Method Article

טכנולוגיית מיקרו-מערך פפטידי לפרופיל ספציפיות של נוגדנים

July 8th, 2025

In This Article

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

מקור: Cornett, E. M., et al. ניתוח של ספציפיות נוגדני היסטון עם Microarrays פפטידים. J. Vis. Exp. (2017).

סרטון זה מדגים טכניקה המיישמת טכנולוגיית מיקרו-מערך פפטידי כדי לאפיין את הספציפיות של נוגדנים המזהים שינויים לאחר תרגום (PTM) על פפטידי היסטון. שקופית מיקרו-מערך המכילה פפטידים מצומדים פלואורופורים משותקים עם שילובי PTM ידועים מטופלת בנוגדנים ספציפיים ל-PTM מטרה. תהליך זה מסייע לזהות את הספציפיות של הנוגדן למטרה ואת התגובתיות הצולבת הפוטנציאלית שלו עם PTM שאינם מטרה.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. עיצוב פריסת שקופית המערך ולוח המקור

  1. תחת הכותרת 'תכנן פריסת שקופיות' בממשק ArrayNinja, לחץ על הקישור המתאים למדפסת microarray בשימוש.
    הערה: ArrayNinja תוכנת לחקות את התנועה הרובוטית של שתי מדפסות microarray נפוצות (ראה טבלה 1). ניתן להגדיר תאימות עם המערכים האחרים על פי בקשה.
  2. לחץ בתוך תיבת הדו-שיח 'טען לוחית', הקלד "ריק" ולחץ על 'Enter'. ראה איור 1 לצילום מסך של מודול העיצוב ArrayNinja.
  3. כוונן את קוטר הספוט ל- 275 מיקרומטר ואת המרווח הנקודתי ל- 375 מיקרומטר. התאם את ההגדרות הנותרות (בלוקים של לוחות/שורת לוחות, שורות לוח כולל, עותקים משוכפלים, תכונות ב- y, Super Ar....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Results

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

figure-results-1
איור 1: מודול עיצוב ArrayNinja. צילום מסך של מודול העיצוב ArrayNinja מוצג בקו המקווקו. לוח הבקרה (למעלה) מציג את כל הפרמטרים שניתן לשנות במדפסת microaray. כאשר פרמטרים אלה מותאמים, התמונה המצוירת של פריסת השקופית (בפינה השמאלית התחתונה) מתעדכנת בזמן אמת. לאחר הגדרת הפריסה, המשתמש יכול לעבור עם העכבר מעל נקודות בודדות כדי להזין מזהי תכונות ייחודיים. ArrayNinja בונה ממשתמש זה קלט מפה של המיקום של כל תכ.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
לא הוכרז על ניגוד עניינים.

Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
מאגר הדפסהמערךפי.פי.בי
BSAאומניפיור2390
שקופיות מיקרוסקופ זכוכית מצופה סטרפטווידיןגריינר ביו-וואן439003-25
פוליפרופילן 384 צלחת בארגריינר ביו-וואן784201
ביוטין-פלואורסצאיןסיגמא53608
צור קשר עם מדפסת MicroArrayאושון2470מדפסת Microarray Aushon 2470
צור קשר עם מדפסת MicroArrayמכונות גניםOmniGrid 100מדפסת OmniGrid Microarray
PBSInvitrogen14190
מאגר חוסםמערךאס.בי.בי
עט שעווה הידרופובימעבדות וקטוריותH-4000ImmEdge מחסום הידרופובי עט PAP
אטם סיליקוןגרייס ביו-מעבדות622511
כלי הכלאהתרמו סיינטיפיק267061או כלי שיט דומה
נוגדן משני מצומד בצבע פלואורסצנטילייף טכנולוגיותA-21244Alexa Fluor 647 (נגד ארנב)
נוגדן משני מצומד בצבע פלואורסצנטילייף טכנולוגיותA-21235Alexa Fluor 647 (נגד עכבר)
מדפסת שעווהמערךMSI48
טווין-20אומניפיור9490
סורק MicroarrayאינופסיסInnoScan 1100ALאו סורק Microarray שווה ערך
EipTitan היסטון פפטיד Microarrayאפיסייפר112001
AbSurance Pro Histone פפטיד Microarrayמיליפור16668
מערך פפטידי היסטון מעוצביםמוטיב פעיל13001
קוד היסטון פפטיד MicroarraysJPTHis_MA_01
שעווהרויאל אוקשעוות מפרץעבור מדפסת שעווה
תא הכלאה של שקופיות Microarray לחותVWR97000-284
תא שטיפת שקופיות במיקרוסקופ בתפוקה גבוההמערךHTW
צנטריפוגת שקופיות מיקרוסקופVWR93000-204
נוגדן 1אבקאם8898
נוגדן 2מיליפור07-473
פפטיד היסטון ביוטינילציהאפיסייפר12-2001פפטיד לדוגמה. פפטידים דומים עם שינויים שונים זמינים ממספר מקורות מסחריים.
ImageMagickhttps://www.imagemagick.org/script/index.php
מערךנינג'הhttps://rothbartlab.vai.org/tools/
;

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

Peptide MicroarrayAntibody SpecificityHistone PeptidesPost Translational ModificationsFluorescence DetectionMicroarray ScannerHybridization BufferSecondary AntibodiesBlocking BufferWax Imprinter

Related Articles