מאמר שיטה
8 ביולי 2025
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
| שם | חברה | מספר קטלוג | הערות |
|---|---|---|---|
| C. elegans צמיחה, טיפוח והרכבה | |||
| זן חיידקי Escherichia coli, OP50 | המרכז הגנטי Caenorhabditis | OP50 | מזון עבור C. elegans. Uracil auxotroph. אי קולי B. בטיחות ביולוגית רמה 1 |
| HSN GCaMP5+mזן תולעי דובדבן | המרכז הגנטי Caenorhabditis | LX2004 | טרנסגן משולב באמצעות מקדם nlp-3 כדי להניע ביטוי GCaMP5 ו- mCherry ב- HSN. גנוטיפ מלא: vsIs183 [nlp-3p::GCaMP5::nlp-3 3'UTR + nlp-3p::mCherry::nlp-3 3'UTR + lin-15(+)], lite-1(ce314), lin-15(n765ts) X |
| LITE-1(CE314), זן מוטנטי LIN-15(N765TS) להכנת טרנסגנים | מחבר | LX1832 | זן להתאוששות של טרנסגנים בעלי העתקה גבוהה לאחר מיקרו-הזרקה עם פלסמיד הצלה pL15EK lin-15(n765ts). נושא גם את המוטציה המקושרת לייט-1(ce314) המפחיתה את הרגישות לאור כחול. זמין מהמחבר לפי בקשה |
| pL15EK lin-15a/b פלסמיד הצלה גנומי | מחבר | pL15EK | פלסמיד הצלה להתאוששות בעלי חיים טרנסגניים לאחר הזרקה ל- LX1832 Lite-1(CE314), lin-15(n765ts) זן X. זמין מהמחבר לפי בקשה |
| פלסמיד pKMC299 | מחבר | pKMC299 | פלסמיד לביטוי mCherry ב- HSN ממקדם nlp-3. יש nlp-3 3' אזור לא מתורגם |
| פלסמיד pKMC300 | מחבר | pKMC300 | פלסמיד לביטוי GCaMP5 ב- HSN ממקדם nlp-3. יש nlp-3 3' אזור לא מתורגם |
| אשלגן פוספט מונובייסיק | סיגמא | עמ' 8281 | להכנת צלחות NGM |
| אשלגן פוספט דיבייסיק | סיגמא | P5655 | להכנת צלחות NGM |
| מגנזיום סולפט Heptahydrate | אמרסקו | 662 | להכנת צלחות NGM |
| סידן כלורי דיהידראט | אלפא עזר | 12312 | להכנת צלחות NGM |
| פפטון | בקטון דיקינסון | 211820 | להכנת צלחות NGM |
| נתרן כלורי | אמרסקו | 241 | להכנת צלחות NGM |
| כולסטרול | אלפא עזר | A11470 | להכנת צלחות NGM |
| אגר, סוג בקטריולוגי A, טהור במיוחד | אפימטריקס | 10906 | להכנת צלחות NGM |
| צלחות פטרי 60 מ"מ | VWR | 25384-164 | להכנת צלחות NGM |
| 24 x 60 מ"מ מיקרו כיסוי משקפיים, #1.5 | VWR | 48393-251 | זכוכית כיסוי שדרכה מצולמות תולעים |
| 22 x 22 מ"מ מיקרו כיסוי משקפיים, #1 | VWR | 48366-067 | מכסים את הזכוכית שמכסה את החלק העליון של גוש האגר |
| סטריאומיקרוסקופ עם בסיס אור משודר | לייקה | M50 | ניתוח מיקרוסקופ לצורך תחזוקה, היערכות והרכבה של זני תולעים |
| חוט אירידיום פלטינה, (80:20), 0.2 מ"מ | אלפא אסאר | AA39526-BW | להעברת תולעים |
| מיקרוסקופ הדמיית סידן | |||
| שולחן אוויר נגד רעידות | TMC | 63-544 | שולחן מעבדה Micro-g' שולחן נגד רעידות בגודל 30 אינץ' x 48 אינץ' עם CleanTop M6 בגודל 4 אינץ' על גבי 25 מ"מ |
| מיקרוסקופ מורכב הפוך | זיס | 431007-9902-000 | Axio Observer.Z1 מיקרוסקופ הפוך |
| יציאה צדדית L80/R100 (שלושה מצבים) | זיס | 425165-0000-000 | כדי להסיט 20% מהתפוקה למצלמת שדה בהיר (CMOS), 80% למצלמת פלואורסצנטיות (sCMOS) |
| נשא תאורה הטה לאחור | זיס | 423920-0000-000 | להדמיית אינפרא אדום/התנהגות |
| בית מנורה 12V/100W עם אספן | זיס | 423000-9901-000 | להדמיית אינפרא אדום/התנהגות |
| מנורת הלוגן 12V/100W | זיס | 380059-1660-000 | להדמיית אינפרא אדום/התנהגות. נורות LED של אור לבן אינן פולטות אור אינפרא אדום משמעותי, ולכן הן לא יאפשרו הדמיה של שדה בהיר לאחר מסנן הפס האינפרא אדום |
| מסנן פס אינפרא אדום 32 מ"מ (750-790 ננומטר) עבור מנורת הלוגן | זיס | 447958-9000-000 | פ"ד 750-790; DMR 32 מ"מ, להארה אינפרא אדומה עבור שדה בהיר והתנהגות |
| צריח קונדנסור 6 מסננים (LD 0.55 H/DIC/Ph), ממונע | זיס | 424244-0000-000 | להדמיית אינפרא אדום/התנהגות |
| מעבה ותריס | זיס | 423921-0000-000 | להדמיית אינפרא אדום/התנהגות |
| עינית דו-עינית עם צינור פוטו למצלמת CMOS אינפרא אדום | זיס | 425536-0000-000 | להדמיית אינפרא אדום/התנהגות |
| עינית 10x, 23mm | זיס | 444036-9000-000 | ללוקליזציה של תולעים על גוש האגר |
| מתאם C-Mount 2/3" 0.63x demagnifier | זיס | 426113-0000-000 | הרכבה למצלמת CMOS אינפרא אדום |
| מצלמת CMOS עבור שדה בהיר אינפרא אדום והתנהגות (חיישן "1) | FLIR (לשעבר Point Grey Research) | GS3-U3-41C6NIR-C | מצלמה להדמיית שדה בהיר |
| כרטיס בקר מארח USB 3.0 | FLIR (לשעבר Point Grey Research) | ACC-01-1202 | Fresco FL1100, 4 פורטים |
| 8 פינים, כבל GPIO באורך 1 מטר, מחבר מעגלי Hirose HR25 | FLIR (לשעבר Point Grey Research) | ACC-01-3000 | כבל להפעלת TTL. החוט הירוק מתחבר ל- GPIO3 / פין 4 והחוט החום מתחבר להארקה / פין 5 |
| תוכנית-אפוכרומט 20x/0.8 WD=0.55 M27 | זיס | 420650-9901-000 | השילוב הטוב ביותר של הגדלה, צמצם מספרי ומרחק עבודה |
| צריח מחזיר אור 6 קוביות, ממונע | זיס | 424947-0000-000 | להדמיית פלואורסצנטיות |
| רכבת קלה פלואורסצנטית, ממונעת | זיס | 423607-0000-000 | להדמיית פלואורסצנטיות |
| תריס פלואורסצנטי | זיס | 423625-0000-000 | להדמיית פלואורסצנטיות |
| קוביית מסנן עירור ופליטה כפולה GFP ו-mCherry (למיקרוסקופ) | זיס | 489062-9901-000 | FL Filter Set 62 HE BFP+GFP+HcRed להדמיית פלואורסצנטיות |
| מערכת תאורת לד | זיס | 423052-9501-000 | מערכת Colibri.2 LED הניתנת להפעלה לתאורת פלורסנט |
| מודול GFP LED (470 ננומטר) | זיס | 423052-9052-000 | Colibri.2 LED לעירור פלואורסצנטי GFP |
| מודול LED mCherry (590 ננומטר) | זיס | 423052-9082-000 | Colibri.2 LED לעירור פלואורסצנטי mCherry |
| מחוון עצירה של איריס עבור ציוד קל לאירועים | זיס | 000000-1062-360 | קשתית צמצם שדה להגבלת תאורת LED לשדה הראייה של המצלמה |
| מתאם C-Mount 1" 1.0x | זיס | 426114-0000-000 | מתאם למפצל תמונה ומצלמת פלואורסצנטיות sCMOS |
| מפצל תמונות | האמאמאטסו | A12801-01 | Gemini W-View, ניתן להשתמש במפצלי תמונה אחרים, אך ייתכן שהם לא יהיו מותאמים לגודל החיישן הגדול של מצלמות sCMOS |
| GFP / mCherry מראה דיכרואית (מפצל תמונה) | סמרוק | DI02-R594-25x36 | פיצול GCaMP5 מאותות mCherry ואינפרא אדום |
| מסנן פליטת GFP (מפצל תמונה) | סמרוק | FF01-525/30-25 | לכידת פלואורסצנטיות GCaMP5 |
| mCherry/ מסנן פליטה (מפצל תמונה) | סמרוק | FF01-647/57-25 | מסנן זה נחוץ כדי לא לכלול את אור האינפרא אדום המשמש להדמיית שדה בהיר |
| מצלמת sCMOS לפלואורסצנטיות (חיישן 1 אינץ') | האמאמאטסו | A12802-01 / C11440-22CU | אורקה פלאש 4.0 V2. דגמים חדשים יותר מאפשרים הגדרות נפרדות של רכישת תמונה בחצאים נפרדים של החיישן, ומאפשרים רכישה של תמונות דו-ערוציות בשילוב עם מפצל תמונה |
| שלב XY ממונע | Märzhäuser | סריקת הודעות מיידיות 130 x 100 | תנועת במה; רזולוציית XY של שלב זה היא 0.2μm לכל צעד |
| בקר שלב XY עם ג'ויסטיק | לודל | MAC6000, ג'ויסטיק XY | מעקב ידני אחר תולעים. יש לחבר בקר MAC6000 למחשב באמצעות היציאה הטורית (RS-232) המוגדרת ל- 115200 baud |
| לוח רכישה דיגיטלית (DAQ) | ארדואינו | אונו | קבלת טריגרים של TTL ממצלמת sCMOS. יש לטעון את Uno בחבילת Firmata הסטנדרטית, ואת יציאת ה-USB של המחשב המוגדרת ל-57600 baud |
| כבל BNC זכר ל-BNC זכר - 1.8 רגל | טכנולוגיית הוסה | הוב6 | מחברי BNC להפעלת TTL |
| כבל קואקסיאלי זכר BNC מצופה זהב לזכר SMA ("8.8) | אוקסל | 6.08642E+11 | כדי לחבר את יציאת המצלמה הפלואורסצנטית, הדק את יציאות ההדק |
| מתאם ראש סיבוב BNC | האנטק | RRBNCTH21 | מתאם BNC לתקע בננה (4 מ"מ) |
| מחבר BNC נקבה לנקבה | דיאגנג | 20130530009 | מתאם BNC נקבה לנקבה לחיבור יציאת BNC מהמצלמה לתקע בננה |
| חוטי מגשר גמישים ללא הלחמה | Z&T | GK1212827 | כדי לחבר את יציאות ההדק של BNC ל- Arduiono DAQ. זכר לזכר. |
| תחנת עבודה בעלת ביצועים גבוהים | HP | Z820 | Windows 7, 64GB RAM, Dual Xeon processor, Solid State C: כונן, יציאה טורית (RS-232), חריצי PCIe3 מרובים לקישוריות Ethernet, כרטיסי USB 3.0 וכונני Solid State נוספים |
| כונן Solid State מסוג M.2 | סמסונג | MZ-V5P512BW | הזרמה וניתוח מהירים של נתוני תמונה |
| מתאם כונן Solid State M.2 לתחנות עבודה | ליקום | DT-120 | מתאם M.2 ל-PCIe 3.0 בעל ארבעה נתיבים |
| אחסון מחובר לרשת | סינולוגיה | DS-2415+ | אחסון וניתוח נתוני הדמיה |
| כונני דיסקים קשיחים | ווסטרן דיגיטל | WD80EFZX | RED SATA Class 8 TB, 5,400 סל"ד 6 ג'יגה-סיביות לשנייה זיכרון מטמון בנפח 128 מגה-בתים, 3.5 אינץ'. אחסון נתוני הדמיה (10 כוננים + 2 יתירות כונן) |
| תוכנה | |||
| רכישת פלואורסצנטיות | האמאמאטסו | HCImage DIA | הקלטה של רצפי תמונה פלואורסצנטיים דו-ערוציים (GCaMP5 ו-mCherry) בקצב של 20fps |
| רכישת ברייטפילד | FLIR (לשעבר Point Grey Research) | לכידת זבובים | הקלטה של רצפי תמונות JPEG של brightfield |
| קורא יציאות טורי שלב | בונסאי | https://bitbucket.org/horizongir/bonsai | מקל על מעקב אחר תולעים במהלך ההתנהגות |
| תוכנת בקר LED | זיס | מבחן מיקרו ארגז כלים 2011 | כדי להגדיר את העוצמה ולהפעיל קלטים עבור נורות LED שונות ביחידת Colibri.2 |
| ImageJ | NIH | https://imagej.net/Fiji/Downloads | סקירה פשוטה של רצפי תמונות ושינויי עיצוב לייבוא לתוכנת Ratiometric Quantitation |
| הצטיין | מיקרוסופט | 2002984-001-000001 | ליצירת תת-קבוצות של נתוני ערכים מופרדים באמצעות פסיקים מ-Volocity לצורך ניתוח MATLAB |
| מציאת שיא | MATLAB | R2017a | סקריפט המשמש לחישובי תכונות שיא יחס |
| כימות רציומטרי | פרקין אלמר | וולוסיטי 6.3 | מאפשר חישוב של ערוצי תמונה יחסיים, פילוח תמונה לחיפוש עצמים ומדידת יחס של עצמים שנמצאו |
| סקריפטים | |||
| AnalyzeGCaMP_2017.מ | MATLAB | יחס ממוצע וסקריפט צנטרויד XY | ניתוח פלט יחסימטרי בתבנית .csv, איחוד עצמים ומיקומים צנטרואידיים, חישוב שינויי יחס (ΔR/R), זיהוי שיאים ותכונות שיא וכתיבת תרשימים (עם וללא פסגות מבוארות) בתבנית Postscript. לייבוא קובץ מטריצה, הסקריפט יפיק נתונים לשלוש תיקיות: מנותח, פסגות ועקבות. פלט 'מנותח' הוא קובץ מטריצה של האובייקטים המאוחדים עם שש עמודות (יחידות): זמן (ים), שטח (מיקרונים מרובעים), יחס, X צנטרויד (מיקרונים), Y centroid (מיקרונים) ו- ΔR/R. פלט 'פסגות' הוא קובץ מטריצה של נקודות הזמן של הפסגות שנמצאו, המשרעת (ב- ΔR/R), רוחב השיא (ים), והבולטות של הפסגה. פלט 'עקבות' הם קובצי Postscript של עקבות סידן. |
| XY-stage-final.bonsai | בונסאי | קורא יציאות טורי DAQ ומיקום במה המופעל באמצעות TTL | מקליט את מיקום השלב X ו- Y (במיקרונים) כאשר הארדואינו המחובר מקבל אות TTL חיובי ממצלמת sCMOS במהלך חשיפת פריים. סקריפט כותב קובץ .csv עם ארבע עמודות: מספר מסגרת, מיקום X (מיקרונים), מיקום Y (מיקרונים) והזמן שחלף בין מסגרות (בדרך כלל ~ 50 msec בעת הקלטה ב- 20 fps). מיקום שלב X ו- Y מפלט זה (עמודות 2 ו- 3, בהתאמה) מתווספים למיקומי הצנטרויד X ו- Y מה- AnalyzeGCaM |
בקש הרשאה לשימוש חוזר בטקסט או באיורים של מאמר JoVE זה
בקש הרשאה