מאמר שיטה

התאוששות נייד באמצעות פרופילים תוכן גבוהה מיקרוסקופית

DOI:

10.3791/55449

⸱

14 במאי 2017

 ,  ,  ,  , 
1Laboratory of Cell Biology and Histology, Department of Veterinary Sciences, University of Antwerp, 2Cell Systems and Imaging Research Group (CSI), Department of Molecular Biotechnology, Ghent University, 3Department of Biochemistry , Radboud Institute for Molecular Life Sciences, Radboud University Medical Center

במאמר זה

סיכום

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

מאמר זה מציג עבודה תוכן גבוהה מיקרוסקופ לכימות בו זמנית של רמות ROS תאיים, כמו גם פוטנציאל הממברנה המיטוכונדריה ומורפולוגיה - המכונים במשותף כמו morphofunction המיטוכונדריה - בתאים חסיד חיים באמצעות מולקולרית פלואורסצנטי חוברת מולקולות כתב 5- (ו - 6) -כלורומיליל -2 ', 7'-dichlorodihydrofluorescein diacetate, אסתר אצטיל (CM-H 2 DCFDA) ו tetramethylrhodamine methylester (TMRM).

תקציר

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

מינים חמצן תגובתי (ROS) מווסתים תהליכים תאיים חיוניים, כולל ביטוי גנטי, הגירה, הבחנה והתפשטות. עם זאת, רמות ROS מוגזמות לגרום למצב של מתח חמצוני, אשר מלווה בנזק חמצוני בלתי הפיך ל- DNA, שומנים וחלבונים. לפיכך, כימות של ROS מספק פרוקסי ישיר למצב הבריאות הסלולרית. מאז המיטוכונדריה הם בין המקורות הסלולר העיקריים ומטרות של ROS, ניתוח משותף של תפקוד המיטוכונדריה ו ROS הייצור באותם תאים הוא חיוני להבנה טובה יותר של הקישוריות בתנאים פתופיזיולוגיים. לכן, אסטרטגיה גבוהה מבוסס מיקרוסקופ אסטרטגיה שפותחה עבור כימות בו זמנית של רמות ROS תאיים, פוטנציאל קרום המיטוכונדריה (ΔΨ מ ' ) ומורפולוגיה המיטוכונדריה. הוא מבוסס על מיקרוסקופ פלואורסצנטי אוטומאטי widefield וניתוח תמונה של תאים חסיד חיים, גדל צלחות רב, וכן staineD עם חדיר תאים חדיר מולקולות פלורסנט CM-H 2 DCFDA (ROS) ו TMRM (ΔΨ מ ו מורפולוגיה המיטוכונדריה). בניגוד fluorimetry או זרימת cytometry, אסטרטגיה זו מאפשרת כימות הפרמטרים subcellular ברמה של תא בודד עם רזולוציה גבוהה spatiotemporal, הן לפני ואחרי גירוי ניסיוני. חשוב לציין, את האופי מבוסס התמונה של השיטה מאפשרת לחלץ פרמטרים מורפולוגיים בנוסף עוצמת האות. מערך התכונות המשולב משמש לניתוח נתונים רב-משתני וניתוח סטטיסטי כדי לזהות הבדלים בין תת-אוכלוסיות, סוגי תאים ו / או טיפולים. הנה, תיאור מפורט של assay מסופק, יחד עם ניסוי לדוגמה זה מוכיח את הפוטנציאל שלה לאפליה חד משמעית בין מדינות הסלולר לאחר הפרעה כימית.

מבוא

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ריכוז של ROS תאיים הוא מוסדר בקפידה באמצעות אינטראקציה דינמית בין ROS לייצר ROS מערכות defusing. חוסר איזון בין שני מעורר מצב של מתח חמצוני. בין המקורות העיקריים של ROS הם המיטוכונדריה 1 . בהינתן תפקידם בנשימה התאית, הם אחראים על חלק הארי של מולקולות הסופר-חמצן הבין-תאיות (O 2 - - ). זה נובע בעיקר דליפת אלקטרונים O 2 ב 1 מורכבים של שרשרת התחבורה האלקטרון בתנאים של פוטנציאל פנימי שלילי מיטוכונדריאלי שלילי (Δψ מ ' ), כלומר hyperpolarization המיטוכונדריה. מצד שני, dololarization המיטוכונדריה יש גם מתואמים עם ייצור ROS מוגברת הצבעה על מצבים מרובים של פעולה 3 , 4 , 5 ,> 6 , 7 , 8 . יתר על כן, באמצעות שינויים חזיון חלבונים של מנגנון היתוך ביקוע, ROS שיתוף להסדיר מורפולוגיה המיטוכונדריה 9. לדוגמה, פיצול הוא בקורלציה עם ייצור ROS גדל אפופטוזיס 10 , 11 , בעוד המיטוכונדריה נימי נקשרו הרעב התזונתי והגנה מפני מיטופגי 12 . לאור היחסים המורכבים בין ROS הסלולר morphofunction המיטוכונדרי, שניהם באופן אידיאלי צריך לכמת בו זמנית בתאים חיים. כדי לעשות בדיוק את זה, assay הדמיה תוכן גבוהה פותחה על בסיס מיקרוסקופ widefield אוטומטיות וניתוח תמונה של תרבויות תא חסיד מוכתם בדיקות פלורסנט CM-H 2 DCFDA (ROS) ו TMRM (מיטוכונדריאלי Δψ מ ומורפולוגיה). הדמיה בתוכן גבוה מתייחסת להפקת spAtiotemporally עשיר ( כלומר , מספר גדול של תכונות תיאוריות) מידע על פנוטיפים הסלולר באמצעות מספר סמנים משלימים וניתוחי תמונה אוטומטיים. בשילוב עם מיקרוסקופיה אוטומטית דגימות רבות ניתן לוקרן במקביל ( כלומר , תפוקה גבוהה), ובכך להגדיל את הכוח הסטטיסטי של assay. ואכן, הנכס העיקרי של הפרוטוקול הוא שהוא מאפשר כימות בו זמנית של פרמטרים מרובים בתא זהה, וזאת עבור מספר רב של תאים ותנאים.

פרוטוקול מחולק 8 חלקים (המתואר בפירוט בפרוטוקול להלן): 1) תאים זורעים בצלחת 96-היטב; 2) הכנת פתרונות מלאי, פתרונות עבודה ומאגר הדמיה; 3) הגדרת המיקרוסקופ; 4) טוען של תאים עם CM-H 2 DCFDA ו TMRM; 5) הראשון הדמיה חיה כדי למדוד את רמות הבסיס ROS ו morphofunction המיטוכונדריה; 6) סיבוב הדמיה חיה שנייה לאחר תוספת של tert -butyl(TBHP) כדי למדוד רמות ROS המושרה; 7) ניתוח תמונה אוטומטי; 8) ניתוח נתונים, בקרת איכות ויזואליזציה.

Assay פותחה במקור עבור fibroblasts נורמלי אנושי (NHDF). מאז תאים אלה גדולים ושטוחים, הם מתאימים גם להערכת מורפולוגיה המיטוכונדריאלי בתמונות widefield 2D 13 , 14 . עם זאת, עם שינויים קלים, שיטה זו חלה על סוגי תאים אחרים חסיד. יתר על כן, ליד השילוב של CM-H 2 DCFDA ו TMRM, זרימת העבודה תואם מגוון רחב של זוגות צבע פלורסנט עם תכונות מולקולריות שונות 1 , 15 .

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

פרוטוקול

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

פרוטוקול להלן מתואר כפי שבוצעה עבור תאים NHDF ועם השימוש של לוחות multiwell המפורטים בקובץ חומרים. ראה איור 1 לקבלת סקירה כללית על זרימת העבודה.

1. הכנה של ריאגנטים

  1. הכן בינוני שלם על ידי הוספת Dulbecco השתנה הנשר בינוני (DMEM) עם 10% V / V בסרום שור העובר (FBS) ו 100 IU / מ"ל ​​פניצילין ו 100 IU / מ"ל ​​סטרפטומיצין (PS). במשך בינוני 500 מ"ל מלא, להוסיף 50 מ"ל של FBS ו 5 מ"ל של PS ל 445 מ"ל של DMEM.
  2. הכן HBSS-HEPES (HH) חיץ הדמיה על ידי השלמת תמיסת מלח מאוזן של האנק (עם מגנזיום וסידן, אבל ללא פנול אדום) עם 20 מ"מ HEPES. במשך 500 מ"ל HH, להוסיף 10 מ"ל של פתרון מלאי HEPES 1M ל 490 מ"ל HBSS. אמת את ה- pH, ואם יש צורך, כוונן את ה- pH 7.2.
  3. הכן 1 מ"מ CM-H 2 DCFDA פתרון המניות על ידי המסת 50 מיקרוגרם של אבקת CM-H 2 DCFDA lyophilized ב 86.5 &# 181; L L DMSO נטול מים. מערבבים על ידי vortexing או pipetting למעלה ולמטה ולעשות 20 aliquots μL צינורות microcentrifuge חום. חנות בחושך ב -20 מעלות צלזיוס להשתמש תוך שבוע. אם מאוחסנים תחת N 2- האווירה מדף יכול להיות מוגברת עד חודש לפחות 1.
    1. הכן 1 מ"מ TMRM פתרון המניות על ידי המסת אבקה 25 מ"ג TMRM ב 50 מ"ל DMSO נטול מים. מערבבים על ידי vortexing או pipetting למעלה ולמטה ולעשות 10 aliquots μL צינורות microcentrifuge חום. חנות בחושך ב -20 מעלות צלזיוס. פתרון זה יציב במשך שנה לפחות.
  4. הכן aliquot טרי של Tert -Butyl חמצן (TBHP) המניה (~ 7 M) עבור כל ניסוי על ידי pipetting ישירות נפח מפתרון מלאי 70% (10 צלחת μL / 96-well). שמור על זה aliquot ב 4 ° C עד לשימוש נוסף.
  5. הכן נוגדנים פתרון עבודה (AB) על ידי דילול שני נוגדנים משני (Alexa פלואור 488 חמור נגד ארנבת CY3 חמור נגד ארנב) 1,000 פעמים 1x HH-bu.

2. הגדרת הפרוטוקול מיקרוסקופ ורכישה (± 15 דקות)

הערה: רכישת התמונה מתבצעת עם מיקרוסקופ שדה רחב מצויד שלב אוטומטיים תריסים, וכן מערכת מבוססת פוקוס אוטומטי מבוסס חומרה באמצעות 20X תוכנית האוויר מתקן (NA = 0.75) ו מצלמה EM-CCD. בעת הגדרת assay בפעם הראשונה, צלחת בדיקה המכילה תאים בקרה, מוכתמים על פי ההוראות של הפרוטוקול משמש לכייל את השלב XY כדי לייעל את הגדרות הרכישה. אם הגדרות הרכישה כבר נקבעו, כיול יכול להיעשות באמצעות צלחת ריקה.

  1. הורידו את המטרה לרמת הבסיס המוחלטת וכיול את הוראות התוכנה של XY-stage.
  2. ודא את קוביות המסנן הנכון מותקנים. כדי לדמיין CM-H 2 DCFDA, להשתמש תקן קוביית GFP מסנן עם 472/30 ננומטר עירור המסנן bandpass, 495 ננומטר חיתוך דיכרומראה IC ו 520/35 ננומטר bandpass פליטת מסנן. עבור TMRM, השתמש קוביית מסנן עבור TRITC עם 540/25 ננומטר bandpass עירור מסנן, 565 ננומטר מלוטש dichroic המראה ו 605/55 ננומטר bandpass פליטה מסנן.
  3. יצירת פרוטוקול הדמיה באמצעות תוכנת הרכישה.
    1. בחר את הסוג הנכון של צלחת multiwell (יצרן וקוד) מרשימת הצלחות הזמינות המסופקות בתוכנה. לחלופין להגדיר את תבנית הצלחת multiwell שלך באמצעות צלחת גם ממדים.
    2. ישר את צלחת היטב בהתאם להוראות התוכנה, למשל על ידי הגדרת שתי פינות של ארבע בארות בפינה החיצונית. שלב זה מכסה עבור וריאציה אוריינטציה המצלמה.
    3. בחר את הבארות כי יש לרכוש. אם אפשרות זו אינה זמינה בתוכנה, השתמש בערכה של מיקומי XY המוגדרים באופן ידני התואמים את הבארות שנבחרו.
    4. לייעל את הגדרות הרכישה (זמן חשיפה, עוצמת המנורה, EM-gain) עבור thE שני ערוצים בנפרד באמצעות צלחת הבדיקה. מזעור החשיפה ואת העוצמה כמו אור עירור פלואורסצנטי עצמו גורם ROS. אבל, ודא את יחס האות לרקע הוא לפחות 2 עבור BM-H 2 DCFDA הבסיסי ו -3 עבור TMRM לפני טיפול TBHP, וכי אין רוויה לאחר טיפול TBHP. רכישת הגדרות מאוד תלוי בהגדרת מיקרוסקופיה סוג התא בשימוש, אבל כהפניה, הגדרות אינדיקציה בעת שימוש בנורת הלד מתכת של 130 W כמקור אור ותאי NHDF מוכתמים על פי הוראות הפרוטוקול הן הבאות: עבור שניהם CM- H 2 DCFDA ו- TMRM, זמן חשיפה של 200 ms ו- ND מסנן 8, בשילוב עם EM-gain של 15 (13 MHz; 14 סיביות) ו -4 (27 MHz; 14 סיביות) בהתאמה. לאחר אופטימיזציה עבור התקנה מסוימת סוג התא, צעד זה יכול להיות דילג.
      הערה: חיוני כי הגדרות הרכישה יישמרו באותו תהליך הדמיה כולו. עבור בקנה מידה גדול, ניסויים רב ימים, sta המנורהBility צריך להיות מוצדק על ידי בקרת איכות רגילה.
    5. הגדרת פרוטוקול הרכישה, בהיקף של רכש למבדה רציף (אורך גל). בחרו בערוץ DCFDA CM-H 2 שיש לרכוש תחילה, כדי למזער את החשיפה לאור לפני המדידה.
    6. הגדרת לולאה צלחת היטב, כדי לרכוש 4 באופן קבוע במרווחים שאינם חופפים תמונות הממוקמות סביב מרכז של כל טוב של הבחירה גם באמצעות פרוטוקול הרכישה המוגדרים 2.3.4. בחר meandering רכישת התמונה, כלומר, הראשון משמאל לימין, גם B02 ל B11, ואז חזרה, מימין לשמאל, גם C11 כדי C02 וכן הלאה ( איור 2 א ). זה חוסך זמן לעומת רכישת התמונה משמאל לימין. אם אפשרות זו אינה זמינה בתוכנה, התאם את הסדרה המותאמת אישית של XY - מיקומים שנוצרו ב - 2.3.3 כדי לקבל דפוס הדמיה זה.
    7. שמור את XY קואורדינטות של עמדות הדמיה ( למשל בקובץ XML נפרד), כדי לאפשר revisiti קלNg במקרה של כיול מיקרוסקופ. זה חשוב במיוחד אם readout מן assay זה חייב להיות בקורלציה עם מכתים פוסט-הוק immunofluorescence (IF) עבור אותם תאים.

3 . תאים זרע בצלחת 96 גם (45 - 90 דקות, בהתאם למספר שורות תאים שונים)

  1. עבודה בסביבה סטרילית כגון ארון 2 biosafety בכיתה וללבוש כפפות.
  2. לטהר את כל המשטחים והחומרים באמצעות 70% V / V אתנול במים מזוקקים.
  3. קח בקבוק תרבות התא עם 90% תרבות תאים confluent מן החממה ומניחים אותו בארון biosafety.
  4. לשטוף את התאים פעמיים עם PBS 1x.
  5. הוסף את הכמות המתאימה של 0.05% פתרון טריפסין-EDTA על התאים, ולוודא כי פני השטח התא המלא מכוסה ( למשל , 1 מ"ל עבור בקבוק T25), ו דגירה של 2 דקות ב 37 ° C ו 5% CO 2 .
  6. אם כל התאים מנותקים (לבדוק עם מיקרוסקופ ), להוסיף בינוני תרבות (DMEM + 10% FBS + 1% פניצילין סטרפטומיצין, ± 4 מ"ל בבקבוק T25) לנטרל את הפתרון טריפסין-EDTA.
  7. צנטריפוגה 5 דקות ב XG 300 בטמפרטורת החדר.
  8. מחק supernatant ו resuspend תא גלולה במדיום התרבות. לקבוע את כמות המדיום עבור כל סוג התא כדי להשיג ריכוז התא התואם לספור תאים. בדרך כלל, 90% בקבוק T25 מלוכדות של NHDF מכיל כ 1-1.5 מיליון תאים, אשר resuspended ב 3-4 מ"ל של המדיום תרבות.
  9. ספירת התאים באמצעות תא ספירה תא או מונה Coulter.
  10. זרעים 8,000-10,000 תאים בכל אחד 60 בארות פנימי של צלחת 96-שחור שחור עם פוליסטירן רציפה או זכוכית התחתונה (שחור, כדי למנוע פיזור ו חוצה לדבר בין בארות סמוך במהלך ההדמיה). בעת שימוש בתנאים שונים / טיפולים / שורות תאים, להפיץ את זריעת מיקומים הומוגנית על צלחת כדי למזער את ההשפעות צלחת (איור 2 א) .ארות חיצוניות, למעט גם B01 ו A01, אינם משמשים כי הם נוטים יותר תופעות קצה.
  11. זרע 8,000-10,000 תאים ב B01. זה גם ישמש עבור התאמת המיקוד, רק לפני רכישת התמונה.
  12. ממלאים את הבארות החיצוניות הריקות עם המדיום כדי למזער מעברים (טמפרטורה, לחות וכו ' ) בין הבארות לסביבה.
  13. בעדינות להקיש על הצלחת שלוש פעמים לפני הצבת אותו בחזרה לתוך החממה, כדי למנוע תאים גדלים טלאים.
  14. תרבות התאים במשך 24 שעות, או עד מידת מפגש של כ. 70%.
  15. שמור את פרטי הטיפול עבור הניסוי לגיליון אלקטרוני בשם "Setup.xlsx". הקובץ צריך להכיל ארבע עמודות וישמש לקישור טיפולים עם בארות ומידע תמונות במהלך ניתוח נתונים. ארבע העמודות הן: 'טוב', 'טיפול', 'טיפול' ו'בקרה '(שורה אחת לכל באר). כל טיפול הוא מצמידיםעם מספר טיפול ייחודי, אשר משמש במהלך להדמיה נתונים כדי לקבוע את סדר הטיפולים על ציר ה- X של המגרשים. עמודת הבקרה מפרטת את הטיפול המתפקד כטיפול לטיפול בשורה הנוכחית. איורים של פריסה ניסיונית טיפוסית וקובץ ההתקנה המתאים מתוארים באיור 2 .

4. טעינה של תאים עם CM-H 2 DCFDA ו TMRM (± 45 דקות)

הערה: הטיפול של התאים ביום הניסוי יכול להתבצע בסביבה סטרילית (ארון biosafety), אבל זה לא חובה כי תאים יימחקו או קבועים ישירות לאחר assay.

  1. מחממים את חיץ HH ל 37 מעלות צלזיוס.
  2. הכן פתרון 20 מ"מ TMRM עבודה על ידי דילול תמיסת המניות 1 מ"מ 50 פעמים HH חיץ (להוסיף 490 μL של חיץ HH ל 1 aliquot של 10 פתרון המניות TMRM μL).
  3. הכן עומסIng עם 2 מיקרומטר CM-H 2 DCFDA ו 100 ננומטר TMRM. לשם כך, לדלל את 1 מ"מ CM-H 2 DCFDA מלאי פתרון 500x ו 20 מיקרומטר TMRM פתרון עבודה 200x ב HH- חיץ.
    1. בדרך כלל, עבור 60 בארות, להכין 7.5 מ"ל של פתרון הטעינה על ידי הוספת 15 μL של DC-D2-CM-H ו 37.5 μL של פתרון TMRM ל 7447.5 μL של HH.
  4. מחק את המדיום תרבות מן התאים על ידי הפיכת צלחת במהופך תנועה נוזלים אחת.
  5. בעדינות לשטוף את התאים פעמיים עם חיץ HH באמצעות פיפטה רב (100 μL / טוב). מחק את HH חיץ בין שלבי כביסה על ידי הפיכת הצלחת במהופך בתנועה נוזלים אחת.
  6. טען את התאים עם CM-H 2 DCFDA ו TMRM על ידי הוספת 100 μL של פתרון הטעינה לכל טוב, שוב באמצעות פיפטה רב ערוצי. דגירה במשך 25 דקות בחושך, בטמפרטורת החדר. אל תשכח היטב B01.
  7. במהלך 25 ​​דקות אלה, להכין פתרונות עבודה של TBHP חמצון ולוודא את המיקרוסקופ חומרה אביזר מופעלים.
    1. הכן פתרון עובד אני: לדלל את פתרון המניה 7M 70x 100 מ"מ (10 מניות μL ב 690 μL HH חיץ).
    2. הכן פתרון עובד II: לדלל WS אני 100x ל 1 מ"מ (10 μL WS אני 990 μL HH חיץ).
    3. הכן פתרון עובד III: לדלל WS III 25x ל 40 מיקרומטר (עבור 60 בארות להוסיף 300 μL WS II במאגר 7200 μL HH).
  8. לאחר 25 דקות, לשטוף את התאים שוב פעמיים עם 100 HH חיץ μL כמתואר לפני.
  9. הוסף 100 μL של חיץ HH לכל 60 בארות פנימיים.

5. ראשון Live הדמיה עגול למדידת רמות ROS Basal ו Morphofunction המיטוכונדריאלי (± 15 דקות)

  1. ודא את תוכנת הרכישה הוא מבצעית ואת פרוטוקול הדמיה נטען.
  2. התקן את הצלחת על המיקרוסקופ, להפעיל את החומרה BASed מערכת פוקוס אוטומטי ולהשתמש היטב B01 כדי להתאים את הפוקוס אוטומטי באמצעות ערוץ TMRM. כמו הליך זה גורם לעלייה CM-H 2 DCFDA עוצמת האות, גם זה אינו נכלל ניתוח התמונה במורד הזרם.
  3. הפעל את פרוטוקול ההדמיה.

6. Second Live הדמיה לאחר תוספת של TBHP למדוד רמות ROS Induced (± 20 דקות)

  1. בזהירות להסיר את צלחת 96-היטב מהמיקרוסקופ.
  2. הוסף 100 μL של TBHP WS III (40 מיקרומטר) לכל היטב באמצעות פיפטה רב ערוצי (זה גורם ריכוז 20 מיקרומטר TBHP בבארות). תרכובת זו משמשת כבקרה חיובית פנימית עבור מכתים DCFDA CM-H 2 (האות צריך לעלות), כמו גם אמצעי למדוד רמות המושרה ROS.
    הערה: H 2 O 2 יכול לשמש גם במקום TBHP, אבל המתחם הזה הוא פחות יציב ולכן פחות אמין.
  3. המתן לפחות 3 דקות כדי לאפשר תגובה מלאה של TBHP wIth CM-H 2 DCFDA.
  4. במהלך תקופה זו, להוסיף 100 פתרון נוגדן μL עובד (1 / 1,000) כדי A01.
  5. הר את הצלחת בחזרה על המיקרוסקופ ולבדוק להתמקד שוב באמצעות היטב B01.
  6. לרכוש את אותם מיקומים כמו בסיבוב ההדמיה הראשון באמצעות פרוטוקול הדמיה אותו.
  7. ייצא את מערכי הנתונים שנרכשו בתיקייה אחת כקובצי tiff בודדים באמצעות נומנקלטורה סטנדרטית הכוללת התייחסות לצלחת, לפני או לאחר טיפול TBHP, טוב, שדה וערוץ, מופרדים על ידי הקווים התחתונים, למשל . "P01_Pre_B02_0001_C1" עבור צלחת 1, טרום טיפול TBHP, גם B02, שדה 1 וערוץ 1. מידע זה ישמש במהלך ניתוח התמונה ( למשל כדי לבחור את הגדרות פילוח מתאים), כמו גם במהלך ניתוח נתונים (כדי לחבר נתונים ניתוח עם הטיפולים הנכונים).
  8. לרכוש תמונות שדה שטוח עבור שני ערוצים על כל ארבע עמדות סביב מרכז A01 היטב באמצעות פרוטוקול הרכישה. שמור את הEm כמו קבצים בודדים tiff באותה תיקייה כמו תמונות אחרות באמצעות נומנקלטורה סטנדרטית הבאה: 'P01_FF_A01_0001_C1' עבור צלחת 1, שדה 1 וערוץ 1. ודא האותות הם גם בתוך טווח דינמי; במקרה של רוויה, להשתמש בריכוז נמוך יותר של פתרון עבודה נוגדנים.
  9. מחק את הצלחת או שמור לעיבוד נוסף.
    הערה: במקום להסיר את הצלחת מן המיקרוסקופ באמצעות פיפטה רב ערוצי להוסיף את הפתרון TBHP, פיפטה אוטומטית יכול להיות מותקן על הבמה מיקרוסקופ מחובר עם תוכנת הרכישה כדי לתפקד עם קבלת ההדק. זה מאפשר הוספת TBHP לכל טוב ישירות לאחר הרכישה הראשונה, לפני המעבר הבא הבא. בדרך זו, כאשר הסיבוב הדמיה הראשון הוא סיים, השני יכול להתחיל מיד את כל הבארות יהיה זמן הדגירה שווה עם TBHP.

7. עיבוד תמונה וניתוח (± 30 דקות לכלצלחת 96)

הערה: כל עיבוד התמונה מבוצעת ב - FIJI (http://fiji.sc), גרסה ארוזה של. התסריט ייעודי נכתב עבור ניתוח אוטומטי של אותות ROS ו מיטוכונדריה תאיים, כמו גם פרמטרים מורפולוגיים (RedoxMetrics.ijm, זמין על פי בקשה). האלגוריתמים הבסיסיים מתוארים ב- Sieprath et al. 1 .

  1. ודא FIJI מותקן מבצעית.
  2. הפעל את FIJI ולהתקין את מאקרו סט (תוספים -> פקודות מאקרו -> התקן ...). זה יהיה להפעיל מספר פקודות מאקרו חדשות, כמו גם קבוצה של כלי פעולה כדי לייעל את הגדרות הניתוח, כפי שמוצג באיור 3 א .
  3. פתח את ממשק ההתקנה כדי להגדיר את הגדרות ניתוח על ידי לחיצה על כפתור "S" ( איור 3 ב ).
    1. בחר את סוג התמונה, את מספר הערוצים ואת הבאר ששימשהעבור רכישת תמונות flatfield.
    2. ציין איזה ערוץ מכיל תאים (ערוץ CMF-H2 DCFDA) או המיטוכונדריה (ערוץ TMRM) ולהתאים את הפרמטרים טרום עיבוד ופילוח עבור כל ערוץ בהתאם לאיכות התמונה ( איור 3 ב ). סמן את תיבות הסימון 'רקע' ו'ניגוד 'כדי לבצע חיסור רקע או בניגוד להשוואה היסטוגרפית הסתגלותית מוגבלת 16 , בהתאמה. הגדרת סיגמה עבור טשטוש גאוס של תאים Laplacian שיפור של המיטוכונדריה. בחר אלגוריתם סף אוטומטי ומלא את מגבלות אי ההכללה (בפיקסלים). אם נבחר סף קבוע במקום אלגוריתם סף אוטומטי, מלא את הסף העליון.
    3. בדוק את הגדרות הפילוח על מספר תמונות נבחרות של ערכות הנתונים שנרכשו על ידי פתיחתן ולחיצה על הלחצנים 'C' או 'M' בתפריט עבור פילוח תאים או מיטוכונדריה בהתאמה,ולהתאים את ההגדרות אם יש צורך. תוצאה לדוגמה מוצג באיור 3 ג .
  4. הפעל את אצווה ניתוח על תיקיות (ים) של עניין על ידי לחיצה על כפתור '#' ובחירה בתיקייה עם התמונות. לכל תיקיה, זה יפיק ספרייה חדשה "פלט", המכיל ערכות ROI הפרט (קבצי zip) וקבצי תוצאות (.txt) לכל תמונה. עבור שני הערוצים קובץ התוצאות מכיל תיאורים אינטנסיביים ומורפולוגיים. ערוץ ה- DCFDA של CM-H 2 (תאים) מביא לקובץ מתאר לכל הערך הממוצע של החזר ה- ROI המשולב בתמונה אחת. עבור ערוץ TMRM, קובץ התוצאות מכיל לכל מתאר את הערך עבור כל החזר ההשקעה המיטוכונדריאלי בנפרד.
  5. לאחר ניתוח אצווה, אמת חזותית את ביצועי הפילוח על 'ערימת אימות', ערימת יתר של כל התמונות עם שכבת העל של החזר ה- ROI בהתאמה על ידי לחיצה על הלחצן 'V'. בדרך זו, חפצים כגון over-/ Undersegmentation, מתוך תמונות להתמקד או חלקיקי אבק / סיבים בתמונות כבר ניתן הבחין במהירות. איסוף נוסף יכול להיעשות במהלך בקרת איכות הנתונים (cfr §8).

8. ניתוח נתונים, בקרת איכות (QC) ויזואליזציה

עיבוד וניתוח של הנתונים הגולמיים נעשה באמצעות R סטטיסטי freeware (http://www.rproject.org - גרסה 3.3.2) ו RStudio (http://www.rstudio.com/ - גרסה 1.0.44). כדי לקבל במהירות ולהציג את התוצאות, יישום מבריק אינטואיטיבי 17 (זמין לפי בקשה) כבר יזום המשלבת ואת visualizes הנתונים heatmaps ו boxplots, וכן מבצעת ניתוחים סטטיסטיים. באופן כללי, זרימת העבודה מורכבת משני שלבים עוקבים. ראשית, הנתונים מעובד נבדק לכל צלחת 96 היטב כדי לזהות נקודות נתונים סוטה. שנית, נתונים שנאספו מכל הלוחות של ניסוי נתון משולבים ומנותחים באמצעות ריבוי לא פרמטרימבחני variate 18 וניתוח מרכיב עיקרי.

  1. ודא ש- R ו- RStudio מותקנים ומופעלים.
  2. הפעל את RStudio.
  3. פתח את היישום המבריק RedoxMetrics והפעל את היישום (בחר להפעיל אותו בדפדפן חיצוני).
  4. בדף 'קלט', בחר בספריה שבה נמצאים קובצי התוצאות מ- RedoxMetrics.ijm.
  5. ודא 'Setup.xlsx' (שנוצרו בשלב 3.15) קיים גם בספריה זו.
  6. קובצי התוצאות ומידע ההתקנה מיובאים באופן אוטומטי, מסודרים ומדמיינים.
    1. הדף 'הגדרה ניסיונית' מציג את הפריסה של הניסוי. השתמש בדף זה לאימות.
    2. העמוד הבא, 'תוצאות לכל צלחת' מציג את הנתונים עבור כל צלחת בנפרד בצבעים מרובת צבעים היטב פריסת צלחת כמו גם boxplots עם חריגים מסומן עם שם גם מספר התמונה. זה האחרון מאפשר בדיקה פסים זהותOf של נקודות נתונים חריגות (ערכים גבוהים מאוד או נמוכים בהשוואה לערכים הממוצעים שנמדדו עבור טיפול ספציפי זה - ראה איור 4 לדוגמה).
      באמצעות מידע זה, אמת את התמונות התואמות את הנקודות הסותרות. אם מתגלים חריגות, יש להסיר אותם מהניתוח. רוב הפרעות נגרמות על ידי פילוח לא תקין כאשר (חלק) של התמונה הוא מחוץ להתמקד, או כאשר חלקיקי אבק פלואורסצנטי מאוד להפריע פילוח ראוי. במקרים קיצוניים כבר ניתן להבחין במהירות באמצעות כלי מחסנית האימות (שלב 7.5), אך בשלב זה מתגלות תופעות מתוחכמות יותר. כאשר שום סיבה נראית לעין או טכנית לא ניתן למצוא את הערך הסוטה, התמונה לא צריך להיות מוסר מניתוח.
    3. אופציונלי: צור גיליון אלקטרוני חדש בשם 'Drop.xlsx' עם עמודה אחת בלבד בשם 'Drop'. בעמודה זו, רשום את שמות הקבצים (כולל סיומת .tif) של כל התמונותכי יש להסיר מן הניתוח (מזוהה בשלב 7.5 או שלב 8.6.2). העלה קובץ זה באמצעות הדף 'קלט'.
    4. הדף 'תוצאות הניסוי כולו' מציג את התוצאות מכל הלוחות המשולבים. אם קובץ טיפה הועלה, קובץ זה משמש להסרת נקודות הנתונים שצוינו מהניתוח.
      עבור כל פרמטר בנפרד, הנתונים מנורמל לכל צלחת על פי פקדים בהתאמה שלהם. לאחר מכן משולבים נתונים מכל הלוחות, ולאחר מכן מבוצעים מבחנים רב-משתנים שאינם פרמטריים מחבילת nparcomp 18 . אם רק 2 טיפולים משווים שתי בדיקות מדגם עבור הבעיה Behrens-Fisher nonparametric מבוצעות. עבור יותר מ 2 טיפולים, נעשה שימוש במבחן השוואה רב-ערכי לא-פרמטרי. התוצאות דמיינו באמצעות boxplots.
    5. הדף 'ניתוח אשכול' מציג את התוצאות של ניתוח רכיבים ראשי (חבילת הליבה של PCA-R core '). נתונים מ 5 פרמטרים (baSal & induced ROS, פוטנציאל קרום המיטוכונדריה, גודל & מעגל) משולבים להפלות את הטיפולים השונים על בסיס פרופיל שחזר רגיש. לשם כך, ניתוח רכיב עיקרי (PCA) מבוצע (R ליבה "חבילת נתונים סטטיסטיים). התוצאות דמיינו באמצעות biplot (ggbiplot החבילה - http://github.com/vqv/ggbiplot).
    6. השתמש בדף 'הורדת נתונים' כדי להוריד את מסגרות הנתונים של backend המכילות את הנתונים המעובדים והסודרים מחדש, כך שניתן יהיה לעשות בהם שימוש חוזר לצורך הדמיה מתקדמת יותר של נתונים או ניתוחים סטטיסטיים.
      הערה: מכשולים אופייניים ופתרונות פוטנציאליים מפורטים בטבלה 1 .

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

תוצאות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Assay כבר benchmarked באמצעות מספר ניסויים שליטה, את התוצאות אשר מתוארים Sieprath et al. 1 . בקצרה, התגובה הקרינה של CM-H 2 DCFDA ו TMRM לשינויים המושרה באופן חיצוני ROS תאיים Δψ מ ', בהתאמה כבר לכמת כדי לקבוע את טווח דינמי. עבור CM-H 2 DCFDA, הראה NHDF עלייה ליניארית האות הקרינה כאשר מטופלים עם ריכוזים הולכים וגדלים של TBHP בין טווח של 10 מיקרומטר עד 160 מיקרומטר. כמו כן, עבור TMRM,...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

דיון

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

מאמר זה מתאר שיטה גבוהה תוכן מיקרוסקופ לכימות בו זמנית של רמות ROS תאיים ו morphofunction המיטוכונדרי ב NHDF. הביצועים שלה הודגם עם מקרה מבחן על SQV שטופלו NHDF. התוצאות תומכות בראיות מוקדמות יותר מהספרות שבהן רמות ROS גבוהות או תפקוד מיטוכונדריאלי נצפו לאחר טיפול במעכבי פרוטאז מסוג 1, אם כי בניסויים נפרדים 19 , 20 , 21 , 22 ,

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

גילויים

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

המחברים קובעים כי אין אינטרסים פיננסיים מתחרים או ניגודי עניינים אחרים. המחבר המקביל גם מבטיח שכל המחברים התבקשו לחשוף כל ניגודי אינטרסים.

תודות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

מחקר זה נתמך על ידי אוניברסיטת אנטוורפן (TTBOF / 29267, TTBOF / 30112), קרן המחקר המיוחד של אוניברסיטת גנט (פרויקט BOF / 11267/09), NB-Photonics (קוד פרוייקט 01-MR0110) ו- CSBR עבור ביולוגיה של מערכות מחקר) יוזמה של הארגון ההולנדי למחקר מדעי (NWO: לא: CSBR09 / 013V). חלקים מכתבי יד אלה הותאמו מפרסום אחר, באישורו של שפרינגר. המחברים מודים לחירט מייסן על עזרתו במיקרוסקופ.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

חומרים

רשימת החומרים שנעשה בהם שימוש במאמר זה
שםחברהמספר קטלוגהערות
<חזק>ריאגנטים
טטרמתילרודמין, מתיל אסטר, פרכלורט (TMRM)ThermoFisher ScientificT668
CM-H2DCFDA (מחוון מתח חמצוני כללי)ThermoFisher ScientificC6827
דימתיל סולפוקסידסיגמא)AldrichD8418
MatriPlate 96 באר זכוכית תחתונה MicroWell צלחת 630 ומיקרו; L-שחור 0.17 מ"מ מכסה זכוכית נמוכהברוקס מערכות מדעי החייםMGB096-1-2-LG-L
HBSS w/o פנול אדום 500 מ"ללונזהBE10-527F
DMEM גלוקוז גבוה עם L-גלוטמיןלונזהBE12-604F
פוספט מי מלח (PBS) ללא Ca ו-MgLonzaBE17-516F
HEPES 1 M 500 מ"ללונזה17-737F
תמיסת Trypsin-Versene (EDTA)LonzaBE17-161E
Cy3 AffiniPure F(ab')2 שבר חמור נגד ארנב IgG (H+L)Jackson711-166-152נוגדן המשמש לרכישת תמונת שדה שטוח
Alexa Fluor 488 AffiniPure F(ab')2 שבר חמור נגד ארנב IgG (H+L)Jackson711-546-152נוגדן המשמש לרכישת תמונת שדה שטוח
nameCompanyCatalog NumberComments
Equipment
Nikon Ti מיקרוסקופ שדה רחב ליקויחמה Nikon
מערכת מיקוד מושלמת (PFS)מבוססת מערכת פוקוס אוטומטי
CFI Plan Apo Lambda 20X אובייקטיביNikon
Name<strong>CompanyCatalog Number>Comments
strong>Software
NIS Elelements Advanced Research 4.5 with JOBSmodule Nikonתוכנה זו משמשת לניווט המיקרוסקופ ולתכנת/לבצע את רכישת התמונה האוטומטית prototocol
ImageJ (FIJI) גרסה 2.0.0-rc-43/1.50g
RStudio גרסה 1.0.44Rstudio
R גרסה 3.3.2
חומרה של Nikon

מקורות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Sieprath, T., Corne, T. D. J., Willems, P. H. G. M., Koopman, W. J. H., De Vos, W. H. Integrated High-Content Quantification of Intracellular ROS Levels and Mitochondrial Morphofunction. AAEC. 219, 149-177 (2016).
  2. Marchi, S., et al. Mitochondria-ros crosstalk in the control of cell death and aging). J Signal Transduct. 2012, article ID 329635 1-17 (2012).
  3. Korshunov, S. S., Skulachev, V. P., Starkov, A. A. High protonic potential actuates a mechanism of production of reactive oxygen species in mitochondria. FEBS lett. 416 (1), 15-18 (1997).
  4. Miwa, S., Brand, M. D. Mitochondrial matrix reactive oxygen species production is very sensitive to mild uncoupling. Biochem Soc Trans. 31 (Pt 6), 1300-1301 (2003).
  5. Verkaart, S., et al. Superoxide production is inversely related to complex I activity in inherited complex I deficiency. BBA-GEN SUBJECTS. 1772 (3), 373-381 (2007).
  6. Murphy, M. P. How mitochondria produce reactive oxygen species. Biochem J. 417 (pt 1), 1-13 (2009).
  7. Lebiedzinska, M., et al. Oxidative stress-dependent p66Shc phosphorylation in skin fibroblasts of children with mitochondrial disorders. BBA-GEN SUBJECTS. 1797 (6-7), 952-960 (2010).
  8. Forkink, M., et al. Mitochondrial hyperpolarization during chronic complex I inhibition is sustained by low activity of complex II, III, IV and V. BBA-BIOENERGETICS. 1837 (8), 1247-1256 (2014).
  9. Willems, P. H. G. M., Rossignol, R., Dieteren, C. E. J., Murphy, M. P., Koopman, W. J. H. Redox Homeostasis and Mitochondrial Dynamics. Cell Metab. 22 (2), 207-218 (2015).
  10. Koopman, W. J. H., et al. Human NADH:ubiquinone oxidoreductase deficiency: radical changes in mitochondrial morphology? Am J Physiol Cell Physiol. 293 (1), C22-C29 (2007).
  11. Archer, S. L. Mitochondrial dynamics--mitochondrial fission and fusion in human diseases. N Engl J Med. 369 (23), 2236-2251 (2013).
  12. Rambold, A. S., Kostelecky, B., Elia, N., Lippincott-Schwartz, J. Tubular network formation protects mitochondria from autophagosomal degradation during nutrient starvation. Proc Natl Acad Sci U S A. 108 (25), 10190-10195 (2011).
  13. Koopman, W. J. H., et al. Simultaneous quantification of oxidative stress and cell spreading using 5-(and-6)-chloromethyl-2 ",7 -"dichlorofluorescein. Cytometry A. 69A (12), 1184-1192 (2006).
  14. Iannetti, E. F., Smeitink, J. A. M., Beyrath, J., Willems, P. H. G. M., Koopman, W. J. H. Multiplexed high-content analysis of mitochondrial morphofunction using live-cell microscopy. Nat Protoc. 11 (9), 1693-1710 (2016).
  15. Sieprath, T., et al. Sustained accumulation of prelamin A and depletion of lamin A/C both cause oxidative stress and mitochondrial dysfunction but induce different cell fates. Nucleus. 6 (3), 236-246 (2015).
  16. Zuiderveld, K. Contrast limited adaptive histogram equalization. Graphics gems IV. , Academic Press Professional, Inc. 474-485 (1994).
  17. Chang, W., Cheng, J., Allaire, J. J., Xie, Y., McPherson, J. shiny: Web Application Framework for R. R package version 0.14.2. , https://CRAN.R-project.org/package=shiny (2017).
  18. Konietschke, F., Placzek, M., Schaarschmidt, F., Hothorn, L. A. nparcomp: An R Software Package for Nonparametric Multiple Comparisons and Simultaneous Confidence Intervals. J Stat Softw. 64 (9), 1-17 (2015).
  19. Estaquier, J., et al. Effects of antiretroviral drugs on human immunodeficiency virus type 1-induced CD4(+) T-cell death. J Virol. 76 (12), 5966-5973 (2002).
  20. Matarrese, P., et al. Mitochondrial membrane hyperpolarization hijacks activated T lymphocytes toward the apoptotic-prone phenotype: homeostatic mechanisms of HIV protease inhibitors. J Immunol. 170 (12), 6006-6015 (2003).
  21. Roumier, T., et al. HIV-1 protease inhibitors and cytomegalovirus vMIA induce mitochondrial fragmentation without triggering apoptosis. Cell Death Differ. 13 (2), 348-351 (2006).
  22. Chandra, S., Mondal, D., Agrawal, K. C. HIV-1 protease inhibitor induced oxidative stress suppresses glucose stimulated insulin release: protection with thymoquinone. Exp Biol Med (Maywood). 234 (4), 442-453 (2009).
  23. Touzet, O., Philips, A. Resveratrol protects against protease inhibitor-induced reactive oxygen species production, reticulum stress and lipid raft perturbation. AIDS. 24 (10), 1437-1447 (2010).
  24. Bociąga-Jasik, M., et al. Metabolic effects of the HIV protease inhibitor--saquinavir in differentiating human preadipocytes. Pharmacol Rep. 65 (4), 937-950 (2013).
  25. Xiang, T., Du, L., Pham, P., Zhu, B., Jiang, S. Nelfinavir, an HIV protease inhibitor, induces apoptosis and cell cycle arrest in human cervical cancer cells via the ROS-dependent mitochondrial pathway. Cancer Lett. 364 (1), 79-88 (2015).
  26. Blanchet, L., Smeitink, J. A. M., et al. Quantifying small molecule phenotypic effects using mitochondrial morpho-functional fingerprinting and machine learning. Sci. Rep. 5, 8035(2015).
  27. Invitrogen. Reactive Oxygen Species (ROS) Detection Reagents. , https://tools.lifetechnologies.com/content/sfs/manuals/mp36103.pdf (2006).
  28. Koh, C. M. Preparation of cells for microscopy using cytospin. Methods Enzymol. 533, 235-240 (2013).
  29. Mihara, K., Nakayama, T., Saitoh, H. A Convenient Technique to Fix Suspension Cells on a Coverslip for Microscopy. Curr Protoc Cell Biol. 68, 4.30.1-4.30.10 (2015).
  30. Deutsch, M., Deutsch, A., et al. A novel miniature cell retainer for correlative high-content analysis of individual untethered non-adherent cells. Lab Chip. 6 (8), 995-996 (2006).
  31. Price, H. P., MacLean, L., Marrison, J., O'Toole, P. J., Smith, D. F. Validation of a new method for immobilising kinetoplastid parasites for live cell imaging. Mol Biochem Parasitol. 169 (1), 66-69 (2010).
  32. Sabati, T., Galmidi, B. S., Korngreen, A., Zurgil, N., Deutsch, M. Real-time monitoring of changes in plasma membrane potential via imaging of fluorescence resonance energy transfer at individual cell resolution in suspension. JBO. 18 (12), (2013).
  33. Fercher, A., O'Riordan, T. C., Zhdanov, A. V., Dmitriev, R. I., Papkovsky, D. B. Imaging of cellular oxygen and analysis of metabolic responses of mammalian cells. Meth Mol Biol. 591 (Chapter 16), 257-273 (2010).
  34. Graf, R., Rietdorf, J., Zimmermann, T. Live cell spinning disk microscopy. Adv. Biochem. Eng. Biotechnol. 95 (Chapter 3), 57-75 (2005).
  35. Gao, L., Shao, L., Chen, B. C., Betzig, E. 3D live fluorescence imaging of cellular dynamics using Bessel beam plane illumination microscopy. Nat. Protoc. 9 (5), 1083-1101 (2014).
  36. Meijer, M., Hendriks, H. S., Heusinkveld, H. J., Langeveld, W. T., Westerink, R. H. S. Comparison of plate reader-based methods with fluorescence microscopy for measurements of intracellular calcium levels for the assessment of in vitro neurotoxicity. Neurotoxicology. 45, 31-37 (2014).
  37. Bushway, P. J., Mercola, M., Price, J. H. A comparative analysis of standard microtiter plate reading versus imaging in cellular assays. Assay and drug development technologies. 6 (4), 557-567 (2008).
  38. Black, C. B., Duensing, T. D., Trinkle, L. S., Dunlay, R. T. Cell-Based Screening Using High-Throughput Flow Cytometry. Assay Drug Dev Technol. 9 (1), 13-20 (2011).

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

הדפסות חוזרות והרשאות

בקש הרשאה לשימוש חוזר בטקסט או באיורים של מאמר JoVE זה

בקש הרשאה

תגיות

High content MicroscopyReactive Oxygen SpeciesMitochondrial Membrane PotentialMitochondrial MorphologyCellular Redox ProfilingFluorescence MicroscopyImage AnalysisCM H2DCFDA StainingTMRM StainingPrincipal Component Analysis

מאמרים קשורים