אנו מתארים פרוטוקול עבור דור האור היה זרז של מי חמצן - גורם-שותף עבור טרנספורמציות חמצונים.
Method Article
אנו מתארים פרוטוקול עבור דור האור היה זרז של מי חמצן - גורם-שותף עבור טרנספורמציות חמצונים.
Oxidoreductases שייך האנזימים התעשייתיים ביותר להחיל. אף על פי כן, הם צריכים אלקטרונים חיצוניים אשר מספק בדרך כלל יקר ומאתגר. מחזור של NADH תורם אלקטרונים או NADPH מחייב השימוש של אנזימים נוספים מצעי הקרבה. מעניין, כמה oxidoreductases לקבל חמצן כתורם אלקטרונים. בעת היותו זול, מגיב זה לעתים קרובות מקטין את היציבות של אנזימים. פתרון לבעיה זו הוא הדור באתרו של הפקטור. האספקה הרציפה של הפקטור בריכוז נמוך שמניעה את התגובה מבלי לפגוע ביציבות אנזים. מסמך זה מדגים שיטה לייצור האור-catalyzed באתרו של מי חמצן עם הדוגמא של decarboxylase חומצת שומן תלוי heme OleT י"א. Decarboxylase חומצות שומן OleT JE התגלה בשל היכולת הייחודית שלנו להפיק 1-אלקנים ארוכי שרשרת מחומצות שומן, אנזימטי עד כה לא ידועתְגוּבָה. 1-אלקנים משמשים תוספים נרחבים plasticizers וחומרי סיכה. OleT JE הוכח לקבל אלקטרונים מן מי חמצן עבור decarboxylation חמצוני. בעוד תוספת של נזקים מי חמצן האנזים וכתוצאה מכך תשואות נמוכות, בדור באתרו של פקטור עוקף את הבעיה הזאת. מערכת photobiocatalytic תערוכות יתרונות ברורים לגבי פעילות אנזים ואת התשואה, וכתוצאה מכך מערכת פשוטה ויעילה עבור decarboxylation חומצות שומן.
השינוי באקלים ואת הדלדול הנראה לעין של משאבים מתחדשים מהווים איום רציני על החברה שלנו. בהקשר זה, קטליזה אנזים מייצג פוטנציאל עדיין לא מנוצל במלואו לפיתוח בר קיימא "ירוקה" כימית 1. Oxidoreductases יש את היכולת לזרז את כניסתה ושינוי של קבוצות פונקציונליות בתנאי תגובות עדינים שייכים biocatalysts החשוב ביותר 2. רוב טרנספורמציות החיזור דורשות האספקה החיצונית של קו-פקטורים כגון NAD (P) H. שיטות התחדשות פקטור יושמו בקנה מידה תעשייתי. עם זאת, הם עדיין לגרום עלויות גבוהות תהליך, אשר מגבילות את בקשתם בעיקר למוצרים בעלי ערך גבוה. מעניין, כמה peroxidases 3,4 ו monooxygenases P450 5 לקבל אלקטרונים מן מי חמצן דרך המחלף מי שנקרא. בעוד H 2 O 2 הוא שיתוף מגיב זול, זה הוא מדווח harmful עבור אנזימים רבים. יציב במבנה באתרו ריכוזים נמוכים של של מי חמצן הוא גישה מעשית לנהוג התגובה מבלי לפגוע היציבות התפעולית של אנזים.

איור 1. ניסיוני הגדרה של decarboxylation photobiocatalytic חומצות שומן על ידי OleT JE. אנא לחץ כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של דמות זו.
השימוש באור כמקור אנרגיה עבור תהליכים כימיים וביולוגיים כבר מושך תשומת לב גוברת בשנים האחרונות 6. אור מונחה הדור של מי חמצן התפתח שיטה קלה חזקה כדי לספק חמצן עבור טרנספורמציות חיזור (איור 1). Photocatalyst כגון פלבין אדנין mononucleotide (FMN) מאפשרת הסרה של חמצן מולקולרי למי חמצן, אשר לאחר מכן משמש פקטור עבור התגובה oxyfunctionalization האנזימטית. תורם אלקטרונים אפשריים הם חומצת ethylenediaminetetraacetic (EDTA), ascorbate או formiate הזול. השיטה ישימה בדרך כלל H 2 O 2 אנזימים תלויים, כולל peroxidases 3,4 ו P450 monooxygenases 5.
חקרנו לאחרונה היישום של decarboxylase חיידקי הרומן 7 עבור הטרנספורמציה של שומנים טבעיים לתוך אולפינים 8. זה יהיה מסלול קיימא לסינתזה של כימיקלי פלטפורמה בשימוש נרחב ממקור ביו מבוסס. Decarboxylase OleT JE מן sp Jeotgalicoccus חיידק חיובי גרם. מזרז את חמצוני decarboxylation של חומצות שומן ויוצר 1-אלקנים כמוצרים. OleT JE קשורה קשר הדוק monooxygenases P450 חיידקים ועליו אלקטרוני from מי חמצן עבור התגובה.
למרבה הצער, תוספת של H 2 O 2 פתרון של מצע אנזים שהסתיימה בהמרות נמוכות שחזור עניים של התוצאות, ככל הנראה עקב השפעה מזיקה של מי חמצן על יציבות OleT י"א. דור של חלבון היתוך עם רדוקטאז NADPH RhFred עשה NADPH התלוי decarboxylation אפשרי. 9 עם זאת, המחיר הגבוה של NADPH והאפשרויות המוגבלות עבור התחדשות וחסכונית מתבקשים לנו לחקור תורמי אלקטרונים זולים. בהשראת הדמיון של OleT JE עם monooxygenases P450, השתמשנו דור אור היה הזרז של H 2 O 2. שמחנו לקבל המרות גבוהות (עד> 95%) באמצעות תמציות תא חינם או פתרונות אנזים מטוהרים.
עם הדוגמא של decarboxylation חומצות שומן, אנו מציגים פרוטוקול כללי enzym מונחים-אורטרנספורמציות חיזור atic באמצעות FMN כמו מי photocatalyst ומימן כמו-פקטור. השיטות שהוצגו כוללים את הייצור של האנזים בתא רקומביננטי של E. coli, טיהור של האנזים, היישום לסינתזה של 1-אלקנים ועל הניתוח של תוצרי התגובה.
זהירות: יש להתייעץ כל גיליונות נתוני בטיחות חומרים רלוונטיים (MSDS) לפני השימוש. כמה כימיקלים המשמשים סינתזות אלה בחריפות רעילים ומסרטנים. כל הצעדים מעורבים ממיסים אורגניים מזיקים, במיוחד החילוץ של תוצרי התגובה ואת derivatization של חומצות שומן חייב להתבצע תחת במנדף שימוש בציוד מגן אישי (משקפי מגן, כפפות, חלוק, מכנסיים באורך מלא, נעליים סגורות ). כל הפעולות הכרוכות אורגניזמים מהונדסים גנטית בעבודה זו דורשת התקנות שאושרו לטיפול של אורגניזמים מהונדסים גנטית של S1 בטיחות ברמה.
1. הביטוי של JE רקומביננטי decarboxylase OleT ב E. coli
2. biotransformation אור-catalyzed
הערה: הגורם הכיול נקבע במיוחד עבור עמודה זו עבור כל מצע מוצר על ידי חישוב עקום הסטנדרט מן לסכומים ידועים של חומרי derivatized ואזור השיא המקביל שלהם. בעוד התוספת של מי חמצן לתערובת התגובה הביאה נמוך עד בינוני מרות (<10%), בדור באתרו של מי חמצן מוגבר ההמרה עד מרת 80%. ניתוח על פי GC / MS מציג את ההיווצרות של אולפינים מחומצות שומן (איור 2).

איור 2. (א) פרופיל טמפרטורה למדידות GC / MS. (ב) טביעות אצבע של משחררי 1-heptadecene אחרי 11.4 דקות. (C) יונים שבר מאפיין משני C n H 2n-1 של למופת אולפינים מסוף המוצגים עבור 1-heptadecene. אנא לחץ כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של דמות זו.
-together.within-page = "1"> תגובת האור-catalyzed השיגה המרות גבוהות עם תמציות ללא תאים של E. coli. פתרון אנזים מטוהר הראה מתאם ברור בין ריכוז אנזים ומר. הגדלת הריכוז של עופרת FMN מולקולת אור-קציר להמרות גבוהה. עם זאת, להגדיל את הריכוז מעל 10 מ"מ לא נוספת להאיץ את התגובות, המציין את כמות מי חמצן זמין מספיק כבר לא הגורם המגביל.
בנוסף decarboxylation של חומצות שומן, OleT JE גם מזרז hydroxylation in-העמדה β. המרה של חומצה סטארית, את decarboxylation הוא מהיר בערך פי שלושה מאשר hydroxylation. בניסוי טיפוסי באמצעות פתרון של חומצה סטארית 0.5 מ"מ ו 10 מיקרומטר FMN, 99% של המצע הוסבו תערובת של 1-heptadecene וחומצה 2-hydroxystearic עם יחס של3.3: 1 (איור 3) 8. מבדיקה של הספקטרום המצע של Biocatalysis מונחי-האור הראו כי חומצות שומן עם שרשראות acyl עוד, OleT JE מועדף מזרז את decarboxylation, בעוד הכמות היחסית של חומצות שומן הידרוקסיל בתערובת המוצר גדל עם אורך שרשרת קצר. חומצות שומן קצרות יותר חומצת myristic (C14) שלא עברו decarboxylation.

איור 3. ניתוח chromatographic גז של OleT JE בתיווך decarboxylation של חומצה סטארית (11.15 דק ') לתוך 1-heptadecene (8.4 דק'), חומצה סטארית-הידרוקסי α (12.04 דק ') חומצה סטארית β-הידרוקסי (12.1 דק'). השינוי של אזורי השיא ממדגמים השתלטו קורס פעמי של 2 hr מוצג. נא ללחוץ כאן vieווה גרסה גדולה יותר של דמות זו.
באופן מפתיע, חומצה אולאית בלתי רוויות חומצות (C18: 1d9 cis) וחומצה לינולאית (C18: 2d9d12) לא נתקבלו כמו מצעים, המציין כי תצורת המעוות של קשרים כפולים ציס לא ניתן לאכלס מצב מחייב פרודוקטיבי האנזים. תוספת של חומצה אולאית (10%) גם מנעה את ההמרה של חומצה סטארית. מעניין, חומצה סטארית (C18: 1d9 טרנס) הוסב על ידי OleT JE, עדיין עם פעילות נמוכה מעט ואז חומצה סטארית.
דור מונחים-האור של מי חמצן יכול להיות מיושם עבור טרנספורמציות חיזור טווח, כולל peroxygenases 3, chloroperoxidases 10 ו P450 monooxygenases 5. זוהי גישה קלה מבחינה מעשית. בטווח הארוך, את השימוש של אור הנראה פותח המבט לנצל את אור שמש טרנספורמציות כימיות, המהווה חלופה בת קיימא לתגובות אנרגיה עשירה.
השיטה ישימה עם אנזים מטוהר או עם תמצית תא ללא. בעוד שהאחרון דורש פחות עלות ועבודה, יש לציין כי מולקולות קטנות בקטע הגולמי עלולות להפריע המרה היה זרז האור. גישה מעשית היא להסיר רכיבים קטנים אלה עם micromembrane (כלומר, על ידי צנטריפוגה ביחידה מסננת צנטריפוגלי או על ידי דיאליזה). ריכוז של המולקולה אור-קציר FMN קובע את הריכוז של מי חמצן. בהתאם affinity של oxidoreductase, ריכוז זה יש משקל מכריע הפעילות האנזימטית. גורם חשוב נוסף הוא הריכוז של EDTA תורם אלקטרון ההקרבה. הפרמטר החשוב ביותר, לעומת זאת, הוא היציבות התפעולית הפעילות של האנזים.
Olefinization של חומצות שומן הוא תגובה אלגנטית עבור ההמרה של חומצות שומן ביו המבוסס לתוך אולפינים ששייכים הסחורות הגדולות לתעשייה הכימית. Decarboxylation biocatalytic מונחה האור יכול להתבצע בטמפרטורת החדר ב- pH נייטרלי, אשר מציעה יתרונות ברורים במונחים של אחריות סביבתית.
התוצאות שלנו מראות כי בדור באתרו של מי חמצן היא אסטרטגיה לספק את הפקטור מבלי לפגוע ביציבות אנזים, אשר מוביל להמרה גבוהה. שיטות הווה להתחדשות פקטור להשתמש במוצרים חקלאיים או כימיקלים מבוססי נפט. אור מונע תגובות הם מתעוררים כמו אלטרנטיבה מתחדשת. עתידמחקר יוקדש שיטות ההחלפה של EDTA מגיב ההקרבה ידי מולקולות זולות כדי להפחית את הכמות של FMN המולקולה-קציר אור.
המחברים מצהירים שאין להם אינטרסים פיננסיים מתחרים.
R.K. ו-F.H. אסירי תודה לנציבות האיחוד האירופי על התמיכה הכספית במפלים הביולוגיים של Marie-Sklodowska ITN (מס' 634200).
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
|---|---|---|---|
| <חזק>כימיקלים | |||
| אמפיצילין | סיגמא אולדריץ' | 69-52-3 | |
| מגיב ברדפורד | רוט | K015.1 | |
| BSA | סיגמא אולדריץ' | 90604-29-8 | |
| DMSO | סיגמא אולדריץ' | 67-68-5 | |
| אתיל אצטט | פישר כימיקל | 141-78-6 | |
| Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA) | Roth | 8043.1 | |
| ריבופלבין 5-מונופוספט נתרן מלח הידרט | סיגמא אולדריץ' | 130-40-5 | |
| חומצה הידרוכלורידית 37% | סיגמא אולדריץ' | 7647-01-0 | |
| מי חמצן 30% | סיגמא אולדריץ' | 7722-84-1 | |
| &דלתא;-חומצה לבולית | סיגמא אולדריץ | '5451-09-2 | |
| N-Methyl-N-(Trimethylsilyl)trifluoro acetamide (MSTFA) | Sigma Aldrich | 24589-78-4 | |
| חומצה מיריסטית >99% | Sigma Aldrich | 208-875-2 | |
| אימידזול | סיגמא אולדריץ' | 288-32-4 | |
| נתרן כלורי | פישר כימיקל | 7647-14-5 | |
| חומצה סטארית >99% | סיגמא אולדריץ' | 57-11-4 | |
| טטרציקלין | סיגמא אולדריץ' | 60-54-8 | |
| טרגיטול | סיגמא אולדריץ' | MFCD01779855 | |
| Tris(hydroxymethyl)-aminomethan | Sigma Aldrich | 77-86-1 | |
| Device | |||
| Incubator shaker | G-25CK | New Brunswick Scientific | |
| Ecotron | Infors HT | ||
| צנטריפוגה | Labofuge 400R | Heraeus | |
| RC 5B Plus | Sorvall | ||
| Fresco 17 | תרמו מדעיים | ||
| SS34 | Sorvall | ||
| SLA | Sorvall | ||
| ספסל נקי | Envirco | Ceag Schirp Reinraum טכניק | |
| טור GC-FID | CP-Sil 5CB (30 מ' x 0.25 מ"מ x 0.25 ומיקרו; m) | GC-MS Agilent Technologies | |
| קולומן נימי ארבע-צדדי (VF-5 ms + 5 m EZ Guard) | Varian | ||
| GC-FID | GC-2010 פלוס | Shimadzu | |
| GC-MS | IST-40 | Varian | |
| מערבל מגנטי | RCT קלאסי | IKA | |
| מד pH | SevenEasy | Mettler toledo | |
| Sonicator | ברנסון סוניפייר 250 | ברנסון | |
| פוטומטר ספקטרלי | FLUOstar Omega | BMG Labtech | |
| Equipment | |||
| Affinity chromatography עמוד | הספין שלו Pur Ni-NTA | Thermo Scientific | |
| Centricon | Vivaspin turbo 15 | VWR International | |
| Microtiter plates | 96 Well Multiply® צלחות PCR | Sarstedt |
Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article
Request Permission