כתב יד זה מתאר שיטה פשוטה למדידת ה-pH והשטח הפגוזומלי וכן את ה-pH הציטופלזמי של נויטרופילים אנושיים ועכברים באמצעות האינדיקטור היחסי seminaphthorhodafluor (SNARF)-1, או S-1. זה מושג באמצעות מיקרוסקופ פלואורסצנטי קונפוקלי של תאים חיים וניתוח תמונה.
מאמר שיטה
כתב יד זה מתאר שיטה פשוטה למדידת ה-pH והשטח הפגוזומלי וכן את ה-pH הציטופלזמי של נויטרופילים אנושיים ועכברים באמצעות האינדיקטור היחסי seminaphthorhodafluor (SNARF)-1, או S-1. זה מושג באמצעות מיקרוסקופ פלואורסצנטי קונפוקלי של תאים חיים וניתוח תמונה.
נויטרופילים הם קריטיים לארח הגנת מולד, וכתוצאה מכך, מהווים תחום חשוב של מחקר רפואי. Phagosome, התא התאי שבו ההרג והעיכול של חלקיקים הציפו להתקיים, הוא הזירה העיקרית הרג הפתוגן נויטרופילים הדורש רגולציה הדוקה. Phagosomal pH הוא היבט אחד כי נשלט בקפידה, בתורו מסדיר פעילות הפרוטאז מיקרוביאלית. רבים ניאון צבעי pH רגיש שימשו כדי להמחיש את הסביבה phagosomal. יש S-1 מספר יתרונות על פני צבעי pH אחרים רגיש, כוללים ספקטרום הפליטה הכפול שלה, עמידותו-הלבנת תמונה, ואת pKa הגבוהה שלה. באמצעות שיטה זו, אנו הוכחנו כי phagosome נויטרופילים הוא אלקליין חריג בהשוואת פגוציטים אחרים. באמצעות הטיות ביוכימיים שונים של הצבע, phagosome ניתן שמסומן מן הציטופלסמה כך ששינויים בגודל ובצורה של phagosome ניתן להעריך. זה מאפשר Fאו ניטור נוסף של תנועה יונית.
נויטרופילים הם תא החיסון המולד בשכיחותו בגוף. תפקידה העיקרי שלו מורכב המסיירים הדם ואת ומלטפות, מעכלים את החלקיקים הזרים כי היא עשויה להיתקל בתהליך המכונה phagocytosis 1, 2. החלקיקים מפורקים בתא של תאיים שנקרא phagosome. הפעלת האנזים מונואמין NADPH נויטרופילים, את NOX2 איזופורם, יוזם מפל של תגובות ביוכימיות המסתיימת במותו של הפתוגן. יחידות משנה חלבון NOX2 להמשיך לגבש מורכבת שרשרת העברת אלקטרונים בקרום phagosomal 3. לאחר הפעלה, זה מעביר אלקטרונים מן NADPH דרך הממברנה לחמצן מולקולרי בתוך phagosome, הפקת אניוני דיסמוטאז ומיני חמצן תגובתי נוספת. תופעה זו ידועה בשם פרץ הנשימה, והוא נחשב חיוני הרג חיידקים יעיל בעיכול 2 . עם זאת, תנועה בלעדית זו של מטען שלילי על פני הקרום שבקרוב להשבית NOX2 אם זה לא יפוצה על ידי מטען חיובי נעים ו / או מטען שלילי נע מתוך phagosome. זה הוכח גם כי הרוב המכריע של פיצוי תשלום נויטרופילים מתבצע על ידי ערוץ הפרוטון 4 HVCN1, 5. ערוץ זה מאפשר תנועה פסיבית של פרוטונים לאורך שיפוע אלקטרוכימיים שלהם מן cytosol לתוך phagosome. ריכוז Proton משתקף על ידי pH, כך על רמה מסוימת של פעילות אנזים מונואמין, מדידת pH של phagosome יכול לספק מידע על ההשתתפות היחסית של מסלולי protonic ולא protonic כפיצוי תשלום.
Phagosome נויטרופילים האנושי יש pH בסיסי של כ 8.5 עבור 20-30 דקות לאחר phagocytosis 5. זה מרמז על קיומו של תעלות יונים הלא-פרוטונים נוספים NOX2-induced פיצוי תשלום, כמו פיוז'ן ושחרור תכולתו של גרגרי חומצי ופיצוי בלעדי ידי HVCN1 ישמור בסביבת חומצית, בניגוד לזה שנצפה. התנועה של יונים לפצות מטען שלילי זה עשוי גם להפעיל שינויים בגודל phagosome באמצעות אוסמוזה. יונים יכול להיות אלה הנמצאים נויטרופילים בריכוזים פיסיולוגיים גבוהים: יוני אשלגן הוכחו לנוע לתוך phagosome 6, ותנועה יונית כלוריד היא עוד מועמד חשוב נויטרופילים פונקציה 7.
הסדרת pH של phagosome חיונית עבור פעילות הפרוטאז מיקרוביאלית 5. Myeloperoxidase (MPO) נראה שיש פעילות אופטימלית ב- pH 6, בעוד שעבור cathepsin G ו אלסטט, רמות אופטימליות הן pH 7-9 ו pH 8-10, בהתאמה 5. לכן, שינוי חולף ב pH phagosomal עשוי לספק נישות פעילות אנזימים שונים כיףction. הבנה כיצד pH מעורב בהרג חיידקים נויטרופילים עשויה לספק מידע שימושי עבור העיצוב של סוכני מיקרוביאלית רומן משלים-נויטרופילים.
Phagosome נויטרופילים היא סביבה מאוד תגובתי. זה עושה את זה קשה להעריך במדויק pH, בגלל צבע ניתן חמצון בקלות, מה שמוביל חפצים טכניים. מבחינה היסטורית, isothiocyanate והעמסת (FITC) כבר צבע של בחירה למדוד תאיים pH 8, 9. עם זאת, יש כמה חסרונות לשימוש שלה במדידת pH נויטרופילים phagosomal. יש לה pKa של 6.4 10, מה שאומר שזה יכול במדויק רק לשמש כדי להעריך את רמות מה PH 5 עד 7.5 8, כמו מרווה ב- pH <8 11. כמו pH נויטרופילים phagosomal יכול להיות הרבה יותר אלקליין 5, FITC לא יכול ללכוד מגוון רחב של שינויים pH פוטנציאל. Signifi נוספתהבעיה צביעות עם FITC בהקשר של נויטרופילים היא שזה נחשב להיות photobleached ידי MPO 12. מעכב MPO, יזיד הנתרן, יכול לשמש כדי להגביל photobleaching 13, אבל זה הוכח כי יזיד הנתרן ישירות מוריד את רמת חומציות phagosomal באופן MPO עצמאי ולכן היא בלתי הולמת לשימוש מבחנים כגון 5.
לעומת צבעי תאיים אחרים, S-1 יש pKa גבוה יחסית של 7.5 10. בתנאים חומציים, המולקולה היא protonated ומייצרת אות פליטה בין 560 ו 600 ננומטר כאשר נרגש על 488 ננומטר ומעלה. כאשר המולקולה היא deprotonated בלמעלה תנאי בסיסי, גל הפליטה נגמר 600 ננומטר. יחס של עוצמות הקרינה בשני אורכי גל אלה מצביע על שינוי הפליטה, המהווה יותר הוא אמין יותר מאשר מדידות קרינה יחידות, כפי שהוא אינו מושפע על ידי ריכוז fluorophore ואת מבנה תא. S-1 ניתן מצומדות חומר אנטיגני, כגון zymosan 14, אם כי-הרג חום (HK) קנדידה אלביקנס היא מועדף, שכן שטח הפנים הגדול יותר נותן קריאת קרינה עקבית יותר.
השתמשנו גם שינוי של השיטה בחקר שינויים זמניים ב pH (איור 3) 5. שיטה זו למדידת pH cytosolic ניתן ליישם בקלות סוגי תאים אחרים, כמתואר במקום אחר 15, 16, ו תאים עם phagosomes אלקליין יותר 14.
בהצהרת אתיקה: כל עבודת החיה נערכת עם הרישיון והאישור של משרד פן בריטניה. השתתפות אדם במחקר זה אושר על ידי ועדת UCL המשותפת / UCLH על האתיקה של מחקר אדם. כל המשתתפים סיפקו הסכמה מדעת.
1. הכנת ג אלביקנס
2. S-1 צימוד חום-הרג (HK) קנדידה
3. בידוד של נויטרופילים
4. הכנת שקופיות
5. מיקרוסקופיה confocal
6. ניסויי כיול
ניתוח תמונה 7.
הערה: הנה, הוראות לניתוח תמונה (לכמת הקרינה) באמצעות ImageJ התוכנה החופשי מסופקת. שימוש ImageJ מומלץ.
איור 1 מציג תצלומי neutrophils ממקורות שונים כדי להדגים סביבות פגוזומליות משתנות. כדי להקל על האנליזה הכמותית, חשוב לזרוע בבארים מספר תאים מתאים: מספר רב מדי יגרום לתאים להערם זה על זה, מה שיקשה על צפייה מדויקת בפגוזומים סגורים; מספר קטן מדי יספק, כמובן, פחות תוצאות, במיוחד מכיוון שלא כל neutrophil יבצע פגוציטוזה. איור 2 הוא תמונה עם רוויית יתר; ניתן להעריך זאת על ידי פיצול התמונה בין שני הערוצים שלה (באמצעות תוכנת המיקרוסקופ המומלצת ברשימת החומרים או תוכנה שו Equivalente) — נקודות אדומות מראות היכן זוהתה פלואורסצנציה מקסימלית. ניתן למנוע זאת על ידי הפחתת עוצמת הלייזר. עקומות כיול המשתמשות במערכות בופר שונות מוצגות באיור 3, המותאם מ-Levine et al.5. פסי השגיאה מראים כי קיימת שונות מסוימת בפלואורסצנציה בין הקריאות. איור 4 נותן דוגמה לאופן שבו ניתן להציג את הנתונים עבור pH ושטח הפגוזום. גישה זו מאפשרת להציג כל מדידה בודדת עם boxplot חופף. עם זאת, ניתן להציג את הנתונים גם בתרשים היסטוגרמה.

איור 1: תמונות מצב מייצגות של נויטרופילים מבני אדם ומעכברים. בצד ימין קיצוני מופיע מפתח ויזואלי איכותני של הצבע המקורב של הפגוזומים הצבועים ב-S-1 בהתאמה ל-pH. צבע צהוב מעיד על חומציות גבוהה יותר, בעוד שצבע אדום מעיד על בסיסיות גבוהה יותר. (A) מראה נויטרופילים ממח העצם של עכבר Hvcn1-/- כ-20 min לאחר פגוציטוזה. הפגוזומים נראים אדומים מאוד, בסיסיים ונפוחים. החץ האדום בחלק הימני התחתון של התמונה מצביע על Candida תוך-תאי, בעוד שהחץ בפינה השמאלית העליונה מצביע על חלקיק חוץ-תאי. (B) מראה נויטרופילים ממח העצם של עכבר מסוג wildtype שבצעו פגוציטוזה של Candida; הם הרבה פחות בסיסיים מתאי Hvcn1-/-. (C) מראה נויטרופילים מדם פריפרי של בני אדם באותה נקודת זמן לאחר פגוציטוזה. הם נראים מעט יותר בסיסיים מתאי ה-wildtype של העכבר, אך הפגוזומים עדיין אינם גדולים ואדומים כמו בתאי Hcvn1-/-. (D) מראה נויטרופילים אנושיים שבצעו פגוציטוזה של Candida בנוכחות 5 µM של diphenylene iodonium (DPI). כל הפגוזומים חומציים מאוד, עם pH של 6 או פחות; התרופה מעכבת את ה-NADPH oxidase, ולכן אין תנועת יונים מפצה. הפרוטונים השתחררו מהגרנולות החומציות המתמזגות עם הפגוזום גורמים ל-pH חומצי20, וגיוס מוגבר של V-ATPase לממברנת הפגוזום בעקבות טיפול ב-DPI9. הציטופלזמה נראית גם היא בסיסית יותר בהשוואה לתאים מהתנאים האחרים. אנא לחצו כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של איור זה.

איור 2: רוויה יתרה (Over-saturation) של נויטרופילים ממחית העצם של עכברים Hvcn1-/-. חשוב להחריג מהניתוח תמונות שבהן נתוני הפלואורסצנציה נמצאים ברוויה יתרה. כפי שמתואר בסעיף 5.3, התמונה המורכבת מופעלת כשני דימויים (בפינה השמאלית העליונה, חץ אדום) שבהם שני הערוצים מוצגים בנפרד. בתוכנה זו, כאשר מופעל מצביע הטווח (range indicator) (בפינה השמאלית התחתונה, חץ אדום), כל פיקסל הנמצא ברוויה יתרה יופיע בצבע אדום בוהק. קיימת רוויה יתרה בשני הערוצים (1 ו-2). בחלק התחתון מימין מוצגת הגדלה של מספר תאים ושל Candida חוץ-תאית, עם חצים המצביעים על האזורים המושפעים. ניתוח של נקודות אלו יוביל למדידה רציומטרית שגויה. אנא לחצו כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של איור זה.

איור 3: עקומות כיול סטנדרטיות להמרת יחסי פלואורסצנציית S-1 למדידות pH. העקומות הסטנדרטיות עבור Candida לבדה בבופרים השונים (מסומנים כ-"Tris") וכאשר התאים הופכים לחדירים באמצעות ספונין ("Saponin") דומות מאוד, מה שמראה כי קריאות ה-S-1 בתוך התא ומחוצה לו (פגוזום ומדיום חוץ-תאי) הן ניתנות להשוואה. פסי השגיאה מייצגים את הממוצע ± SD. עקומת יחס S-1/pH היא קצרה יותר כאשר היא נבדקת בציטופלזמה ("Cytoplasm"), דבר שיש לקחת בחשבון בניתוח התמונות. איור זה עובד מתוך Levine et al.5. יש ללחוץ כאן כדי לצפות בגרסה מורחבת של איור זה.

איור 4: כימות של pH ושטח הפגוזום. איור זה מציג דוגמה להצגת נתונים. הגרפים הופקו באמצעות תוכנת התכנות R. A: מציג את היחס הפגוזומלי ואת ה-pH התואם עבור A (Hvcn1-/- A: נויטרופילים ממוח עצם של עכבר), B: נויטרופילים ממוח עצם של עכבר מסוג בר (wildtype), C: נויטרופילים מדם פריפריאלי אנושי, ו-D: נויטרופילים אנושיים עם 5 µM DPI n = 3/300. מדידות בודדות מוצגות כריבועים קטנים, כשמעליהם מוצג תרשים קופסה הכולל את החציון ואת הטווח הבינקוויטלי. פס אדום מייצג את הממוצע. כפי שניתן לראות בתמונות ב- איור 1, Hvcn1-/- לתאים יש פגוזומיים בסיסיים מאוד בהשוואה לנייטרופילים של עכברים ובני אדם מסוג בר (wildtype). כמו כן, יש להם שטח פגוזומי גדול יותר (איור 4B, n = 3/300). פגוזומים של נויטרופילים אנושיים הם בסיסיים יותר במעט וגדולים יותר מאלו של נויטרופילים של עכברים מסוג פרא (wildtype), בעוד שלנויטרופילים אנושיים שהודגרו עם DPI יש פגוזומים חומציים מאוד וקטנים. אנא לחצו כאן כדי לצפות בגרסה מורחבת של איור זה.
| בופר תמיסת מלחים מאוזנת (BSS) | |||
| NaCl | 156 mM | ||
| KCl | 3 mM | ||
| MgSO4 | 2 mM | ||
| KH2PO4 | 1.25 mM | ||
| CaCl2 | 2 mM | ||
| Glucose | 10 mM | ||
| Hepes | 10 mM | ||
| pH 7.4 באמצעות NaOH או HCl | |||
| מצע YPD נוזלי | |||
| YPD broth | 50 g | ||
| מים מזוקקים | 1 L | ||
| סטריליזציה באוטוקלב ב-121 °C למשך 15 min | |||
| עבור אגר YPD: לפני הסטריליזציה באוטוקלב יש להוסיף 15 g/L אגר | |||
| תמיסת דקסטראן 10% | |||
| Dextran בדרגה קלינית | 50 g | ||
| NaCl | 4.5 g | ||
| מים מזוקקים | 500 mL | ||
| יש להעביר לבקבוק זכוכית ולסטריליזציה באוטוקלב ב-121 °C למשך 15 min | |||
| תמיסת מלח 2x | |||
| NaCl | 18 g | ||
| מים מזוקקים | 1 L | ||
| יש להעביר לבקבוק זכוכית ולסטריליזציה באוטוקלב ב-121 °C למשך 15 min | |||
| מלאי ספונין 10% | |||
| בופר BSS | 50 mL | ||
| Saponin | 5 g | ||
| יש לחמם את בופר BSS ל-37 °C, להוסיף ספונין ולערבב. | |||
| יש להוסיף 0.1% sodium azide כחומר משמר, ולשמור את התערובת ב-4 °C. | |||
| בופרי כיול | |||
| עקומת סטנדרט ל-Candida | |||
| ראשית יש להכין תמיסות מלאי בריכוז 0.15 M עבור כל בופר | |||
| יש להכין תמיסת NaCl בריכוז 0.15 M | |||
| נפח סופי של 15 mL: 5 mL של תמיסת הבופר הרצויה בריכוז 0.15 M + 10 mL תמיסת NaCl בריכוז 0.15 M | |||
| pH 3 | 100 mM NaCl | 50 mM glycine | |
| pH 4 | 100 mM NaCl | 50 mM acetate | |
| pH 5 | 100 mM NaCl | 50 mM acetate | |
| pH 6 | 100 mM NaCl | 50 mM acetate | |
| pH 7 | 100 mM NaCl | 50 mM Tris | |
| pH 8 | 100 mM NaCl | 50 mM Tris | |
| pH 9 | 100 mM NaCl | 50 mM Tris | |
| pH 10 | 100 mM NaCl | 50 mM glycine | |
| pH 11 | 100 mM NaCl | 50 mM phosphate | |
| pH 12 | 100 mM NaCl | 50 mM phosphate | |
| pH 13 | 100 mM NaCl | 50 mM phosphate | |
| עקומת סטנדרט ציטוזולית | |||
| יש להשתמש בתמיסות בופר מלאי 0.15 M שהוכנו קודם לכן | |||
| יש להכין תמיסת KCl בריכוז 0.15 M | |||
| נפח סופי של 15 mL: 5 mL של הבופר הרצוי בריכוז 0.15 M + 10 mL תמיסת KCl בריכוז 0.15 M | |||
| מלאי של nigericin בריכוז 10 mM באתנול; יש להוסיף 15 µL לכל תמיסה בנפח הסופי | |||
| pH 3 | 100 mM KCl | 50 mM glycine | 10 µM nigericin |
| pH 4 | 100 mM KCl | 50 mM acetate | 10 µM nigericin |
| pH 5 | 100 mM KCl | 50 mM acetate | 10 µM nigericin |
| pH 6 | 100 mM KCl | 50 mM acetate | 10 µM nigericin |
| pH 7 | 100 mM KCl | 50 mM Tris | 10 µM nigericin |
| pH 8 | 100 mM KCl | 50 mM Tris | 10 µM nigericin |
| pH 9 | 100 mM KCl | 50 mM Tris | 10 µM nigericin |
| pH 10 | 100 mM KCl | 50 mM glycine | 10 µM nigericin |
| pH 11 | 100 mM KCl | 50 mM phosphate | 10 µM nigericin |
| pH 12 | 100 mM KCl | 50 mM phosphate | 10 µM nigericin |
| pH 13 | 100 mM KCl | 50 mM phosphate | 10 µM nigericin |
| יש להביא את כל תמיסות הכיול ל-pH הרצוי באמצעות HCl או NaOH | |||
טבלה 1: הרכב התמיסות המגבחות (buffers). טבלה זו מתארת את ההרכבים המתאימים של התמיסות השונות המשמשות בפרוטוקול.
קובץ קוד נלווה. קובץ זה מכיל מספר מאקרו-ים, שנכתבו על ידי A. P. Levine, הנחוצים לניתוח תמונות. המחברים ישמחו לנסות ולהשיב על כל שאלה הקשורה לשימוש בקוד זה. אנא לחצו כאן להורדת קובץ זה.
לאחר הגדרת הריאגנטים המתאימים, הגדרות המיקרוסקופ וניסויי הכיול, שיטה זו פשוטה יחסית לביצוע. השלבים הקריטיים כוללים: תיוג הקנדידה ב-S-1 כדי להבטיח שאין עומס יתר של הצבע, כיול וניתוח התמונה.
S-1 הוא ריאגנט המתאים לסביבות pH אלקליות יותר, שהוא חשוב במיוחד עבור נויטרופילים21 אך מגביל את השימוש בו בסוגי תאים מסוימים. עבור סביבות חומציות יותר, כגון פגוזומים של מקרופאגים, SNARF-4 או S-4, מתאים יותר בגלל ה-pKa22 הנמוך יותר שלו. יתר על כן, לקריאות ציטופלזמיות מדויקות יותר, עדיף להשתמש ב-S-4, מכיוון שהעקומה הסטנדרטית עבור S-1 מראה שיחסי הקרינה מתחילים לרמה מתחת ל-pH 6 (איור 3). צבעים אחרים, כגון 2',7'-Bis-(2-Carboxyethyl)-5-(and-6)-Carboxyfluorescein (BCECF) או pHrodo Red עשויים גם הם להתאים יותר בהקשר שצפוי להיות חומצי. עם זאת, צביעת הציטופלזמה עדיין נחוצה לזיהוי נכון של הפאגוזומים המכילים קנדידה.
מאפיין חשוב של אינדיקטור pH פגוזומי הוא שהוא אינו משתנה באופן בלתי הפיך על ידי הסביבה הפגוזומלית התגובתית. נראה ש-S-1 עמיד בפני הסביבה הנויטרופילית. זה מוצג על ידי לוין ואחרים.5 (ראה סרטון משלים 4 בהתייחסות5) המדגימים את הפגוציטוזה ושחרור לאחר מכן של חלקיק קנדידה המסומן S-1 על ידי נויטרופיל Hvcn1-/- . כאשר החלקיק עובר פגוציטוזה, החלקיק הופך מצהוב/כתום לאדום (pH ניטרלי עד אלקליין), אך כאשר החלקיק משתחרר על ידי הנויטרופיל, הוא חוזר לצבעו המקורי.
חשוב להזכיר כמה מהמגבלות הקשורות לשימוש ב-S-1. העובדה שלצבע זה יש שני ספקטרום פליטה המאפשרים מדידה רציומטרית היא יתרון, אך יש צורך בציוד מיוחד לרכישת תמונות; המיקרוסקופ המשמש לניסויים חייב להיות מסוגל להקליט שתי תמונות בו זמנית או עם עיכוב זמן לא משמעותי. המחברים מניחים שלחוקר המנסה פרוטוקול זה יש ניסיון בשימוש במיקרוסקופיה קונפוקלית, או שיש לו גישה לאיש מקצוע מיומן. איננו יכולים לפרט את כל הפרמטרים הספציפיים של המיקרוסקופ מכיוון שהם יהיו שונים עבור כל מיקרוסקופ וצריכים להיות מותאמים על ידי החוקר. אסטר האצטוקסימתיל המצומד ל-S-1 המאפשר לצבע להתפזר לתוך ציטופלזמת התא מתפרק על ידי אסטרזות לא ספציפיות בציטופלזמה של התא ליצירת המולקולה הפלואורסצנטית. אסטראזים, כגון פוספטאז אלקליין, קיימים בסרום אנושי ובסרום בקר עוברי, המשמשים להשלמת מדיה של תרבית תאים. בהתאם לכך, המדיום בו נטענים התאים ב- S-1-AM (סעיף 4.5) אסור להכיל סרום. זה עשוי להיות מאתגר אם משתמשים בתאים הדורשים מדיום עשיר יותר בחומרים מזינים כדי לקיים אותם מאשר תמיסת המלח המאוזנת המשמשת לאורך פרוטוקול זה. באופן דומה, רכיבים אחרים של מדיום פלואורסצנטי, כגון פנול אדום, עלולים להפריע למדידות S-1.
פסי השגיאה באיור 3 מצביעים על כך שיש שונות מסוימת במדידות היחס בכל pH. יש צורך במספר מתאים של חזרות על כל ניסוי (לפחות n = 3) וכמה שיותר מדידות בודדות בכל ניסוי בודד כדי להתגבר על השונות הבין-ואקולרית. לכן מומלץ למדוד את ה-pH של לפחות 100 פגוזומים לכל מצב וכמה שיותר אזורים פגוזומיים שנראה כי מכילים רק קנדידה אחת. הפאגוזומים שיש למדוד לצורך כימות צריכים להיות אלה שבלעו לחלוטין חלקיק קנדידה (כלומר, אלה המוקפים לחלוטין בציטופלזמה). כדי להפחית הטיות לא מכוונות בבחירת תאים/פגוזומים לכמות, יש לבצע את כל הניתוחים כשהם עיוורים לתנאי הניסוי.
כאן, אנו מתארים את בידוד הנויטרופילים על ידי שקיעה דקסטרנית של דם מלא ואחריה צנטריפוגה של שכבת הפלזמה דרך שיפוע צפיפות. אנו משתמשים בטכניקה זו מכיוון שהיא מייצרת במהירות וביעילות אוכלוסייה טהורה (>95%) של נויטרופילים, אם כי ישנן שיטות אחרות זמינות, כגון צנטריפוגה מדם מלא באמצעות נוסחאות אחרות של שיפוע צפיפות או ברירה שלילית של נויטרופילים באמצעות ערכות מיוחדות עם נוגדנים או חרוזים מגנטיים. עם זאת, האחרון יכול להיות יקר מאוד עבור רוב הקבוצות שמבודדות נויטרופילים באופן שגרתי. בנוסף, אנו משתמשים בהפרין נוגד קרישה בצינור איסוף הדם, בעוד שחוקרים אחרים עשויים להיות רגילים יותר להשתמש בחומצה אתילנדיאמינטטראצטית (EDTA) או חומצה ציטראט נתרן (ACD). מכיוון שישנן שיטות רבות ושונות לבחירה, זה תלוי בהעדפה האישית של החוקר.
יתר על כן, בעת בידוד ומניפולציה של נויטרופילים יש לטפל בהם בזהירות מסוימת כדי למנוע הפעלה מוגזמת. אמצעי הזהירות כוללים: שימוש בכלי פלסטיק בלבד, ללא זכוכית; לעקר את כל המאגרים כדי להסיר כל אנדוטוקסין מזהם; בעת סיבוב נויטרופילים וודא שהצנטריפוגה מאוזנת היטב כדי למנוע רעידות מוגזמות; להגביל ככל האפשר את הזמן שהנויטרופילים נשארים בגלולה לאחר צנטריפוגה; אין להחזיק נויטרופילים בתמיסה של יותר מ-5 x 106/מ"ל; ולבצע את הניסוי בהקדם האפשרי לאחר הבידוד.
ניתן להתאים שיטה זו למדידת שינויים ב-pH ובאזור הפגוזומלי לאורך זמן על ידי שימוש בבמה מחוממת המוגדרת ל-37 מעלות צלזיוס במיקרוסקופ וצילום תמונות אחת ל-30-60 שניות מאותו מיקום, כמתואר לשלבי הכיול. זה יכול גם להיות מותאם תיאורטית לניסויים בעלי תפוקה גבוהה יותר, כמו בלוחות של 96 בארות, ולניסויים בזרימה ציטומטרית, שבהם S-1 יכול לשמש כאינדיקטור pH23. עם זאת, בהגדרות אלה, הדגש על פעילות תאים בודדים מוחלף בהשפעה גלובלית יותר על אוכלוסיית התאים.
שיטה זו שואפת לספק מערך ניסוי פשוט יחסית שעליו יכולים חוקרים בודדים להסתגל כך שיתאים לתחום העניין שלהם. חוקרים עשויים לרצות לחקור את ה-pH והאזור הפגוזומלי של נויטרופילים תוך מדידת תנועה של יונים אחרים, למשל, ריכוז סידן תוך תאי. ישנם מספר אינדיקטורים פלואורסצנטיים Ca2+ זמינים למיקרוסקופיה קונפוקלית, כגון Indo-1, שיש לו גם ספקטרום פליטה כפול ב-400 ו-475 ננומטר24. אורכי גל פליטה אלה אינם חופפים לספקטרום פליטת S-1, אך אורך גל העירור נמצא בקצה האולטרה סגול (UV) של הספקטרום, מה שעלול להזיק לתאים, ולייזר UV אינו נפוץ בכל המיקרוסקופים. סקירה מקיפה של האינדיקטורים השונים למדידת שטף סידן תוך תאי מכוסה על ידי Takahashi et al.25 ו-Hillson et al.26.
לסיכום, ישנן שיטות אחרות זמינות למדידת pH פגוזומי באמצעות צבעים פלואורסצנטיים שונים כמו Nunes et al. הפגינו13 כמו גם קבוצות אחרות27,28. חוקרים אחרים השתמשו גם ב-S-1 כדי למדוד pH ציטוזולי29 או pH פגוזומי14. עם זאת, פרוטוקול זה ייחודי במדידה בו-זמנית של ה-pH של ציטוזול ופאגוזום, מה שמספק את ההזדמנות לצפות בשינויים באזור החתך הפגוזומלי ולהבחין בין נויטרופילים מסוג בר ו-Hvcn1-/-, לבין נויטרופילים אנושיים עם ובלי NADPH אוקסידאז עובד.
המחברים מצהירים שאין להם אינטרסים פיננסיים מתחרים.
עבודה זו מומנה באדיבות על ידי קרן וולקאם, מועצת המחקר לביוטכנולוגיה ומדעי הביולוגיה ומלגת הזיכרון של אירווין יופה.
| שם | חברה | מספר קטלוג | הערות |
|---|---|---|---|
| Candida albicans ATCC 10231 Vitroids 80 CFU | Sigma-Aldrich | RQC14003-10EA | מניחים ישירות על צלחת אגר מפוזרת לפי הוראות היצרן |
| מרק YPD | Sigma-Aldrich | Y1375 | עקוב אחר הוראות היצרן, קיימים ספקים שונים |
| Dextran Clinical grade MW = 200,000-300,000 | MP ביו-רפואיים | 2101514 | השתמש בכפפות |
| תמיסת נתרן הפרין לעירוי (ללא חומרים משמרים), 1,000 יחב"ל/מ"ל | Fannin, Wockhardt UK Ltd | FP1077 | רכשנו מבית המרקחת האשפוזי של UCH |
| SNARF-1 חומצה קרבוקסילית, אצטט, Succinimidyl Ester - אריזה מיוחדת | Thermo Scientific/Invitrogen | SS22801 | השתמש בכפפות |
| 5-(ו-6)-Carboxy SNARF-1, Acetoxymethyl Ester, Acetate | Thermo Scientific/Invitrogen | C1272 | השתמש בכפפות |
| Vivaglobin אנושי IgG תמיסת 160 מ"ג/מ"ל CSL | Behring | התקבל במתנה | קיימים ספקים שונים קיימים |
| סרום עכבר רגיל | Abcam | ab7486 | קיימים ספקים שונים |
| Lymphoprep (מדיום שיפוע צפיפות) | Alere Ltd | 1114547 | שמור על סטרילי והרחק מאור שמש ישיר, ניתן להחליף על ידי Ficoll-Paque |
| Nigericin | Sigma-Aldrich | N7143 | רעיל, השתמש בכפפות, ספקים שונים קיימים |
| Saponin | סיגמא-אולדריץ' | 47036 | רעיל, השתמש בכפפות, קיימים ספקים שונים |
| דימתיל סולפוקסיד (DMSO) | סיגמא-אולדריץ' | D8418 | רעיל, השתמש בכפפות, ספקים שונים קיימים |
| 4-(2-הידרוקסיאתיל) פיפרזין-1-חומצה אתנסולפונית (HEPES) | סיגמא-אולדריץ' | H3375 | קיימים ספקים שונים טריס |
| (הידרוקסימתיל) אמינומתאן (טריס) | סיגמא-אולדריץ' | T1503 | קיימים ספקים שונים |
| אשלגן כלורי (KCl) | Sigma-Aldrich | P9333 | קיימים ספקים שונים |
| נתרן כלורי (NaCl) | Sigma-Aldrich | S7653 | קיימים ספקים שונים |
| מגנזיום כלוריד (MgCl2) | Sigma-Aldrich | M8266 | קיימים ספקים שונים |
| מגנזיום סולפט (MgSO4) | Sigma-Aldrich | M7506 | שונים קיימים ספקים |
| אשלגן דימימן פוספט (KH2PO4) | Sigma-Aldrich | P9791 | קיימים ספקים שונים |
| סידן כלורי (CaCl2) | Sigma-Aldrich | C1016 | קיימים ספקים שונים |
| גלוקוז | Sigma-Aldrich | D9434 | קיימים ספקים שונים |
| אתנול מוחלט | סיגמא-אולדריץ' | 2860 | קיימים ספקים שונים |
| דיפנילן יודוניום (DPI) | סיגמא-אולדריץ' | D2926 | קיימים ספקים שונים |
| אבץ כלוריד | סיגמא-אולדריץ' | 208086 | קיימים ספקים שונים, אין לדלל במאגרים מבוססי פוספט מכיוון שהוא יזרז |
| פולי ליזין | סיגמא | P4707 | קיימים ספקים שונים |
| סריקת לייזר קונפוקלית מיקרוסקופ (Zeiss LSM 700) | קארל זייס | המיקרוסקופ חייב להיות מסוגל לרגש ב-555 ננומטר ולמדוד פליטה בשני ערוצים בו זמנית (560-600 ננומטר, >610 ננומטר) | |
| איבידי ומיקרו שקופית 8 היטב ibiTreat | Thistle Scientific | IB-80826 | ניתן להחליף צלחות הדמיה מתאימות אחרות |
| Soniprep 150 | MSE | כל סוניקטור מתאים יספיק | |
| TC20 מונה תאים אוטומטי | BioRad | קיימים | |
| 1.5 מ"ל חלבון LoBind צינורות | Sigma-Aldrich | Z666505-100EA | בשימוש מיוחד כCandida יכול להיצמד לאפנדרפים רגילים |