$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
1. צביעת ציטומטריה של זרימה של תאים שמקורם במונוציטים נגועים ב-Mtb
הערה: יש לבצע את השלבים הבאים במתקן BSL-3. צביעת ציטומטריית הזרימה יכולה להתבצע בפלטת 96 בארות במקום צינורות.
- נתק את Mycobacterium tuberculosis, תאים נגועים ב- Mtb (ובקרות לא נגועות) מהבארות ב- 6 לוחות הקידוח על ידי דגירה עם 1 מ"ל של חיץ FACS לכל באר למשך 30 דקות לפחות ב- 37 ° C ו- 5% CO2.
- פיפטה בעדינות למעלה ולמטה כמה פעמים כדי להבטיח כי התאים מנותקים. במידת האפשר, לאשר ניתוק תאים עם מיקרוסקופיה. מעבירים את מתלה התא מכל באר לצינור מיקרוצנטריפוגה המכוסה בבורג ומסובבים את הצינורות במהירות של 200 x גרם למשך 5 דקות. יש להשליך את הסופרנאטנט בזהירות על ידי פיפטציה.
- שטפו את גלולת התא בכל צינור פעמיים עם חיץ FACS וסובבו את התאים במהירות של 200 x גרם במשך 5 דקות.
- לצבוע את התאים (בערך 0.5 x 106 עד 1 x 106 תאים / צינור) עם קוקטייל כ 50 μL של נוגדנים אנטי אנושיים מצומדים פלואורוכרום כולל TLR2 (AF647), CD206 (APC-Cy7), CD163 (BV605), CD80 (BV650), CCR7 (BV711), CD86 (BV786), CD200R (PE), CD64 (PE-Dazzle 594), HLA-DR (PE-Cy5) (טבלה 1) בשילוב עם צבע קיימא Zombie-UV במשך 30 דקות ב 4 ° C (מקרר) בחושך.
- שטפו את התאים המוכתמים פעמיים עם 400 μL של מאגר FACS וסובבו את התאים במהירות של 200 x גרם למשך 5 דקות.
- תקן את התאים המוכתמים עם 200 μL של חיץ קיבוע (מוכן טרי) במשך 30 דקות ב- RT בחושך כדי להבטיח השבתה מוחלטת של מיקובקטריה.
- שטף את התאים פעמיים עם 400 μL של מאגר FACS וסחרור ב- 200 x גרם במשך 5 דקות כדי להסיר מאגר תיקון עודף.
- השהה מחדש את התאים הקבועים במאגר FACS של 400 מיקרוליטר והעבר את הדגימות לצינורות מיקרוצנטריפוגות חדשים של 1 מ"ל לפני הוצאתם ממעבדת BSL-3 לציטומטריית זרימה ב- BSL-2. אחסן את התאים המוכתמים ב +4 °C עד לקבלת הדגימה.
הערה: רססו את הצינורות באתנול 70% לפני הוצאתם ממעבדת BSL-3. פורמלדהיד הוא רעיל (מסרטן) ויש לטפל בו בארון בטיחות ביולוגית דרגה II. השליכו פסולת פורמלדהיד לפסולת כימית נפרדת.
2. איסוף נתונים ציטומטריים של זרימה ואנליזה של תאים שמקורם במונוציטים נגועים ב-Mtb
הערה: יש לבצע שלבים 2.1–2.2 לפני צביעת ציטומטריית הזרימה המתוארת לעיל. כדי למנוע בעיות עם גושי תאים ודיסוציאציה של צבעי טנדם לאחר קיבוע תאים, רכישת דגימה של תאים נגועים ב- Mtb ושל תאים לא נגועים מתבצעת תוך 4-10 שעות לאחר צביעת נוגדנים ראשונית.
- לפני צביעת ציטומטריית זרימה שתוארה לעיל, פצה את האות הפלואורסצנטי עבור כל נוגדן מצומד פלואורוכרום המופיע בלוח הצביעה (טבלה 1) באמצעות חרוזי פיצוי (חיוביים ושליליים כאחד).
- טיטרט את דילול הנוגדנים להכתמת מקרופאגים אנושיים כדי לקבל את האות האופטימלי עבור כל פלואורוכרום.
- השתמש בתאים לא מוכתמים כדי לקבוע את רמת פלואורסצנטיות הרקע הנחוצה כדי לקבוע שער לאוכלוסיית התאים השלילית, המאפשר להמחיש את התאים המוכתמים (מקרופאגים הם פלואורסצנטיים אוטומטיים מאוד).
- רכוש לפחות 50,000 תאים/דגימה בציטומטר הזרימה באמצעות התוכנה המומלצת לרכישת נתונים.
- יצא את קובצי הרכישה מציטומטר הזרימה בתבנית תקן ציטומטריית זרימה (FCS) 3.1.
- נתח את קבצי FCS בתוכנת ניתוח ציטומטריה זרימה.
- שער מקרופאגים על פי מאפייני הפיזור קדימה וצידי שלהם (FSC ו- SSC) ואינו כולל תאים מתים על ידי גאט תאים חיים/מתים באמצעות צבע הכדאיות Zombie-UV.
- דמיינו מקרופאגים נגועים H37Rv-GFP בערוץ FITC.
- זהה את התדירות של תאים מוכתמים באופן חיובי ואת עוצמת הפלואורסצנטיות הממוצעת הגיאומטרית (MFI) עבור כל הסמנים (טבלה 1).
טבלה 1: רשימת נוגדנים המשמשים לציטומטריית זרימה.
| לייזר | מסנן | פלואורוכרום | פנוטייפ | פונקציה | שיבוט | מס' קטלוגי | חברה |
| 639 | 670/30 | AF647 | TLR2 | קולטן זיהוי פתוגן | TL2.1 | 309714 | ביולג'נד |
| 639 | 780/60 | APC-Cy7 | CD206 | קולטן מנוז | 15-2 | 321120 | ביולג'נד |
| 405 | 610/20 | BV605 | CD163 | קולטן נבלות | גי/61 | 333616 | ביולג'נד |
| 405 | 670/30 | BV650 | CD80 | מולקולה קו-סטימולטורית | 2D10 | 305227 | ביולג'נד |
| 405 | 710/50 | BV711 | CCR7 | קולטן כימוקין | G043H7 | 353228 | ביולג'נד |
| 405 | 780/60 | BV785 | CD86 | מולקולה קו-סטימולטורית | IT2.2 | 305442 | ביולג'נד |
| 488 | 530/30 | GFP | Mtb | חיידקים תוך-תאיים | | | |
| 561 | 586/15 | PE | CD200R | קולטן מעכב | OX-108 | 329306 | ביולג'נד |
| 561 | 620/14 | PE/סנוור 594 | CD64 | קולטן גמא Fc-I של IgG | 10.1 | 305032 | ביולג'נד |
| 561 | 661/20 | PE-Cy5 (PC5) | HLA-DR | מולקולת MHC Class II | L243 | 307608 | ביולג'נד |
| 355 | 450/50 | BUV395 | צבע כדאיות | סמן תא חי/מת | זומבי UV | 423108 | Invitrogen |