צמיחה בקטריאלית וטכניקות

מקור: Cian, M. B. et al., הפרדת מעטפת התא עבור חיידקים גראם-שליליים לשברי ממברנה פנימיים וחיצוניים עם התאמות טכניות עבור Acinetobacter baumannii. J. Vis. Exp. (2020)סרטון זה מדגים את ההפרדה של חלקי הממברנה הפנימית והחיצונית של חיידקים גראם-שליליים באמצעות אולטרה-צנטריפוגה של שיפוע סוכרוז. שברי הממברנה מטוהרים ומאוחסנים בטמפרטורות נמוכות לניתוח ממוקד של רכיבים ספציפיים לממברנה.

מקור: Mercier, N., et al. טיהור MS2-Affinity יחד עם ריצוף RNA בחיידקים גרם חיוביים. J. Vis. Exp. (2021)סרטון זה מדגים הליך שלב אחר שלב לקצירת תאי חיידקים וליזוי מכני שלהם כדי לשחרר תוכן תוך תאי.

מקור: Mercier, N., et. al., MS2-Affinity Purification יחד עם ריצוף RNA בחיידקים גראם-חיוביים. J. Vis. Exp. (2021)סרטון זה מדגים את הבידוד של RNA רגולטורי קטן (sRNA) מתויג MS2 הקשור ל-RNA היעד החיידקי שלו באמצעות טיהור זיקה עם חלבון קושר מלטוז (MBP)-MS2 היתוך חלבון מעטפת משותק על שרף עמילוז.

מקור: Feltwell, T., et.al. הפרדת חיידקים לפי כמות כמוסה באמצעות שיפוע צפיפות לא רציף. J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים את השימוש בשיפוע צפיפות לא רציף להפרדת זני חיידקים על סמך כמות הקפסולה. על ידי צנטריפוגה של ספריית מוטנטים של טרנספוזון דרך השיפוע, חיידקים עם צפיפות קפסולה שונה מתמקמים לשכבות נפרדות. לאחר מכן ניתן לאסוף את השברים המופרדים לניתוח במורד הזרם.

מקור: גופטה, ס., מרסלה רודריגז, ג. בידוד ואפיון של שלפוחיות חוץ-תאיות המיוצרות על ידי מיקובקטריות מוגבלות בברזל. J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים את הבידוד ההדרגתי של שלפוחיות חוץ-תאיות (EVs) מ-Mycobacterium tuberculosis שגודלו בתנאים מגבילים של ברזל המחקים את הסביבה המארחת. הוא מתאר את השימוש באולטרה-סינון, צנטריפוגה דיפרנציאלית והפרדת שיפוע צפיפות כדי להעשיר ולזהות שברים המכילים EV.

מקור: ווטסון, די.סי., et.al. בידוד וטיהור ניתנים להרחבה של שלפוחיות חוץ-תאיות מ-Escherichia coli וחיידקים אחרים. J. Vis. Exp. (2021)סרטון זה מדגים את הבידוד והריכוז של שלפוחיות חוץ-תאיות (EVs) שמקורן בקרום החיצוני של חיידקים מהונדסים גנטית. התהליך כולל גידול החיידקים לשחרור EVs, ואחריו צנטריפוגה עוקבת ושלבי סינון להסרת תאים ופסולת. לבסוף, אולטרה-סינון משמש לריכוז הרכבים החשמליים לניתוח במורד הזרם.

מקור: ווטסון, די.סי., ואחרים. בידוד וטיהור ניתנים להרחבה של שלפוחיות חוץ-תאיות מ-Escherichia coli וחיידקים אחרים. J. Vis. Exp. (2021)סרטון זה מדגים את השימוש בכרומטוגרפיה של אי הכללת גודל עם חרוזי שרף נקבוביים כדי לבודד שלפוחיות חיידקים חוץ-תאיות (EVs) מתסנין תרבית חיידקים. EVs גדולים יותר נפלטים מוקדם על ידי עקיפת נקבוביות השרף, בעוד שחלבונים קטנים יותר נכנסים לנקבוביות ונפלטים מאוחר יותר.

מקור: Fattahi, N., et al. ממשקי הידרוג'ל מתכלים לסינון, בחירה ובידוד חיידקים. J. Vis. Exp. (2021).סרטון זה מדגים את מיצוי מושבות החיידקים מהידרוג'ל מתכלה באמצעות אור UV. נבחרת מושבה ספציפית, וחשיפה לאור מעוצב נועדה ליזום פירוק הידרוג'ל מקומי. לאחר התאמת עוצמת האור ומשך האור, אור ה-UV מופעל ומשחרר את המושבה. לאחר מכן המושבה נשאבת דרך צינורות ומועברת לצינור לניתוח במורד הזרם.

מקור: Ghadigaonkar, D. and Rath, A. בידוד וזיהוי של חיידקים עמידים לאנטיביוטיקה הנישאים במים ואפיון מולקולרי של הגנים העמידים לאנטיביוטיקה שלהם. J. Vis. Exp. (2023)סרטון זה מדגים את הבידוד וההכנה של חיידקים עמידים לאנטיביוטיקה מדגימת מים באמצעות מדיה סלקטיבית. ה-DNA מופק מחיידקים עמידים לאנטיביוטיקה ומוגבר כדי לזהות את הגנים העמידים לאנטיביוטיקה של החיידקים.

מקור: Kazi, M. I., et. al., יצירת ספריות החדרת טרנספוזונים בחיידקים גראם-שליליים לריצוף תפוקה גבוהה. J. Vis. Exp. (2020)סרטון זה מדגים את הבחירה, הכימות והשימור של חיידקים נמענים גראם-שליליים הנושאים החדרות טרנספוזונים על סמך עמידות לקנמיצין.

מקור: Fernández-Coll, L. and Cashel, M. שימוש בתיוג רדיו של צלחת מיקרוטיטר למדידות מרובות in vivo של Escherichia coli (p)ppGpp ואחריו כרומטוגרפיה של שכבה דקה. J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מציג פרוטוקול תפוקה גבוהה למדידת הרמות והדינמיקה של נוקלאוטידים של תגובת עקה חיידקית ppGpp ו-pppGpp באמצעות כרומטוגרפיה של שכבה דקה (TLC). השיטה מספקת גישה עוצמתית, מהירה וחסכונית לכימות (p)ppGpp בתרביות חיידקים בתנאי עקה שונים, ומאפשרת ניתוח ברזולוציה גבוהה של הפיזיולוגיה של החיידקים והתגובה המחמירה.

מקור: Streather, B. R., et al. ייצור וניתוח אופטימלי של שלפוחיות מלאות חלבון רקומביננטיות מ- E. coli. J. Vis. Exp. (2023)סרטון זה מדגים את הייצור והבידוד של חלבונים רקומביננטיים המתויגים עם פפטיד גרעין שלפוחית (VNp) משלפוחיות חיידקים. משרה מפעיל ביטוי חלבון מתויג VNp, מניע היווצרות שלפוחית ואנקפסולציה, ואחריו צנטריפוגה וסוניקציה לשחזור חלבון יעיל ללא ליזה...

מקור: Shivaiah, K., et al. בידוד טיפות ליפידים של פלסטוגלובול מרקמת עלי הצמח וציאנובקטריה. J. Vis. Exp. (2022).סרטון זה מדגים את הבידוד של פלסטוגלובולות מציאנובקטריה באמצעות צנטריפוגה של שיפוע צפיפות סוכרוז, מדגיש את אופיים העשיר בשומנים ובצפיפות נמוכה ומבטיח את שימורם המבני לניתוח במורד הזרם.

מקור: Armbruster, K. M., Meredith, T. C. העשרה של ליפופרוטאינים חיידקיים והכנת ליפופפטידים N-terminal לקביעה מבנית על ידי ספקטרומטריית מסה. J. Vis. Exp. (2018)סרטון זה מדגים את העשרת הליפופרוטאינים החיידקיים באמצעות חומר ניקוי לא יוני שעובר הפרדת פאזה עם ההתחממות. באמצעות שינויי טמפרטורה רציפים ושלבי צנטריפוגה, ליפופרוטאינים מחולקים באופן סלקטיבי לשלב חומר הניקוי, בעוד שמזהמים שאינם ליפופרוטאין מוסרים. לאחר מכן הליפופרוטאינים המועשרים משקעים, נשטפים ומושעים מחדש ליישומים במורד הזרם.

מקור: Leuthold, M. M., et al. ייצור תחומים בולטים של נורו-וירוס אנושי ב - E. coli לקריסטלוגרפיה של קרני רנטגן. J. Vis. Exp. (2016).סרטון זה מדגים את הטיהור של תחום נורו-וירוס אנושי רקומביננטי P באמצעות כרומטוגרפיה של אי הכללת גודל, תוך הדגשת ההפרדה של חלבון המטרה מזיהומים בעלי משקל מולקולרי גבוה ונמוך יותר בהתבסס על נגישות נקבוביות דיפרנציאלית. התהליך מנוטר על ידי ספיגת UV ומאושר באמצעות ניתוח SDS-PAGE של שברים שנפלטו.

מקור: Kuo, T., et al. טיהור כרומטוגרפי שלילי בשלב אחד של חלבון המפעיל נויטרופילים הליקובקטר פילורי המתבטא יתר על המידה ב-Escherichia coli במצב אצווה. J. Vis. Exp. (2016)הסרטון מדגים טכניקת כרומטוגרפיה שלילית לטיהור חלבון הקשור לאלימות מליזט חיידקים. על ידי שימוש בשרף טעון חיובי בתמיסה חוצצת, חלבוני התא המארח נשמרים באופן סלקטיבי, בעוד שחלבון המטרה הכמעט נייטרלי נשאר לא קשור ונאסף בזרימה. שיטה זו מאפשרת הפרדה והתאוששות יעילה של חלבון המטרה ליישומים במורד הזרם.

מקור: Murata, T., et al. טיהור חלבון בעל מסה מולקולרית גבוהה בסטרפטוקוקוס מוטנס. J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים הליך שלב אחר שלב לטיהור חלבון מתויג פוליהיסטידין המופרש מסטרפטוקוקוס מוטנס.

מקור: Venuprasad, K., et al. מתן תוך-קנה של המופילוס אינפלואנזה במודלים של עכברים לחקר דלקת בדרכי הנשימה. J. Vis. Exp. (2016)סרטון זה מדגים את האיסוף והעיבוד של נוזל שטיפת הסימפונות מעכבר שעבר המתת חסד שנדבק בהמופילוס אינפלואנזה שאינו ניתן לסוג לניתוח במורד הזרם.

מקור: Ginies, C., et al. זיהוי חומצות שומן ב-Bacillus cereus. J. Vis. Exp. (2016)סרטון זה מדגים את תהליך הכנת אסטרי מתיל חומצות שומן (FAMEs) מדגימות חיידקים על ידי טיפול בביומסה בתמיסה אלקליין, ולאחר מכן הפרדת פאזה ואידוי ממס לניתוח במורד הזרם.

מקור: Shivaiah, K., et al. בידוד טיפות ליפידים של פלסטוגלובול מרקמת עלי הצמח וציאנובקטריה. J. Vis. Exp. (2022)הסרטון מדגים את הבידוד של פלסטוגלובולות מציאנובקטריה. זה מתחיל בתרבית של ציאנובקטריה וממשיך דרך שיבוש תאים באמצעות כוח מכני. שחרור פיגמנטים פוטוסינתטיים מעיד על ליזה מוצלחת. לאחר מכן משתמשים בשיפוע צעד סוכרוז כדי להפריד רכיבים תאיים לפי צפיפות, מה שמאפשר לפלסטגלובולות בצפיפות נמוכה ליצור פס מובהק בחלקו העליון. חלק זה נאסף ונשמר להמשך ניתוח.

התחל עם תרביות של מיני Yersinia גראם-שליליים ו-Enterobacteriaceae שאינם Yersinia שליליים.בעזרת חיסוני מחט סטריליים, נקדו את התרביות הן על Cefsulodin-Irgasan-Novobiocin המסורתי או CIN agar והן על אגר CIN שונה.דגרו על הצלחות כדי לקדם צמיחת חיידקים.הן אגרות CIN מסורתיות והן מהונדסות תומכות בצמיחה של Yersinia ו-Enterobacteriaceae שאינן Yersinia המתסיסות מניטול לייצור תוצרי לוואי חומציים.ייצור חומצה מוריד את ה-pH וגורם לשינוי צבע, וכתוצאה מכך מורפולוגיה אופיינית של מושבה אדומה.אגר CIN שונה מכיל...

התחל בתרבית העשרה שמקורה באדמת ביצות המכילה קהילות חיידקים.התרבית מציגה פעילות Feammox, חמצון אמוניום יחד עם הפחתת ברזל ברזל, מה שמעיד על העשרה של חיידק המסוגל לתהליך מטבולי זה.לדלל את התרבות באופן סדרתי באמצעות מדיה.פס את הדגימות המדוללות על צלחות אגר בדיקה בתוספת ברזל ברזל ואמוניום.השתמש בלוחות בקרה שחסרים ברזל ברזל או אמוניום, או מכילים ברזל ברזל עם פחמן אורגני במקום אמוניום, כדי לשלול הפחתת ברזל במסלולים שאינם Feammox.דגרו את כל הצלחות בשקית כפפות אנאירובית המכילה תערובת חנקן-פחמן דו...

מקור: בקר, ב. ואחרים. בדיקת דיווח פשוטה מבוססת פלואורסצנציה לזיהוי רכיבים תאיים הנדרשים להעברת שרשרת רעל ריצין A (RTA) בשמרים. J. Vis. Exp. (2017).הסרטון הזה מדגים את טיהור חלבון רקומביננטי עם תגית פוליהיסטידין באמצעות כרומטוגרפיית אפיניטי מבוססת ניקל. הוא מפרט שלבים מרכזיים, כולל פירוק חיידקים באמצעות סוניקציה, הבהרה וסינון של הליזאט, וקשירה סלקטיבית והשחרור של החלבון המטרה באמצעות אימידזול.

מקור: וונדרלין, ט. ואחרים. בידוד פיזי של אנדוספורות מדגימות סביבתיות באמצעות פירוק ממוקד של תאים צמחיים. J. Vis. Exp. (2016)הסרטון הזה מדגים שיטה לבידוד אנדוספורים מדגימה סביבתית המכילה גם תאים וגטטיביים וגם חיידקים שונים. ההליך כולל סינון, שיבוש מכני וטיפול כימי סלקטיבי להחלשת ופירוק תאים וגטטיביים תוך שמירה על האנדוספוגרים. השלב האחרון מבודד את האנדוספורות העמידות באמצעות סינון ממברנה.

מקור: גולה, ס. ואחרים. ניתוח חוזר של מספר משתנה רב-לוקוס של החיידק הפתוגני לדג Yersinia ruckeri באמצעות Multiplex PCR ואלקטרופורזה קפילרית. J. Vis. Exp. (2019).פרוטוקול זה מחלץ DNA גנומי מ-Yersinia ruckeri על ידי השעיית מושבות מבודדות במים אולטרה-טהורים ויישום חום ללירוק התאים. צנטריפוגציה מפרידה בין הסופרנטנט המכיל DNA לפסולת תאים, ומניבה תבנית DNA המתאימה לגנוטיפינג וניתוח אפידמיולוגי מבוסס PCR.

מקור: גולה, ס. ואחרים. ניתוח חוזר של מספר משתנה רב-לוקוס של החיידק הפתוגני לדג Yersinia ruckeri באמצעות Multiplex PCR ואלקטרופורזה קפילרית. J. Vis. Exp. (2019).פרוטוקול זה מחלץ DNA גנומי מ-Yersinia ruckeri על ידי השעיית מושבות מבודדות במים אולטרה-טהורים ויישום חום ללירוק התאים. צנטריפוגציה מפרידה בין הסופרנטנט המכיל DNA לפסולת תאים, ומניבה תבנית DNA המתאימה לגנוטיפינג וניתוח אפידמיולוגי מבוסס PCR.

מקור: Stones, D. H., et al. חומרים ביומימטיים לאפיון אינטראקציות חיידקים-מארחים. J. Vis. Exp. (2015)סרטון זה מדגים את השימוש בחרוזים בקטריומימטיים כדי לכמת הידבקות חיידקים לתאי אפיתל מארחים בתנאים תחרותיים. הוא מתאר את השלבים הכרוכים בטיפול בתאים, ליזה שלהם וציפוי דילולים סדרתיים למדידת יחידות יוצרות מושבה.

מקור: Jung, A. L. et al., שלפוחיות הממברנה החיצונית של Legionella pneumophila: בידוד וניתוח הפוטנציאל הפרו-דלקתי שלהם על מקרופאגים. J. Vis. Exp. (2017)סרטון זה מדגים את הטיפול המקדים במקרופאגים עם שלפוחיות הממברנה החיצונית של לגיונלה פנאומופילה (OMVs) כדי לבחון את השפעתם על שכפול חיידקים. על ידי שינוי האיתות החיסוני של המארח, OMVs הופכים את המקרופאגים למתירניים יותר לזיהום. ספירת מושבות גבוהה יותר בתאים שטופלו, בהשוואה לתאים שלא טופלו, מצביעה על כך ש-OMV מקדמים שכפול של L. pneumophila בתוך...

מקור: Jagau, H. et al. זיהום פנאומוקוק של תאי אנדותל אנושיים ראשוניים בזרימה מתמדת. J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים את ההדמיה בזמן אמת של התקשרות פנאומוקוקית למיתרי Von Willebrand Factor (VWF) על תאי אנדותל בתנאי זרימת מדיה קבועים. הוא מתאר את השלבים לגירוי שחרור VWF, תיוג המיתרים וכימות קשירת חיידקים.

מקור: Morrill, S. R., et al. מודלים של קולוניזציה נרתיקית של עכברים על ידי חיידקים שגדלו אנאירובית. J. Vis. Exp. (2022)סרטון זה מדגים פרוטוקול למידול קולוניזציה נרתיקית בעכברים באמצעות חיידקים אנאירוביים עמידים לאנטיביוטיקה. זה מתחיל בטיפול הורמונלי להגברת הרגישות לאפיתל, ואחריו חיסון נרתיקי וחיסון משותף בתנאים אנאירוביים. ההליך מסתיים בדגימה ותרבית לאחר החיסון כדי להעריך את קולוניזציה של חיידקים והיווצרות ביופילם.

מקור: Li, J. et al. פיתוח מודל זיהום של דג זברה זחל עבור Clostridioides difficile. J. Vis. Exp. (2020)סרטון זה מדגים את האספקה המבוססת על מיקרו-הזרקה של Clostridioides difficile המסומן פלואורסצנטי ללומן המעי של זחל דג זברה מורדם. הוא מתאר את השלבים הכרוכים בהכנת זחלים, הזרקת חיידקים ואישור מבוסס מיקרוסקופיה פלואורסצנטית של לוקליזציה של חיידקים במעי.

מקור: Cruz-Adalia, A., et al. תאי T לוכדים חיידקים על ידי זיהום מתאים דנדריטיים. J. Vis. Exp. (2016).סרטון זה מדגים טרנס-זיהום חיידקי באמצעות אינטראקציות ספציפיות לאנטיגן בין תאי T לתאים דנדריטיים. תאים דנדריטיים נגועים בחיידקים המציגים פפטיד אובאלבומין מודגרים עם תאי T, ישירות או מופרדים על ידי ממברנה. מגע ישיר מאפשר היווצרות סינפסות אימונולוגיות, המאפשרת העברת חיידקים, בעוד הממברנה מונעת אינטראקציה. לאחר מכן נעשה טיפול בגנטמיצין כדי לחסל חיידקים חוץ-תאיים.

מקור: Balczon, R., et al. שיטות לאיתור עמילואידים ציטוטוקסיים בעקבות זיהום של תאי אנדותל ריאתיים על ידי Pseudomonas aeruginosa. J. Vis. Exp. (2018)סרטון זה מדגים את ההליך ליצירת סופרנטנט ציטוטוקסי מתאי אנדותל ריאתיים לאחר זיהום ב-Pseudomonas aeruginosa. הוא מתאר כיצד חלבוני אפקטור חיידקיים משבשים את מבנה התא המארח וגורמים לשחרור של אוליגומרים עמילואידים ציטוטוקסיים לתוך הסופרנטנט.

מקור: Lee, H. et al., מערכת חלבון פלואורסצנטי ירוקה מפוצלת להדמיית אפקטורים המועברים מחיידקים במהלך זיהום. J. Vis. Exp. (2018)סרטון זה מדגים שיטה לניטור זיהום חיידקי ואספקת חלבון אפקטור בתאי צמחים באמצעות השלמת חלבון פלואורסצנטי ירוק מפוצל (sfGFP) בשילוב עם מיקרוסקופיה קונפוקלית. הגישה מאפשרת הדמיה מדויקת של טרנסלוקציה של אפקטור לציטוזול התא המארח.

מקור: Islam, A., et al., הערכת טרנסציטוזיס במעי של מבודדי בקטרמיה של Escherichia coli בילודים. J. Vis. Exp. (2023)סרטון זה מדגים את ההליך להערכת טרנסציטוזיס של Escherichia coli בילודים על פני חד-שכבות אפיתל במעי באמצעות תוספות טרנסוול, מדידת התנגדות חשמלית וכימות חיידקים.

מקור: Anderson, Q. L., et al. C. elegans Pathosystem בעל תפוקה גבוהה, תכולה גבוהה, מבוסס נוזל. J. Vis. Exp. (2018)הסרטון מדגים בדיקה מבוססת נוזל שבה זחלי C. elegans מהונדסים גנטית נחשפים לחיידקים פתוגניים במיקרו-צלחת. רעלנים חיידקיים המופרשים למדיום גורמים ללחץ ולמוות של המארח. צבע פלואורסצנטי מכתים תולעים מתות, ומאפשר כימות מבוסס הדמיה של התמותה כדי להעריך את הרגישות או העמידות הגנטית.

מקור: Yarringto, K. D., et al. הדמיה קינטית של אינטראקציות חיידקיות בין מינים בודדים. J. Vis. Exp. (2020)סרטון זה מדגים את הכנת מערכת קוקולטורה באמצעות חיידקים נעים ולא נעים מתחת לכרית אגרוז להדמיית תאים חיים. הוא מראה כיצד חיידקים נעים מזהים מושכים כימיים ופולשים למושבות לא תנועתיות, וחושפים אינטראקציות חיידקיות.

מקור: Sorokulova, I., et al. מניעת תופעות לוואי של מתח חום בחולדות על ידי זן Bacillus subtilis . J. Vis. Exp. (2016)סרטון זה מדגים חולדות שטופלו מראש בחיידקים מועילים או בתמיסת מלח עם פוספט (PBS) ונחשפו ללחץ חום כדי להעריך את תקינות מחסום המעי. פחות מושבות חיידקים שמקורן במעיים מהכבד של חולדות שטופלו, בניגוד למושבות רבות בחולדות ביקורת, מצביעות על מחסום אפיתל שלם וטרנסלוקציה מינימלית של חיידקים.

מקור: Yi, Y., et al. אינטראקציה בין צמח למיקרוב: תגובת שעתוק של Bacillus Mycoides להפרשות שורש תפוחי אדמה. J. Vis. Exp. (2018)סרטון זה מדגים את ההכנה והטיפול בתרביות Bacillus mycoides כדי לחקור אינטראקציות בין צמח לחיידקים. הוא מתאר את השלבים מפסים של תרבית מלאי ודגירה שלה במדיום נוזלי ועד לחשיפת החיידקים להפרשות שורש צמחים תחת תסיסה. התהליך מגיע לשיאו בקציר והקפאת בזק של תאי החיידקים לניתוח עוקב של שינויים בביטוי הגנים הנגרמים על ידי ההפרשות.

מקור: Venuprasad, K., et al. מתן תוך-קנה של המופילוס אינפלואנזה במודלים של עכברים לחקר דלקת בדרכי הנשימה. J. Vis. Exp. (2016)סרטון זה מדגים את האספקה התוך-קנה של חיסון חיידקי פתוגני ריאתי לעכבר מורדם כדי להדגים זיהום בדרכי הנשימה התחתונות.

מקור: טיילור, מ.נ., et.al. שימוש בנתוני תולעת בודדת כדי לכמת הטרוגניות באינטראקציות חיידקיות-חיידקיות Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2022)סרטון זה מדגים את החשיפה של תולעי Caenorhabditis elegans נטולות חיידקים ותואמות גיל לזן חיידקים לצורך קולוניזציה של המעי. זה מסביר את ההסרה הסלקטיבית של חיידקים חיצוניים שאינם נדבקים, ומשאירים רק חיידקים ברי קיימא דבוקים לאפיתל המעי לצורך כימות.

מקור: טיילור, מ. נ. ואחרים. שימוש בנתוני תולעת בודדת כדי לכמת הטרוגניות באינטראקציות חיידקיות-חיידקיות Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2022)סרטון זה מדגים את הכימות של שונות העומס החיידקי במעי ב- Caenorhabditis elegans בודדים באמצעות שיבוש מכני. הוא מתאר את השלבים להכנת דגימה, שיבוש מכני, דילול סדרתי וספירת מושבות כדי להעריך את ההבדלים בעומס חיידקי המעיים בין תולעים בודדות.

חיידקים אנדופיטים מתיישבים ברקמות הצמח ומקדמים את צמיחת הצמח.כדי לחקור את השפעתם על צמיחת צמחי העגבניות תחת עקת מלח, התחל עם שתילים סטריליים המראים עלים ושורשים מתפתחים.לטבול את שורשי השתיל הניסיוני בהשעיה של חיידקים אנדופיטים; השאירו את הבקרה ללא חיסון.העבירו את שתי הקבוצות לאדמה מעוקרת כדי למנוע הפרעות מיקרוביאליות חיצוניות ודגרו בתא גידול.מהאדמה, החיידקים נכנסים דרך פתחי שורש חולפים, מתיישבים ברקמות הפנימיות ומתפשטים לחלקי צמח אחרים. מרחו מחדש את תרחיף החיידקים כדי לחזק את הקולוניזציה.מרחו...

קח תערובת חיסון של חיידקים מסיסים פוספט או PSB וחיידקים סגולים שאינם גופרית או PNSB.מרססים את התערובת על האדמה מעורבבת עם דשן וזבל גללי פרות.זורעים את הזרע ומכסים אותו באדמה.אפשר לצמח לצמוח.החיידקים מתמקמים ליד השורש באזור הנקרא ריזוספרה.PSB ממיר פוספטים בלתי מסיסים באדמה לצורות מסיסות.בינתיים, PNSB מקבע חנקן על ידי המרת גז חנקן אטמוספרי לאמוניה.הצמח סופג את הפוספטים המסיסים והאמוניה, מה שמקל על צמיחתו.בנוסף, PNSB מפריש פיטוהורמונים או חומרים מעודדי צמיחה של צמחים התומכים עוד יותר בצמיחת...

התחל עם שתילי אורז שנבטו מראש בתנאים חשוכים ואספטיים כדי להבטיח נביטה אחידה.העבירו שתילים אלה לבקבוק המכיל מדיום עשיר בחומרים מזינים, מוצק למחצה שחוסן מראש בחיידק בדיקה.ככל שהצמח גדל, השורשים משחררים תרכובות כימוטקטיות לתווך שמסביב.תרכובות אלו מעוררות התפשטות חיידקים, מה שמוביל להידבקות, כפל והיווצרות מושבה על פני השורש.עם התפתחות השורשים, החיידקים נכנסים לצמח דרך פתחים טבעיים וחללים בין-תאיים.ברגע שהם נכנסים, החיידקים יוצרים מושבות אנדופיטיות בתוך השורשים והנבטים של הצמח.עם הזמן, מושבות אלו...

מקור:אושן א. קלארק1, רומי א. דופ1, טום האסל1, ג'ואן ל. פותרגיל1, דניאל ר. ניל21אוניברסיטת ליברפול, 2 אוניברסיטת דנדיסרטון זה מדגים את השימוש במכשיר מודפס בתלת מימד ומצופה סיליקון המחקה את המשטח הפנימי של צנתרי שתן כדי לדמות זיהום בדרכי השתן הקשור לצנתר.

מקור: ארויו, מ. ס. ואחרים. הערכת הכדאיות של קונסורציום חיידקים סינתטי בממשק המארח-מיקרוב המעי במבחנה . J. Vis. Exp. (2018)סרטון זה מדגים את הערכת הקיימות של קהילה מיקרוביאלית אורלית סינתטית במהלך עיכול מדומה בפה, בקיבה ובמעיים. הישרדות חיידקים נמדדת לאחר כל שלב, מה שמראה ירידה הדרגתית עקב עומס עיכול.

מקור: אוקאמוטו, א., ואחרים. מערכת אלקטרוכימית עומדת להעשרת חיידקים נושמים אנודה באתר. J. Vis. Exp. (2018)הסרטון הזה מדגים את השימוש במערכת אלקטרוכימית באתר להעשיר חיידקי נשימת אנודה (ARB) ממאגרים טבעיים. גרדיאנט רדוקס נקבע על ידי הנחת האנודה במים עמוקים ללא חמצן והקתודה במים עיליים עשירים בחמצן. ARB יוצרים ביופילמים ומעבירים אלקטרונים לאנודה, שזורמת לקתודה, שם החמצן מצטמצם ויוצר זרם. האנודה נאספת בתנאים אנאירוביים לניתוח במורד הזרם.

מקור: אחמדי, ס. ואחרים. מודל גידול באצווה במבחנה להערכת השפעות משטרים התערבותיים על מיקרוביוטה בצואה אנושית. J. Vis. Exp. (2019).הסרטון הזה מדגים שיטה למידול תסיסה מיקרוביאלית במעי על ידי דגירה של דגימות צואה עם סיבים תסיסים בתנאי אנאירוביה לחקר ייצור מטבוליטים על ידי מיקרוביום המעיים.

מקור: Biller, S. J., et al. בידוד ואפיון שלפוחיות חוץ-תאיות ציאנובקטריאליות. J. Vis. Exp. (2022)סרטון זה מדגים את הכנת השלפוחיות החוץ-תאיות של ציאנובקטריאליות למיקרוסקופ אלקטרונים על ידי צביעה שלילית, המאפשרת הדמיה ברזולוציה גבוהה של מורפולוגיה, גודל וטוהר השלפוחית לניתוחים מבניים והשוואתיים.

מקור: Zhang, Y., et al. יישום של ננו-חלקיקים פלואורסצנטיים לחקר שיפוץ המערכת האנדו-ליזוזומלית על ידי חיידקים תוך-תאיים. J. Vis. Exp. (2015)סרטון זה מדגים את השימוש בננו-חלקיקים פלואורסצנטיים כדי להמחיש שיפוץ אנדו-ליזוזומלי בתאי אפיתל אנושיים הנגועים בחיידקים תוך-תאיים. בעקבות פלישת חיידקים, הפתוגנים מתמרנים את השלד הציטולוגי המארח ואת המערכת האנדו-ליזוזומלית, ויוצרים ואקואולים עם הקרנות צינוריות המשנות את הובלת השלפוחית. לאחר מכן משתמשים בננו-חלקיקים בעלי תווית פלואורסצנטית כדי לעקוב אחר...

מקור: Valentine, M. E., et al. יצירת מוטציות של מחיקת גנים בתוך המסגרת ב-Pseudomonas aeruginosa ובדיקת הנחתת אלימות במודל עכבר פשוט של זיהום. J. Vis. Exp. (2020)סרטון זה מדגים את השימוש בביולומינסנציה כדי לדמיין ולהשוות את ההתנהגות in vivo של זני חיידקים אלימים ומוחלשים בעכברים. הוא מתאר את הכנת תרחיפי החיידקים הביו-לומינסנטים והזרקתם התוך-צפקית לעכברים. הזן האלים מפגין התפשטות מערכתית, בעוד שהזן המוחלש נשאר מקומי ומתנקה בהדרגה, כפי שמצוין על ידי אות הדעיכה.

מקור: Guo, S., et al. כימות תנועתיות נחיל פני השטח של חיידקים על לוחות שיפוע משרה. J. Vis. Exp. (2022).סרטון זה מדגים את השימוש בצלחת נחיל שיפוע דו-שכבתית כדי לחקור התנהגות נחיל חיידקים בריכוזי מעכבים משתנים. צלחת עם מעכב יוצר שיפוע בשכבה התחתונה מחוסנת בחיידקים ומודגרת. התמונות מצולמות במרווחי זמן קבועים כדי לנתח את השפעת ריכוז המעכבים על נחיל חיידקים.

מקור: Zhang, X., et al. מודל עובר דג זברה להדמיה in vivo וניתוח תוך-חיוני של זיהום סטפילוקוקוס זהוב הקשור לביו-חומר. J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים הדמיה פלואורסצנטית של עוברי דג זברה שהוזרקו עם Staphylococcus aureus, המאפשר כימות של התקדמות הזיהום והתפלגות החיידקים כדי להעריך את ההשפעה של מיקרוספירות ביו-חומר על אינטראקציות מארח-פתוגן in vivo.

מקור: Schlimpert, S. et al. הדמיית זמן-lapse פלואורסצנטית של מחזור החיים השלם של S. venezuelae באמצעות מכשיר מיקרופלואידי. J. Vis. Exp. (2016)סרטון זה מדגים הדמיית זמן-lapse פלואורסצנטית של מחזור החיים המלא של החיידק Streptomyces venezuelae באמצעות מכשיר מיקרופלואידי כדי להמחיש נביטה, צמיחת קורים ונבגים בזמן אמת.

מקור: Bru, J., et.al. הדמיית זמן-lapse של נחילי חיידקים ותגובת הלחץ הקולקטיבית. J. Vis. Exp. (2020)סרטון זה מדגים כיצד לדמיין ולמדוד התנהגות הימנעות מנחילים ב-Pseudomonas aeruginosa באמצעות בדיקת צלחת אגר נחיל. הוא מציג את ההגדרה להדמיית זמן-lapse בתנאים מבוקרים ומסביר כיצד אותות מתח הנגרמים על ידי אנטיביוטיקה מכוונים מחדש את תנועת החיידקים, אשר מכומתת באמצעות ניתוח תמונה.

מקור: Heering, J., et al.אינדוקציה של התמיינות תאית והדמיה של תאים בודדים של תאי שחיין ונחיל Vibrio parahaemolyticus ., J. Vis. Exp. (2017).סרטון זה מדגים את הכנת תאי הנחיל ממושבת Vibrio parahaemolyticus להדמיה פלואורסצנטית. החיידקים מהונדסים גנטית כדי לבטא חלבון מתויג פלואורופור שמתמקם באופן חד קוטבי בתאי שחיין ודו קוטבי בתאי נחיל מוארכים, מה שמאפשר את ההתמיינות החזותית שלהם. כרית אגרוז מוכנה על שקופית מיקרוסקופ, שעליה מונח קטע מושבה ומוסר כדי להשאיר תאים דבקים, אשר מכוסים לאחר מכן בכיסוי...

מקור: בנט, ג'יי א. ואח'. הערכה חזותית ומיקרוסקופית של מוטציות התפתחותיות של Streptomyces . J. Vis. Exp. (2018)סרטון זה מדגים את השימוש במיקרוסקופ ניגודיות פאזה כדי לבחון הבדלים פנוטיפיים בין Streptomyces coelicolor מסוג בר למוטנטי. הוא מתאר את השלבים הכרוכים בהכנה והדמיה של חוטי אוויר לאיתור פגמים התפתחותיים בהיווצרות נבגים.

מקור: Chu, W., and Zhuang, X. הדמיית תנועתיות חיידקים על סמך תגובת צבע. J. Vis. Exp. (2022)סרטון זה מדגים בדיקת אגר חצי מוצקה מבוססת צבע חיזור להערכת תנועתיות חיידקים על ידי הבחנה חזותית בין זנים נעים ולא תנועתיים.

מקור: Pioli, R., et al., דפוס של מיקרואורגניזמים ומיקרו-חלקיקים באמצעות הרכבה בסיוע נימיות רציפה. J. Vis. Exp. (2021)סרטון זה מדגים את השיטה של לכידת תאי Escherichia coli (E. coli) בודדים מתויגים פלואורסצנטית במלכודות מיקרופלואידיות באמצעות תרחיף נטול פחמן וזרימה מבוקרת, ואחריו תוספת חומרים מזינים כדי לעורר צמיחה והדמיה פלואורסצנטית של מיקרו-מושבות.

מקור: Wen, J., Pasman, et al., Visualization of Germinosomes and the Inner Membrane in Bacillus subtilis Spores. J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים את השימוש במיקרוסקופ תאורה מובנה לרכישת תמונות פלואורסצנטיות תלת מימדיות החושפות את ארגון חלבוני הנביטה בתוך נבג החיידקים.

מקור: Oms, T., et al. ניתוח אוכלוסייה ותאים בודדים של התמדה אנטיביוטית ב- Escherichia coli. J. Vis. Exp. (2023)סרטון זה מציג פרוטוקול לניטור תאי חיידקים בודדים המבטאים חלבון קושר DNA בעל תווית פלואורסצנטית בתוך מערכת מיקרופלואידית. הוא ממחיש כיצד אנטיביוטיקה מעכבת את רוב התאים, בעוד שתת-אוכלוסייה של תאים מתמידים שורדת את הטיפול וגדלה מחדש לאחר הסרת האנטיביוטיקה.

מקור: Murata, K. et al., הדמיה של דחיסת DNA בציאנובקטריה על ידי טומוגרפיה קריו-אלקטרונית במתח גבוה. J. Vis. Exp. (2018)סרטון זה מדגים את הגידול הסינכרוני של ציאנובקטריה במחזורי אור-חושך כדי לחקור דחיסת DNA מווסתת צירקדית. מיקרוסקופיה פלואורסצנטית חושפת DNA מרוכז בנקודות זמן מוגדרות, ומאשרת את יישור מחזור התא על פני האוכלוסייה.

מקור: Chetrit, D., et al. יישום הדמיית תאים חיים וטומוגרפיה קריו-אלקטרונית כדי לפתור מאפיינים מרחביים-זמניים של מערכת ההפרשה Legionella pneumophila dot/icm. J. Vis. Exp. (2020)סרטון זה מדגים את השימוש בהדמיה פלואורסצנטית של תאים חיים כדי לכמת את הקוטביות והדינמיקה של רכיבי מערכת ההפרשה ב-Legionella pneumophila, ומאפשר ניתוח של גיוס מרחבי וחלוקה מחדש ציטוזולית קריטית להבנת פתוגנזה...

מקור: Chetrit, D., et al. יישום הדמיית תאים חיים וטומוגרפיה קריו-אלקטרונית כדי לפתור מאפיינים מרחביים-זמניים של מערכת ההפרשה Legionella pneumophila dot/icm. J. Vis. Exp. (2020)הסרטון מתאר כיצד להכין דגימות לגיונלה פנאומופילה לטומוגרפיה קריו-אלקטרונית על ידי שילוב של תרבית חיידקים, סימון ננו-חלקיקי זהב וטכניקות זיגוג. התהליך משמר מבנים תאיים טבעיים ומאפשר הדמיה ברזולוציה גבוהה של רכיבי מערכת ההפרשה הקשורים לממברנה.

מקור: וובר, נ ' ואח', טרנספורמציה טבעית, ביטוי חלבונים ושימור בהקפאה של הלקונה החוטית Cyanobacterium Phormidium. J. Vis. Exp. (2022)סרטון זה מדגים את ההליך להערכת תנועתיות הגלישה בלקונת פורממידיום על ידי הומוגניזציה של תרביות נימה ליצירת מתלה אחיד, הכנת מערך בדיקת לוחית פטרי על גבי שקופית מיקרוסקופ והדמיית תנועת נימה.

מקור: סורוקולובה, א., ואחרים. מניעת תופעות לוואי מלחץ חום בעכברים על ידי זן Bacillus subtilis. J. Vis. Exp. (2016)הסרטון מציג ניתוחים היסטולוגיים ומיקרוסקופיים של דם המשמשים להערכת ההשפעות המגנות של Bacillus subtilis בעכברים החשופים ללחץ חום.

מקור: חיימוביץ', א. א. ואחרים. מדידה רציפה של רעש ביולוגי באשריכיה קולי באמצעות מיקרוסקופ טיים-לאפס. J. Vis. Exp. (2021)הסרטון הזה מדגים ויזואליזציה בזמן אמת של רעש ביולוגי באי-קולי על ידי מעקב אחר תנודות בפלואורסצנציה של GFP במהלך גדילה וחלוקה של חיידקים באמצעות מיקרוסקופ טיים-לאפס.

מקור: Fattahi, N., et al. ממשקי הידרוג'ל מתכלים לסינון, בחירה ובידוד חיידקים. J. Vis. Exp. (2021)סרטון זה מדגים את השימוש בהידרוג'לים מתכלים כדי לבודד מושבות חיידקים בתוך מערכי מיקרו-בארות סיליקון. תאי חיידקים נטענים תחילה למיקרו-בארות, עטופים בהידרוג'ל צולב ומתורבתים במושבות נפרדות. עם חשיפה לאור אולטרה סגול, פירוק ממוקד של ההידרוג'ל מאפשר מיצוי סלקטיבי של מושבות בודדות.

מקור: Feltwell, T., et.al. הפרדת חיידקים לפי כמות כמוסה באמצעות שיפוע צפיפות לא רציף. J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים את ההכנה והאפיון של זני חיידקים עם ייצור קפסולות משתנה. זנים פתוגניים הנושאים מוטציות שונות בגנים הקשורים לקפסולה עוברים תרבית, גדלים במדיה נוזלית ונתונים לצנטריפוגה כדי להבחין בין פנוטיפים של קפסולה על סמך צפיפות הגלולה. טיפול בופר משמש לשטיפה וייצוב התאים תוך שמירה על מבני הקפסולה שלהם.

מקור: Le Nagard, L., et al. גידול חיידקים מגנטוטקטיים מהסוג Magnetospirillum: זנים MSR-1, AMB-1 ו-MS-1. J. Vis. Exp. (2018).סרטון זה מדגים כיצד לתרבית חיידקי Magnetospirillum בתנאים מיקרואירוביים באמצעות מדיה נוזלית וחצי מוצקה כאחד. הוא מדגיש את היווצרות רצועת חיידקים גלויה בממשק החמצוני-אנוקסי ואת נדידתו כלפי מעלה כאשר החמצן מתרוקן. הסרטון מראה גם כיצד להעריך התנהגות מגנטוטקטית על ידי התבוננות בשחייה כיוונית בתגובה לשדה מגנטי.

מקור: Valentine, M. E., et al. יצירת מוטציות של מחיקת גנים בתוך המסגרת ב-Pseudomonas aeruginosa ובדיקת הנחתת אלימות במודל עכבר פשוט של זיהום. J. Vis. Exp. (2020).סרטון זה מדגים את הדור של רקומביננטים מוצלבים כפולים ב-Pseudomonas aeruginosa באמצעות אסטרטגיית מחיקת גנים מבוססת פלסמיד. התהליך כולל בחירת חיידקים המכילים פלסמיד שאינו משכפל המשולב בגנום באמצעות הצלבה בודדת ולאחר מכן גרימת אירוע רקומבינציה שני תחת בחירת סוכרוז כדי לכרות את הפלסמיד. רקומבינציה מוצלחת של הצלבה כפולה מאושרת על ידי אובדן...

מקור: Schlimpert, S., et al. הדמיית זמן-lapse פלואורסצנטית של מחזור החיים השלם של S. venezuelae באמצעות מכשיר מיקרופלואידי. J. Vis. Exp. (2016)סרטון זה מדגים את הגידול והבידוד של נבגים מ-Streptomyces venezuelae. נבגים, תאים רדומים המסייעים לחיידקים לשרוד עקה, מיוצרים במהלך הגבלת חומרים מזינים ונאספים באמצעות צנטריפוגה. השיטה מבטיחה תרחיף נבגים טהור ומאוחסן בקור עבור יישומים במורד הזרם.

מקור: Heering, J., et al. אינדוקציה של התמיינות תאית והדמיה של תאים בודדים של תאי שחיין ונחיל Vibrio parahaemolyticus . J. Vis. Exp. (2017)סרטון זה מדגים את השראת התמיינות תאי הנחיל ב-Vibrio parahaemolyticus באמצעות מדיום אגר שהוכן במיוחד. על ידי מניפולציה של רמזים סביבתיים כגון דלדול ברזל, תוספת סידן ומגע עם פני השטח, החיידקים מגורים לעבור מצורת השחיין שלהם לתאי נחיל מוארכים עם דגלים לרוחב. תאים מובחנים אלה מתפשטים על פני השטח המוצק, ויוצרים התפרצויות נחיל אופייניות המסמלות שינוי מורפולוגי...

מקור: Li, J., et al., פיתוח מודל זיהום של דג זברה זחל עבור Clostridioides difficile. J. Vis. Exp. (2020)סרטון זה מדגים את הבידוד והתרבות של חיידקי Clostridioides difficile מהמעי של דג הזברה הזחל. המעי הנגוע מנותח, הומוגני ומודגר במדיה אנאירובית סלקטיבית המכילה אנטיביוטיקה. תנאים אלה מדכאים חיידקים מתחרים ומקדמים צמיחה של תאים ברי קיימא.

מקור: Ayivi, R. et al., הטיפוח, הצמיחה והכדאיות של חיידקי חומצה לקטית: נקודת מבט של בקרת איכות. J. Vis. Exp. (2022)סרטון זה מדגים את השיטה לשחזור חיידקי חומצה לקטית בלחץ קר ממאגר גליצרול קפוא, שחזור כדאיות חיידקים באמצעות דגירה אנאירובית ובידוד מושבות פעילות להרחבת תרבית.

מקור: Kuo, C., et al. איתור קולוניזציה של Escherichia coli אנטרוהמורגית במארח עכברים על ידי מערכת ביולומינסנציה לא פולשנית in vivo . J. Vis. Exp. (2018)סרטון זה מדגים את הכנת תרחיף Escherichia coli אנטרוהמורגי המבטא לוציפראז ממלאי קפוא לשימוש כחיסון דרך הפה במודלים של בעלי חיים. זה מאפשר מעקב בזמן אמת אחר קולוניזציה של המעיים במהלך מחקרי זיהום in vivo.

מקור: Nathoo, N., et al. מערכת גידול משותף הידרופונית לניתוח סימולטני ושיטתי של אינטראקציות ואיתות מולקולריות של צמח/חיידק. J. Vis. Exp. (2017).סרטון זה מדגים מערכת גידול משותף הידרופונית לחקר אינטראקציות בין צמחים לחיידקים בתנאים סטריליים. שתילי צמחים מועברים למצע גידול סטרילי וחומצי, מודגרים ונבדקים לאיתור זיהום לפני החיסון באגרובקטריום. החיידקים הפעילים נצמדים לשורשי הצמח, מעבירים T-DNA לתאי הצמח ומקדמים שינויים מולקולריים המשפרים את ההתיישבות של החיידקים.

מקור: Figueroa, D. M., et al. ייצור והדמיה של ספרופלסטים ופרוטופלסטים חיידקיים לאפיון לוקליזציה של פפטידים אנטי-מיקרוביאליים. J. Vis. Exp. (2018)סרטון זה מדגים הליך שלב אחר שלב ליצירת פרוטופלסטים מהחיידק הגרם חיובי Bacillus megaterium.

מקור: Eggers, C. H. מניפולציה גנטית בתיווך פאג'ים של מחלת ליים Spirochete Borrelia burgdorferi. J. Vis. Exp. (2022)סרטון זה מדגים את הכנת תרבית Borrelia burgdorferi מהונדסת גנטית עם DNA בקטריופאג'י רדום הנושא גן עמידות לאנטיביוטיקה. לאחר בחירת אנטיביוטיקה ודגירה, גורם כימי מעורר נזק ל-DNA, מה שמוביל לכריתה, שכפול והרכבה של נגיפים חדשים המכילים את גן העמידות. לאחר צנטריפוגה שנייה והשעיה מחדש, תאי החיידקים המכילים חלקיקים נגיפיים בוגרים מוכנים ליישומים במורד הזרם.

מקור: Morales-Soto, N. et al., הכנה, הדמיה וכימות של מבחני תנועתיות פני השטח של חיידקים. J. Vis. Exp. (2015)סרטון זה מדגים בדיקת נחיל באמצעות חיידקים המבטאים חלבון פלואורסצנטי ירוק כדי לצפות בתנועתיות פני השטח על אגר רך. הדמיית זמן-lapse לוכדת התרחבות מתואמת והיווצרות קנוקנות, ומדגישה את תנועתיות פני השטח של החיידקים.

מקור: Anwar, Z., et al. העשרה וזיהוי של רעלנים של קלוסטרידיום פרפרינגנס בדגימות מזון קמעונאיות. J. Vis. Exp. (2019).בסרטון זה, חיידקים מפחיתי סולפיט מתורבתים במדיום אגר המכיל סולפיט, שם הם גדלים בצורה אנאירובית ומפחיתים סולפיט למימן גופרתי, ויוצרים משקעים שחורים עם יוני ברזל. מושבות שחורות מבודדות מעומק האגר בטכניקות אספטיות ומועברות למדיום טרי להמשך דגירה אנאירובית.

מקור: Morita, M., et al. תרבית תאי חיידקים ברמת התא הבודד בתוך שלפוחיות ענק. J. Vis. Exp. (2019).סרטון זה מדגים שיטה לתרבית והתבוננות בתאי חיידקים בודדים עטופים בתוך שלפוחיות ענק המעוגנות לשכבת שומנים דו-שכבתית. המערכת מאפשרת הדמיה יציבה וארוכת טווח של דינמיקת גדילה של תא בודד במיקרו-סביבה מוגבלת ורלוונטית מבחינה פיזיולוגית.

מקור: Tomás, J. M., et al. יצירת מוטציות אפס כדי להבהיר את תפקידם של גליקוזילטרנספראזות חיידקיות בתנועתיות חיידקים. J. Vis. Exp. (2022).סרטון זה מדגים את ההגברה התלויה ביוזם של פלסמיד מתאבד ב - E. coli. הפלסמיד, הנושא גן עמידות לאנטיביוטיקה, משתכפל רק בנוכחות חלבון יוזם המקודד על ידי המארח. לאחר אלקטרופורציה ודגירה במדיום התאוששות, התערובת מצופה על אגר המכיל אנטיביוטיקה. חיידקים עם פלסמיד שורדים, מכיוון שהחלבון היוזם שלו מאפשר ביטוי של הגן העמיד לאנטיביוטיקה של הפלסמיד.

מקור: Cafini, F., et.al. מתודולוגיה לחקר העברת גנים אופקית בסטפילוקוקוס זהוב. J. Vis. Exp. (2017)סרטון זה מדגים קליטת DNA המושרה על ידי מיומנות בסטפילוקוקוס זהוב באמצעות טרנספורמציה טבעית. זן רגיש לכלורמפניקול המהונדס לבטא באופן מכונן גורם סיגמא מתורבת בתנאים מגבילים של חומרים מזינים כדי לשפר את היכולת, ולאחר מכן מודגר עם DNA תורם הנושא גן עמיד. העברת גנים מוצלחת מאושרת על ידי גידול סלקטיבי של טרנספורמנטים עמידים לכלורמפניקול.

מקור: Anderson, Q. L., et al., A תפוקה גבוהה, תכולה גבוהה, מבוססת נוזל C. elegans Pathosystem. J. Vis. Exp. (2018)סרטון זה מדגים את הכנת חיידקי הפרעות RNA (RNAi) הנושאים פלסמידים כדי לעכב ביטוי גן מטרה. הוא מתאר את שלבי הבחירה, הגידול והאינדוקציה של חיידקי RNAi לייצור לוחות המבטאים dsRNA לבדיקות במורד הזרם.

מקור: Brodl, E., et al. באתרו מדידה ומתאם של צפיפות תאים ופליטת אור של חיידקים ביו-לומינסצנטיים. J. Vis. Exp. 1 (2018)סרטון זה מדגים את גידול חיידקי ביולומינסנט ימיים כדי לצפות בהפעלה בתיווך חישת מניין של אופרון הזוהר, המאפשר ניטור בזמן אמת של ביטוי גנים ופליטת אור למחקרים בתקשורת מיקרוביאלית ובקרה גנים.

מקור: Gilmore, S. F., et al. ייצור בקנה מידה נטול תאים ותוספת אדג'ובנטית לחלבון ממברנה חיצונית ראשי רקומביננטי מ-Chlamydia muridarum לפיתוח חיסון. J. Vis. Exp. (2022)סרטון זה מדגים את הסינתזה נטולת התאים של אנטיגנים של חלבון ממברנה מיוצב ננו-דיסק באמצעות מערכת כפולה. המכשיר שומר על תנאים אופטימליים לסינתזה יעילה של חלבונים, קיפול נכון ואינטגרציה יציבה בננו-דיסקים.

מקור: Bru, J., et al., הדמיית זמן-lapse של נחילי חיידקים ותגובת הלחץ הקולקטיבית. J. Vis. Exp. (2020)סרטון זה מדגים את ההליך לניתוח התנהגות הנחיל של Pseudomonas aeruginosa על ידי התבוננות בצמיחת חיידקים מתרבית מרכזית לעבר נקודות לוויין המכילות את אותה תרבית מעורבת עם אנטיביוטיקה, באמצעות מערך צלחת אגר והדמיית זמן-lapse.

מקור: Liu, P. C., et al. תכנון ושימוש במורבידוסטט אוטומטי בעלות נמוכה לאבולוציה אדפטיבית של חיידקים בבחירת תרופות אנטיביוטיות. J. Vis. Exp. (2016)סרטון זה מדגים את השימוש בשבב מיקרופלואידי כדי להמחיש ולהשוות את הצמיחה והמורפולוגיה של זני E. coli מסוג בר ועמידים לטרימתופרים תחת לחץ אנטיביוטי טרימתופרים.

מקור: Bhaduri, S., et al., משקעי קלציט המושרים מיקרוביולוגית בתיווך Sporosarcina pasteurii. J. Vis. Exp. (2016)סרטון זה מדגים את השיטה להעשרת Sporosarcina pasteurii באוריאה וסידן כלורי כדי לעורר פעילות אוראז, מה שמוביל להיווצרות גבישי קלציט גלויים באמצעות משקעי קלציט מושרים מיקרוביולוגית, או MICP.

מקור: Figueroa, D. M., et.al. ייצור והדמיה של ספרופלסטים ופרוטופלסטים חיידקיים לאפיון לוקליזציה של פפטידים אנטי-מיקרוביאליים. J. Vis. Exp. (2018)סרטון זה מדגים את הייצור של ספרופלסטים Escherichia coli על ידי עיכוב חלוקת התאים כדי לגרום לנימה, ולאחר מכן עיכול אנזימטי של דופן התא. התהליך כולל הוספה מבוקרת של חומר כלאט, DNase ומייצב אוסמוטי כדי להבטיח היווצרות ויציבות תקינה של ספרופלסט לתצפית מיקרוסקופית.

מקור: Collins, A. J., et al., הקמת תרביות בינאריות יציבות של חיידקי סכריות סימביוטיים מחלל הפה. J. Vis. Exp. (2021)סרטון זה מדגים את ההקמה והתחזוקה של תרבית בינארית של חיידקי סכרי והחיידק המארח שלהם על ידי דגירה משותפת שלהם ברצף במדיום גידול ספציפי למארח.

מקור: Erdogan, F., et al., מבחני הזדווגות מצומדים לניתוח ספציפי לרצף של חלבוני העברה המעורבים בצימוד חיידקים. J. Vis. Exp. (2017)סרטון זה מדגים את ההליך להעברת פלסמיד F מתאי E. coli מתורם לנמען באמצעות פלסמיד הצלה ובחירת טרנסקונג'וגנטים באמצעות עמידות כפולה לאנטיביוטיקה. התהליך כולל ערבוב תרביות חיידקים, דגירה ללא טלטול, שיבוש זוגות הזדווגות וציפוי על מדיה סלקטיבית כדי לאשר העברת פלסמיד מוצלחת.

מקור: Cheng, C., et al. השבתת פתוגנים באמצעות פוטוליזה באור נראה של ריבופלבין-5'-פוספט. J. Vis. Exp. (2022)סרטון זה מדגים שיטה להערכת ההשפעות הפוטוטוקסיות של פלבין מונונוקלאוטיד (FMN) על חיידקים פתוגניים. תרביות חיידקים חשופות לריכוזים הולכים וגדלים של FMN ומוארות באור נראה כדי ליצור מיני חמצן תגובתיים (ROS) הפוגעים ברכיבים תאיים. לאחר מכן מכמתים את החיידקים השורדים כדי להעריך את הירידה תלוית המינון בכדאיות.

מקור: Gupta, S., et al. בידוד ואפיון שלפוחיות חוץ-תאיות המיוצרות על ידי מיקובקטריות מוגבלות בברזל. J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים את ההליך לתרבית Mycobacterium tuberculosis בתנאים מוגבלים בברזל כדי לגרום ללחץ ברזל ולקדם הפרשת סידרופורים התומכים בהישרדות חיידקים.

מקור: Niu, L., et al., הדמיה של מוות תאי ליטי מקרופאגים במהלך זיהום מיקובקטריאלי בעוברי דג זברה באמצעות מיקרוסקופיה תוך-חיונית. J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים את הכנת תרחיף תאי יחיד Mycobacterium marinum מתרבית שלב מאוחר לשימוש עקבי במבחני זיהום ויישומים במורד הזרם.

מקור: Paschke, P., et al. הנדסה גנטית של תאי Dictyostelium discoideum על בסיס ברירה וצמיחה על חיידקים. J. Vis. Exp. (2019).סרטון זה מדגים את ההליך להחדרת פלסמיד הנושא גן מטרה לתאי אמבה באמצעות אלקטרופורציה, ולאחר מכן התאוששות בתוסף חיידקי כדי לאפשר העברת גנים יעילה באמבה מסוג בר.

מקור: Gutiérrez, S., et al., בידוד של פגוזומים המכילים סלמונלה טיפימוריום ממקרופאגים. J. Vis. Exp. (2017)סרטון זה מדגים את התרבות וההכנה של סלמונלה טיפימוריום לקבלת תרחיף חיידקים נקי ופעיל מטבולית המתאים לשימוש ניסיוני.

מקור: Lin, P., et al. סינתזה של מיקרו-קפסולות נתרן טונגסטאט ונתרן מוליבדט באמצעות הפרשת מינרלים חיידקיים. J. Vis. Exp. (2018).סרטון זה מדגים הכנת תרבית חיידקים חד שבטית לייצור מינרלים באמצעות דילול סדרתי ובידוד מושבה על צלחת אגר. על ידי ניעור הצלחת עם חרוזי זכוכית, תאים בודדים מופרדים מרחבית ליצירת מושבות אחידות מבחינה גנטית, אשר לאחר מכן מועברות למדיה נוזלית לצמיחה. נבחרת התרבות עם העכירות הגבוהה ביותר, המציינת את האוכלוסייה החד-שבטית הצפופה ביותר ואת הפוטנציאל הגדול ביותר לתפוקת מינרלים.

מקור: Lin, P., et al. סינתזה של מיקרו-קפסולות נתרן טונגסטאט ונתרן מוליבדט באמצעות הפרשת מינרלים חיידקיים. J. Vis. Exp. (2018).סרטון זה מדגים את ההליך לסינתזה של מיקרו-קפסולות תחמוצת מתכת קשיחות על ידי גידול חיידקים מפחיתי מתכת עם יוני מתכת, ולאחר מכן טיהור רציף באמצעות סוניקציה, צנטריפוגה ושטיפת אתנול.

מקור: Fuchs, F. M., et al. חקירת ההשפעות המזיקות של עיקור פלזמה בלחץ נמוך על הישרדותם של נבגי Bacillus subtilis באמצעות מיקרוסקופ תאים חיים. J. Vis. Exp. (2017)סרטון זה מדגים את הייצור, הטיהור והשיקוע מבוסס אירוסול של נבגי Bacillus subtilis ליצירת שכבה חד-שכבתית אחידה, המאפשרת יישומים במורד הזרם כגון ניתוח מבוסס מיקרוסקופיה של נביטת נבגים, כדאיות או תגובת מתח.

מקור: Vieira, J., et al. תכנון ופיתוח מודל לחקר השפעת תוספת חמצן על המיקרוביום של דרכי הנשימה של סיסטיק פיברוזיס. J. Vis. Exp. (2021).סרטון זה מדגים את הכנת מדיום ליחה מלאכותי המחקה את הצמיגות, הרכב החומרים המזינים וה-pH של כיח ריאות סיסטיק פיברוזיס. המדיום המתקבל מספק פלטפורמה רלוונטית מבחינה פיזיולוגית למחקרי ex vivo.

מקור: Maurakis, S., and Cornelissen, C. N. גידול מוגבל במתכת של Neisseria gonorrhoeae לאפיון גנים המגיבים למתכת ורכישת מתכת מליגנדים מארחים. J. Vis. Exp. (2020)סרטון זה מדגים את ההליך לגידול Neisseria gonorrhoeae בתנאים מוגבלים במתכת באמצעות מדיום מוגדר ומדולדל מתכת.

מקור: Naji, A., et al. חקר מתח חמצוני הנגרם על ידי סטרפטוקוקוס מקבוצת Mitis ב- Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2019).סרטון זה מדגים את השיטה לתרבית סטרפטוקוקוס מיטיס בתנאים מיקרואירופיליים באמצעות תמצית שמרים טוד-יואיט, או מדיום אגר THY, להכנת תרביות חיידקים למחקרי אינטראקציה בין מארח-פתוגן.

מקור: Venuprasad, K. et al., מתן תוך-קנה של המופילוס אינפלואנזה במודלים של עכברים לחקר דלקת בדרכי הנשימה. J. Vis. Exp. (2016)סרטון זה מדגים את התרבות של המופילוס אינפלואנזה שאינו ניתן לסוג והכנת חיסון מתוקנן במינון למחקרי קולוניזציה או זיהום במורד הזרם.

מקור: Stefan, A., et al., היתרונות הרב-צדדיים של ביטוי משותף של חלבון ב-Escherichia coli. J. Vis. Exp. (2015)סרטון זה מדגים את ההליך להפיכת Escherichia coli עם פלסמיד הנושא גן עמידות לאנטיביוטיקה, כולל הכנת תאים, אלקטרופורציה, התאוששות ובחירת טרנספורמציה.

מקור: ג'יאנג, ה., הו, מ. בידוד ואפיון של פיקוביליזום שלם בציאנובקטריה. J. Vis. Exp.(2021).סרטון זה מדגים את ההליך לתרבית ציאנובקטריה להשגת ביומסה על ידי גידול תאים בתאורה רציפה עם אספקת פחמן דו חמצני ותנאים עשירים בחומרים מזינים, ולאחר מכן קציר באמצעות צנטריפוגה.

מקור: Wiegand, D. J., Lee, et al., ביטוי חלבון ללא תאים באמצעות החיידק Vibrio natriegens הגדל במהירות. J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים את הגידול והקציר של Vibrio natriegens, חיידק הגדל במהירות, בתנאים מאווררים להכנת כדורי חיידקים לייצור תמצית גולמית.

מקור: Wiegand, D. J., et al. ביטוי חלבון נטול תאים באמצעות החיידק Vibrio natriegens הגדל במהירות. J . Vis. Exp. (2019).סרטון זה מדגים את הכנת תמצית התאים מ-Vibrio natriegens, חיידק הגדל במהירות הידוע בקצב סינתזת החלבון הגבוה שלו. הגלולה החיידקית נשטפת ומושעה מחדש במאגר ליזה לפני סוניקציה על קרח כדי למנוע פירוק תאי. הליזאט עובר צנטריפוגה כדי להפריד פסולת תאים בלתי מסיסה, ותמצית התאים נאספת, מוקפאת ומאוחסנת לשימוש עתידי.

מקור: Wiegand, D. J., et al. ביטוי חלבון נטול תאים באמצעות החיידק Vibrio natriegens הגדל במהירות. J. Vis. Exp. (2019).סרטון זה מדגים את השימוש במערכת ביטוי חלבון נטולת תאים חיידקית המבוססת על Vibrio natriegens ליזאט גולמי לביצוע שעתוק ותרגום משולבים במבחנה. הוא מדגיש את הכנת תערובת המאסטר עם רכיבים חיוניים ואת הסינתזה שלב אחר שלב של חלבונים פונקציונליים מתבנית DNA.

מקור: Jian, X., et al., טיפוח מיקרוביאלי אוטומטי ואבולוציה אדפטיבית באמצעות מערכת תרבית מיקרו-טיפות מיקרוביאלית (MMC). J. Vis. Exp. (2022).סרטון זה מדגים את השימוש במערכת תרבית מיקרו-טיפות מיקרוביאלית כדי להניע אבולוציה אדפטיבית של חיידקים לקראת סבילות למתנול. על ידי ערבוב תרביות חיידקים מהונדסות עם מדיום עקה עתיר מתנול ופילוח שלהן למיקרו-טיפות, המערכת בוחרת מוטציות המציגות צמיחה משופרת תחת עקת מתנול. באמצעות מחזורי העשרה איטרטיביים ובידוד מושבה, זני חיידקים מותאמים למתנול מתורבתים להמשך ניתוח...

מקור: וובר, נ ' ואח', טרנספורמציה טבעית, ביטוי חלבונים ושימור בהקפאה של הלקונה החוטית Cyanobacterium Phormidium. J. Vis. Exp. (2022)סרטון זה מתאר הליך לביצוע טרנספורמציה טבעית בציאנובקטריה חוטית באמצעות DNA פלסמיד להשגת ביטוי GFP יציב ועמידות לאנטיביוטיקה באמצעות רקומבינציה הומולוגית.

מקור: Wagner, A. O., et al., הכנה בינונית לגידול מיקרואורגניזמים בתנאים אנאירוביים/אנוקסיים למהדרין. J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים את ההכנה והחיסון של תרביות אנאירוביות באמצעות בוצה נטולת חמצן בתנאים מבוקרים ונטולי חמצן.

מקור: Lea-Smith, D. J., et al. יצירת מוטציות מסומנות וחסרות סמן במינים ציאנובקטריאליים מודלים. J. Vis. Exp. (2016)הסרטון מדגים שיטה ליצירת מוטציות המסומנות באנטיביוטיקה בציאנובקטריה. הפרוטוקול מתחיל בתרבית ציאנובקטריה, ואחריו צנטריפוגה ושלבי שטיפה המשמרים את פני השטח. לאחר מכן מוצג פלסמיד הנושא גן עמידות לאנטיביוטיקה המוקף ברצפים הומולוגיים. במהלך הדגירה, הפלסמיד מופנם באמצעות פילי ומחליף את גן המטרה באמצעות רקומבינציה הומולוגית. בחירת אנטיביוטיקה וריסוק משמשים לבידוד וטיהור הזן המוטנטי.

התחל עם מעכל אנאירובי, כור אטום ונטול חמצן שנזרע בבוצה סינתטית המחקה את המוצקים השקועים ממי שפכים.הבוצה מכילה חיידקים אנאירוביים מזופיליים, קהילה מיקרוביאלית מעורבת.חיידקים אלה משגשגים בטמפרטורות מתונות ומניעים את עיכול החומר האורגני של הבוצה.מערבבים ברציפות את הבוצה כדי לשמור על פעילות החיידקים ולקדם את העיכול.מאוחר יותר, הוסיפו לבוצה ביו-פלסטיק, שהם פולימרים מתכלים.במהלך הדגירה, חיידקים הידרוליטיים נצמדים לביו-פלסטיק וממירים אותם לתרכובות מסיסות.לאחר מכן חיידקים מותססים הופכים את התרכובות...

התחל עם טורבידוסטט, מכשיר השומר על צפיפות תאים קבועה בתרבית.המכשיר מכיל כלי עם תרבית חיידקים, המאוורר ברציפות על ידי ערבוב ונשמר בטמפרטורה קבועה.דיודת לייזר פולטת קרן אור המפוצלת לשני מסלולים.נתיב אחד מופנה לחיישן ייחוס לניטור תנודות עוצמת הלייזר, בעוד השני עובר דרך התרבית.תאי חיידקים מפזרים וסופגים אור, ומפחיתים את העוצמה המועברת, המתגלה על ידי חיישן שני.ירידה זו בעוצמה משקפת את ריכוז החיידקים ונמדדת כצפיפות אופטית (OD).כאשר ה-OD עולה מעל סף היעד, משאבה מוסיפה מדיום טרי כדי לדלל את...

התחל עם זן של חיידקי Pseudomonas aeruginosa , מבודד מאדמה מזוהמת בנפט, בתווך המכיל מקור חנקן ועודף שמן מאכל כמקור הפחמן.זן זה מסנתז פוליהידרוקסיאלקנואט (PHA), פולימר ארוך שרשרת שימושי בייצור ביו-פלסטיק.דגירה תחת תסיסה כדי להקל על האוורור ולקדם צמיחת חיידקים.בתחילה, המדיום מספק מקורות פחמן וחנקן כדי לתמוך בהתפשטות חיידקים ולייצר ביומסה גבוהה.לאחר צמיחה משמעותית, דלדול החנקן במדיום עוצר את חלוקת התאים ומפנה את מקור הפחמן העודף לביוסינתזה של PHA.החיידקים מפרישים ליפאזות המפרקות את השמן לחומצות...

התחילו בתרבית של Alishewanella, חיידק גרם שלילי ועמיד למלח.לאחר מכן, פס את התרבית על צלחות אגר המכילות ריכוזים הולכים וגדלים של נתרן כלורי כדי לדמות רמות שונות של מתח מלוח.שכבו כל צלחת בשכבה של מדיום לא מוצק כדי למנוע דיפוזיה של חמצן ולשמור על התרבית בסביבה מוגבלת בחמצן.אטמו ודגרו את הצלחות בטמפרטורה אופטימלית כדי לתמוך בצמיחת חיידקים.במהלך הדגירה, החיידק מציג קצבי גדילה משתנים על פני הצלחות עם ריכוזי נתרן כלורי שונים.החיידק מפתח סבילות למי מלח באמצעות מנגנונים אוסמו-רגולטוריים, כגון הצטברות של...

מקור: אריאס, ס. ל. ואחרים. ייצור ננוצלולוז חיידקי מגנטי פונקציונלי עם ננו-חלקיקי תחמוצת ברזל. J. Vis. Exp. (2016).הסרטון הזה מדגים את ייצור הננוצלולוז על ידי גידול חיידקים המייצרים תאית במדיום מזין המכיל מניטול. החיידקים מטבוליזם מניטול לגלוקוז, אשר עובר פולימר ומופרז כשרשראות גלוקן שמתגבשות ליריעות תאית ויוצרות מטריצה תלת-ממדית בממשק האוויר-נוזל. הכדורים הג'לטיניים שנוצרים נאספים, מטוהרים בשטיפות אלקליות ומים, ומעוטרים באמצעות אוטוקלבינג ליישומים נוספים.

מקור: ברומפילד, ק. ד. ואחרים, טכניקות מעבדה המשמשות לשימור והבחנה של ביוטיפים של ויבריו כולרה מבודדים קליניים וסביבתיים. J. Vis. Exp. (2017)הסרטון הזה מדגים את צמיחת תרביות החיידקים בתווך נוזלי. ניעור מקדם אוורור ומפיץ את החומרים המזינים באופן שווה, תומך בצמיחה מעריכית ויוצר תלייה אחידה ופעילה מטבולית, המתאימה ליישומים במורד הזרם.

מקור: שומאכר, ד. ואחרים. הדמיית תאים חיים פלואורסצנטיים של מחזור התאים הצמחיים המלא של החיידק החברתי המתפתח באיטיות Myxococcus xanthus. J. Vis. Exp. (2018)הסרטון הזה מדגים את ההכנה וההדמיה של Myxococcus xanthus, חיידק קרקע שגדל לאט. התרבית גדלה במדיום, מונחת על כיסוי עם מיקרוספירות פלואורסצנטיות, ומעליה כרית אגרוז מחוממת מראש לתמיכה בהידרציה ואספקת חומרים מזינים. מערך זה מאפשר הדמיה חיה ארוכת טווח של תהליכים תאיים בזמן חלוקת תאים חיידקיים.

מקור: יאנג, ז. ואחרים. פלטפורמה בעלת תפוקה גבוהה לסינון סוגי סלמונלה /סוגי שיגלה . J. Vis. Exp. (2018)סרטון זה מדגים את ההעשרה הסלקטיבית והזיהוי של סלמונלה באמצעות קסילוז ליזין דאוקסיכולאט (XLD) ואגר כרוגני. מרק סלניט מקדם צמיחת סלמונלה , בעוד שאגר XLD חושף מושבות עם מרכז שחור באמצעות ייצור מימן גופריתי. אגר כרוגני מאשר את הזהות באמצעות יצירת פיגמנט מתווך אנזימים, המאפשר זיהוי ברמת המין.

מקור: ג'ונג, ה., ואחרים. הליך לאבולוציה מעבדה אדפטיבית של מיקרואורגניזמים באמצעות כימוסטט. J. Vis. Exp. (2016).הסרטון הזה מדגים את הבידוד והגדילה הסלקטיביים של חיידקים המותאמים ללחץ מתרבות שנחשפו לתנאי לחץ ממושכים. התרבית מצופה על אגר המכיל מלחץ, ומושבה אחת נבחרת להחסן מדיום נוזלי בגורם הלחץ. הספיגה נמדדת במרווחים קבועים כדי לעקוב אחר הצמיחה ולאשר את הבידוד המוצלח של החיידקים המותאמים ללחץ.

מקור: וילה, ה. ד. מ. ואחרים. חיפוש זנים מיקרוביאליים לביורימדיאציה ופיתוח פרוביוטיקה למחקר ושימור מטאורגניזמים. J. Vis. Exp. (2019).סרטון זה מדגים את הבידוד של חיידקים ימיים המפרקים מזהמים באמצעות דילול סדרתי, בחירת מושבות וצמיחה בתווך המכיל EE2. על ידי שימוש ב-EE2 כמקור הפחמן היחיד, הפרוטוקול מזהה זנים חיידקיים המסוגלים לפרק את מזהם הסביבה הזה.

מקור: וילה, ה. ד. מ. ואחרים. חיפוש זנים מיקרוביאליים לביורימדיאציה ופיתוח פרוביוטיקה למחקר ושימור מטאורגניזמים. J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים את הבידוד הסלקטיבי של חיידקים ימיים המפרקים נפט על ידי העשרת דגימות מי ים על מדיום מבוסס נפט, מה שמאפשר השחזור של זנים טהורים עם יישומים פוטנציאליים בביורימדיציה של נפט גולמי ובניקוי סביבתי.

מקור: ברנס, ס. ואחרים. יישום מערכת ביטוי אינדוקטיבי לחקר התערבות של גורמי אלימות חיידקיים עם איתות תוך-תאי. J. Vis. Exp. (2015)הסרטון הזה מדגים את השימוש במערכת ביטוי אינדוקסיבית לזיהוי היכן חלבון האפקטור החיידקי CaeB משבש את מפל האפופטוטיה של המארח. הוא מפרט את השלבים להעברת תאים מבטאים CaeB למערכת מגיבה לטטרציקלין כדי לעורר ביטוי גנים פרו-אפופטוטי, במטרה לזהות את נקודת ההפרעה בתוך המפל.

מקור: Wei, D., ואחרים, ייצור כימיקלים על ידי Klebsiella pneumoniae באמצעות הידרוליזאט במבוק כחומר גלם. J. Vis. Exp. (2017)הסרטון הזה מדגים את ההמרה המיקרוביאלית של סוכרים שמקורם בבמבוק ל-2,3-בוטנדיול על ידי גידול Klebsiella pneumoniae במדיום מבוסס הידרוליזאט בתנאים מיקרואירוביים וחומציות קלות.

מקור: המריך, ג'. ואחרים. פרוטוקול לאופטימיזציה של ייצור חלבונים הטרולוגיים באמצעות טכנולוגיית מיקרוביוריאקטור אוטומטית. J. Vis. Exp. (2017).הסרטון הזה מדגים את השימוש במיקרוביוריאקטור אוטומטי לניטור צמיחת חיידקים והפרשת חלבון פלואורסצנטי בתגובה לפורמולות מדיה משתנות. חיידק מהונדס גנטית המבטא חלבון פלואורסצנטי מהפריש מתרבתים תחת ברירה אנטיביוטית ומחוסן לבארות מגוונות מבחינת תזונה. מדידות אופטיות בזמן אמת של צפיפות תאים ופלואורסצנציה מאפשרות ניתוח השוואתי של ייצור חלבונים בתנאי גדילה שונים.

מקור: ליה-סמית', ד. ג'. ואחרים. יצירת מוטנטים מסומנים וללא סימנים במינים ציאנובקטריאליים מודליים. J. Vis. Exp. (2016)הסרטון הזה מדגים את שימור ההקפאה של זנים ציאנובקטריאליים על ידי שילוב תסמיני תאים מרוכזים עם גליצרול או DMSO ואחסונם בטמפרטורות נמוכות, מה שמאפשר תחזוקה ארוכת טווח של תרביות ברות קיימא לפוטוסינתזה ומחקרים גנטיים.

מקור: אריאס, ס. ל. ואחרים. ייצור ננוצלולוז חיידקי מגנטי פונקציונלי עם ננו-חלקיקי תחמוצת ברזל. J. Vis. Exp. (2016)סרטון זה מדגים את הסינתזה במקום של ננו-חלקיקי מגנטיט בתוך פליקל ננו-צלולוזי חיידקי המיוצר על ידי גלוקונאצטובקטר קסילינוס. הוא מסביר כיצד ננוצלולוז חיידקי מגנטי נוצר באמצעות הזרקת יוני ברזל, משקעים אלקליים וטיהור.

מקור: Rufián, J. S. ואחרים, ניתוח תא יחיד של ביטוי גנים של Pseudomonas syringae ברקמת הצמח. J. Vis. Exp. (2022)הסרטון הזה מדגים שיטת לחץ מבוססת מזרק להפקת חיידקים אפופלסטיים, המתרבים ויוצרים מיקרוקולוניות בתוך אפופלסט, המרחב הבין-תאי בין תאי הצמח. השיטה מניבה דגימות חיידקים נטולות פסולת, המתאימות לניתוח תא יחיד במורד הזרם.

מקור: בקר, ב. ואחרים. בדיקת דיווח פשוטה מבוססת פלואורסצנציה לזיהוי רכיבים תאיים הנדרשים להעברת שרשרת רעל ריצין A (RTA) בשמרים. J. Vis. Exp. (2017)הסרטון הזה מדגים את הביטוי המושרה של שרשרת A (RTA) של רעלן ריצין המסומן ב-Escherichia coli. הוא מפרט את השלבים המעורבים בגידול סלקטיבי של חיידקים שעברו טרנספורמציה עם פלסמיד ביטוי רקומביננטי, השראת ביטוי RTA מסומן ב-His, והכנת החיידקים לניתוח נוסף.

מקור: Pokhrel, A., et al. בדיקת פוליפוספט אנאורגני בחיידקים. J. Vis. Exp. (2019).סרטון זה מדגים בדיקה קולורימטרית למדידת פוליפוספט אנאורגני (polyP) בדגימות חיידקים. ההליך כולל המרה אנזימטית של polyP לפוספט חופשי, אשר לאחר מכן מגיב עם מוליבדט וחומצה אסקורבית ליצירת קומפלקס בצבע כחול. על ידי השוואת הספיגה של קומפלקס זה לעקומה סטנדרטית של ריכוזי פוספט ידועים, ניתן לכמת במדויק את תכולת הפוליP בדגימות חיידקים.

מקור: Choi, H. J., et al. אקוסטופורזיס מיקרופלואידית להפרדת זרימה של חיידקים גראם-שליליים באמצעות חרוזי זיקה של אפטמר. J. Vis. Exp. (2022)סרטון זה מדגים את השיטה של הפרדה סלקטיבית של חיידקים גראם-שליליים מדגימת חיידקים מעורבת באמצעות מיקרו-חרוזים מצופים אפטמר וכוחות אקוסטיים בתוך שבב מיקרופלואידי.

מקור: Brodl, E., et al. מדידה באתרה ומתאם של צפיפות תאים ופליטת אור של חיידקים ביו-לומינסצנטיים. J. Vis. Exp. (2018).סרטון זה מדגים את המדידה והמתאם של ביולומינסנציה עם צפיפות תאים בחיידקים שעברו טרנספורמציה. מושבת חיידקים בודדת משמשת להתחלת תרבית נוזלית. התרבות מונחת בבאר בריכוז התאים הרצוי. אנטיביוטיקה ומשרה מתווספים כדי לבטא את הגן הנדרש לביולומינסנציה של חיידקים. קריאות לספיגה וביו-לומינסנציה נלקחות במרווחי זמן קבועים באמצעות קורא צלחות.

מקור: Koeth, L. M., et. al., A Reference Broth Microdilution Method for Dalbavancin In Vitro Susceptibility Testing של חיידקים הגדלים באופן אירובי. J. Vis. Exp. (2015).סרטון זה מדגים את שיטת מיקרו-דילול המרק לקביעת הריכוז המעכב המינימלי (MIC) של אנטיביוטיקה ליפוגליקופפטיד כנגד חיידקים גראם חיוביים. הוא מכסה בידוד מושבות חיידקים, דילול, חיסון בארות מיקרו-צלחת עם ריכוזי אנטיביוטיקה משתנים, ואימות טוהר התרבית וספירת התאים. הסרטון גם מסביר כיצד קשירת אנטיביוטיקה משבשת את סינתזת דופן התא, מה שמוביל...

מקור: Zhang, X. et al., מודל עובר של דג זברה להדמיה In Vivo וניתוח תוך-חיוני של זיהום סטפילוקוקוס זהוב הקשור לביו-חומר. J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים מודל עוברי של דג זברה לחקר זיהומים הקשורים לביו-חומרים מושתלים. הזרקת סטפילוקוקוס זהוב עם מיקרוספירות פוליסטירן משפרת את הישרדות החיידקים, ומאשרת את תפקידם של חומרים מושתלים בקידום זיהום.

מקור: Yeung, M., et al. פיתוח מדיום אגר כרומוגני רגיש וספציפי יותר לזיהוי Vibrio parahaemolyticus ומיני ויבריו אחרים. J. Vis. Exp. (2016)סרטון זה מדגים שיטה מבוססת תרבות לזיהוי מיני ויבריו , ומדגיש אגר כרומוגני כחלופה מדויקת יותר לאגר תיוסולפט-ציטראט-מרה הנפוץ או אגר TCBS. אגר כרומוגני מספק בידול מעולה של זני ויבריו על ידי זיהוי פעילויות אנזימטיות ספציפיות למין.

מקור: Al Ahmar, R., et al. תרבית של גרסת מושבה קטנה של Pseudomonas aeruginosa וכימות האלגינט שלה. J. Vis. Exp. (2020)סרטון זה מדגים בדיקה קולורימטרית לכימות אלגינט המיוצר על ידי Pseudomonas aeruginosa, תוך שימוש בקרבזול לאיתור חומצות אורוניות לאחר הידרוליזה של חומצה. השיטה מאפשרת ניתוח השוואתי של ייצור אלגינט מנורמל לביומסה חיידקית במחקרים ובמחקרים קליניים.

מקור: Al Ahmar, R., et al. תרבית של גרסת מושבה קטנה של Pseudomonas aeruginosa וכימות האלגינט שלה. J. Vis. Exp. (2020)סרטון זה מדגים בדיקה אימונולוגית קולורימטרית לכימות אלגינט, אקסופוליסכריד מגן המיוצר על ידי Pseudomonas aeruginosa. ההליך כולל ציפוי מיקרופלייט בדגימה, הפעלת נוגדנים ספציפיים ושימוש בתגובת אנזים-סובסטרט ליצירת שינוי צבע מדיד. לאחר מכן משתמשים בעקומה סטנדרטית לקביעת ריכוז האלגינט על סמך עוצמת הצבע של הדגימה.

מקור: חסן, ג'יי.א., ואח'. זיהוי תפוקה גבוהה של עמידות ל-Pseudomonas syringae pv. עגבנייה בעגבנייה באמצעות בדיקת שיטפון שתילים. J. Vis. Exp. (2020).סרטון זה מדגים שיטה לסינון עמידות חיידקים בזני עגבניות שונים באמצעות שתילים בני עשרה ימים המחוסנים בתרחיף חיידקים. הוא מסביר כיצד חיידקים פולשים דרך פיוניות, מספקים חלבונים אפקטורים לדיכוי חסינות הצמח, וכיצד תגובות הצמח שונות בין זנים רגישים ועמידים. התוצאה מוערכת על ידי התבוננות בהבדלי צמיחה גלויים, כאשר צמחים עמידים נשארים בריאים ורגישים מראים נזק...

מקור: Anderson, Q. L. et al. C. elegans Pathosystem בעל תפוקה גבוהה, תכולה גבוהה, מבוסס נוזל. J. Vis. Exp. (2018)סרטון זה מדגים שיטת סינון בעלת תפוקה גבוהה המשתמשת ב-Caenorhabditis elegans כדי לחקור הפלות גנים במהלך אינטראקציות מארח-פתוגן. הוא מתאר את הנוהל להכנת תולעי נוקדאון והעברתן ללוחות בדיקה כדי להעריך את ההשפעות של הרג תולעים הנגרמת על ידי פתוגנים.

מקור: Cayron, J., and Lesterlin, C. ניתוח רב-ממדי של גידול חיידקים תחת טיפולי לחץ. J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים את ההליך להערכת נימה של E. coli ושכפול DNA תחת טיפול אנטיביוטי מעכב חלוקת תאים באמצעות ציפוי למדידת כדאיות וזרימה ציטומטרית לניתוח גודל התא ותכולת ה-DNA.

מקור: Cheng, C., et al. השבתת פתוגנים באמצעות פוטוליזה באור נראה של ריבופלבין-5'-פוספט. J. Vis. Exp. (2022).בסרטון זה, תערובת תגובה חוצצת המכילה L-מתיונין, טטרזוליום כחול ניטרו (NBT) ופלבין מונונוקלאוטיד (FMN) מוקרנת באור סגול כדי לגרום לייצור מיני חמצן תגובתיים (ROS). זה מוביל להשבתת חיידקים ולהיווצרות פורמזאן הניתן לזיהוי ספקטרומטרי.

מקור: Weber, N. et al., טרנספורמציה טבעית, ביטוי חלבונים ושימור בהקפאה של הלקונה החוטית Cyanobacterium Phormidium. J. Vis. Exp. (2022)סרטון זה מדגים מבחן מבוסס LED ממוקד לחקר פוטוטקסיס בציאנובקטריה חוטית. החיידקים נודדים לעבר מקור האור, ויוצרים הצטברות צפופה במרכז המואר, אשר מומחשת ומכומתת באמצעות ניתוח עוצמת פיקסלים של התמונה שצולמה.

מקור: Balczon, R., et al. שיטות לאיתור עמילואידים ציטוטוקסיים בעקבות זיהום של תאי אנדותל ריאתיים על ידי Pseudomonas aeruginosa. J. Vis. Exp. (2018)סרטון זה מדגים את הפרוטוקול לכימות עמילואידים בתרבית סופרנטנטים מתאי אנדותל ריאתיים הנגועים בחיידקים אלימים, באמצעות תיופלווין T, צבע פלואורסצנטי הנקשר למבני יריעות בטא עמילואיד. עלייה בקרינה בהשוואה לקו הבסיס מצביעה על נוכחות של עמילואידים בתרבית.

מקור: Speare, L., et al. בדיקת חממת מטבעות לכימות אינטראקציות תחרותיות בין מבודדי Vibrio fischeri . J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים בדיקת דגירה משותפת המשמשת לחקר האופן שבו זני חיידקים מתחרים בסביבה משותפת. הוא מיושם באופן נרחב במיקרוביולוגיה כדי לזהות מנגנונים, כגון הרג תלוי מגע או הרג שאינו תלוי במגע, המניעים אינטראקציות אלה.

מקור: Venkateswaran, S., et al. זיהוי תפוקה גבוהה של פולימרים דוחי חיידקים עבור מכשירים רפואיים. J. Vis. Exp. (2016)סרטון זה מדגים שיטה בעלת תפוקה גבוהה לזיהוי פולימרים דוחי חיידקים באמצעות שקופית מיקרו-מערך החשופה לתרביות חיידקים מעורבות. קשירת חיידקים מוערכת על ידי פלואורסצנטיות DAPI, כאשר אות מופחת מצביע על פולימרים עם חיבור מינימלי של פני השטח.

מקור: Barber, A. E., et al. הכנה ויישום של חיישן ביולוגי חיידקי חדש לזיהוי משוער של שאריות ירי. J. Vis. Exp. (2019).סרטון זה מדגים זיהוי של אנליטים ספציפיים באמצעות חיישן ביולוגי חיידקי. נלקחת תרבית חיידקים הנושאת פלסמיד עם גן חלבון פלואורסצנטי אדום (RFP) תחת מקדם רגיש לאנליט. לאחר ניגוב יסודי של משטח הבדיקה, חלק קטן מהמגבון טובל בתרבות ומודגר. האינטראקציה האנליטית עם המקדם מפעילה ביטוי RFP, ומאשרת את נוכחותו של אנליט המטרה.

מקור: Augimeri, R. V. et al., תוך שימוש בתרכובת משחררת האתילן, חומצה 2-כלורו-אתילפוספונית, ככלי לחקר תגובת אתילן בחיידקים. J. Vis. Exp. (2016)סרטון זה מדגים את ההשפעה של אתילן שנוצר על ידי חומצה 2-כלורו-אתילפוספונית (CEPA) על צמיחת חיידקים וייצור תאית. אתילן מפעיל מסלולי איתות הממריצים סינתזת תאית, וכתוצאה מכך היווצרות פליקל משופרת. תוצאות אלה מדגישות את התגובה החיידקית לאתילן.

מקור: Cayron, J., et al. ניתוח רב-ממדי של צמיחת חיידקים תחת טיפולי לחץ. J. Vis. Exp. (2019).סרטון זה מדגים כיצד להכין ולהשתמש בצלחת מיקרופלואידית להדמיית תאי חיידקים בתנאי עקה. הוא מתאר את תהליך החדרת תרבית חיידקים ומדיום אנטיביוטי מעורר מתח, ואחריו העמסת תאים והתקנה מיקרוסקופית. לאחר מכן משתמשים בהדמיית זמן-lapse במצב ניגודיות פאזה כדי לצפות בהתפתחות של תאים מוארכים וחוטיים עם תכולת DNA מוגברת עקב חלוקת תאים מעוכבת.

מקור: Sekar, A., et. al., שיטה חדשה לקביעת הפעילות האנטיבקטריאלית האורכית של חומרים מסירת תרופות. J. Vis. Exp. (2023)סרטון זה מדגים בדיקה מבוססת לומינסנציה להערכת היעילות האנטיבקטריאלית של רצועה פולימרית עמוסה באנטיביוטיקה על ידי כימות זוהר מונע ATP, הפוחת בתרביות חיידקים החשופות לאנטיביוטיקה.

מקור: Zhu, W., & Chu, W. שיטה חזותית רגישה לזיהוי חיידקים המייצרים מימן גופרתי. J. Vis. Exp. (2022)סרטון זה מדגים שיטה ויזואלית רגישה לזיהוי מהיר של חיידקים המייצרים מימן גופרתי. שינוי צבע מצהוב לשחור מעיד על פעילות חיידקית באמצעות היווצרות ביסמוט גופרתי.

מקור: בנט, ג'יי א. ואחרים. הערכה חזותית ומיקרוסקופית של מוטציות התפתחותיות של Streptomyces. J. Vis. Exp. (2018)סרטון זה מדגים את הגידול וההשוואה הפנוטיפית של זני Streptomyces coelicolor מסוג בר ומוטנטי. הוא מתאר נהלים למזעור מוטציות ספונטניות, מניעת זיהום צולב וקידום צמיחת חיידקים באמצעות טכניקות ציפוי מתאימות. לבסוף, הסרטון מדגיש הבדלים חזותיים במורפולוגיה של המושבה כדי להמחיש את ההשפעות ההתפתחותיות של מוטציות בזני החיידקים.

מקור: Francis, M. B., et al. איתור שברי קליפת המוח במהלך נביטת נבגי חיידקים. J. Vis. Exp. (2016).סרטון זה מדגים שיטה קולורימטרית לאיתור פירוק קליפת המוח במהלך נביטת נבגי חיידקים על ידי מדידת שחרור סוכרים מפחיתים לאורך זמן. באמצעות תקני N-אצטיל גלוקוזאמין ודגימות נקודת זמן, הבדיקה מכמתת את ריכוז הסוכר באמצעות תגובה כרומוגנית סגולה, המציינת את היקף ההידרוליזה של קליפת המוח.

מקור: Stenzler, B. R. et al., בדיקת חיישן ביולוגי אנאירובי לזיהוי כספית וקדמיום. J. Vis. Exp. (2018)סרטון זה מדגים את השימוש בחיישנים ביולוגיים של חיידקים מהונדסים גנטית כדי למדוד במדויק את החלק הזמין ביולוגית של יוני כספית בתנאים אנאירוביים. על ידי שינוי ריכוז המגנזיום הגופרתי, הבדיקה מבטיחה שהחיישן הביולוגי מגיב באופן סלקטיבי ליוני כספית חופשיים, כפי שמצוין על ידי שינויים בעוצמת הקרינה.

מקור: Vidilaseris, K., et al. הקרנה למעכבי פירופוספאטאז הקשורים לממברנה של Thermotoga maritima . J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים בדיקה קולורימטרית לסינון מעכבים של פירופוספאטאז הקשור לממברנה חיידקית (mPPase) על ידי כימות שחרור אורתופוספט. השיטה מאפשרת זיהוי תרכובות המעכבות mPPase מ-Thermotoga maritima, מטרה פוטנציאלית לתרופה אנטי-מיקרוביאלית.

מקור: Sarathy, J. P. et al. מבחן קשירת קזאום במבחנה המנבא חדירת תרופות בנגעי שחפת. J. Vis. Exp. (2017)סרטון זה מדגים בדיקה חוץ גופית למדידת קשירת תרופות לקזאום מנגעי שחפת באמצעות דיאליזה מהירה בשיווי משקל. הוא מתאר את השלבים להכנת תרחיפי קזאום, ביצוע דיאליזה וחישוב חלק התרופה הלא קשור כדי לחזות את חדירת התרופה לקזאום.

מקור: Rugjee, K. N. et al., הקמת מערך תפוקה גבוהה לסינון מולקולות קטנות המווסתות איתות c-di-GMP ב- Pseudomonas aeruginosa. J. Vis. Exp. (2016)סרטון זה מדגים את היצירה של זן מדווח מגיב ל-di-GMP מחזורי ב-Pseudomonas aeruginosa באמצעות אלקטרופורציה. טרנספורמציה מוצלחת מאושרת באמצעות בחירת אנטיביוטיקה וניתוח מבוסס...

מקור: Rugjee, K. N., et al. הקמת מערך תפוקה גבוהה לסינון מולקולות קטנות המווסתות איתות c-di-GMP ב-Pseudomonas aeruginosa. J. Vis. Exp. (2016).סרטון זה מדגים את ההקרנה של מאפנני di-GMP מחזוריים באמצעות חיידקים מהונדסים גנטית המבטאים חלבון פלואורסצנטי ירוק (GFP) בשליטת מקדם רגיש ל-c-di-GMP. הקרינה נמדדת בצלחת מרובת בארות המכילה תרכובות בדיקה שונות. תרכובות המעכבות ייצור c-di-GMP מובילות להפחתת הקרינה. לאחר מכן הנתונים מנותחים כדי לזהות מודולטורים פוטנציאליים של איתות c-di-GMP בחיידקים.

מקור: צ'פמן, I. J., et al., אופטימיזציה של בדיקה מולקולרית לקביעת תמותת תאים באורגניזם פוטוסינתטי (Microcystis aeruginosa) באמצעות ציטומטריית זרימה. J. Vis. Exp. (2016)סרטון זה מדגים את השיטה להבחנה בין תאי Microcystis aeruginosa חיים ומתים על ידי שילוב של תיוג בדיקה פלואורסצנטית עם ניתוח ציטומטרי זרימה של אוטו-פלואורסצנציה של פיקוציאנין ואות בדיקה.

מקור: Nickling, J. H., et.al. פפטידים אנטי-מיקרוביאליים המיוצרים על ידי שילוב לחץ סלקטיבי של חומצות אמינו לא קנוניות. J. Vis. Exp. (2018)סרטון זה מדגים בדיקת דיפוזיה של באר אגר המשמשת להערכת הפעילות האנטי-מיקרוביאלית של וריאנטים של ניסין. הוא מראה כיצד לקטוקוקוס לקטיס המבטא את הפפטידאז הקשור לממברנה NisP מפעיל קודמני ניסין המיוצרים ב-E. coli, וכתוצאה מכך הילות עיכוב גדילה. גודלן של הילות אלה משקף את הפעילות הביולוגית של כל וריאנט ניסין.

מקור: Tokunou, Y., et al, זיהוי אלקטרוכימי של השפעת איזוטופ קינטי של דאוטריום על הובלת אלקטרונים חוץ-תאית ב - Shewanella oneidensis MR-1. J. Vis. Exp. (2018)סרטון זה מדגים שיטה אלקטרוכימית של תא שלם כדי להעריך כיצד העברת פרוטונים משפיעה על הובלת אלקטרונים חוץ-תאית (EET) בחיידקים אלקטרואקטיביים. על ידי החלפת פרוטונים בדאוטרונים באמצעות תחמוצת דאוטריום, השיטה מודדת שינויים בזרם כדי לחשוף אפקט איזוטופ קינטי, ומדגישה את תפקיד תנועת הפרוטונים בוויסות זרימת האלקטרונים.

מקור: Dodge, R., et al. ספירת יחידות יוצרות מושבה מהירה בפורמט צלחת של 96 בארות המיושמת על המיקרוביום של דרוזופילה . J. Vis. Exp. (2023)סרטון זה מדגים את הכימות של יחידות יוצרות מושבה (CFUs) של חיידקים הקשורים למעיים בזבובי דרוזופילה באמצעות גישת דילול וציפוי סדרתי. דגימות זבובים הומוגניות המכילות חיידקי מעיים מדוללות באופן סדרתי, מצופות על אגר ומודגרות כדי לאפשר צמיחת מושבה. לאחר מכן מנותחים תמונות של הלוחות באמצעות תוכנה ליישור, פילוח וספירת מושבות בכל נקודה, מה שמאפשר כימות מדויק של CFU.

מקור: Maurakis, S., et al. גידול מוגבל במתכת של Neisseria gonorrhoeae לאפיון גנים המגיבים למתכת ורכישת מתכת מליגנדים מארחים. J. Vis. Exp. (2020).סרטון זה מדגים בדיקת גידול חיידקים מוגבלת מתכת כדי לחקור את תפקידם של גנים המגיבים למתכת. חיידקים מסוג בר ומוטנטיים הגדלים במדיום מדולדל מתכת מודגרים עם ליגנד מתכת, וצמיחתם מנוטרת באמצעות קורא צלחות. בתנאים מדוללי מתכת, החיידקים מסוג הבר מבטאים קולטן פני השטח המאפשר קליטה וצמיחה של מתכות, בעוד שהמוטנט חסר קולטן זה, וכתוצאה מכך צמיחה מוגבלת.

מקור: Maurakis, S., and Cornelissen, C. N. גידול מוגבל במתכת של Neisseria gonorrhoeae לאפיון גנים המגיבים למתכת ורכישת מתכת מליגנדים מארחים. J. Vis. Exp. (2020)סרטון זה מדגים את ההליך לזיהוי מובילי מתכות על פני השטח ב-Neisseria gonorrhoeae הגדלים בתנאים מוגבלים במתכת באמצעות בדיקת כתמי נקודות, הכוללת קשירת ליגנד, זיהוי נוגדנים והדמיה קולורימטרית.

מקור: Chen, Y., et al., מדידה של שיעורי תרגום שגוי מיקובקטריאליים ספציפיים עם מערכות דיווח על רווח תפקוד. J. Vis. Exp. (2019)סרטון זה מדגים שיטה לכימות תרגום שגוי ב-Mycobacterium smegmatis באמצעות GFP הניתן להשראה ומערכת דיווח לוציפראז מוטנטית מופרשת. הוא מראה כיצד נמדדת זוהר הנובע מתרגום שגוי ומשווה אותה לפלואורסצנציה של GFP כדי להעריך את ההשפעה של מולקולת בדיקה על דיוק התרגום.

מקור: Gilmore, S. F. et al. ייצור בקנה מידה נטול תאים ותוספת אדג'ובנטית לחלבון ממברנה חיצונית ראשי רקומביננטי מ-Chlamydia muridarum לפיתוח חיסון. J. Vis. Exp. (2022)סרטון זה מדגים את השימוש בכתמים מערביים כדי להעריך את השלמות המבנית של חלבון הממברנה החיצונית העיקרית (MOMP) בתוך קומפלקסים של חיסונים מבוססי ננו-חלקיקים. הוא מתאר את השלבים העיקריים המעורבים בהעברת חלבון, תיוג נוגדנים והדמיה פלואורסצנטית.

מקור: Stefan, A., et al. היתרונות הרב-גוניים של ביטוי משותף של חלבון ב-Escherichia coli. J. Vis. Exp. (96), (2015).סרטון זה מדגים את הערכת תדירות המוטציות בחיידקים באמצעות בדיקת בטא-גלוקוזידאז. תרביות חיידקים המבטאות פולימראז DNA חסר הגהה נאספות לאורך דורות עוקבים. שגיאות שכפול הנגרמות על ידי הגהה מופחתת עלולות להפעיל גן בטא-גלוקוזידאז מדוכא. לאחר צנטריפוגה וחדירה, מוסיפים סובסטרט ונמדדת פעילות אנזים כדי לכמת את תדירות המוטציות על פני דגימות.

מקור: Jian, X. et al., טיפוח מיקרוביאלי אוטומטי ואבולוציה אדפטיבית באמצעות מערכת תרבית מיקרו-טיפות מיקרוביאלית (MMC). J. Vis. Exp. (2022)סרטון זה מדגים את השימוש בפלטפורמה מבוססת טיפות מיקרופלואידיות לניטור בזמן אמת של צמיחת חיידקים. על ידי יצירת טיפות אחידות המכילות תרחיפי חיידקים והנחיית אותם במסלול זיהוי, המערכת מאפשרת מדידה אופטית רציפה של צפיפות התאים לבניית עקומת גדילה.

קח תרבית של Corynebacterium glutamicum, שעבר טרנספורמציה עם פלסמיד הנושא גן מדווח פלואורסצנטי במורד הזרם של האנטי-טרמינטור של חומצה ריבונוקלאית או רצף RAT, בצלחת מרובת בארות.במהלך השעתוק, ה-RAT-RNA יוצר מבנה לולאת גזע החוסם RNA פולימראז, ועוצר את ביטוי הגן המדווח.הפלסמיד גם מבטא באופן מכונן את LicV, חלבון היתוך המורכב מחלבון קושר RAT-RNA, LicT, ותחום ה-VVD הרגיש לאור כחול.בחושך, LicV נשאר מונומרי ואינו נקשר ללולאת הגזע RAT-RNA, החוסמת את השעתוק של הגן המדווח.האירו את התרבית באור כחול כדי לגרום...

התחל עם תרחיץ המכיל תאי חיידקים שטופלו בננו-חלקיקי כסף המרחפים במטריצה אקסופוליסכריד.הוסף מאגר פוספט לתרחיץ כדי לשמור על pH יציב.לאחר מכן, הציגו תמיסה המכילה גלוקוז ומחוון חמצון חיזור מסיס, ואז דגרו על התערובת. מחוון החיזור משמש כמקבל אלקטרונים.במהלך הדגירה, הגלוקוז ומחוון החיזור נכנסים לתאי חיידקים פעילים מטבולית.התאים מנצלים גלוקוז במהלך הנשימה, ומייצרים אלקטרונים.אלקטרונים אלה מפחיתים את מחוון החיזור למשקע בלתי מסיס בצבע אדום, המצטבר בחיידקים.צנטריפוגה את התערובת כדי להפריד את תאי החיידקים...

קח דילולים סדרתיים של תרבית חיידקים והוסף אליקוטים לבקבוקונים קלורימטריים המכילים מצע גידול.טען את הבקבוקונים האטומים לצלחת מרובת הבארות של מיקרוקלורימטר איזותרמי כדי למדוד את ייצור החום המטבולי.המכשיר מוחזק בטמפרטורה קבועה כדי להבטיח שהחום שזוהה מקורו אך ורק בחילוף החומרים של החיידקים.כאשר חיידקים מפרקים חומרים מזינים ומתרבים, הם משחררים חום שחיישנים מזהים בזמן אמת.במקביל, דגרו בקבוקונים זהים באינקובטור. בעזרת ספקטרופוטומטר, מדוד את הצפיפות האופטית (OD) כדי לנטר את צמיחת החיידקים.באמצעות...

מקור: עלי, א., ואחרים. סקר בתפוקה גבוהה של מבודדים מיקרוביאליים עם השפעה על בריאות Caenorhabditis elegans . J. Vis. Exp. (2022)הסרטון הזה מדגים בדיקה פלואורסצנטית בעלת תפוקה גבוהה להערכת האופן שבו חיידקי המעיים משפיעים על עמידות ללחץ ב-Caenorhabditis elegans. על ידי מעקב אחר פלואורסצנציה כחולה מגרגרי מעי שנקרעו, הבדיקה חושפת אותות מוות מוקדמים יותר בתולעים שנחשפו לחיידקי בדיקה.

מקור: סוטלייף, א. ל. ואחרים. ניתוח תאים חיים של מאמץ גזירה על Pseudomonas aeruginosa באמצעות מערכת מיקרופלואידית אוטומטית עם תפוקה גבוהה יותר. J. Vis. Exp. (2019).סרטון זה מדגים את הכנת לוח מיקרופלואידי למחקרי מאמץ גזירה בתרביות חיידקים. לאחר פריימר התעלות במדיה, תאי חיידק מוכנסים לתעלה הניסיונית ומודגרים לצורך הצמדה. המדיה והתרבות שנותרו מוסרים כדי להכין את המערכת לניסויי מאמץ גזירה עתידיים.

מקור: ברומפילד, ק. ד. ואחרים. טכניקות מעבדה המשמשות לשימור והבחנה בין ביוטיפים של ויבריו כולרה לבידוד קליני וסביבתי. J. Vis. Exp. (2017)סרטון זה מדגים מבחן אגר רך המשתמש בכלוריד טריפנילטטרזוליום להערכת והשוואת תנועתיות זני ויבריו כולרה על ידי המחשת פעילות מטבולית דרך יצירת אזור אדום סביב תאים נודדים באופן פעיל.

מקור: ברומפילד, ק. ד. ואחרים, טכניקות מעבדה המשמשות לשימור והבחנה בין ביוטיפים של ויבריו כולרה לבידוד קליני וסביבתי. J. Vis. Exp. (2017).הסרטון הזה מדגים את מבחן ווגס-פרוסקאואר (VP) להבחנה בין שלושה ביוטיפים של ויבריו כולרה: קלאסי, אל טור מסוג פראי, וגרסה של אל טור. כל תרבית מחוננת לתוך מדיום המכיל גלוקוז, מודגרת ומטופלת ב-α-נפתול ואשלגן הידרוקסיד כדי לזהות נוכחות אצטואין. צבע ורוד-אדום, המצביע על תגובת VP חיובית, נצפה רק בביוטיפ El Tor מסוג פראי, מה שמבדיל אותו מהסוגים הקלאסיים והווריאנטים.

מקור: מטריק, ק. א., לורנס ואחרים, השראת חסימת שכפול ספציפית לאתר ב-E. coli באמצעות מערכת מפעילי מדכא פלואורסצנטי. J. Vis. Exp. (2016)הסרטון הזה מדגים חסימת מזלג שכפול ספציפית לאתר ב-Escherichia coli באמצעות ביטוי מושרה על ידי ערבינוז של TetR חלבון פלואורסצנטי צהוב המתויג בקשר למערכי טטו כרומוזומליים.

מקור: דומסל, ק. ג'. ואחרים. הגברה איזותרמית מתווכת לולאה לסינון סלמונלה במזון לבעלי חיים ואישור סלמונלה מבידוד תרבית. J. Vis. Exp. (2020).סרטון זה מדגים את טכניקת ההגברה האיזותרמית המתווכת בלולאה (LAMP) לזיהוי גן חיידקי מטרה על ידי הגברת DNA בטמפרטורה קבועה. תערובת התגובה מוכנה על ידי הוספת תערובת מאסטר איזותרמית, פריימרים ספציפיים לגן היעד, ודגימות המכילות תבניות DNA. ההגברה מתחילה במכשיר LAMP ומפוטרת פלואורסצנציה בזמן אמת כדי לאשר את נוכחות הגן היעד.

מקור: אייגריין, ל. , ואחרים. הפנמה ותצפית על מולקולות ביולוגיות פלואורסצנטיות במיקרואורגניזמים חיים באמצעות אלקטרופורציה. J. Vis. Exp. (2015)הסרטון מדגים את העברת מולקולות ביולוגיות פלואורסצנטיות לתאים מיקרוביאליים בעלי יכולת אלקטרופוטית באמצעות אלקטרופורציה. התהליך מתחיל בהכנסת DNA או חלבונים מסומנים בפלואורופור לתוך תליית תא מקורר. לאחר מכן מופעל פולס במתח גבוה ליצירת נקבוביות ממברנה זמניות, המאפשרת כניסת ביומולקולה לציטופלזמה. לאחר ההתאוששות, התאים עוברים שטיפה וסינון להסרת מולקולות שאינן...

מקור: קורוקאווה, מ. ואחרים. ניתוח מדויק ומהיר של צמיחת חיידקים. J. Vis. Exp. (2017)הסרטון הזה מדגים את הכימות בתפוקה גבוהה של צמיחת חיידקים באמצעות קורא מיקרופלט. הוא מפרט את השלבים המעורבים בהכנת תרבית, מדידת צפיפות אופטית וניתוח דינמיקת צמיחה.

מקור: דאל, ג'. ואחרים. זיהוי פעילות התלויה ב-pH של Escherichia coli Chaperone HdeB במבחנה ובחיים. J. Vis. Exp. (2016)הסרטון הזה מדגים בדיקה מבוססת ספקטרופוטומטר פלואורסצנציה להערכת פעילות צ'פרון על חלבון סובסטרט תחת לחץ חומצי וחום. הוא מפרט את השלבים לניטור התפתחות התפתחות והצטבר של המצע באמצעות פיזור אור, תוך השוואת תנאים עם ובלי המלווה (chaperone).

מקור: דאל, ג'. ואחרים. זיהוי פעילות התלויה ב-pH של Escherichia coli Chaperone HdeB במבחנה ובחיים. J. Vis. Exp. (2016)הסרטון הזה מדגים את השימוש בתרביות E. coli רקומביננטיות להערכת ההשפעה המגנה של צ'פרון המופעל על ידי חומצה במהלך לחץ חומצי. ניטור צמיחת חיידקים מגלה שיפור בהישרדות בתרביות המבטאות צ'פרונים בהשוואה לבקרות, ומדגיש את תפקידם של הצ'פרונים בייצוב חלבונים תחת תנאי לחץ.

מקור: סטנום, ט. ס. ואחרים. כימות השפע ורמות הטעינה של RNA מעביר באשרכיה קולי. J. Vis. Exp. (2017)סרטון זה מדגים את השימוש באלקטרופורזה ג'ל ובלטינג צפוני לזיהוי והשוואת רמות הטעינה של RNA העברה ב-E. coli על ידי הפרדת צורות אמינואציליאטיות ודיאציליאטיות.

מקור: גולה, ס. ואחרים. ניתוח חוזר של מספר משתנה רב-לוקוס של החיידק הפתוגני לדג Yersinia ruckeri באמצעות Multiplex PCR ואלקטרופורזה קפילרית. J. Vis. Exp. (2019).הסרטון הזה מדגים את ההליך להפרדת אמפליקונים חוזרים עם מספר משתנה (VNTR) המתויגים פלואורסצנטית, שמקורם בחיידק פתוגני לדגים, תוך שימוש באלקטרופורזה קפילרית ליצירת פרופילי אלקטרופרוגרמה ספציפיים לגודל לזיהוי חיידקים.

מקור: Hockett, K. L., ו-Baltrus, D. A. שימוש בטכניקת שכבת האגר הרכה לסינון תרכובות מעכבות שנוצרות על ידי חיידקים. J. Vis. Exp. (2017)הסרטון הזה מדגים את ההליך לזיהוי הריגה מתווכת בקטריוצין על ידי זיהוי סופרנטנט מזן תורם שנגרם על ידי אנטיביוטיקה על שכבת אגר רכה המכילה זן בדיקה. אזורים נקיים שנוצרים לאחר הדגירה מעידים על עיכוב חיידקים.

מקור: קאבין, מ. ט. ואחרים. ניתוח מיקרופלואידי חד-תאי של Bacillus subtilis. J. Vis. Exp. (2018)הסרטון מדגים את השימוש במכשיר מיקרופלואידי לצפייה בצמיחת חיידקים ברמת התא היחיד. הוא מראה כיצד תאי חיידקים לא ניידים, הכלואים בתעלות בקנה מידה מיקרו, מוזנים ומתוחזקים באופן רציף תחת מיקרוסקופ פלואורסצנטי. ההגדרה מאפשרת ויזואליזציה בזמן אמת של חלוקת תאים ומעקב אחר שושלת לאורך דורות שונים.

מקור: שיידוויילר, ד., ואחרים. שילוב מכשירים נוזליים עם מיקרוסקופיה וציטומטריית זרימה לחקר הובלה מיקרוביאלית במדיה נקבובית בקנה מידה מרחבי. J. Vis. Exp. (2020).הסרטון הזה מדגים את השימוש במכשיר מיקרופלואידי לכימות תנועתיות חיידקית באמצעות מטריצה נקבובית המורכבת מעמודים מסודרים באקראי. חיידקים מסומנים פלואורסצנטית מוכנסים למכשיר, מצולמים במיקרוסקופיה כשהם נעים דרך המטריצה הנקבובית אל ערוץ התצפית, ומנותחים ליצירת עקומת פריצת דרך (BTC).

מקור: קים, ה. ואח', סקר רב-אנזימטי באמצעות מערכת סקר אנזימים גנטית בעלת תפוקה גבוהה. J. Vis. Exp. (2016)סרטון זה מדגים שיטת סינון גנטית לזיהוי ביטוי אנזימים באמצעות ספריות פוסמידים מטאגנומיות וסובסטרטים כרוגניים. ציטומטריית זרימה מזהה ומבודדת תאים בודדים המייצרים תוצרים צבעוניים, ומאפשרת בחירה בתפוקה גבוהה של תאים פעילים המבטאים אנזימים.

מקור: סמואלס, ד. ג'יי. ואחרים. גישה מבוססת כרומטוגרפיה נוזלית טנדם–ספקטרומטריית מסה לניתוח מטבוליטים של סטפילוקוקוס אוראוס. J. Vis. Exp. (2017)סרטון זה מדגים את השימוש בכרומטוגרפיה נוזלית–ספקטרומטריית מסה לזיהוי וכמת מטבוליטים תוך-תאיים מ-S. aureus. הוא מפרט את השלבים המעורבים בהפקת מטבוליטים, נרמול פפטידים, כרומטוגרפיה נוזלית וניתוח ספקטרומטרי מסה.