חשיפת קהילה חיידקית אורלית סינתטית לשלבי עיכול מדומים

תקציר

מקור: ארויו, מ. ס. ואחרים. הערכת הכדאיות של קונסורציום חיידקים סינתטי בממשק המארח-מיקרוב המעי במבחנה . J. Vis. Exp. (2018)

סרטון זה מדגים את הערכת הקיימות של קהילה מיקרוביאלית אורלית סינתטית במהלך עיכול מדומה בפה, בקיבה ובמעיים. הישרדות חיידקים נמדדת לאחר כל שלב, מה שמראה ירידה הדרגתית עקב עומס עיכול.

פרוטוקול

1. הישרדות חיידקים לאחר תנאי מעבר מעיים במבחנה

הערה: הכינו נוזלי עיכול מדומים עם השינויים המתוארים להלן. הכינו את כל הדיללים עם מים אולטרה-טהורים. סנן את כל התמיסות באמצעות פילטר של 0.22 מיקרון ובצע את תהליך העיכול בתנאים סטריליים.

1. עיכול אוראלי:
   1. הניחו 3 מ"ל מהקהילה החיידקית בצינור סטרילי בנפח 50 מ"ל, ערבבו עם 3 מ"ל נוזל רוק מדומה (SSF), המכיל במילימולים לליטר (mmol L⁻¹): כלוריד אשלגן (KCl), 15.1; מונואשלגן פוספט (KH₂PO₄), 3.7; נתרן ביקרבונט (NaHCO₃), 6.8; מגנזיום כלוריד הקשהידרט (MgCl₂·6H₂O), 0.5, פחמת אמוניום [(NH₄)₂CO₃], 0.06; חומצה כלורית (HCl), 1.1; סידן כלוריד דיהידרט (CaCl₂·2H₂O), 0.75. הוסף 75 U/mL של α-עמילאז מרוק אנושי מסוג IX-A ו-2 גרם לליטר מוסין מקיבת חזיר (סוג II) ל-SSF.
   2. דגרו את התערובת למשך 2 דקות ב-37 מעלות צלזיוס ו-100 סל"ד. אסוף דגימה של 2 מ"ל לצורך חילוץ DNA וכימות ציטומטריית זרימה (S1).

2. עיכול קיבה:

1. הוסף 4 מ"ל של נוזל קיבה מדומה (SGF), המכיל (ב-mmol L-1): KCl, 6.9; KH₂PO₄, 0.9; NaHCO₃, 25; נתרן כלוריד (NaCl), 47.2; MgCl₂·6H₂O, 0.1, (NH₄)₂CO₃, 0.5; HCl, 15.6; CaCl₂·2H₂O, 0.075. בנוסף, ה-SGF הכיל 2 גרם לליטר מוסין מקיבת חזיר (סוג II).
2. מדוד את ה-pH והתאים ל-pH 3 עם 1 מולר (1 מ) HCl, אם צריך. דגרו ב-37 מעלות צלזיוס ו-100 סל"ד. אסוף דגימה של 2 מ"ל (S2).

3. עיכול במעי הדק:

1. הוסף 4 מ"ל של נוזל מעי מדומה (SIF) המכיל (ב-MMOL L-1): KCl, 6.8; KH₂PO₄, 0.8; NaHCO₃, 85; NaCl, 38.4; MgCl₂·6H₂O, 0.33; HCl, 8.4; CaCl₂·2H₂O, 0.3, לצינור העיכול.
2. כוון ל-pH 7 עם 1 מיליון נתרן הידרוקסיד (NaOH), אם צריך. דגרו ב-37 מעלות צלזיוס ו-100 סל"ד. אסוף דגימה של 2 מ"ל (S3).

חומרים

רשימת החומרים שנעשה בהם שימוש במאמר זה

שם	חברה	מספר קטלוג	הערות
מוטין מקיבת חזיר סוג II	סיגמא-אלדריץ'	M2378
PBS	גיבקו	14190250
מיליפור מילי-קיו, מערכת מים טהורה במיוחד	מיליפור, מרק KGaA	-
מנער אינקובטור InnOva 4080	ניו ברונסוויק סיינטיפיק	8261-30-1007
מים ללא נוקלאז	אלקטרופורזה סרווה	28539010
ציטומטר זרימה BD Accuri C6	BD ביוסיינסס	653118
ערכת InnuPREP PCRpure	אנליטיק ינה	845-KS-5010250	ערכת טיהור PCR