הליכי מעבדה בכימיה אורגנית משתמשים בדרך כלל בציוד וטכניקות סטנדרטיות של כלי זכוכית. כוסות וצלוחיות ארלנמאייר משמשות לעתים קרובות לערבוב פשוט והחזקת ממסים. צלוחיות בעלות תחתית עגולה עם צוואר קצר או ארוך משמשות לתגובות בחום גבוה או ואקום. הסיבה לכך היא שהצורה העגולה עמידה יותר בפני סדקים בתנאים אלה.
תגובות חימום הן הליך מעבדה נפוץ. עם זאת, מבער Bunsen אינו משמש בדרך כלל עבור תרכובות אורגניות כי הם דליקים. בעת חימום תגובה בכד או בבקבוק ארלנמאייר, משתמשים בדרך כלל בפלטה חמה עם מערבל מגנטי. בעת חימום תגובה בצלוחית בעלת תחתית עגולה, אמבט מים או מעטפת חימום משמשים כדי להתאים לצורת הצלוחית.
תגובות רבות חייבות להיות מחוממות לטמפרטורה מסוימת למשך פרק זמן מסוים כדי להמשיך. תגובות אלה מבוצעות תחת ריפלוקס. מערך ריפלוקס משתמש בבקבוק בעל תחתית עגולה המכיל ממס שנקודת הרתיחה שלו חופפת לטמפרטורה האופטימלית של התגובה. מעבה מותקן על הצלוחית, ומים קרים נכנסים בזרוע התחתונה ויוצאים מהזרוע העליונה. כאשר מחממים ומערבבים את התערובת, הממס מתאדה ואז מתעבה חזרה לצלוחית, תוך שמירה על נפח התגובה.
טכניקה נפוצה נוספת המשמשת במעבדה לכימיה אורגנית היא סינון, שהיא שיטה להפרדת מוצקים מנוזלים. סינון כוח הכבידה הוא טכניקת הסינון הפשוטה ביותר המשמשת להפרדת מוצקים גרגיריים בלתי מסיסים. מערך זה מורכב מצלוחית ארלנמאייר, משפך חרוטי ופיסת נייר סינון מקופלת. התערובת מוזגת לתוך המשפך, והנוזל עובר דרך הצלוחית, הנקראת תסנין. המוצקים נשארים על נייר הסינון.
טכניקת סינון מהירה יותר היא סינון ואקום. כאן, משפך Büchner מחובר לבקבוק מסנן באמצעות מתאם גומי. בקבוק הפילטר נראה כמו בקבוק ארלנמאייר, אך יש לו זרוע צדדית המחברת את הבקבוק לוואקום באמצעות צינורות ואקום. לאחר מכן, פיסת נייר סינון שטוחה מונחת בתוך המשפך ונרטבת מעט לפני שהוואקום מופעל באיטיות. הנוזל נשאב דרך נייר הסינון לתוך הצלוחית, בעוד שהמוצק נשמר על נייר הפילטר.
במעבדה זו, תבצע תגובה פשוטה ליצירת חומצה בנזואית, המאפשרת לך לתרגל טכניקות כימיה אורגניות פשוטות, כמו שקילת מוצקים, מדידת נפח וביצוע סינון ואקום. לאחר מכן תתרגל את טכניקת הרפלקס באמצעות tetrahydrofuran.