העשרה סלקטיבית ובידוד של חיידקים ימיים מפרקים נפט מדגימות מי ים

תקציר

מקור: וילה, ה. ד. מ. ואחרים. חיפוש זנים מיקרוביאליים לביורימדיאציה ופיתוח פרוביוטיקה למחקר ושימור מטאורגניזמים. J. Vis. Exp. (2019)

סרטון זה מדגים את הבידוד הסלקטיבי של חיידקים ימיים המפרקים נפט על ידי העשרת דגימות מי ים על מדיום מבוסס נפט, מה שמאפשר השחזור של זנים טהורים עם יישומים פוטנציאליים בביורימדיציה של נפט גולמי ובניקוי סביבתי.

פרוטוקול

1. איסוף ואחסון מים ואלמוגים לבידוד מיקרוביאלי

הערה: חשוב לקחת את הקואורדינטות והטמפרטורה של אתרי הדגימה. אם אפשר, מטא-נתונים כמו מליחות, pH, עומק ועוצמת אור יכולים גם הם לסייע במציאת גישות טיפוח מכוונות ופרשנות עתידית של נתונים. לתוצאות אמינות, שמרו את הדגימות מאוחסנות למשך הזמן המינימלי האפשרי. המיקרוביום של מים/אלמוגים עשוי להשתנות משמעותית אם הדגימות לא נשמרות בטמפרטורה הנכונה ו/או נשמרות לפרקי זמן ארוכים. אם שלב הבידוד לא מתבצע מיד לאחר האיסוף, חשוב לשמור על דגימות בטמפרטורה של 4°C עד לעיבוד. ככל שהדגימות נשמרות זמן רב יותר, אפילו בטמפרטורה של 4 מעלות צלזיוס, כך הקהילה המיקרוביאלית תשתנה.

1. לדגום ולאחסן את מי הים.

חומרים

רשימת החומרים שנעשה בהם שימוש במאמר זה

שם	חברה	מספר קטלוג	הערות
בקבוק אחסון מדיה PYREX בנפח 500 מ"ל	תומאס סיינטיפיק/קורנינג	1743E20/1395-500	משמש לטעימת מים.
בקבוקי שאפירטור בנפח 500 מ"ל	תומאס סיינטיפיק/קורנינג	1234B28/1220-2X	משמש להפרדת חלקי השמן.
פלייר חותך חוט בקוטר 6 אינץ'	תומאס סיינטיפיק/רסטק	1173Y64/23033	שימש לחיתוך שברי אלמוגים.
אגר	הימדיה	PCT0901-1 ק"ג	שימש לייצור מדיה מוצקה.
בושנל האס בור	הימדיה	M350-500G	משמש כמדיה מינימלית להשלמת מקורות פחמן.
פלאסק ארלנמאייר	תומאס סיינטיפיק/DWK מדעי החיים (קימבל)	4882H35/26500-125	משמש לדגירה של אלמוגים עם חרוזי זכוכית.
מכסה זרימה למינרי			הייתי צריך לעבוד בתנאים סטריליים.
לוריה ברטאני ברוט, מילר (מילר לוריה ברטאני ברוט)	הימדיה	M1245-1KG	משמש כמדיה עשירה לגידול חיידקים.
מרין אגר 2216 (זובל מרין אגר)	הימדיה	M384-500G	משמש כמדיה עשירה לגידול חיידקים.
חממת מנערת אורביטל			משמש לדגירת מדיה נוזלית ושמן.
חממת לוחות			משמש לדגירת צלחות.
מרגמה ועלי פורצלן	תומאס סיינטיפיק/יונייטד סיינטיפיקס	1201U69/JMD150	משמש להפסקת שברי אלמוגים.
צנטריפוגה מקוררת			משמש לצנטריפוגות תרביות חיידקים.
ספקטרופוטומטר			משמש למדידת צפיפות אופטית של תרביות חיידקים.
ערכת טיהור DNA גנומי של Wizard	פרומגה	A1120	משמש למיצוי DNA של זנים מיקרוביאליים.