זהו פרוטוקול ללמוד אינטראקציות חלבון תאיים המבוסס על מערכת נפתחים ביוטין-אבידין עם החידוש של שילוב רצפים חודר לתא. היתרון העיקרי הוא הרצף היעד מודגרת עם תאים חיים במקום תא lysates, ולכן האינטראקציות תתרחש בתוך ההקשר הסלולר.
מאמר שיטה
זהו פרוטוקול ללמוד אינטראקציות חלבון תאיים המבוסס על מערכת נפתחים ביוטין-אבידין עם החידוש של שילוב רצפים חודר לתא. היתרון העיקרי הוא הרצף היעד מודגרת עם תאים חיים במקום תא lysates, ולכן האינטראקציות תתרחש בתוך ההקשר הסלולר.
כאן אנו מציגים פרוטוקול ללמוד אינטראקציות חלבון תאיים המבוססים על מערכת נפתחים ביוטין-אבידין בשימוש נרחב. השינוי הציג כוללת השילוב של טכניקה זו עם רצפי חודר לתא. אנו מציעים עיצוב פיתיונות חודר לתא יכול להיות מודגרות עם תאים חיים במקום תא lysates, ולכן האינטראקציות נמצאו ישקף אלה המתרחשות בתוך ההקשר תאיים. Connexin43 (Cx43), חלבון המהווה gap junction ערוצים ו- hemichannels הוא למטה מוסדר ב gliomas בדרגה גבוהה. האזור Cx43 הכוללת חומצות אמינו 266-283 אחראי על עיכוב הפעילות oncogenic של c-Src glioma תאים. כאן אנו משתמשים תאת. כמו רצף חודר לתא, ביוטין התג נפתחים, האזור של Cx43 מורכבת בין חומצות אמינו 266-283 היעד נמצא אינטראקציות תאיים תאי גזע glioma אנושי קשה-עד-transfect אחת המגבלות של השיטה המוצעת היא כי מולקולת לשמש פיתיון עלול לגרום לכשל לקפל כראוי, וכתוצאה מכך, האינטראקציות נמצאו אין אפשרות לשייך עם האפקט. עם זאת, שיטה זו יכולה להיות מעניין במיוחד עבור האינטראקציות מעורב האות התמרה חושית מסלולים כי הם מתבצעים בדרך כלל לפי אזורים המתוסבכים ממהותם, לכן, הם אינם דורשים של קיפול מסודרות. בנוסף, אחד היתרונות של השיטה המוצעת היא כי ניתן יהיה ללמוד בקלות הרלוונטיות של כל השאריות על האינטראקציה. זוהי מערכת מודולרית; לכן, רצפים אחרים חודר לתא תגים אחרים, מטרות תאיים אחרים יכול להיות מועסק. לבסוף, הטווח של פרוטוקול זה הוא הרבה מעבר אינטראקציית חלבון כי מערכת זו ניתן להחיל על מטענים ביואקטיביות אחרים כגון ה-RNA רצפים, חלקיקים, וירוסים או כל מולקולה זה יכול להיות transduced עם רצפי חודר תא ו התמזגו לתגים נפתחים ללמוד שלהם מנגנון פעולה תאיים.
אינטראקציות חלבון-חלבון חיוניים עבור מגוון גדול של תהליכים תאיים. להבין תהליכים אלה, נדרשות שיטות לזיהוי אינטראקציות חלבון בתוך הסביבה תאיים מורכבים. באחת השיטות בשימוש כדי לזהות אינטראקציה עם שותפים של חלבון היא להשתמש את הפרוטאין או פפטיד מימטי של חלק את הפרוטאין כפיתיון בניסויים משיכה זיקה ואחריו זיהוי מחייב חלבונים. מערכת אבידין-ביוטין משמש לעתים קרובות בשל זיקה גבוהה, ירידה לפרטים יציב האינטראקציה בין אבידין ו ביוטין1,2. בדרך כלל, ביוטין מאוגד covalently הפיתיון (חלבון או פפטיד), לאחר תקופת דגירה עם lysates התא כדי לאפשר הקמת אינטראקציות, הפיתיון biotinylated מאוגדים לעמיתיו תאיים מורד אבידין או אבידין נגזרים מצומדת עם תמיכה חרוזים. לאחר מכן, פיתיון חלבונים מזוהים אחרי כביסה, • תנאי ו ניתוח מאת denaturing אלקטרופורזה ואחריו תספיג חלבון. אחת הבעיות של טכניקה זו היא כי האינטראקציות בין החלבון עניין ושותפיה תאיים מתקיימים מחוץ להקשר הסלולר. זה חשוב במיוחד עבור האינטראקציות מעורב האות התמרה חושית מסלולים כי הן מתרחשות במקומות תאיים ספציפיים, הם ארעיים, הם מתבצעים בדרך כלל על ידי חלבונים לא שופע. לכן, בתוך lysates תא אינטראקציות אלה יכול להיות רעולי פנים על-ידי אחרים חלבונים בשפע רב יותר או חלבונים אשר בדרך כלל אינם בסמיכות.
פפטידים חודר לתא (CPPs) הם קצרים פפטידים (חומצות אמינו ≤40), מורכב בעיקר על ידי חומצות אמינו cationic המסוגלים להעביר מגוון רחב של מולקולות אל תוך התא כמעט כל3. מטענים כגון חלבונים, דנ א פלסמיד, siRNA, וירוסים, סוכני דימות חלקיקים שונים יש כבר מצומדת CPPs, ביעילות למביטה4,5. בגלל יכולת קיבול זו הם הידוע גם חלבון התמרה חושית תחומים (PTDs), קרום רצפים translocating (MTSs) ופפטידים טרויאני. בקרב CPPs, פפטיד בלשכת המידע לתיירים של החלבון transactivator HIV TAT6 כבר אחת נרחב ביותר למד 7,8,9. TAT היא nonapeptide מכיל ארגינין 6, 2 ומשקעים ליזין, כתוצאה מכך הוא cationic מאוד. החלפת מחקרים הראו כי המטען החיובי נטו של תאת הכרחי עבור אלקטרוסטאטיות עם פלזמה הממברנות של התאים האיקריוטים ו שלה הפנמה עוקבות10. באופן דומה על CPPs אחרים, TAT מפרוטונים שמטענם חריפה נקשר electrostatically-אניון המינים השונים נוכח פני השטח חוץ-תאי של קרום התא, כולל קבוצות ראש השומנים, glycoproteins ו- proteoglycans3 , 10. מטעני ביואקטיביות לליברה TAT שיתפנה מיד ב ציטוזול להגיע זוגם תאיים.
כאן אנו מציגים שיטה המשלבת את CPP בלשכת המידע לתיירים עם ביוטין ללמוד אינטראקציות תאיים. המטרה היא לעצב פיתיונות חודר לתא על ידי מיזוג של biomolecule היעד TAT, ביוטין. היתרון העיקרי של הצעה זו היא כי האינטראקציות בין הפיתיון ושותפיה יתקיים בתוך ההקשר הסלולר שלה. כדי להציג את היעילות של שיטה זו השתמשנו כפיתיון רצף קטן של החלבון Cx43 שדווחו לתקשר intracellularly עם12,1311,c-Src proto-oncogene. Cx43 הוא חלבון ממברנלי אינטגרלי מתבטאת נרחב האסטרוציטים14והוא למטה מוסדר ב gliomas בדרגה גבוהה, גידול ממאיר הנפוצות ביותר מערכת העצבים המרכזית15,16,17 ,18. . זה היה בעבר הראו כי האזור Cx43 המקיים אינטראקציה עם c-Src (חומצות אמינו 266-283 Cx43 האנושי; Pubmed: P17302) התמזגו כדי תאת (TAT-Cx43266-283) מעכב את הפעילות oncogenic של תאים glioma c-Srcin ו glioma גזע תאים (GSCs)19,20,21. כדי לעצב את הפיתיון תאיים, Cx43266-283 יש כבר התמזגו טאט-קצה אמיני (TAT-Cx43266-283), ביוטין-קצה קרבוקסילי (TAT-Cx43266-283- B). אסטרטגיה זו כבר בהצלחה בשימוש של glioma עכברוש קו תא C6 לזהות c-Src, c-מסוף Src קינאז (צסק א) ופוספטאז, tensin homolog (PTEN) כשותפים תאיים של אזור זה של Cx4320. כאן, אנו מתארים שיטה זו בדיקות יעילותה GSCs האנושי, אשר מאוד רלוונטי לטיפול glioma אבל הרבה יותר transfect מאשר glioma הלא-גזע תאים.
כל ההליכים ניסיוני בוצעו על הכתב לאוניברסיטת סלמנקה לבחינה.
1. תאים
2. Biotinylated CPPs
3. צינורות
הערה: להכין לפחות 12 1.5 mL צינורות לכל תנאי הנדרש בסעיף 7.
4. הסלולר טיפול עם BCPPs
5. מאגרי ופתרונות.
6. חלבון החילוץ
הערה: חלבון החילוץ בוצע כפי שתואר לעיל20,23. לבצע שכל האזור הזה של ההליך ב 4 º C.
7. נפתחים
8. תספיג חלבון
הערה: סופג המערבית בוצעה כפי שתואר לעיל24.
9. ופתרון בעיות.
10. אחרים בשימוש בטכניקות במאמר זה
לפני השימוש BCPPs ללמוד אינטראקציה תאיים, חיוני כדי להשוות את ההשפעות של BCPP לעומת CPP כדי לאמת את התוצאות המתקבלות עם BCPP. כתוצאה מכך, ללמוד אם ההכללה של ביוטין משנה את הפעילות של הרצף היעד, תחילה ניתחנו את השפעת טאט-Cx43266-283- B לעומת טאט-Cx43266-283 -מורפולוגיה G166 GSCs. כדי לעשות זאת, ביצענו כמה ניתוחים immunofluorescence של שני חלבונים cytoskeletal, F-אקטין וα-טובולין לאחר 24 שעות של טיפול. איור 1 מראה כי G166 GSCs בנוכחות TAT-Cx43 50 מיקרומטר266-283 או בלשכת המידע לתיירים-Cx43266-283- B לרכוש צורה מעוגלת יותר בהשוואה מוארך ומורחבת prolongations הסלולר שמוצג הפקדים (TAT או בלשכת המידע לתיירים-B). למעשה, איור 1b מראה כי אקטין חוטים הם בעיקר התאספו כרשתות אקטין כאשר התאים שטופלו טאט-Cx43266-283 או בלשכת המידע לתיירים-Cx43266-283- B ואילו הם יוצרים עוד חבילות אקטין בתאים שליטה (שטופלו בלשכת המידע לתיירים או TAT-B)25. לעומת זאת, α-טובולין ההפצה אינה משתנה בין התנאים שונים. התוצאות הראו כי הנוכחות של ביוטין לא לשנות את ההשפעה של רצף המטרה על המורפולוגיה של G166 GSCs. ב20,הקודם מחקרים21, הראינו כי טאט-Cx43266-283 צמצם התפשטות G166 GSCs. במחקר זה, חקרנו אם טאט-Cx43266-283- B מפעילה אותם אפקטים בבית הגידול כמו TAT-Cx43266-283. כדי לעשות זאת, ניתחנו התפשטות G166 GSCs על ידי MTT assay לאחר 72 שעות של טיפול. וזמינותו MTT הוא ערכי צבע מוחלטים assay להערכת פעילות חילוף החומרים של התא. MTT עובר מטבוליזם על ידי אנזימים oxidoreductase NAD (P) H בתוך המיטוכונדריה המשקף את מספר התאים קיימא הנוכחי. איור 2 מציג כי הקטנת הכדאיות תא G166 GSCs אינה שונה באופן משמעותי כאשר תאים שטופלו 50 מיקרומטר טאט-Cx43266-283 או 50 מיקרומטר טאט-Cx43266-283- בי אכן, שניהם פחתה באופן משמעותי G166 GSCs התפשטות לעומת הפקד, TAT או בלשכת המידע לתיירים-בי
ברגע לנו אישר כי ההשפעה של רצף המטרה שלנו ב G166 GSCs (TAT-Cx43266-283) לא שונה על ידי הכללת ביוטין-קצה קרבוקסילי (TAT-Cx43266-283- B), חקרנו השותפים תאיים של הרצף הזה בעקבות הפרוטוקול המתוארים במחקר זה (איור 3). כי caveolae היה מעורב המנגנון של תאת הפנמה26, ניתחנו את הנוכחות של caveolin-1 (קו-1) ב- pull-דאונס. תספיג חלבון ניתוח (איור 4) הראה את תאת-B ו- TAT-Cx43266-283- B אינטראקציה עם קו-1. עם זאת, היכולת של טאט-Cx43266-283- B לגייס c-Src, PTEN ו צסק א הוא חזק יותר מאשר עם TAT-בי מוקד אדהזיה קינאז (המשיכו) הוא מצע של c-Src זה לא הוכח לקיים אינטראקציה עם Cx43. אכן, המשיכו לא הראה כל אינטראקציה משמעותית עם TAT-B או בלשכת המידע לתיירים-Cx43266-283- בי
כדי לאשר את האינטראקציה בין טאט-Cx43266-283- B ו- c-Src, G166 GSCs היו מודגרות עם 50 מיקרומטר טאט-Cx43266-283- B במשך 30 דקות ולוקליזציה שלהם היה ואחריו עם פלורסנט streptavidin קונפוקלית (איור 5 ). התוצאות שלנו הראה כי ההתפלגות תאיים של טאט-Cx43266-283- B נמצא קרום פלזמה (מוצג על-ידי phosphatidylserine מכתים), תואמת של c-Src. למעשה, ניתוח ושיתוף לוקליזציה חשף כמה נקודות של שיתוף לוקליזציה (לבן) בין טאט-Cx43266-283- B ו- c-Src בתמונה מיזוג. כתוצאה מכך, מיקרוסקופיה קונפוקלית מחקרים מאשרים את התוצאות שהושגו עם פרוטוקול נפתחים BCPP המתוארים במחקר זה.

איור 1: ההשפעה של BCPP ו- CPP-GSC מורפולוגיה.
G166 GSCs מצופים-צפיפות נמוכה (2 x 104 תאים / ס מ2) לאחר 24 שעות הם היו מתפשט באמצעות מיקרומטר 50 שליטה CPP (TAT), לשלוט BCPP (TAT-B), טיפול CPP (TAT-Cx43266-283) או טיפול BCPP (TAT-Cx43266-283- B) . a) F-אקטין (אדום), α-טובולין (ירוק), ממוזג + דאפי immunostaining של השדה באותו מראה מורפולוגיה G166 GSCs. ברים = 50 מיקרומטר. b) F-אקטין immunostaining מציג את חלוקה שונה של F-אקטין ב- G166 GSCs לאחר דגירה במשך 24 שעות ביממה עם 50 מיקרומטר לשלוט CPP (TAT) או לשלוט BCPP (TAT-B) לעומת טיפול 50 מיקרומטר CPP (TAT-Cx43266-283) או BCPP (TAT-Cx43 266-283-B). הסורגים = 10 מיקרומטר. אנא לחץ כאן כדי להציג גירסה גדולה יותר של הדמות הזאת.

איור 2: ההשפעה של BCPP ו- CPP-GSC הכדאיות.
G166 GSCs היו מצופים-תאים/cm 55002 ב- 24-multiwell צלחות, מודגרות עם פפטידים שליטה מיקרומטר 50, CPP (TAT) או BCPP (TAT-B), או פפטידים לטיפול מיקרומטר 50, CPP (TAT-Cx43266-283) או BCPP (TAT-Cx43266-283- B). הכדאיות תא נותחו באמצעות assay MTT לאחר 72 h. התוצאות מבוטא MTT absorbances ויש s.e.m. זאת אומרת ± לפחות 3 ניסויים (+ + p˂0.01 לעומת שליטה. * * p˂0.01, * * * p˂0.001 vs בלשכת המידע לתיירים או בלשכת המידע לתיירים-B; חד-כיווני אנובה withTukey שלאחר מבחן). שימו לב כי אין הבדלים משמעותיים בין השפעת CPPs vs BCPPs. אנא לחץ כאן כדי להציג גירסה גדולה יותר של הדמות הזאת.

איור 3: פרוטוקול דיאגרמה.
תיאור גרפי שלב אחר שלב של ההליך כמתואר בסעיף "פרוטוקול" מ הדגירה BCPPs עד BCPPs eluted וחלבונים שמעצבת שלהם היו obtained.1) דגירה התרבות תאים עם BCPPs על הריכוז הרצויה עבור הזמן הנדרש. 2) במהלך הדגירה, הם הפנימו את BCPPs, הם לקיים אינטראקציה עם שותפיהם תאיים. 3) לשטוף את התאים שלוש פעמים על הקרח עם PBS קר כקרח. 4) lyse התאים כדי לחלץ חלבונים. 5) העברת תא lysates צינורות.6) ספין-x 11000 g עבור 10 דקות ב 4 º C. 7) להעביר supernatants כדי צינורות חדשים (א) ושמור aliquot קטנים של lysates כדי התהליך כמו מערבי רגיל כתם דוגמאות צינור (B). 8) resuspend את החרוזים NeutrAvidin Agarose ולהוסיף 50 µL כל שפופרת באמצעות טיפ פיפטה לחתוך. 9) דגירה ברעידות בעדינות במשך 12 שעות ב 4 ° C כדי לאפשר את החרוזים agarose NeutrAvidin לקיים אינטראקציה עם BCPPs ובת זוגו. 10) ספין בשביל 1 דקות ב 3000 x g כדי הצניפה החרוזים עם biotinylated פיתיונות, חלבונים שמעצבת שלהם קשורות אליהם. 11) להעביר את supernatants אל צינורות חדשים (ג) ולשמור אותם לשימוש במקרה נפתחים צריך לחזור. 12) לשטוף בגדר חמש פעמים עם מאגר פירוק טריים, resuspend על-ידי היפוך, ספין בשביל 1 דקות ב 3000 x g וזורקים את תגובת שיקוע. 13) להסיר את כל תגובת שיקוע בקפידה. 14) להוסיף האחסון הרצוי של 4 x מאגר Laemmli, elute את החלבונים ב 100 מעלות צלזיוס במשך 5 דק 15) ספין-x 8200 g עבור 30 s כדי הצניפה החרוזים. 16) להעביר את החלבונים eluted למצוא את תגובת שיקוע עם טיפים נימי צינורות חדשים (D). 17) להעמיס על ג'לים לניתוח תספיג חלבון. אנא לחץ כאן כדי להציג גירסה גדולה יותר של הדמות הזאת.

איור 4: לימוד של אינטראקציות תאיים של טאט-Cx43266-283- B ב- G166 GSCs על ידי נפתחים ואחריו תספיג חלבון.
G166 GSCs היו מודגרות עם 50 מיקרומטר טאט-B או בלשכת המידע לתיירים-Cx43266-283- בי לאחר lysed את התאים היו 30 דקות ו TAT-B או טאט-Cx43266-283- B קשור זוגם תאיים משכו עם חרוזים NeutrAvidin. החלבונים eluted היו טעונים, נותחו על ידי תספיג ללמוד את רמות המשיכו, c-Src, צסק א, PTEN וקו-1. שים לב כי קו-1 אינטראקציה עם שני טאט-B ולתקשר טאט-Cx43266-283- B, c-Src, PTEN ו צסק א מעדיפים עם TAT-Cx43266-283- B ו המשיכו לא הראה אינטראקציה כלשהי עם TAT-B או בלשכת המידע לתיירים-Cx43266-283-B. בבקשה לחץ כאן כדי להציג גירסה גדולה יותר של הדמות הזאת.

איור 5: אישור טאט-Cx43266-283- B תאיים האינטראקציות G166 GSCs על ידי מיקרוסקופיה קונפוקלית.
G166 GSCs היו מודגרות עם 50 מיקרומטר טאט-Cx43266-283- בי לאחר 30 דקות, היו תאים קבוע, עיבוד כדי להתאים לשפה טאט-Cx43266-283- B עם Cy2-Streptavidin (ירוק), c-Src מאת immunofluorescence (אדום) ו- phosphatidylserine עם annexin V (כחול). שימו לב כמה נקודות של שיתוף לוקליזציה (לבן) בין טאט-Cx43266-283- B ו- c-Src קרוב קרום פלזמה של מיזוג תמונות. אנא לחץ כאן כדי להציג גירסה גדולה יותר של הדמות הזאת.
ישנן שיטות רבות ללמוד אינטראקציות חלבון חלבון. השיטה שהוצגו במחקר זה מבוסס על מערכת נפתחים ביוטין-אבידין בשימוש נרחב שבו מודגרת פיתיון biotinylated עם תא lysates כדי לאפשר הקמת אינטראקציות. השינוי הציגה מחקר זה כולל השילוב של טכניקה זו עם רצפי חודר לתא. אנו מציעים עיצוב פיתיונות חודר לתא יכול להיות מודגרות עם תאים חיים במקום תא lysates, ולכן האינטראקציות נמצאו ישקף אלו שהתרחשו בתוך ההקשר הסלולר.
כאן נשתמש TAT כמו רצף חודר לתא, ביוטין התג נפתחים, האזור של Cx43 מורכבת בין חומצות אמינו 266-283 היעד נמצא אינטראקציות תאיים GSCs האנושית. הבסיס המבני של האינטראקציה בין Cx43 לבין c-Src הוא ידוע11,12. הסיבה לכך היא אינטראקציה חשוב זה מעכב את הפעילות oncogenic של c-Src glioma תאים24,13. למעשה, CPPs המכיל אזור זה (TAT-Cx43266-283) לחקות את המאפיינים antioncogenic של Cx43 על glioma תאים19,20,21. בתאים C6 glioma עכברוש, המנגנון שבאמצעותו טאט-Cx43266-283 מעכב c-Src כולל הגיוס של c-Src יחד עם מעכבי אנדוגני צסק א שלה PTEN20. יצוין, כי GSCs הם מאוד מעניין כמטרה בטיפול glioma, כי הם מהווים subpopulation עמידים לטיפולים קונבנציונליים, ולכן אחראי הישנות זה גידולים ממאירים במוח27. יתר על כן, הם תאים קשה-עד-transfect, ולכן חקר אינטראקציות תאיים הופך קשה יותר. CPPs הם במהירות וביעילות הפנימו GSCs19 להעדיף את השימוש בהם לצורך המחקר של אינטראקציות תאיים. זה לומדים, באמצעות CPPs דבוקה ביוטין נאשר את האינטראקציה של הרצף266-283 Cx43 עם c-Src יחד עם מעכבי אנדוגני שלה צסק א ו PTEN ב GSCs האנושית.
שיטה זו היא רבת עוצמה כדי לחקור את המנגנון תאיים של תרכובות ביו. עם זאת, חשוב מאוד לוודא כי ההשפעה הביולוגית של הפיתיון חדירה של תאים biotinylated אינה שונה מזה שהושג עם הלא-biotinylated אחד. צעד זה נדרש כדי לשייך את האינטראקציות נמצאו עם האפקט של המתחם ביו. בנוסף, היציבות של המתחם, והשפלות שלו אפשרי על ידי פרוטאזות, כמו גם שלה רעילות אפשרי, צריך להיות בזהירות נבדקה והוכחה לקחת בחשבון לפני תכנון הניסוי. בדוגמה שהוצגו, כבר השפעת אנטי-proliferative טאט-Cx43266-283 על G166 GSCs האנושית תועדו בעבר20. במחקר זה, נוכל לאמת את זה אפקט אנטי-המקדימות של טאט-Cx43266-283- B של טאט-Cx43266-283 הוא מאוד דומה. בנוסף, ניתוח הנתונים הסלולרית מורפולוגיה של גילה את α-טובולין, התפלגות F-אקטין דומה מאוד GSCs G166 שטופלו טאט-Cx43266-283- B או עם קעקוע-Cx43266-283. בסך הכל, תוצאות אלה מצביעות על ההכללה של ביוטין-c-הסופית של טאט-Cx43266-283 לא לשנות את ההשפעות של מתחם זה על האדם GSCs. עם זאת, אם ביוטין לשנות את ההשפעות של המולקולה ביו, תגים נוספים לטיהור חלבון יכול להיבדק, כגון הדגל octapeptide (DYKDDDDK)28, שפעת אנושית נגזר hemagglutinin התג HA (YPYDVPDYA) או גלוטתיון S-טרנספראז (GST)29. באופן דומה, אם TAT כיעד האוכלוסייה תא עניין, השני תא רצפים חודר, כגון penetratin, MPG (לסקירה, ראה30) או רצפים ספציפיים התא יכול להיות בשימוש31.
בנוסף חלבונים לימוד המקיימים אינטראקציה באופן ספציפי עם הרצף היעד, באופן אידיאלי, נוכחותם של חלבונים המקיימים אינטראקציה עם הפקד והן היעד רצף וחלבונים המקיימים אינטראקציה לא איתם, כפקדי חיוביים ושליליים, צריך להיות התייחס. במובן זה, אנו נמצא קו-1 בפקד, התייחס למצב, רומז כי היה מעורב caveolae המנגנון של הפנמה, כמו בעבר הוכח26. יתר על כן, המשיכו, אשר מקיים אינטראקציה עם c-Src אבל אמורה לא להיות במגע עם c-הטרמינל Cx43, נעדר הן השליטה והן המצב שטופלו. תוצאות אלו מחזקות יחודיות של האינטראקציה בין טאט-Cx43266-283- B, c-Src, צסק א ו PTEN. כדי לאשר את התוצאות שהושגו עם פרוטוקול זה, מיקרוסקופיה קונפוקלית ניתן להמחיש את ההפצה של החלבונים שמעצבת וכדי ללמוד לוקליזציה משותפת שלהם. לפיכך, מצאנו טאט-Cx43266-283- B ו- c-Src שהתערוכה הזו התפלגות תאיים דומה עם כמה נקודות של שיתוף לוקליזציה המאשרת את התוצאות שהושגו עם הניסויים נפתחים. למעשה, TAT-Cx43266-283- B מופץ קרוב קרום פלזמה רומז כי המטען, במחקר זה Cx43266-283, מנחה את המולקולה לעמיתיו תאיים.
אחת המגבלות של השיטה המוצעת היא כי המולקולה לשמש פיתיון עלול לגרום לכשל לקפל כמו שצריך ואת ההשפעות הצפויות לא יימצאו. במצב זה, האינטראקציות נמצאו אין אפשרות לשייך על אפקט. עם זאת, שיטה זו יכולה להיות מעניין במיוחד עבור האינטראקציות מעורב האות התמרה חושית מסלולים כי הם מתבצעים בדרך כלל על-ידי אזורים ממהותם המתוסבכים32 , ולכן הם אינם דורשים של קיפול מסודרות. בנוסף, אחד היתרונות של השיטה המוצעת היא כי מסלול הזמן של האינטראקציה ניתן בעקבות, אשר רלוונטי במיוחד עבור אינטראקציות ארעית. יתר על כן, הרלוונטיות של כל השאריות על האינטראקציה שניתן בקלות ללמוד. אכן, זה אפשרי ללמוד את הרלוונטיות של שינויים posttranslational על אינטראקציית חלבון-חלבון, למשל, על ידי החלפת phosphomimetic גלוטמט על סרין או תריאונין ברצף. באופן דומה, החלפה של סרין או תראונין עבור אלנין או טירוזין ל פנילאלנין מאפשר בדיקת ההשפעה של סרין phosphorylatable, תראונין או טירוזין.כדי לחקות פוספו-טירוזין, הדרך המדויקת ביותר היא ההחלפה של טיר עבור p-טיר33.
לבסוף, הטווח של פרוטוקול זה הוא הרבה מעבר אינטראקציית חלבון כי מערכת זו ניתן להחיל על מטענים ביואקטיביות אחרים כגון ה-RNA רצפים, חלקיקים, וירוסים או מולקולות אחרות אשר יכול להיות דבוקה ביוטין, transduced עם CPP ללמוד מנגנון תאיים שלהם הפעולה.
המחברים אין לחשוף.
אנו מודים מ מוראלס ובראבו ג'יי על עזרתם עם העיצוב של CPPs, ג'יי Arévalo על עזרתו עם פרוטוקול נפתחים. . אנחנו אסירי תודה על הסיוע הטכני של טי del Rey. עבודה זו נתמכה על ידי y Ministerio de Economía Competitividad, ספרד; פדר BFU2015-70040-R, דה חונטה Castilla y לאון, ספרד; SA026U16 פדר, Fundación רמון Areces. מ Jaraíz-רודריגס א גונזלס-Sánchez מקבלי מלגת, דה חונטה Castilla y León ו הקרן החברתית האירופאית בקרב אנשי עסקים ותיירים כאחד.
| שם | חברה | מספר קטלוג | הערות |
|---|---|---|---|
| קו G166 GSC | BioRep | ||
| RHB-A מדיום תאי גזע | Takara | Y40001 | |
| חלבון עכבר למינין | Invitrogen, Life Technologies, ThermoFisher Scientific | 23017-015 | 10 ומיקרו; גר'/מ"ל |
| B-27 תוסף תזונה ללא סרום (50X) | Invitrogen, Life Technologies, ThermoFisher Scientific | 17504-044 | 2% |
| N-2 תוסף (100x) | Invitrogen, Life Technologies, ThermoFisher Scientific | 17502-048 | 1% |
| רקומביננטי אנושי EGF | Peprotech | AF-100-15 | 20 ננוגרם/מ"ל |
| רקומביננטי אנושי b-FGF | Peprotech | AF-100-18B | 20 ננוגרם/מ"ל |
| PBS pH 7.4: במים נטולי יונים, 136 מ"מ NaCl; 2.7 מ"מ KCl; 7.8 מ"מ Na2HPO4· 2H2O ; 1.7 מ"מ KH2PO4 | |||
| Accutase | Sigma | A6964 | |
| Cryostor CS10 מדיום שימור הקפאה | StemCell Technologies | 7930 | |
| TAT | GenScript-Custom | made | |
| TAT-B | GenScript-Custom | made | |
| 266-283 | GenScript-Custom | made | |
| TAT-Cx43266-283-B | GenScript-Custom | made | |
| Alexa Fluor 594 Phalloidin | Molecular Probes, Life Technologies, ThermoFisher Scientific | A1275737 | 1/20 |
| נוגדן עכבר חד-שבטי ואלפא;-טובולין | Sigma-Aldrich | T9026 | 1/500 |
| 4',6-diamidino-2-phenylindole (DAPI) | בדיקות מולקולריות, טכנולוגיות חיים, ThermoFisher Scientific | 1.25 מ"ג/מ"ל | |
| Pierce™ NeutrAvidin&סחר; Agarose | ThermoFisher Scientific | 29200 | |
| מאגר ליזה של חלבון: 5 מ"מ Tris-HCl (pH 6.8), 2% (w/v) SDS, 2 מ"מ EDTA, 2 מ"מ | |||
| סט קוקטייל III. Calbiochem ללא EDTA | , Bionova | 539134 | 1/100 (v/v) |
| נתרן פלואוריד | PanReac AppliChem | 141675 | 1 מ"מ |
| פנילמתאן סולפוניל פלואוריד (PMSF) | Sigma-Aldrich | P7626 | 1 מ"מ |
| נתרן אורתובנאדאט | Sigma-Aldrich | S6508 | 0.1 מ"מ |
| חוצץ Laemmli: (4x: 0.18 M Tris-HCl pH 6.8; 5 M גליצרול; 3.7% (w/v) SDS; 0.6 M & בטא;-מרקפטואתנול או 9 מ"מ DTT; 0.04% (v/v) ברומופנול כחול (BB). | 1X | ||
| Xcell 4 SureLock Midi-Cell Electrophoresis System | Life Technologies, ThermoFisher Scientific | WR0100 | |
| NuPAGE Novex Bis-Tris Midi-Gels 4-12% | Life Technologies, ThermoFisher Scientific | WG1402box | |
| NuPAGE MOPS SDS מאגר ריצה (20X) | Life Technologies, ThermoFisher Scientific | NP0001 | 1X |
| NuPAGE Transfer Buffer 20x | Life Technologies, ThermoFisher Scientific | NP0006 | 1X |
| דיוק פלוס חלבון צבע כפול תקן | Bio-Rad | 161-0374 | |
| iBlot 2 NC ערימות רגילות (ממברנות ניטרוצלולוזה) | Life Technologies, ThermoFisher Scientific | IB23001 | |
| iBlot 2 Dry Blotting System - מכשיר העברת ג'ל | Life Technologies, ThermoFisher Scientific | IB21001 | |
| 10% Ponceau S Solution (0.1% Ponceau (w/v) ב-5% חומצה אצטית (v/v)) במים | Sigma | P7170 | |
| FAK polyclonal rabbit antibody | Life Technologies, ThermoFisher Scientific | AHO0502 | 1/500 |
| Src polyclonal rabbit | antibody Signalling Cell Signalling (WERFEN) | 2108S | 1/500 |
| Csk polyclonal rabbit | antibody Signalling Cell Signalling (WERFEN) | 4980 | 1/500 |
| PTEN נוגדן עכבר פוליקלונלי | איתות תאים (WERFEN) | 9552 | 1/500 |
| Caveolin-1 נוגדן ארנב פוליקלונלי | Abcam | ab2910 | 1/1000 |
| נוגדן עיזים נגד עכבר IgG-HRP | Quimigen, סנטה קרוז ביוטכנולוגיה | Sc-2005 | 1/5000 |
| נוגדן עיזים נגד ארנב IgG-HRP | Quimigen, סנטה קרוז ביוטכנולוגיה | SC-2030 | 1/5000 |
| Western Blotting Luminol Reagent | Santa Cruz Biotechnology | SC-2048 | |
| Src נוגדן ארנב פוליקלונלי | איתות תאים (WERFEN) | 2108S | 1/500 |
| תמיסת נוגדנים: PBS, 10% FBS, 0.1 M ליזין, 0.02% נתרן אזיד | |||
| Alexa Fluor 488 עז נגד עכבר IgG | Invitrogen, Life Technologies, ThermoFisher Scientific | A11029 | 1/1000 |
| סטרפטווידין מצומד Cy2 | Jackson ImmunoResearch | 016-220-089 | 1/500 |
| MicroChemi מערכת זוהר | הדמיה ביולוגית | ||
| DNA ערכת אפופטוזיס של תאים מתים עם Annexin V Alexa Fluor® 488 & Propidium Iodide (PI) | בדיקות מולקולריות, Life Technologies, ThermoFisher Scientific | V13241 | 1/500 |
| SlowFade Gold antifade Reagent | Life Technologies, ThermoFisher Scientific | S36936 | |
| Thiazolyl Blue Tetrazolium Bromide (MTT) | Sigma-Aldrich | M2128 | |
| דימתיל סולפוקסיד לספקטרוסקופיה UV, >=99.8% (GC) | Honeywell | 41641-1L | |
| Appliskan 2001 | Thermo Electron Corporation, Thermo Scientific |