour l'analyse métagénomique du virosphère humain.

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<ol><li>Breitbart, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metagenomic+Analyses+of+an+Uncultured+Viral+Community+from+Human+Feces%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">Metagenomic Analyses of an Uncultured Viral Community from Human Feces.</a> J Bacteriol. 185 (20), 6220-6223 (2003).</li>
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<li>Kleiner, M., Hooper, L. V., Duerkop, B. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+methods+to+purify+virus-like+particles+for+metagenomic+sequencing+of+intestinal+viromes%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Evaluation of methods to purify virus-like particles for metagenomic sequencing of intestinal viromes.</a> BMC Genomics. 16 (1), 7(2015).</li>
<li>Fudyma, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+viral+particle%2C+soil%2C+and+extraction+buffer+physicochemical+characteristics+and+their+impacts+on+extractable+viral+communities%5BTitle%5D)+AND+%22Soil+Biol+Biochem%22%5BJournal%5D)">Exploring viral particle, soil, and extraction buffer physicochemical characteristics and their impacts on extractable viral communities.</a> Soil Biol Biochem. 194, 109419(2024).</li>
<li>Zhai, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+impact+of+storage+buffer+and+storage+conditions+on+fecal+samples+for+bacteriophage+infectivity+and+metavirome+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">The impact of storage buffer and storage conditions on fecal samples for bacteriophage infectivity and metavirome analyses.</a> Microbiome. 11 (1), 193(2023).</li>
<li>Trubl, G., Solonenko, N., Chittick, L., Solonenko, S. A., Rich, V. I., Sullivan, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimization+of+viral+resuspension+methods+for+carbon-rich+soils+along+a+permafrost+thaw+gradient%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">Optimization of viral resuspension methods for carbon-rich soils along a permafrost thaw gradient.</a> PeerJ. 4, e1999(2016).</li>
<li>Roux, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+quantitative+viromics+for+both+double-stranded+and+single-stranded+DNA+viruses%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">Towards quantitative viromics for both double-stranded and single-stranded DNA viruses.</a> PeerJ. 4, e2777(2016).</li>
<li>Kim, K. H., Bae, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Amplification+methods+bias+metagenomic+libraries+of+uncultured+single-stranded+and+double-stranded+DNA+viruses%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Amplification methods bias metagenomic libraries of uncultured single-stranded and double-stranded DNA viruses.</a> Appl Environ Microbiol. 77 (21), 7668(2011).</li>
<li>ter Horst, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Minnesota+peat+viromes+reveal+terrestrial+and+aquatic+niche+partitioning+for+local+and+global+viral+populations+%28vol+9%2C+233%2C+2021%29%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Minnesota peat viromes reveal terrestrial and aquatic niche partitioning for local and global viral populations (vol 9, 233, 2021).</a> Microbiome. 9 (1), (2021).</li>
<li>Sorensen, J., Zinke, L., ter Horst, A., Santos-Medellín, C., Schroeder, A., Emerson, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNase+Treatment+Improves+Viral+Enrichment+in+Agricultural+Soil+Viromes%5BTitle%5D)+AND+%22mSystems%22%5BJournal%5D)">DNase Treatment Improves Viral Enrichment in Agricultural Soil Viromes.</a> mSystems. 6 (5), e00614-e00621 (2021).</li>
<li>Santos-Medellín, C., Estera-Molina, K., Yuan, M., Pett-Ridge, J., Firestone, M. K., Emerson, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+turnover+of+soil+viral+populations+and+genotypes+overlain+by+cohesive+responses+to+moisture+in+grasslands%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Spatial turnover of soil viral populations and genotypes overlain by cohesive responses to moisture in grasslands.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 119 (45), e2209132119(2022).</li>
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<li>Göller, P. C., Haro-Moreno, J. M., Rodriguez-Valera, F., Loessner, M. J., Gómez-Sanz, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Uncovering+a+hidden+diversity%3A+optimized+protocols+for+the+extraction+of+dsDNA+bacteriophages+from+soil%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Uncovering a hidden diversity: optimized protocols for the extraction of dsDNA bacteriophages from soil.</a> Microbiome. 8 (1), 17(2020).</li>
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<li>Halary, S., Temmam, S., Raoult, D., Desnues, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Viral+metagenomics%3A+are+we+missing+the+giants%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Viral metagenomics: are we missing the giants.</a> Curr Opin Microbiol. 31, 34-43 (2016).</li>
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<li>Gregory, A. C., Zablocki, O., Zayed, A. A., Howell, A., Bolduc, B., Sullivan, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Gut+Virome+Database+Reveals+Age-Dependent+Patterns+of+Virome+Diversity+in+the+Human+Gut%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Host+Microbe%22%5BJournal%5D)">The Gut Virome Database Reveals Age-Dependent Patterns of Virome Diversity in the Human Gut.</a> Cell Host Microbe. 28 (5), 724-740 (2020).</li>
<li>Yilmaz, S., Allgaier, M., Hugenholtz, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiple+displacement+amplification+compromises+quantitative+analysis+of+metagenomes%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Multiple displacement amplification compromises quantitative analysis of metagenomes.</a> Nat Methods. 7 (12), 943-944 (2010).</li>
<li>Kosmopoulos, J. C., Klier, K. M., Langwig, M. V., Tran, P. Q., Anantharaman, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Viromes+vs.+mixed+community+metagenomes%3A+choice+of+method+dictates+interpretation+of+viral+community+ecology%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Viromes vs. mixed community metagenomes: choice of method dictates interpretation of viral community ecology.</a> Microbiome. 12 (1), 195(2024).</li>
<li>Zhai, X., Gobbi, A., Kot, W., Krych, L., Nielsen, D. S., Deng, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+single-stranded+based+library+preparation+method+for+virome+characterization%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">A single-stranded based library preparation method for virome characterization.</a> Microbiome. 12 (1), 219(2024).</li>
<li>Hillary, L. S., Adriaenssens, E. M., Jones, D. L., McDonald, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA-viromics+reveals+diverse+communities+of+soil+RNA+viruses+with+the+potential+to+affect+grassland+ecosystems+across+multiple+trophic+levels%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+Commun%22%5BJournal%5D)">RNA-viromics reveals diverse communities of soil RNA viruses with the potential to affect grassland ecosystems across multiple trophic levels.</a> ISME Commun. 2, 34(2022).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Poudre sans DNase et Protéase pour l’albumine sérique bovine (BSA)</td><td>Fisher BioReagents</td><td>BP9706100</td><td>Pour la recette PPBS (Étape 1.1)</td></tr><tr><td>DNeasy PowerSoil Pro Kit</td><td>QIAGEN</td><td>47016</td><td>Kit d’extraction d’ADN (Étape 4.1)</td></tr><tr><td>Kit de bibliothèque KAPA DNA HyperPrep</td><td>Roche</td><td>N/D</td><td>Les bibliothèques générées par ce kit étaient séquencées à l’aide de la plateforme Illumina NovaSeq 6000 (2 x 150 bp).</td></tr><tr><td>Sulfate de magnésium (MgSO4), anhydre, etc. 99.5%</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M7506</td><td>Pour la recette PPBS (Étape 1.1)</td></tr><tr><td>Solution physiologique tamponnée au phosphate (PBS), 10x, pH 7,4, sans RNase</td><td>Invitrogen</td><td>AM9624</td><td>Pour la recette PPBS (Étape 1.1)</td></tr><tr><td>Filtres à seringues à membrane en polyéthérsulfone (PES), stériles, 28 mm, 0,2 & mu ; m</td><td>Corning</td><td>431229</td><td>Pour la filtration à la seringue (Étape 2.9)</td></tr><tr><td>Tubes centrifugeurs coniques en polypropylène, stériles, 50 mL</td><td>Olympus Plastics</td><td>28-108</td><td></td></tr><tr><td>Citrate de potassium monohydrate (cristallin/certifié)</td><td>Fisher Chemical</td><td>P222</td><td>Pour la recette PPBS (Étape 1.1)</td></tr><tr><td>Qubit&nbsp ; Tubes d’essai</td><td>Invitrogen</td><td>Q32856</td><td>Pour la quantification de l’ADN (Étape 5.1)</td></tr><tr><td>Fluoromètre Qubit 4</td><td>Invitrogen</td><td>Q33238</td><td>Pour la quantification de l’ADN (Étape 5.1)</td></tr><tr><td>Kits de quantification de l’ADN dsDNA Qubit</td><td>Invitrogen</td><td>Q32850</td><td>Pour la quantification de l’ADN (Étape 5.1)</td></tr><tr><td>RNase sans RNase RQ1</td><td>Promega</td><td>PR-M6101</td><td>Comprend le tampon de réaction, la DNase et la solution d’arrêt</td></tr><tr><td>Filtres à membrane hydrophiles polyéthérsulfone (PES), stériles, 32 mm, 5,00 & micro m&nbsp ;</td><td>Cytiva (anciennement Pall Lab)</td><td>28150-956</td><td>Pour la filtration à la seringue (Étape 2.9)</td></tr><tr><td>Rotor ultracentrifuge : Type 50.2 Ti Fixed Angle Rotor, 50 000 tr/min, 302 000 x g, 12 x 39 m</td><td>Beckman Coulter</td><td>337901</td><td>Nous utilisons également le disque Beckman Coulter Type 70 Ti en titane à angle fixe (cat. 337922). Centrifugez pendant 3 heures si vous utilisez le 70 Ti.</td></tr><tr><td>Ultracentrifuge tubes : bouteille en polycarbonate de 26,3 mL avec ensemble bouchon, 25 x 89 mm</td><td>Beckman Coulter</td><td>355618</td><td>Compatible avec les rotors Beckman Coulter Type 50.2 Ti (cat. 337901) et Type 70 Ti (Cat. 337922)</td></tr><tr><td>Ultracentrifugeuse : Beckman Instruments Optima LE-80K Ultracentrifugeuse de sol</td><td>Beckman Coulter</td><td>365668</td><td>Nous utilisons également la Beckman Coulter L8-70M Ultracentrifuge réfrigérée (Cat. 344196)</td></tr></tbody></table>

métagénomique de la fraction virale de taille de l’adn pour les échantillons de selles humaines

DNA Viral Size Fraction Metagenomics for Human Stool Samples

Métagénomique de la fraction virale de taille de l’ADN pour les échantillons de selles humaines

Understanding the healthy human virosphere (the viral component of the microbiome) requires accurate measurements of viral community composition across a ...

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Biologie

Un One-Step RT-PCR pour la détection et l'identification génogroupe des isolats de norovirus dans les selles des enfants, qui utilise des amorces et des sondes TaqMan spécifiques au cadre de lecture ouvert 1 (ORF1)-ORF2 région de jonction, la région la plus conservée du génome de Norovirus est décrit. Un non-commerciale, rentable méthode d'extraction d'ARN est détaillé.

Détection et Genogrouping des norovirus dans les selles des enfants en Taqman en une seule étape de RT-PCR

La génomique des virus simples (SVG) est une méthode pour isoler et d'amplifier le génome de virions isolés. Suspensions virales d'un assemblage mixte sont triées par cytométrie de flux sur une lame de microscope, avec des puits discrètes contenant l'agarose, capturant ainsi le virion, et la réduction de cisaillement du génome au cours du traitement en aval. Amplification du génome entier est obtenue en utilisant une amplification par déplacement multiple (MDA) résultant en matériel génomique...

L&#39;isolement et l&#39;analyse du génome des virions unique en utilisant la génomique du virus unique »

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Isolement de l’ADN microbien dans les selles : étude de l’effet de l’enrichissement de l’environnement sur la diversité du microbiome dans un modèle de tumeur murine

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Ici, nous présentons un protocole complet pour évaluer la disponibilité des nutriments organiques et inorganiques ainsi que l’abondance et la structure des communautés microbiennes et virales dans les environnements marins éloignés.

Démêler les joueurs invisibles dans l&#39;océan - un guide de terrain à la chimie de l&#39;eau et de microbiologie marine

Ici, nous présentons des approches phénomiques pour la caractérisation fonctionnelle des gènes de phages putatifs. Les techniques comprennent un test développé capable de surveiller le métabolisme anabolique de l’hôte, les plaques d’essai multiphénotypiques (MAPs), en plus de la méthode établie de métabolomique, capable de mesurer les effets sur le métabolisme catabolique.

Phenomics de phages: approches physiologiques à caractériser de nouvelles protéines virales

Nous décrivons une méthode efficace, robuste et rentable pour extraire l'acide nucléique à partir des prélèvements pour la caractérisation des communautés bactériennes en utilisant ARNr 16S séquençage de l'amplicon du gène. La méthode permet une approche de traitement commun pour les types d'échantillons multiples et peut accueillir un certain nombre de processus d'analyse en aval.

L&#39;extraction d&#39;acide nucléique et efficace de l&#39;ARNr 16S bactérien pour Séquençage génique communautaire Caractérisation

Ce manuscrit décrit un protocole normalisé détaillé du séquençage de haut débit 16 s rRNA-amplicon. Le protocole introduit un protocole intégré, en uniforme, possible et peu coûteux à partir de prélèvement d’échantillons fécaux au moyen d’analyses de données. Ce protocole permet l’analyse d’un grand nombre d’échantillons contenant des normes rigoureuses et plusieurs contrôles.

Protocole de guidée pour la caractérisation microbienne fécale par 16 s rRNA-Amplicon séquençage

Ce protocole isole l’ARN total de haute qualité à partir d’échantillons fécaux de sujets animaux et humains. Un kit commercial d’isolation de miARN est utilisé avec une adaptation significative pour isoler l’ARN pur avec une quantité et une qualité optimisées. Les isolats d’ARN sont bons pour la plupart des tests d’ARN en aval tels que le séquençage, les micro-réseaux et la RT-PCR.

Isolement de l’ARN fécal (micro)

La quantification précise des copies du génome du vecteur du virus adéno-associé (AAV) est essentielle, mais un protocole standardisé n’a pas encore été établi. Ce protocole décrit une méthode validée pour la préparation d’échantillons d’AAV purifiés et la réalisation d’une réaction en chaîne par polymérase (dd_PCR) numérique en gouttelettes afin de quantifier de manière fiable le titre du génome viral.

Quantification de génomes viraux adéno-associés dans des échantillons de vecteurs purifiés par réaction en chaîne par polymérase numérique en gouttelettes

Découvrez une méthode flexible d'enrichissement et d'extraction d'ADN viral à partir d'échantillons de selles humaines. Ce protocole génère des viromes de haute qualité pour l'analyse métagénomique du virosphère humain.

Métagénomique de la fraction virale de taille de l’ADN pour les échantillons de selles humaines

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