כתב יד זה מתאר את הגילוי של sumoylation וubiquitination של חלבוני קינטוכור, Ndc10 וNdc80, בcerevisiae Saccharomyces שמרי ניצנים.
מאמר שיטה
כתב יד זה מתאר את הגילוי של sumoylation וubiquitination של חלבוני קינטוכור, Ndc10 וNdc80, בcerevisiae Saccharomyces שמרי ניצנים.
לאחר translational שינויים (PTMs), כגון זרחון, מתילציה, acetylation, ubiquitination, וsumoylation, להסדיר את תפקידם של חלבונים רבים. PTMs של חלבוני קינטוכור שמקשרים עם DNA centromeric לתווך הפרדת כרומוזום נאמן לשמור על יציבות הגנום. גישות ביוכימיות כגון ספקטרומטר מסה וניתוח כתם המערבי הנפוצות ביותר לזיהוי PTMs. הנה, שיטת טיהור חלבון מתוארת המאפשרת זיהוי של שני sumoylation וubiquitination של חלבוני קינטוכור, Ndc10 וNdc80, בSaccharomyces cerevisiae. מתח שמבטא Smt3 מתויג polyhistidine-הדגל (HF-Smt3) וmyc-מתויג Ndc10 או Ndc80 נבנה ומשמש למחקרים שלנו. לגילוי של sumoylation, אנחנו המצאנו פרוטוקול לזיקה לטהר מתויגים חלבוני sumoylated באמצעות חרוזים ניקל ושימוש בניתוח כתם מערבי עם אנטי-Myc נוגדנים לזהות Ndc10 sumoylatedND Ndc80. לגילוי של ubiquitination, אנחנו המצאנו פרוטוקול לimmunoprecipitation של חלבוני myc-מתויגים ושימוש בניתוח כתם מערבי עם נוגדן אנטי-UB להראות שNdc10 וNdc80 הם ubiquitinated. התוצאות שלנו מראות כי epitope מתויג חלבון עניין בו-הדגל מתויג מתח Smt3 מאפשר זיהוי של PTMs מרובה. מחקרים עתידיים צריכים לאפשר ניצול של טכניקה זו כדי לזהות ולאפיין אינטראקציות חלבון שתלויות בPTM ספציפי.
Ubiquitination וsumoylation לאפשר נטיה של היוביקוויטין ומשתנה כמו-יוביקוויטין הקטן (SUMO; Smt3 בcerevisiae ס 1) לחלבון מטרה, בהתאמה. PTMs של חלבוני קינטוכור להשפיע על הרמות הסלולריות שלהם ואינטראקציות בין חלבונים במהלך שלבי מחזור התא שונים על מנת להבטיח הפרדת כרומוזומים נאמן. לדוגמא, רמות סלולריות של Cse4 / CENP-וחלבון קינטוכור החיצוני Dsn1 מוסדרות על ידי proteolysis בתיווך היוביקוויטין להבטחת יציבות הגנום 2-5. יציבות של קבצים מצורפים קינטוכור-microtubule שגויים דורשת B קינאז Ipl1 / אורורה, שphosphorylates מתחמי Dam1 וNdc80 ישירות אינטראקציה עם microtubules 6-8. למרות זיהוי של למעלה משבעים חלבוני קינטוכור, יש מעט מאוד מחקרים שיבדקו את השינויים של חלבונים אלה עם PTMs, למשל, יוביקוויטין וסומו. מגבלה עיקרית היא היכולת לשמור על PTMים במהלך טיהור והמיעוט של נוגדנים מותאמים אישית עבור זיהוי של PTMs כגון sumoylation, זרחון, מתילציה, ואחרים. אפיון של חלבוני קינטוכור sumoylated Ndc10, Cep3, Bir1, וNdc80 מנוצל נוגדן מותאם אישית 9. בנוסף, Ndc10 היה מעורב כמצע לubiquitination 10. האדם Hec1 (Ndc80 בcerevisiae ס) הוא גם מצע עבור ubiquitination, מוסדר על ידי האנזים APC / C-hCdh1 E3 11. לכן, Ndc10 וNdc80 הם מועמדים טובים לאופטימיזציה של הפרוטוקול לזהות שני sumoylation וubiquitination בס cerevisiae.
כדי להקל על זיהוי של sumoylation, בנינו זנים המבטאים HF-Smt3 וNdc10 מתויג Myc או Ndc80. השימוש בתגי epitope (HF: His6-הדגל) ממזער את הרקע בשל תגובה צולבת הנצפה לעתים קרובות בסרום polyclonal הועלה נגד חלבון מועמד. אנחנו המצאנו פרוטוקול לזיקהלטהר conjugates HF-Smt3 ולאחר מכן השתמש באנטי-דגל מסחרי ואנטי-Myc נוגדנים כדי לזהות הנוכחות של Ndc10 sumolyated וNdc80 בהכנת Smt3 מטוהרת. לubiquitination, אנחנו המצאנו פרוטוקול immunoprecipitation שונה המשמר ubiquitination של חלבוני קינטוכור myc-מתויגים וביצעו ניתוח כתם מערבי עם נוגדן אנטי-UB מסחרי כדי לזהות ubiquitination של Ndc10 וNdc80.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
1. צמיחה של תאי שמרים
2. הפקה של חלבונים
3. טיהור של HF-Smt3 conjugates
4. Immunoprecipitation של חלבונים קינטוכור מתויג Myc
5. ניתוח כתם המערבי
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
כדי לזהות sumoylation של חלבוני קינטוכור Ndc80 וNdc10, זנים עם HF-Smt3 וחלבונים מתוייגים Myc קינטוכור (Ndc80 או Ndc10) נבנו (טבלה 2), כפי שתוארו בעבר 9,12. conjugates HF-Smt3 היו מטוהר זיקה באמצעות חרוזים Ni-נת"ע. ניתוח מערבי כתם של מטוהר HF-Smt3 עם גילוי אפשר נוגדן אנטי הדגל של צורות sumoylated של מצעי SUMO שנעדרו במתח השליטה ללא HF-Smt3 (איור 1 א ו -1 B, פנל משמאל). כצפוי, צורות רבות של מצעי SUMO אותרו במתח HF-Smt3. א...
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
תגי epitope כגון HA, Myc, דגל, וGST נמצאים בשימוש נרחב לאנליזה ביוכימית של חלבונים. בנייה של זנים עם HF-Smt3 וחלבוני קינטוכור מתויג Myc, כגון Ndc10 וNdc80, מאפשרת זיהוי של PTMs כגון sumoylation וubiquitination. HF-Smt3 ניתץ assay מאפשר זיהוי של חלבוני קינטוכור sumoylated, Ndc10 וNdc80 (איור 1). פרוטוקול טיהור הזיקה וניתוח כתם המערבי באמצעות נוגדן אנטי הדגל להקים את הספציפיות של אינטראקציה בין HF-Smt3 וחלבוני יעד, כמו חלבונים שונה שלא זוהו בזן השליטה ללא HF-Smt3. ה...
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
למחברים אין מה לחשוף.
אנו מודים לד"ר אוליבר קרשר על התמיכה והייעוץ ולחברי מעבדת בסראי על תמיכתם והערותיהם על המאמר. עבודה זו נתמכה על ידי תוכנית המחקר הפנימי של המכונים הלאומיים לבריאות.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
| שם | חברה | מספר קטלוג | הערות |
|---|---|---|---|
| חרוזי זכוכית | BioSpec מוצרים | 11079105 | קוטר 0.5 מ"מ |
| מיני מקצף חרוזים | BioSpec Products | #693 | 8 תאים משבש |
| Ni-NTA superflow | Qiagen | 30430 | 100 מ"ל |
| קוקטייל מעכב פרוטאז | Sigma-Aldrich | P8215 | 1 מ"ל |
| Anti-c-Myc agarose affinity gel antbody המיוצר בארנב | Sigma-Aldrich | A7470 | 1 מ"ל |
| נוגדן חד-שבטי נגד דגל M2 המיוצר בעכבר | Sigma-Aldrich | F1804 | נוגדן ראשוני, דילול 1:1,000 |
| נוגדן c-Myc (A-14) | Santa Cruz Biotechnology | sc-789 | נוגדן ראשוני, דילול 1:5,000 |
| נוגדן עכבר מטוהר חד שבטי 9E10 | Covance | MMS-150P | נוגדן ראשוני, דילול 1:5,000 |
| יוביקוויטין (P4G7) נוגדן חד-שבטי | Covance | MMS-258R | נוגדן ראשוני, דילול 1:1,000 |
| ECL Rabbit IgG, נוגדן משני שלם Ab | GE Healthcare Life Sciences | NA934V | , דילול 1:5,000 |
| ECL Mouse IgG, Whole Ab | GE Healthcare Life Sciences | NA931V | נוגדן משני, דילול 1:5,000 |
| בדיקת חלבון DC | Bio-Rad | 500-0116 | |
| ממברנת ניטרוצלולוזה | Novex | LC2001 | 0.45 מ"מ גודל נקבוביות |
| NuPAGE 4-12% ג'ל חלבון ביס-טריס | Novex | NP0321BOX | 1.0 מ"מ, 10 באר |
| NuPAGE MES SDS מאגר ריצה | Novex | NP0002 | 20x |
| NuPAGE העברת מאגר Novex | NP0006-1 | 20x | |
| SuperSignal West Pico Chemiluminescent Substrate | Thermo Scientific | 34078 | |
| 10x PBS pH7.4 | GIBCO | 70011-044 | |
| סרט רנטגן רגיש כחול | Dbio | DBOF30003 | |
| מפתח אוטומטי | Kodak | M35AX-OMAT | |
| Nocodazole | Sigma-Aldrich | M1404 | 50 מ"ג |
| MG-132 | Selleck Chemicals | S2619 | 25 מ"ג |
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
בקש הרשאה לשימוש חוזר בטקסט או באיורים של מאמר JoVE זה
בקש הרשאה